initial commit
[jalview.git] / forester / archive / RIO / others / puzzle_mod / src / Makefile.am
1 bin_PROGRAMS = puzzle @PPUZZLE@
2 EXTRA_PROGRAMS = ppuzzle
3
4 puzzle_SOURCES = gamma.c ml1.c ml2.c ml3.c model1.c model2.c puzzle1.c puzzle2.c util.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h 
5 puzzle_LDADD = sgamma.o sml1.o sml2.o sml3.o smodel1.o smodel2.o spuzzle1.o spuzzle2.o sutil.o
6
7 SDEFS =
8 SCFLAGS = 
9 SLDFLAGS = @LIBS@
10
11 SCOMPILE = $(CC) $(SDEFS) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(SCFLAGS) $(CFLAGS) 
12 SCCLD = $(CC)
13 SLINK = $(SCCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(SLDFLAGS) $(LDFLAGS)
14
15 ppuzzle_SOURCES = gamma.c ml1.c ml2.c ml3.c model1.c model2.c puzzle1.c puzzle2.c sched.c util.c ppuzzle.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h sched.h
16 ppuzzle_LDADD = pgamma.o pml1.o pml2.o pml3.o pmodel1.o pmodel2.o ppuzzle1.o ppuzzle2.o psched.o putil.o ppuzzle.o
17
18 PCC = @MPICC@
19 PDEFS = -DPARALLEL
20 PCFLAGS = 
21 PLDFLAGS = @LIBS@ @MPILIBS@
22
23 PCOMPILE = $(PCC) $(PDEFS) $(DEFS) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(PCFLAGS) $(CFLAGS) 
24 PCCLD = $(PCC)
25 PLINK = $(PCCLD) $(AM_CFLAGS) $(PCFLAGS) $(CFLAGS) $(PLDFLAGS) $(LDFLAGS)
26
27  
28 puzzle: $(puzzle_LDADD) $(puzzle_SOURCES)
29         $(SLINK) $(puzzle_LDADD) -o $@
30
31 sml1.o: ml1.c ml.h util.h
32         $(SCOMPILE) -c ml1.c && mv ml1.o $@
33 sml2.o: ml2.c ml.h util.h
34         $(SCOMPILE) -c ml2.c && mv ml2.o $@
35 sml3.o: ml3.c ml.h util.h gamma.h
36         $(SCOMPILE) -c ml3.c && mv ml3.o $@
37 smodel1.o: model1.c ml.h util.h
38         $(SCOMPILE) -c model1.c && mv model1.o $@
39 smodel2.o: model2.c ml.h util.h
40         $(SCOMPILE) -c model2.c && mv model2.o $@
41 spuzzle1.o: puzzle1.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h
42         $(SCOMPILE) -c puzzle1.c && mv puzzle1.o $@
43 spuzzle2.o: puzzle2.c ml.h util.h puzzle.h ppuzzle.h
44         $(SCOMPILE) -c puzzle2.c && mv puzzle2.o $@
45 sutil.o: util.c util.h
46         $(SCOMPILE) -c util.c && mv util.o $@
47 sgamma.o: gamma.c gamma.h util.h
48         $(SCOMPILE) -c gamma.c && mv gamma.o $@
49
50
51
52 ppuzzle: $(ppuzzle_LDADD) $(ppuzzle_SOURCES)
53         $(PLINK) $(ppuzzle_LDADD) -o $@
54
55 pml1.o: ml1.c ml.h util.h
56         $(PCOMPILE) -c ml1.c && mv ml1.o $@
57 pml2.o: ml2.c ml.h util.h
58         $(PCOMPILE) -c ml2.c && mv ml2.o $@
59 pml3.o: ml3.c ml.h util.h gamma.h
60         $(PCOMPILE) -c ml3.c && mv ml3.o $@
61 pmodel1.o: model1.c ml.h util.h
62         $(PCOMPILE) -c model1.c && mv model1.o $@
63 pmodel2.o: model2.c ml.h util.h
64         $(PCOMPILE) -c model2.c && mv model2.o $@
65 ppuzzle1.o: puzzle1.c ml.h util.h puzzle.h gamma.h ppuzzle.h
66         $(PCOMPILE) -c puzzle1.c && mv puzzle1.o $@
67 ppuzzle2.o: puzzle2.c ml.h util.h puzzle.h ppuzzle.h
68         $(PCOMPILE) -c puzzle2.c && mv puzzle2.o $@
69 putil.o: util.c util.h
70         $(PCOMPILE) -c util.c && mv util.o $@
71 pgamma.o: gamma.c gamma.h util.h
72         $(PCOMPILE) -c gamma.c && mv gamma.o $@
73 psched.o: sched.c sched.h ppuzzle.h 
74         $(PCOMPILE) -c sched.c && mv sched.o $@
75 ppuzzle.o: ppuzzle.c ppuzzle.h ml.h util.h puzzle.h gamma.h sched.h
76         $(PCOMPILE) -c ppuzzle.c 
77