initial commit
[jalview.git] / forester / archive / RIO / others / puzzle_dqo / src / Makefile
1 # Generated automatically from Makefile.in by configure.
2 # Makefile.in generated automatically by automake 1.4 from Makefile.am
3
4 # Copyright (C) 1994, 1995-8, 1999 Free Software Foundation, Inc.
5 # This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
6 # gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
7 # with or without modifications, as long as this notice is preserved.
8
9 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
10 # but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
11 # even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
12 # PARTICULAR PURPOSE.
13
14
15 SHELL = /bin/sh
16
17 srcdir = .
18 top_srcdir = ..
19 prefix = /usr/local
20 exec_prefix = ${prefix}
21
22 bindir = ${exec_prefix}/bin
23 sbindir = ${exec_prefix}/sbin
24 libexecdir = ${exec_prefix}/libexec
25 datadir = ${prefix}/share
26 sysconfdir = ${prefix}/etc
27 sharedstatedir = ${prefix}/com
28 localstatedir = ${prefix}/var
29 libdir = ${exec_prefix}/lib
30 infodir = ${prefix}/info
31 mandir = ${prefix}/man
32 includedir = ${prefix}/include
33 oldincludedir = /usr/include
34
35 DESTDIR =
36
37 pkgdatadir = $(datadir)/tree-puzzle
38 pkglibdir = $(libdir)/tree-puzzle
39 pkgincludedir = $(includedir)/tree-puzzle
40
41 top_builddir = ..
42
43 ACLOCAL = aclocal
44 AUTOCONF = autoconf
45 AUTOMAKE = automake
46 AUTOHEADER = autoheader
47
48 INSTALL = /usr/bin/install -c
49 INSTALL_PROGRAM = ${INSTALL} $(AM_INSTALL_PROGRAM_FLAGS)
50 INSTALL_DATA = ${INSTALL} -m 644
51 INSTALL_SCRIPT = ${INSTALL_PROGRAM}
52 transform = s,x,x,
53
54 NORMAL_INSTALL = :
55 PRE_INSTALL = :
56 POST_INSTALL = :
57 NORMAL_UNINSTALL = :
58 PRE_UNINSTALL = :
59 POST_UNINSTALL = :
60 CC = gcc
61 MAKEINFO = makeinfo
62 MPICC = 
63 MPICC0 = 
64 MPICC1 = 
65 MPICC2 = 
66 MPICC3 = 
67 MPICC4 = 
68 MPICC5 = 
69 MPICFLAGS = 
70 MPIDEFS = 
71 MPILIBS = 
72 PACKAGE = tree-puzzle
73 PPUZZLE = 
74 VERSION = 5.0
75
76 bin_PROGRAMS = puzzle
77
78 puzzle_SOURCES = gamma.c ml1.c ml2.c ml3.c model1.c model2.c puzzle1.c puzzle2.c util.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h 
79 puzzle_LDADD = sgamma.o sml1.o sml2.o sml3.o smodel1.o smodel2.o spuzzle1.o spuzzle2.o sutil.o
80
81 SDEFS = 
82 SCFLAGS = 
83 SLDFLAGS = -lm 
84
85 SCOMPILE = $(CC) $(SDEFS) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(SCFLAGS) $(CFLAGS) 
86 SCCLD = $(CC)
87 SLINK = $(SCCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(SLDFLAGS) $(LDFLAGS)
88
89 PCC = 
90 PDEFS = -DPARALLEL
91 PCFLAGS = 
92 PLDFLAGS = -lm  
93 mkinstalldirs = $(SHELL) $(top_srcdir)/mkinstalldirs
94 CONFIG_CLEAN_FILES =  test
95 PROGRAMS =  $(bin_PROGRAMS)
96
97
98 DEFS =  -DPACKAGE=\"tree-puzzle\" -DVERSION=\"5.0\" -DHAVE_LIBM=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_LIMITS_H=1  -I. -I$(srcdir) 
99 CPPFLAGS = 
100 LDFLAGS = 
101 LIBS = -lm 
102 puzzle_OBJECTS =  gamma.o ml1.o ml2.o ml3.o model1.o model2.o puzzle1.o \
103 puzzle2.o util.o
104 puzzle_DEPENDENCIES =  sgamma.o sml1.o sml2.o sml3.o smodel1.o smodel2.o \
105 spuzzle1.o spuzzle2.o sutil.o
106 puzzle_LDFLAGS = 
107 CFLAGS = -g -O2
108 COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
109 CCLD = $(CC)
110 LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
111 DIST_COMMON =  README Makefile.am Makefile.in test.in
112
113
114 DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(SOURCES) $(HEADERS) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
115
116 TAR = gtar
117 GZIP_ENV = --best
118 SOURCES = $(puzzle_SOURCES)
119 OBJECTS = $(puzzle_OBJECTS)
120
121 all: all-redirect
122 .SUFFIXES:
123 .SUFFIXES: .S .c .o .s
124 $(srcdir)/Makefile.in: Makefile.am $(top_srcdir)/configure.in $(ACLOCAL_M4) 
125         cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu --include-deps src/Makefile
126
127 Makefile: $(srcdir)/Makefile.in  $(top_builddir)/config.status
128         cd $(top_builddir) \
129           && CONFIG_FILES=$(subdir)/$@ CONFIG_HEADERS= $(SHELL) ./config.status
130
131 test: $(top_builddir)/config.status test.in
132         cd $(top_builddir) && CONFIG_FILES=$(subdir)/$@ CONFIG_HEADERS= $(SHELL) ./config.status
133
134 mostlyclean-binPROGRAMS:
135
136 clean-binPROGRAMS:
137         -test -z "$(bin_PROGRAMS)" || rm -f $(bin_PROGRAMS)
138
139 distclean-binPROGRAMS:
140
141 maintainer-clean-binPROGRAMS:
142
143 install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
144         @$(NORMAL_INSTALL)
145         $(mkinstalldirs) $(DESTDIR)$(bindir)
146         @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
147           if test -f $$p; then \
148             echo "  $(INSTALL_PROGRAM) $$p $(DESTDIR)$(bindir)/`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'|sed '$(transform)'|sed 's/$$/$(EXEEXT)/'`"; \
149              $(INSTALL_PROGRAM) $$p $(DESTDIR)$(bindir)/`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'|sed '$(transform)'|sed 's/$$/$(EXEEXT)/'`; \
150           else :; fi; \
151         done
152
153 uninstall-binPROGRAMS:
154         @$(NORMAL_UNINSTALL)
155         list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
156           rm -f $(DESTDIR)$(bindir)/`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'|sed '$(transform)'|sed 's/$$/$(EXEEXT)/'`; \
157         done
158
159 .c.o:
160         $(COMPILE) -c $<
161
162 .s.o:
163         $(COMPILE) -c $<
164
165 .S.o:
166         $(COMPILE) -c $<
167
168 mostlyclean-compile:
169         -rm -f *.o core *.core
170
171 clean-compile:
172
173 distclean-compile:
174         -rm -f *.tab.c
175
176 maintainer-clean-compile:
177
178 tags: TAGS
179
180 ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP)
181         list='$(SOURCES) $(HEADERS)'; \
182         unique=`for i in $$list; do echo $$i; done | \
183           awk '    { files[$$0] = 1; } \
184                END { for (i in files) print i; }'`; \
185         here=`pwd` && cd $(srcdir) \
186           && mkid -f$$here/ID $$unique $(LISP)
187
188 TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) $(LISP)
189         tags=; \
190         here=`pwd`; \
191         list='$(SOURCES) $(HEADERS)'; \
192         unique=`for i in $$list; do echo $$i; done | \
193           awk '    { files[$$0] = 1; } \
194                END { for (i in files) print i; }'`; \
195         test -z "$(ETAGS_ARGS)$$unique$(LISP)$$tags" \
196           || (cd $(srcdir) && etags $(ETAGS_ARGS) $$tags  $$unique $(LISP) -o $$here/TAGS)
197
198 mostlyclean-tags:
199
200 clean-tags:
201
202 distclean-tags:
203         -rm -f TAGS ID
204
205 maintainer-clean-tags:
206
207 distdir = $(top_builddir)/$(PACKAGE)-$(VERSION)/$(subdir)
208
209 subdir = src
210
211 distdir: $(DISTFILES)
212         @for file in $(DISTFILES); do \
213           d=$(srcdir); \
214           if test -d $$d/$$file; then \
215             cp -pr $$d/$$file $(distdir)/$$file; \
216           else \
217             test -f $(distdir)/$$file \
218             || ln $$d/$$file $(distdir)/$$file 2> /dev/null \
219             || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file || :; \
220           fi; \
221         done
222 info-am:
223 info: info-am
224 dvi-am:
225 dvi: dvi-am
226 check-am: all-am
227 check: check-am
228 installcheck-am:
229 installcheck: installcheck-am
230 install-exec-am: install-binPROGRAMS
231 install-exec: install-exec-am
232
233 install-data-am:
234 install-data: install-data-am
235
236 install-am: all-am
237         @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
238 install: install-am
239 uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
240 uninstall: uninstall-am
241 all-am: Makefile $(PROGRAMS)
242 all-redirect: all-am
243 install-strip:
244         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) AM_INSTALL_PROGRAM_FLAGS=-s install
245 installdirs:
246         $(mkinstalldirs)  $(DESTDIR)$(bindir)
247
248
249 mostlyclean-generic:
250
251 clean-generic:
252
253 distclean-generic:
254         -rm -f Makefile $(CONFIG_CLEAN_FILES)
255         -rm -f config.cache config.log stamp-h stamp-h[0-9]*
256
257 maintainer-clean-generic:
258 mostlyclean-am:  mostlyclean-binPROGRAMS mostlyclean-compile \
259                 mostlyclean-tags mostlyclean-generic
260
261 mostlyclean: mostlyclean-am
262
263 clean-am:  clean-binPROGRAMS clean-compile clean-tags clean-generic \
264                 mostlyclean-am
265
266 clean: clean-am
267
268 distclean-am:  distclean-binPROGRAMS distclean-compile distclean-tags \
269                 distclean-generic clean-am
270
271 distclean: distclean-am
272
273 maintainer-clean-am:  maintainer-clean-binPROGRAMS \
274                 maintainer-clean-compile maintainer-clean-tags \
275                 maintainer-clean-generic distclean-am
276         @echo "This command is intended for maintainers to use;"
277         @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
278
279 maintainer-clean: maintainer-clean-am
280
281 .PHONY: mostlyclean-binPROGRAMS distclean-binPROGRAMS clean-binPROGRAMS \
282 maintainer-clean-binPROGRAMS uninstall-binPROGRAMS install-binPROGRAMS \
283 mostlyclean-compile distclean-compile clean-compile \
284 maintainer-clean-compile tags mostlyclean-tags distclean-tags \
285 clean-tags maintainer-clean-tags distdir info-am info dvi-am dvi check \
286 check-am installcheck-am installcheck install-exec-am install-exec \
287 install-data-am install-data install-am install uninstall-am uninstall \
288 all-redirect all-am all installdirs mostlyclean-generic \
289 distclean-generic clean-generic maintainer-clean-generic clean \
290 mostlyclean distclean maintainer-clean
291
292
293 puzzle: $(puzzle_LDADD) $(puzzle_SOURCES)
294         $(SLINK) $(puzzle_LDADD) -o $@
295
296 sml1.o: ml1.c ml.h util.h
297         $(SCOMPILE) -c ml1.c && mv ml1.o $@
298 sml2.o: ml2.c ml.h util.h
299         $(SCOMPILE) -c ml2.c && mv ml2.o $@
300 sml3.o: ml3.c ml.h util.h gamma.h
301         $(SCOMPILE) -c ml3.c && mv ml3.o $@
302 smodel1.o: model1.c ml.h util.h
303         $(SCOMPILE) -c model1.c && mv model1.o $@
304 smodel2.o: model2.c ml.h util.h
305         $(SCOMPILE) -c model2.c && mv model2.o $@
306 spuzzle1.o: puzzle1.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h
307         $(SCOMPILE) -c puzzle1.c && mv puzzle1.o $@
308 spuzzle2.o: puzzle2.c ml.h util.h puzzle.h ppuzzle.h
309         $(SCOMPILE) -c puzzle2.c && mv puzzle2.o $@
310 sutil.o: util.c util.h
311         $(SCOMPILE) -c util.c && mv util.o $@
312 sgamma.o: gamma.c gamma.h util.h
313         $(SCOMPILE) -c gamma.c && mv gamma.o $@
314
315 # Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
316 # Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
317 .NOEXPORT: