forester/archive/RIO/others/puzzle_dqo/ChangeLog

   1
   2 Version  date           what has been changed
   3
   4 5.0       26.08.2000    - changes to manual, Makefile.in
   5                         - cpREV hidden by -DCPREV flag
   6                         - chi2test, quartio included into source code files
   7                         - generic scr/Makefile.generic
   8                         - src/makefile.com for VAX
   9                         - AUTHORS, README, ChangeLog updated
  10                         - INSTALL checked
  11           27.08.2000    - test code excluded
  12                         - '-randseed#' added for debugging purposes
  13                         - ./data added to autoconf/automake
  14                         - warning output if cmdline parameter unknown
  15           11.10.2000    - fixed output of rate categories of sites before
  16                           computing them
  17                         - check whether rate categories were computed by
  18                           1st user tree or NJ tree fixed in the output
  19           12.10.2000    - invariant site model normalization fixed
  20
  21
  22 CODE FREEZE
  23 ===========
  24
  25 5.0.a33   15.08.2000    - changes for autoconf/automake
  26
  27 5.0.a32   01.08.2000    - a FPE error fixed (badq == 0)
  28                         - small error in -bestq fixed
  29                         - fflush's added at several places
  30
  31 5.0.a31   01.08.2000    - comments added to tree structure sorting puzzle2.c
  32                         - changes in configure.in, Makefile.in
  33
  34 5.0.a30   23.07.2000    - some debugging in checkquart
  35                         - changed to autoconf
  36
  37 5.0.a29   13.07.2000    - some debugging in checkquart
  38
  39 5.0.a28   13.07.2000    - use best quartet topology option (-bestq) implemented
  40
  41 5.0.a27   13.07.2000    - further developement to checkquart
  42                         - ascii/binary quartet values (-wqla/-wqlb)
  43                         - typo correction
  44
  45 5.0.a26   11.07.2000    - fflush at all checktimer
  46                         - further developement at checkquart
  47                         - possibility to write quartet values to file (-wqlh)
  48
  49 5.0.a25   06.07.2000    - fflush at checktimer
  50
  51 5.0.a24   02.07.2000    - further debugging of checkquart
  52
  53 5.0.a23   02.07.2000    - further developement to checkquart
  54
  55 5.0.a22   29.06.2000    - checkquart added to makefile
  56                         - bad quartet stats added after reading in *.allquarts
  57
  58 5.0.a21   27.06.2000    - site pattern statistics implemented and added to
  59                           SEQUENCE ALIGNMENT section in puzzle report
  60
  61 5.0.a20   26.06.2000    - cpREV45 implemented
  62
  63 5.0.a19   26.06.2000    - for debugging purposes: typo "MPE" changed to "FPE"
  64                         - fflush(stdout) added in chi2test
  65
  66 5.0.a18   20.06.2000    - checkquart implemented
  67
  68 5.0.a17   19.06.2000    - FPRINTF(STDOUTFILE and STDOUT definition changed
  69                           and moved; fputid/fputid10 writes to STDOUT instead
  70                           of stdout
  71                         - ppuzzle checks slaves enough slave-processes
  72                         - numquarts, num2quart, quart2num moved from ppuzzle.c
  73                           to puzzle1.c
  74                         - read/writeallquart implemented (undocumented feature)
  75                           to be used by -wqf/-rqf at comandline
  76                           -wqf = write quartet file (infilename.allquart) after
  77                                  quartet evaluation
  78                           -rqf = read quartet file (infilename.allquart), no
  79                                  quartet evaluation, unless -wqf is used as
  80                                  well, then quartets are written and read in
  81                         - '-h' option at comandline -> printusage
  82
  83 5.0.a16   31.05.2000    - chi2test bug fixed
  84                         - WAG matrix added, model choice adopted
  85           13.06.2000    - date set to June 2000
  86                         - author order changed to Schmidt, Strimmer, Vingron,
  87                           v.Haeseler
  88                         - CPU time output stopped, due to overflow errors
  89           16.06.2000    - sequence composition chi2test moved before
  90                           parameter output.
  91                         - output of chi2test and bad quartet statistics split,
  92                           to do the chi2test output earlier.
  93
  94 5.0.a15   02.05.2000    - Names changed back from TREE-PUZZLE to PUZZLE
  95           09.05.2000    - and to TREE-PUZZLE again ;-)
  96
  97 5.0.a14   13.03.2000    - Changes to the manual.
  98                         - Executable names changed to (p)treepuzzle.
  99                           (changes in the makefiles)
 100           15.03.2000    - Output of parameters after estimation added.
 101
 102 5.0.a13   18.02.2000    - ALPHA version number removed from the code
 103
 104 5.0.a12   18.02.2000    - CPU time measurement problems fixed for case where
 105                           clock_t is an unsigned type.
 106
 107 5.0.a11   17.02.2000    - time measure problems (CPU/wallclock) fixed
 108                           not all features in addtimes are used at the moment.
 109                         - unnecessary and unused routines removed fron source
 110                           code.
 111
 112 5.0.a10   20.01.2000    - Name changes from PUZZLE to TREE-PUZZLE
 113                         - Chi2-fit model guessing for VT model added
 114                         - little model printing bug fixed
 115
 116 5.0.a9    22.12.1999    - VT Model incorporated (Mueller, Vingron (2000)
 117                           JCB, to appear).
 118                         - TODO: Chi2-fit model guessing for VT model
 119
 120 5.0.a8    21.12.1999    - 'sys/times.h' and 'sys/types.h' removed from
 121                           puzzle.h. They were neither ANSI conform nor
 122                           necessary, but occured in the SUN man pages.
 123                         - Definition and call of writetimesstat eliminated
 124                           from the sequention version by compiler switched,
 125                           and not just the function body as before.
 126                         - '-O4' canged to '-O' to be more generic.
 127
 128 5.0.a7    21.12.1999    - Macro constants introduced for data_optn
 129                           (NUCLEOTIDE, AMINOACID, BINARY)
 130                         - round robbing of datatype and AA model option changed
 131                           in menu to make adjustment of the model possible by a
 132                           determined sequence of letters:
 133                           'd':  Auto -> Nucleotides
 134                                      -> Amino acids
 135                                      -> Binary states
 136                                      -> Auto
 137                           ('m' && data_optn == AMINOACID):
 138                                 Auto -> Dayhoff
 139                                      -> JTT
 140                                      -> mtREV24
 141                                      -> BLOSUM62
 142                                      -> Auto
 143                         - manual.html adjusted
 144
 145 5.0.a6    20.12.1999    - new manual.html added
 146
 147 5.0.a5    07.12.1999    - output bug fixed (bestrates were written before they
 148                           were computed)
 149
 150 5.0.a4    02.12.1999    - header file inclusion ajusted:
 151                           added:  #include<string.h>
 152                           changed from:  #include "ppuzzle.h"
 153                                   to:    #ifdef PARALLEL
 154                                          #  include "ppuzzle.h"
 155                                          #endif
 156
 157 5.0.a3    27.11.1999    - '-h' comandline option removed, because of problems
 158                           with MPICH under LINUX
 159                         - new memory leaks of 5.0.a2 closed in PP_Finalize
 160
 161 5.0.a2    27.11.1999    - Cleanup of the source code
 162                         - Measurement of CPU time added
 163                         - Parallel load statistics added (quartets, trees, time)
 164                           to puzzle report.
 165                         - Cleanup debug messages
 166                         - Comments "[...]" are removed from usertrees now.
 167                         - single quotes will only be printed arount species
 168                           names if -DUSEQUOTES is set at compiletime.
 169                         - tree likelihood is printed infront of a tree as a
 170                           comment, [ lh=-xx.xxxxx ](...);
 171
 172 5.0.a1    26.11.1999    - Cleanup of the directories
 173                         - Copyright changes
 174                         - Version changes
 175
 176
 177 VERSION CHANGE
 178 ==============
 179
 180 4.1.a26   25.11.1999    - Makefile made universal for pauzzle and ppuzzle
 181                         - lines not needed removed from puzzle.h
 182
 183 4.1.a25   19.11.1999    - Output file prefixes for distances, trees, and
 184                           puzzlereport changed in user trees analysis case
 185                           to user tree file name
 186                         - Temporary output of likelihood to treefile added
 187
 188 4.1.a24   11.11.1999    - Output of puzzling step trees changed
 189                           ptorder: [ orderno # % ID #UniqTopos #Steps ]PHYLIP
 190                           pstep:   chunk #InChunk sum ID #UniqTopos #Steps
 191                         - preliminary leap frog RNG implemented, i.e. uses
 192                           the rand4 in the usual way in the sequential case.
 193                           If run in parallel all rand4 are initialized with
 194                           the same seed and started with PP_Myid-th random
 195                           number. after that each process uses the every
 196                           PP_NumProcs-th random number to make sure that these
 197                           unique.
 198
 199 4.1.a23   08.11.1999    - output of sequential and parallel version to *.pstep
 200                           made identical
 201
 202 4.1.a22   05.11.1999    - two different puzzle step tree outputs intruduced
 203                           and added to the menu ("[ 1. 35 ](...);":
 204                           - ordered unique tree list -> *.ptorder
 205                             Format: "[ 1. 35 ]"  (Ordernumber, Amount)
 206                           - chronological tree list  -> *.pstep
 207                             Format: "[ 1. 35 ]"  (Chunknumber, Amount in chunk)
 208                           (the last is a problem in parallel, because the come
 209                           in chunks, as scheduled)
 210                         - debugged the output
 211 4.1.a21   04.11.1999    - Makefile adjustments for other Plattforms
 212                         - pstep tree output changed. unique treestructures
 213                           printed to *.pstep file with a leading comment
 214                           containing an order number and the ammount padded
 215                           with blanks (e.g. "[ 1. 356 ]('mouse'...").
 216                           output is done right before writing the puzzle file.
 217                         - controlled MPI finish to the Quit menu option added
 218
 219 4.1.a20   03.11.1999    - some garbage collection (free) added
 220                         - makefile adjusted, OFLAGS for optimization added
 221                           (ppuzzle/MPICH has problems with -O, so the
 222                           ppuzzle is created without optimization)
 223                           Some minor changes in the makefiles
 224                         - still to do: garbage collection from 'internalnode'
 225                           in master process
 226
 227 4.1.a19   13.10.1999    - adding the output of standardized (i.e. sorted)
 228                           puzzling step trees. Those are printed to the
 229                           standard output at the moment. (Routines to sort
 230                           and print the trees implemented)
 231           14.10.1999    - routines for printing the sorted trees to a string.
 232                           needed to send them between Master and Worker, and
 233                           to have a unique key to sort and count the trees.
 234           21.10.1999    - counting of sorted trees implemented by doubly linked
 235                           list, sort routine, print to stdout
 236           25.10.1999    - change place of writing distances to file right after
 237                           distances have been computed.
 238                         - output of puzzling step trees now with true name,
 239                           not numbers
 240           02.11.1999    - parallel counting and sending of puzzling step trees
 241                         - some parallel sending bugs fixed
 242
 243 4.1.a18   14.09.1999    - adding possibility to specify input file at
 244                           command line, this specifies also the output
 245                           filenames (puzzle output: *.puzzle; treefile:
 246                           *.tree; distances: *.dist; Triangel EPS: *.eps;
 247                           unresolved: *.qlist; puzzling step trees: *.pstep)
 248                           If an unexisting name is given, one has to reenter
 249                           the right name, but the wrong one is used as prefix.
 250           15.09.1999    - sending back of bad quartets from slaves added
 251                         - bug in quart2num fixed (not used before; was shifted
 252                           by 1)
 253                         - first version of a README added ;-)
 254
 255 4.1.a17   03.08.1999    - Recv-Error in receiving DoPuzzleBlock fixed
 256                         - double freeing of same MPI_Datatype fixed
 257                         - changing of scheduling algorithm to smaller chunks
 258                           in gss -> sgss
 259           13.09.1999    - bug fixed in optimization routine in ml2.c:
 260                           boundary check added
 261
 262 4.1.a16   12.07.1999    - slight changes in verbosity levels
 263                         - changed all printf to FPRINTF(STDOUTFILE to
 264                           change easily from stdout to a file.
 265
 266 4.1.a15   08.07.1999    - scheduler for both parallel parts
 267                         - several small changes
 268
 269 4.1.a14   25.06.1999    - computation of tree parallel, scheduler dependent,
 270                           sending all biparts in one message instead of one
 271                           by one
 272                         - several small changes since a13 in sched.c, et al.
 273
 274 4.1.a13   10.06.1999    - computation of tree parallel (chunk = #trees/#slaves)
 275                         - scheduling schemes implemented for minimum chunk sizes
 276
 277 4.1.a12   07.06.1999    - computation of quartets properly parallel
 278                         - scheduling implemented
 279                         - counting of quartets by slave ajusted
 280                         - TODO: sending of bad quartets (array + list)
 281                         - distinction between '1st user tree' and 'NJ tree'
 282                           in result output removed again
 283
 284 4.1.a11   28.05.1999    - PP_SendDoQuartBlock, PP_RecvDoQuartBlock,
 285                           PP_SendQuartBlock, PP_RecvQuartBlock
 286                         - mallocquartets() changed from global to local
 287                           variables to be more flexible
 288                         - Quartet computation moved to slave (badquartet
 289                           handling missing: output, badquartet vector);
 290                         - distinction between '1st user tree' and 'NJ tree'
 291                           added in result output (puzzle1.c around l.1756)
 292
 293 4.1.a10   20.05.1999    - num2quart, numquarts, quart2num introduced
 294                         - parallel init/finalize, quartets computed on
 295                           master and slave, compared -> equal -> all necessary
 296                           parameter exported
 297
 298 4.1.a9    19.05.1999    - 'dvector forg' removed from onepamratematrix
 299                           cmdline, because it's not used in the function.
 300
 301 4.1.a8    18.05.1999    - add _GAMMA_ (not necessary) to gamma.h and _PUZZLE_
 302                           to puzzle.h to avoid dublicate includes, possible
 303                           due to ppuzzle.h
 304                         - ppuzzle added to makefile and to check
 305                         - 1st parallel version but no slave computations
 306                           only sending parameters and done signals.
 307
 308 4.1.a7    18.05.1999    - export reevaluation of tree and evaluation of
 309                           usertrees to evaluatetree.
 310
 311 4.1.a6    17.05.1999    - -DNEWFORLOOP added to fixed.src, because the changed
 312                           for loop structure changes the sequence of randomized
 313                           quartets during likelihood mapping
 314                         - change 'int main()' to 'int main(argc, argv)'
 315                         - export more functionalities from main:
 316                           memcleanup(), inputandinit(&argc, &argv)
 317                         - grouping if's (excluding eachother) together in
 318                           switch()
 319                         - split treereavaluation and 1st usertree,
 320                           evaluate all usertrees together (TODO: both,
 321                           treereavaluation and usertrees in one loop)
 322                         - MAKE CHECK added to ./makefile
 323
 324 4.1.a5    16.05.1999    - adding ´dvector Brnlength´ to lslength cmdline to
 325                           reduce globality of Brnlength. (Later better to *Tree)
 326
 327 4.1.a4    11.05.1999    - structure of for loops changed in computeallquartets
 328                           and recon_tree, so that the quarted addresses are in
 329                           one contigous sequence (for a<b<c<d). This reduces
 330                           swapping on low memory machines and is easier to
 331                           parallelize.
 332
 333 4.1.a3    07.05.1999    - export likelihood mapping from main to map_lklhd()
 334                         - export tree reconstuction from main to recon_tree()
 335
 336 4.1.a2    06.05.1999    - moving all quartet_(a)lklhd calls to a general
 337                           purpose routine compute_quartlklhds()
 338
 339 4.1.a1   06.05.1999     - Macro constants for typ_optn and puzzlemode
 340                           for better readability.
 341                         - Ring counter for typ_optn and puzzlemode in
 342                           the menu realized with mod (%) instead of IF.
 343                         - Possibility added to switch to a fixed random
 344                           seed (-1) or/and fixed 'random' integers (0)
 345                           by using -DFIXEDRANDSEED and -DFIXEDINTRAND options.
 346
 347