initial commit
[jalview.git] / forester / archive / RIO / others / puzzle_mod / src / Makefile
1 # Generated automatically from Makefile.in by configure.
2 # Makefile.in generated automatically by automake 1.4 from Makefile.am
3
4 # Copyright (C) 1994, 1995-8, 1999 Free Software Foundation, Inc.
5 # This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
6 # gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
7 # with or without modifications, as long as this notice is preserved.
8
9 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
10 # but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
11 # even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
12 # PARTICULAR PURPOSE.
13
14
15 SHELL = /bin/sh
16
17 srcdir = .
18 top_srcdir = ..
19 prefix = /usr/local
20 exec_prefix = ${prefix}
21
22 bindir = ${exec_prefix}/bin
23 sbindir = ${exec_prefix}/sbin
24 libexecdir = ${exec_prefix}/libexec
25 datadir = ${prefix}/share
26 sysconfdir = ${prefix}/etc
27 sharedstatedir = ${prefix}/com
28 localstatedir = ${prefix}/var
29 libdir = ${exec_prefix}/lib
30 infodir = ${prefix}/info
31 mandir = ${prefix}/man
32 includedir = ${prefix}/include
33 oldincludedir = /usr/include
34
35 DESTDIR =
36
37 pkgdatadir = $(datadir)/tree-puzzle
38 pkglibdir = $(libdir)/tree-puzzle
39 pkgincludedir = $(includedir)/tree-puzzle
40
41 top_builddir = ..
42
43 ACLOCAL = aclocal
44 AUTOCONF = autoconf
45 AUTOMAKE = automake
46 AUTOHEADER = autoheader
47
48 INSTALL = /usr/bin/install -c
49 INSTALL_PROGRAM = ${INSTALL} $(AM_INSTALL_PROGRAM_FLAGS)
50 INSTALL_DATA = ${INSTALL} -m 644
51 INSTALL_SCRIPT = ${INSTALL_PROGRAM}
52 transform = s,x,x,
53
54 NORMAL_INSTALL = :
55 PRE_INSTALL = :
56 POST_INSTALL = :
57 NORMAL_UNINSTALL = :
58 PRE_UNINSTALL = :
59 POST_UNINSTALL = :
60 CC = gcc
61 MAKEINFO = makeinfo
62 MPICC = 
63 MPICC0 = 
64 MPICC1 = 
65 MPICC2 = 
66 MPICC3 = 
67 MPICC4 = 
68 MPICC5 = 
69 MPICFLAGS = 
70 MPIDEFS = 
71 MPILIBS = 
72 PACKAGE = tree-puzzle
73 PPUZZLE = 
74 VERSION = 5.0
75
76 bin_PROGRAMS = puzzle 
77 EXTRA_PROGRAMS = ppuzzle
78
79 puzzle_SOURCES = gamma.c ml1.c ml2.c ml3.c model1.c model2.c puzzle1.c puzzle2.c util.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h 
80 puzzle_LDADD = sgamma.o sml1.o sml2.o sml3.o smodel1.o smodel2.o spuzzle1.o spuzzle2.o sutil.o
81
82 SDEFS = 
83 SCFLAGS = 
84 SLDFLAGS = -lm 
85
86 SCOMPILE = $(CC) $(SDEFS) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(SCFLAGS) $(CFLAGS) 
87 SCCLD = $(CC)
88 SLINK = $(SCCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(SLDFLAGS) $(LDFLAGS)
89
90 ppuzzle_SOURCES = gamma.c ml1.c ml2.c ml3.c model1.c model2.c puzzle1.c puzzle2.c sched.c util.c ppuzzle.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h sched.h
91 ppuzzle_LDADD = pgamma.o pml1.o pml2.o pml3.o pmodel1.o pmodel2.o ppuzzle1.o ppuzzle2.o psched.o putil.o ppuzzle.o
92
93 PCC = 
94 PDEFS = -DPARALLEL
95 PCFLAGS = 
96 PLDFLAGS = -lm  
97
98 PCOMPILE = $(PCC) $(PDEFS) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(PCFLAGS) $(CFLAGS) 
99 PCCLD = $(PCC)
100 PLINK = $(PCCLD) $(AM_CFLAGS) $(PCFLAGS) $(CFLAGS) $(PLDFLAGS) $(LDFLAGS)
101 mkinstalldirs = $(SHELL) $(top_srcdir)/mkinstalldirs
102 CONFIG_CLEAN_FILES =  test
103 PROGRAMS =  $(bin_PROGRAMS)
104
105
106 DEFS =  -DPACKAGE=\"tree-puzzle\" -DVERSION=\"5.0\" -DHAVE_LIBM=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_LIMITS_H=1  -I. -I$(srcdir) 
107 CPPFLAGS = 
108 LDFLAGS = 
109 LIBS = -lm 
110 ppuzzle_OBJECTS =  gamma.o ml1.o ml2.o ml3.o model1.o model2.o puzzle1.o \
111 puzzle2.o sched.o util.o ppuzzle.o
112 ppuzzle_DEPENDENCIES =  pgamma.o pml1.o pml2.o pml3.o pmodel1.o \
113 pmodel2.o ppuzzle1.o ppuzzle2.o psched.o putil.o ppuzzle.o
114 ppuzzle_LDFLAGS = 
115 puzzle_OBJECTS =  gamma.o ml1.o ml2.o ml3.o model1.o model2.o puzzle1.o \
116 puzzle2.o util.o
117 puzzle_DEPENDENCIES =  sgamma.o sml1.o sml2.o sml3.o smodel1.o smodel2.o \
118 spuzzle1.o spuzzle2.o sutil.o
119 puzzle_LDFLAGS = 
120 CFLAGS = -g -O2
121 COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
122 CCLD = $(CC)
123 LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
124 DIST_COMMON =  README Makefile.am Makefile.in test.in
125
126
127 DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(SOURCES) $(HEADERS) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
128
129 TAR = gtar
130 GZIP_ENV = --best
131 SOURCES = $(ppuzzle_SOURCES) $(puzzle_SOURCES)
132 OBJECTS = $(ppuzzle_OBJECTS) $(puzzle_OBJECTS)
133
134 all: all-redirect
135 .SUFFIXES:
136 .SUFFIXES: .S .c .o .s
137 $(srcdir)/Makefile.in: Makefile.am $(top_srcdir)/configure.in $(ACLOCAL_M4) 
138         cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --gnu --include-deps src/Makefile
139
140 Makefile: $(srcdir)/Makefile.in  $(top_builddir)/config.status
141         cd $(top_builddir) \
142           && CONFIG_FILES=$(subdir)/$@ CONFIG_HEADERS= $(SHELL) ./config.status
143
144 test: $(top_builddir)/config.status test.in
145         cd $(top_builddir) && CONFIG_FILES=$(subdir)/$@ CONFIG_HEADERS= $(SHELL) ./config.status
146
147 mostlyclean-binPROGRAMS:
148
149 clean-binPROGRAMS:
150         -test -z "$(bin_PROGRAMS)" || rm -f $(bin_PROGRAMS)
151
152 distclean-binPROGRAMS:
153
154 maintainer-clean-binPROGRAMS:
155
156 install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
157         @$(NORMAL_INSTALL)
158         $(mkinstalldirs) $(DESTDIR)$(bindir)
159         @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
160           if test -f $$p; then \
161             echo "  $(INSTALL_PROGRAM) $$p $(DESTDIR)$(bindir)/`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'|sed '$(transform)'|sed 's/$$/$(EXEEXT)/'`"; \
162              $(INSTALL_PROGRAM) $$p $(DESTDIR)$(bindir)/`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'|sed '$(transform)'|sed 's/$$/$(EXEEXT)/'`; \
163           else :; fi; \
164         done
165
166 uninstall-binPROGRAMS:
167         @$(NORMAL_UNINSTALL)
168         list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
169           rm -f $(DESTDIR)$(bindir)/`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'|sed '$(transform)'|sed 's/$$/$(EXEEXT)/'`; \
170         done
171
172 .c.o:
173         $(COMPILE) -c $<
174
175 .s.o:
176         $(COMPILE) -c $<
177
178 .S.o:
179         $(COMPILE) -c $<
180
181 mostlyclean-compile:
182         -rm -f *.o core *.core
183
184 clean-compile:
185
186 distclean-compile:
187         -rm -f *.tab.c
188
189 maintainer-clean-compile:
190
191 tags: TAGS
192
193 ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP)
194         list='$(SOURCES) $(HEADERS)'; \
195         unique=`for i in $$list; do echo $$i; done | \
196           awk '    { files[$$0] = 1; } \
197                END { for (i in files) print i; }'`; \
198         here=`pwd` && cd $(srcdir) \
199           && mkid -f$$here/ID $$unique $(LISP)
200
201 TAGS:  $(HEADERS) $(SOURCES)  $(TAGS_DEPENDENCIES) $(LISP)
202         tags=; \
203         here=`pwd`; \
204         list='$(SOURCES) $(HEADERS)'; \
205         unique=`for i in $$list; do echo $$i; done | \
206           awk '    { files[$$0] = 1; } \
207                END { for (i in files) print i; }'`; \
208         test -z "$(ETAGS_ARGS)$$unique$(LISP)$$tags" \
209           || (cd $(srcdir) && etags $(ETAGS_ARGS) $$tags  $$unique $(LISP) -o $$here/TAGS)
210
211 mostlyclean-tags:
212
213 clean-tags:
214
215 distclean-tags:
216         -rm -f TAGS ID
217
218 maintainer-clean-tags:
219
220 distdir = $(top_builddir)/$(PACKAGE)-$(VERSION)/$(subdir)
221
222 subdir = src
223
224 distdir: $(DISTFILES)
225         @for file in $(DISTFILES); do \
226           d=$(srcdir); \
227           if test -d $$d/$$file; then \
228             cp -pr $$d/$$file $(distdir)/$$file; \
229           else \
230             test -f $(distdir)/$$file \
231             || ln $$d/$$file $(distdir)/$$file 2> /dev/null \
232             || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file || :; \
233           fi; \
234         done
235 info-am:
236 info: info-am
237 dvi-am:
238 dvi: dvi-am
239 check-am: all-am
240 check: check-am
241 installcheck-am:
242 installcheck: installcheck-am
243 install-exec-am: install-binPROGRAMS
244 install-exec: install-exec-am
245
246 install-data-am:
247 install-data: install-data-am
248
249 install-am: all-am
250         @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
251 install: install-am
252 uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
253 uninstall: uninstall-am
254 all-am: Makefile $(PROGRAMS)
255 all-redirect: all-am
256 install-strip:
257         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) AM_INSTALL_PROGRAM_FLAGS=-s install
258 installdirs:
259         $(mkinstalldirs)  $(DESTDIR)$(bindir)
260
261
262 mostlyclean-generic:
263
264 clean-generic:
265
266 distclean-generic:
267         -rm -f Makefile $(CONFIG_CLEAN_FILES)
268         -rm -f config.cache config.log stamp-h stamp-h[0-9]*
269
270 maintainer-clean-generic:
271 mostlyclean-am:  mostlyclean-binPROGRAMS mostlyclean-compile \
272                 mostlyclean-tags mostlyclean-generic
273
274 mostlyclean: mostlyclean-am
275
276 clean-am:  clean-binPROGRAMS clean-compile clean-tags clean-generic \
277                 mostlyclean-am
278
279 clean: clean-am
280
281 distclean-am:  distclean-binPROGRAMS distclean-compile distclean-tags \
282                 distclean-generic clean-am
283
284 distclean: distclean-am
285
286 maintainer-clean-am:  maintainer-clean-binPROGRAMS \
287                 maintainer-clean-compile maintainer-clean-tags \
288                 maintainer-clean-generic distclean-am
289         @echo "This command is intended for maintainers to use;"
290         @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
291
292 maintainer-clean: maintainer-clean-am
293
294 .PHONY: mostlyclean-binPROGRAMS distclean-binPROGRAMS clean-binPROGRAMS \
295 maintainer-clean-binPROGRAMS uninstall-binPROGRAMS install-binPROGRAMS \
296 mostlyclean-compile distclean-compile clean-compile \
297 maintainer-clean-compile tags mostlyclean-tags distclean-tags \
298 clean-tags maintainer-clean-tags distdir info-am info dvi-am dvi check \
299 check-am installcheck-am installcheck install-exec-am install-exec \
300 install-data-am install-data install-am install uninstall-am uninstall \
301 all-redirect all-am all installdirs mostlyclean-generic \
302 distclean-generic clean-generic maintainer-clean-generic clean \
303 mostlyclean distclean maintainer-clean
304
305
306 puzzle: $(puzzle_LDADD) $(puzzle_SOURCES)
307         $(SLINK) $(puzzle_LDADD) -o $@
308
309 sml1.o: ml1.c ml.h util.h
310         $(SCOMPILE) -c ml1.c && mv ml1.o $@
311 sml2.o: ml2.c ml.h util.h
312         $(SCOMPILE) -c ml2.c && mv ml2.o $@
313 sml3.o: ml3.c ml.h util.h gamma.h
314         $(SCOMPILE) -c ml3.c && mv ml3.o $@
315 smodel1.o: model1.c ml.h util.h
316         $(SCOMPILE) -c model1.c && mv model1.o $@
317 smodel2.o: model2.c ml.h util.h
318         $(SCOMPILE) -c model2.c && mv model2.o $@
319 spuzzle1.o: puzzle1.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h
320         $(SCOMPILE) -c puzzle1.c && mv puzzle1.o $@
321 spuzzle2.o: puzzle2.c ml.h util.h puzzle.h ppuzzle.h
322         $(SCOMPILE) -c puzzle2.c && mv puzzle2.o $@
323 sutil.o: util.c util.h
324         $(SCOMPILE) -c util.c && mv util.o $@
325 sgamma.o: gamma.c gamma.h util.h
326         $(SCOMPILE) -c gamma.c && mv gamma.o $@
327
328 ppuzzle: $(ppuzzle_LDADD) $(ppuzzle_SOURCES)
329         $(PLINK) $(ppuzzle_LDADD) -o $@
330
331 pml1.o: ml1.c ml.h util.h
332         $(PCOMPILE) -c ml1.c && mv ml1.o $@
333 pml2.o: ml2.c ml.h util.h
334         $(PCOMPILE) -c ml2.c && mv ml2.o $@
335 pml3.o: ml3.c ml.h util.h gamma.h
336         $(PCOMPILE) -c ml3.c && mv ml3.o $@
337 pmodel1.o: model1.c ml.h util.h
338         $(PCOMPILE) -c model1.c && mv model1.o $@
339 pmodel2.o: model2.c ml.h util.h
340         $(PCOMPILE) -c model2.c && mv model2.o $@
341 ppuzzle1.o: puzzle1.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h
342         $(PCOMPILE) -c puzzle1.c && mv puzzle1.o $@
343 ppuzzle2.o: puzzle2.c ml.h util.h puzzle.h ppuzzle.h
344         $(PCOMPILE) -c puzzle2.c && mv puzzle2.o $@
345 putil.o: util.c util.h
346         $(PCOMPILE) -c util.c && mv util.o $@
347 pgamma.o: gamma.c gamma.h util.h
348         $(PCOMPILE) -c gamma.c && mv gamma.o $@
349 psched.o: sched.c sched.h ppuzzle.h 
350         $(PCOMPILE) -c sched.c && mv sched.o $@
351 ppuzzle.o: ppuzzle.c ppuzzle.h ml.h util.h puzzle.h gamma.h sched.h
352         $(PCOMPILE) -c ppuzzle.c 
353
354 # Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
355 # Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
356 .NOEXPORT: