forester/archive/RIO/others/puzzle_dqo/src/ppuzzle.h

   1 /*
   2  *   ppuzzle.h
   3  *
   4  *
   5  * Part of TREE-PUZZLE 5.0 (June 2000)
   6  *
   7  * (c) 1999-2000 by Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer,
   8  *                  M. Vingron, and Arndt von Haeseler
   9  * (c) 1995-1999 by Korbinian Strimmer and Arndt von Haeseler
  10  *
  11  * All parts of the source except where indicated are distributed under
  12  * the GNU public licence.  See http://www.opensource.org for details.
  13  */
  14
  15
  16 #ifndef _PPUZZLE_
  17 #define _PPUZZLE_
  18
  19 #include "puzzle.h"
  20 #include "util.h"
  21 #include "ml.h"
  22 #include "sched.h"
  23
  24 extern int PP_IamSlave;
  25 extern int PP_IamMaster;
  26
  27 #ifdef PARALLEL
  28 #    ifdef SEQUENTIAL
  29 #        undef SEQUENTIAL
  30 #    endif
  31 #    define SEQUENTIAL 0
  32 #    undef  PARALLEL
  33 #    define PARALLEL 1
  34 #    include "mpi.h"
  35 #else
  36 #    ifdef SEQUENTIAL
  37 #        undef SEQUENTIAL
  38 #    endif
  39 #    define SEQUENTIAL 1
  40 #    define PARALLEL   0
  41 #    undef PVERBOSE
  42 #    undef PVERBOSE1
  43 #    undef PVERBOSE2
  44 #    undef PVERBOSE3
  45 #endif
  46
  47 /* PVERBOSE3 includes PVERBOSE2 includes PVERBOSE1 */
  48 /* PVERBOSE1 is default (PVERBOSE)                 */
  49
  50 #ifdef PVERBOSE
  51 #    undef  PVERBOSE1
  52 #    define PVERBOSE1
  53 #endif
  54 #ifdef PVERBOSE3
  55 #    undef  PVERBOSE2
  56 #    define PVERBOSE2
  57 #endif
  58 #ifdef PVERBOSE2
  59 #    undef  PVERBOSE1
  60 #    define PVERBOSE1
  61 #endif
  62
  63 #if PARALLEL
  64 #  define PP_DONE             0 /* Finished            M->S */
  65 #  define PP_SIZES               1 /* Array sizes needed  M->S */
  66 #  define PP_DATA                2 /* Data Arrays         M->S */
  67
  68 #  define PP_ALLQUARTS           3 /* All Quartets        M->S */
  69
  70 #  define PP_DOQUART             4 /* do 4Specs           M->S */
  71 #  define PP_DOQUARTX2           5 /* do 4Specs + X^2     M->S */
  72 #  define PP_QUART               6 /* quartet back        S->M */
  73 #  define PP_QUARTX2             7 /* quartet + X^2 back  S->M */
  74
  75 #  define PP_DOQUARTBLOCKSPECS   8 /* do block Specs      M->S */
  76 #  define PP_DOQUARTBLOCK        9 /* do block of Quarts  M->S */
  77 #  define PP_QUARTBLOCKSPECS    10 /* block Specs         S->M */
  78 #  define PP_QUARTBLOCK         11 /* block of Quarts     S->M */
  79
  80 #  define PP_DOPUZZLE           12 /* do Puzzling step    M->S */
  81 #  define PP_PUZZLE             13 /* Puzzling tree back  S->M */
  82 #  define PP_DOPUZZLEBLOCK      14 /* do Puzzling block   M->S */
  83 #  define PP_DOPUZZLEBLOCKSPECS 15 /* do Puzzling block   M->S */
  84 #  define PP_PUZZLEBLOCK        16 /* Puzzling block      S->M */
  85 #  define PP_PUZZLEBLOCKSPECS   17 /* Puzzling block      S->M */
  86
  87 #  define PP_STATS              18 /* Slave Statistics    S->M */
  88
  89 #  define PP_WAIT               18 /* waiting for work    S->M */
  90 #  define PP_TEST              100 /* testing                  */
  91
  92 #  define PERMUTQUEUESIZE 100
  93 #  define QUARTQUEUESIZE 100
  94
  95    extern int      PP_IamMaster;
  96    extern int      PP_IamSlave;
  97    extern int      PP_Myid;
  98    extern int      PP_MyMaster;
  99    extern int      PP_NumProcs;
 100    extern MPI_Comm PP_Comm;
 101 #endif /* PARALLEL */
 102
 103 extern int *permutsent,
 104            *permutrecved,
 105            *quartsent,
 106            *quartrecved,
 107            *doquartsent,
 108            *doquartrecved,
 109            *splitsent,
 110            *splitrecved,
 111            *permutsentn,
 112            *permutrecvedn,
 113            *quartsentn,
 114            *quartrecvedn,
 115            *doquartsentn,
 116            *doquartrecvedn,
 117            *splitsentn,
 118            *splitrecvedn;
 119 extern double *walltimes,
 120               *cputimes;
 121 extern double *fullwalltimes,
 122               *fullcputimes;
 123 extern double *altwalltimes,
 124               *altcputimes;
 125
 126 extern int PP_permutsent,
 127            PP_permutrecved,
 128            PP_quartsent,
 129            PP_quartrecved,
 130            PP_doquartsent,
 131            PP_doquartrecved,
 132            PP_splitsent,
 133            PP_splitrecved,
 134            PP_permutsentn,
 135            PP_permutrecvedn,
 136            PP_quartsentn,
 137            PP_quartrecvedn,
 138            PP_doquartsentn,
 139            PP_doquartrecvedn,
 140            PP_splitsentn,
 141            PP_splitrecvedn;
 142
 143 extern double PP_starttime,
 144        PP_stoptime,
 145        PP_inittime,
 146        PP_paramcomptime,
 147        PP_paramsendtime,
 148        PP_quartcomptime,
 149        PP_quartsendtime,
 150        PP_puzzletime,
 151        PP_treetime;
 152
 153 void num2quart(uli qnum, int *a, int *b, int *c, int *d);
 154 uli numquarts(int maxspc);
 155 uli quart2num (int a, int b, int c, int d);
 156
 157 int  slave_main(int argc, char *argv[]);
 158 void PP_Init(int *argc, char **argv[]);
 159 void PP_Finalize();
 160 void PP_Printerror(FILE *of, int id, int err);
 161 void PP_do_puzzling(ivector trueID);
 162
 163 void PP_RecvDoQuart(int  *a,
 164                   int    *b,
 165                   int    *c,
 166                   int    *d,
 167                   int    *approx);
 168 void PP_SendDoQuart(int    dest,
 169                   int    a,
 170                   int    b,
 171                   int    c,
 172                   int    d,
 173                   int    approx);
 174 void PP_RecvQuart(int    *a,
 175                   int    *b,
 176                   int    *c,
 177                   int    *d,
 178                   double *d1,
 179                   double *d2,
 180                   double *d3,
 181                   int    *approx);
 182 void PP_SendQuart(int    a,
 183                   int    b,
 184                   int    c,
 185                   int    d,
 186                   double d1,
 187                   double d2,
 188                   double d3,
 189                   int    approx);
 190 void PP_SendSizes(int    mspc,
 191                   int    msite,
 192                   int    ncats,
 193                   int    nptrn,
 194                   int    rad,
 195                   int    outgr,
 196                   double frconst,
 197                   int    rseed);
 198 void PP_RecvSizes(int    *mspc,
 199                   int    *msite,
 200                   int    *ncats,
 201                   int    *nptrn,
 202                   int    *rad,
 203                   int    *outgr,
 204                   double *frconst,
 205                   int    *rseed);
 206 void PP_RecvData(
 207         cmatrix Seqpat,           /* cmatrix (Maxspc x Numptrn)             */
 208         ivector Alias,            /* ivector (Maxsite)                      */
 209         ivector Weight,           /* ivector (Numptrn)                      */
 210         ivector constpat,
 211         dvector Rates,            /* dvector (numcats)                      */
 212         dvector Eval,             /* dvector (tpmradix)                     */
 213         dvector Freqtpm,
 214         dmatrix Evec,             /* dmatrix (tpmradix x tpmradix)          */
 215         dmatrix Ievc,
 216         dmatrix iexp,
 217         dmatrix Distanmat,        /* dmatrix (Maxspc x Maxspc)              */
 218         dcube   ltprobr);          /* dcube (numcats x tpmradix x tpmradix)  */
 219 void PP_SendData(
 220         cmatrix Seqpat,           /* cmatrix (Maxspc x Numptrn)             */
 221         ivector Alias,            /* ivector (Maxsite)                      */
 222         ivector Weight,           /* ivector (Numptrn)                      */
 223         ivector constpat,
 224         dvector Rates,            /* dvector (numcats)                      */
 225         dvector Eval,             /* dvector (tpmradix)                     */
 226         dvector Freqtpm,
 227         dmatrix Evec,             /* dmatrix (tpmradix x tpmradix)          */
 228         dmatrix Ievc,
 229         dmatrix iexp,
 230         dmatrix Distanmat,        /* dmatrix (Maxspc x Maxspc)              */
 231         dcube   ltprobr);          /* dcube (numcats x tpmradix x tpmradix)  */
 232 void PP_SendAllQuarts(unsigned long  Numquartets,
 233                       unsigned char *quartetinfo);
 234 void PP_RecvAllQuarts(int            taxa,
 235                       unsigned long *Numquartets,
 236                       unsigned char *quartetinfo);
 237
 238 void PP_SendDoQuartBlock(int dest, uli firstq, uli amount, int approx);
 239 void PP_RecvDoQuartBlock(uli *firstq, uli *amount, uli **bq, int *approx);
 240 void PP_SendQuartBlock(uli startq,
 241                        uli numofq,
 242                        unsigned char *quartetinfo,
 243                        uli  numofbq,
 244                        uli *bq,
 245                        int approx);
 246 void PP_RecvQuartBlock(int slave,
 247                        uli *startq,
 248                        uli *numofq,
 249                        unsigned char *quartetinfo,
 250                        int *approx);
 251
 252 void PP_SendPermut(int      dest,
 253                    int      taxa,
 254                    ivector  permut);
 255 void PP_RecvPermut(int      taxa,
 256                    ivector  permut);
 257 void PP_SendDoPermutBlock(uli puzzlings);
 258 void PP_RecvDoPermutBlock(uli *taxa);
 259
 260 void PP_SendSplits(int      taxa,
 261                    cmatrix  biparts);
 262 void PP_RecvSplits(int      taxa,
 263                    cmatrix  biparts);
 264 void PP_SendDone();
 265 void PP_RecvDone();
 266
 267 int PP_emptyslave();
 268 void PP_putslave(int sl);
 269 int PP_getslave();
 270
 271 void PP_cmpd(int rank, double a, double b);
 272 void PP_cmpi(int rank, int a, int b);
 273
 274 #endif /* _PPUZZLE_ */