initial commit
[jalview.git] / forester / archive / RIO / others / puzzle_mod / src / 00README
1 Modifications by Christian Zmasek
2 ---------------------------------
3
4
5 !WARNING: Use this modified version of TREE-PUZZLE 5.0 ONLY
6  together with FORESTER/RIO!
7
8 !For all other puposes download the excellent original!
9
10
11 Changes:
12 --------
13
14
15 puzzle1.c: void putdistance(FILE *fp):
16
17 remove: "/* seven in one row */
18          if ((j + 1) % 7 == 0 && j+1 != Maxspc)
19             fprintf(fp, "\n          ");"
20
21
22
23
24
25 puzzle1.c: int main(int argc, char *argv[]):
26
27 remove:
28 "FPRINTF(STDOUTFILE "Writing parameters to file %s\n", OUTFILE);
29  openfiletowrite(&ofp, OUTFILE, "general output");
30  writeoutputfile(ofp,WRITEPARAMS);
31  fclose(ofp);"
32
33 "openfiletoappend(&ofp, OUTFILE, "general output");
34  writeoutputfile(ofp,WRITEREST);"
35
36 "openfiletoappend(&ofp, OUTFILE, "general output");
37  writeoutputfile(ofp,WRITEREST);"
38
39 "openfiletoappend(&ofp, OUTFILE, "general output");
40  writeoutputfile(ofp,WRITEREST);"
41
42 "timestamp(ofp);
43  closefile(ofp);"
44
45
46
47
48 puzzle2.c: void getsizesites(FILE *ifp):
49
50 257 -> 8000
51
52
53
54 puzzle2.c: void readid(FILE *infp, int t):
55
56 for (i = 0; i < 10; i++) {                   -> for (i = 0; i < 26; i++) {
57
58 for (i = 9; i > -1; i--) {                   -> for (i = 25; i > -1; i--) {
59
60 for (j = 0; (j < 10) && (flag == TRUE); j++) -> for (j = 0; (j < 26) && (flag == TRUE); j++)
61
62
63
64 puzzle2.c: void initid(int t):
65
66 Identif = new_cmatrix(t, 10);                -> Identif = new_cmatrix(t, 26);
67
68 for (j = 0; j < 10; j++)                     -> for (j = 0; j < 26; j++)
69
70
71
72 puzzle2.c: fputid10(FILE *ofp, int t):
73  
74 for (i = 0; i < 10; i++)                     -> for (i = 0; i < 26; i++)
75
76
77
78 puzzle2.c: int fputid(FILE *ofp, int t):
79
80 while (Identif[t][i] != ' ' && i < 10) {     -> while (Identif[t][i] != ' ' && i < 26) {
81
82
83
84
85 ml2.c: Node *internalnode(Tree *tr, char **chpp, int *ninode):
86
87 char ident[100], idcomp[11];                 -> char ident[100], idcomp[27];
88
89 idcomp[10] = '\0';                           -> idcomp[26] = '\0';
90
91 } while (!stop && (ff != 10));               -> } while (!stop && (ff != 26)); 
92
93
94
95
96
97