forester/archive/perl/00README

   1 Overview of the Perl scripts in this directory
   2 ----------------------------------------------
   3
   4 This directory contains a collection of (mostly horrible)
   5 Perl scripts. Some of them are still maintained, such as
   6 phylo_pl.pl.
   7
   8 Some of the scripts in this directory relay heavily
   9 on forester.pm.
  10
  11
  12
  13 RIO pipeline:
  14 - rio.pl
  15 - makeTree.pl
  16 - p7extract.pl
  17 - multifetch.pl
  18
  19
  20 Running a parallelized RIO web server:
  21 - nph-riowebserver
  22 - rio_slave.pl
  23 - rio_slave_driver.pl
  24 - queue.pm
  25
  26
  27 To prepare data to be used by RIO:
  28 - bootstrap_cz.pl
  29 - pfam2slx.pl
  30 - extractSWISS-PROT.pl
  31 - extractTrembl.pl
  32 - pfam2pwd.pl
  33
  34
  35 To run multiple RIO analyses in an automated fashion:
  36 - Xrio.pl
  37
  38
  39 To analyze RIO results (of Xrio.pl runs):
  40 - bootstrapCounter.pl
  41 - bootstrapSelector.pl
  42 - diffFinder3.pl
  43
  44
  45 Counting of species in SWISS-PROT and TrEMBL:
  46 - countSpeciesSPTrEMBL.pl
  47
  48