forester/archive/perl/Xrio.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2 #
   3 # Xrio.pl
   4 # -------
   5 # Copyright (C) 1999-2001 Washington University School of Medicine
   6 # and Howard Hughes Medical Institute
   7 # All rights reserved
   8 #
   9 # Author: Christian M. Zmasek
  10 #         zmasek@genetics.wustl.edu
  11 #         http://www.genetics.wustl.edu/eddy/people/zmasek/
  12 #
  13 # Created: 03/01/01
  14 #
  15 # Last modified 06/22/01
  16
  17
  18 # Objective. Runs "rio.pl" for each Pfam assignment in "infile".
  19 #
  20 # Usage. rio.pl <infile> <species names file> <output directory> <outfile> <logfile>
  21 #
  22 # species names file: list of species to use for analysis.
  23 #
  24 # This version uses the CE number as identifier for output files.\n";
  25 #
  26 # Format for infile:
  27 #
  28 #  >>3R5.2 CE19648    (CAMBRIDGE) TR:Q9XWB1 protein_id:CAA21778.1
  29 #  //
  30 #
  31 #  >>4R79.1 CE19649   Zinc-binding metalloprotease domain (CAMBRIDGE) protein_id:CAB63429.1
  32 #  =Astacin  Astacin (Peptidase family M12A)                296.3    3.8e-85   1
  33 #  //
  34 #
  35 #  >>4R79.2 CE19650   Ras family (CAMBRIDGE) TR:Q9XXA4 protein_id:CAA20282.1
  36 #  =ras           Ras family                                208.8    8.1e-59   1
  37 #  =FA_desaturase Fatty acid desaturase                       4.5        1.5   1
  38 #  =UPF0117       Domain of unknown function DUF36            3.1        3.5   1
  39 #  =arf           ADP-ribosylation factor family            -46.0    1.5e-05   1
  40 #  //
  41 #
  42 #
  43 #
  44
  45 # Xrio.pl /nfs/wol2/people/zmasek/wormpep43_hmmpfam6.2/wormpep43_Hmmpfam_6.2 /nfs/wol2/people/zmasek/species_trees/tree_of_life_bin_1-4_species_list /nfs/wol2/people/zmasek/XrioTEST3 /nfs/wol2/people/zmasek/XrioTEST3/OUTFILE1 /nfs/wol2/people/zmasek/XrioTEST3/LOG1
  46
  47
  48
  49
  50
  51 use strict;
  52
  53 use FindBin;
  54 use lib $FindBin::Bin;
  55 use rio_module;
  56
  57    $RIO_PL                  = "rio.pl";
  58 my $VERSION                 = "3.000";
  59
  60 my $FASTA_DB                = "/nfs/wol2/people/zmasek/DB/wormpep/wormpep43";
  61 my $QUERY_SPECIES           = "CAEEL";
  62 my $SPECIES_TREE            = $SPECIES_TREE_FILE_DEFAULT;
  63
  64 my $RIOPL_OPTIONS           = "T=B P=6 L=0 R=0 U=80 V=0 X=2 Y=2 Z=2 C E I";
  65
  66 my $TEMP_DIR                = "/tmp/Xriopl";  # Where all the temp files, etc will be created.
  67
  68 my %Species_names_hash      = ();
  69
  70 my $infile                  = "";
  71 my $outfile                 = ""; # Huge file of all rio outputs.
  72 my $logfile                 = ""; # Lists all sequences which have been analyzed successfully.
  73 my $output_directory        = "";
  74 my $species_names_file      = "";
  75
  76
  77 my $return_line             = "";
  78 my $ID                      = "";
  79 my $pfam_name               = "";
  80 my $E_value                 = 0;
  81 my $score                   = 0;
  82 my $GA                      = 0;
  83 my $temp_dir                = "";
  84 my $outname                 = "";
  85 my %outnames                = ();
  86 my $seqs                    = 0;
  87 my $ii                      = 0;
  88 my $time                    = 0;
  89 my $successful              = 0;
  90 my $query_not_aligned       = 0;
  91 my $pwd_not_present         = 0;
  92 my $already_done            = 0;
  93 my $start_date              = "";
  94 my $old_fh                  = "";
  95 my %AC_OS                   = (); # AC -> species name for TrEMBL seqs
  96 my %AC_DE                   = (); # AC -> description for TrEMBL seqs
  97
  98 my $description_line        = "";
  99 my $message1                = "";
 100 my $message2                = "";
 101
 102 $start_date = `date`;
 103
 104 if ( @ARGV != 5 ) {
 105     &errorInCommandLine();
 106     exit ( -1 );
 107 }
 108
 109 $infile             = $ARGV[ 0 ];
 110 $species_names_file = $ARGV[ 1 ];
 111 $output_directory   = $ARGV[ 2 ];
 112 $outfile            = $ARGV[ 3 ];
 113 $logfile            = $ARGV[ 4 ];
 114
 115
 116 if ( -e $outfile ) {
 117     die "\n\n$0: <<$outfile>> already exists.\n\n";
 118 }
 119 unless ( ( -s $infile ) && ( -f $infile ) && ( -T $infile ) ) {
 120     die "\n\n$0: <<$infile>> does not exist, is empty, or is not a plain textfile.\n\n";
 121 }
 122 unless ( ( -s $species_names_file ) && ( -f $species_names_file ) && ( -T $species_names_file ) ) {
 123     die "\n\n$0: <<$species_names_file>> does not exist, is empty, or is not a plain textfile.\n\n";
 124 }
 125 unless ( ( -s $TREMBL_ACDEOS_FILE  ) && ( -f $TREMBL_ACDEOS_FILE  ) && ( -T $TREMBL_ACDEOS_FILE ) ) {
 126     die "\n\n$0: <<$TREMBL_ACDEOS_FILE>> does not exist, is empty, or is not a plain textfile.\n\n";
 127 }
 128 unless ( ( -e $output_directory ) && ( -d $output_directory ) ) {
 129     die "\n\n$0: <<$output_directory>> does not exist, or is not a directory.\n\n";
 130 }
 131
 132
 133
 134 # Reads in the species file:
 135 # --------------------------
 136 &readSpeciesNamesFile( $species_names_file );
 137
 138
 139
 140 # Reads in the file containing AC, DE and OS for TrEMBL seqs:
 141 # -----------------------------------------------------------
 142 open( HH, "$TREMBL_ACDEOS_FILE" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot open file <<$TREMBL_ACDEOS_FILE>>: $!\n\n";
 143 while ( $return_line = <HH> ) {
 144     if ( $return_line =~ /(\S+);([^;]*);(\S+)/ ) {
 145         $AC_OS{ $1 } = $3;
 146         $AC_DE{ $1 } = $2;
 147     }
 148 }
 149 close( HH );
 150
 151
 152
 153 # Reads in outnames in logfile, if present:
 154 # -----------------------------------------
 155 if ( ( -s $logfile  ) ) {
 156     open( L, "$logfile" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot open file <<$logfile>>: $!\n\n";
 157     while ( $return_line = <L> ) {
 158         if ( $return_line =~ /\s*(\S+)/ ) {
 159             $outnames{ $1 } = 0;
 160         }
 161     }
 162     close( L );
 163 }
 164
 165
 166
 167 # Creates the temp directory:
 168 # ---------------------------
 169
 170 $ii = 0;
 171
 172 $time = time;
 173
 174 $temp_dir = $TEMP_DIR.$time.$ii;
 175
 176 while ( -e $temp_dir ) {
 177     $ii++;
 178     $temp_dir = $TEMP_DIR.$time.$ii;
 179 }
 180
 181 mkdir(  $temp_dir, 0777 )
 182 || die "\n\n$0:Unexpected error: Could not create <<$temp_dir>>: $!\n\n";
 183
 184 unless ( ( -e $temp_dir ) && ( -d $temp_dir ) ) {
 185     die "\n\n$0:Unexpected error: <<$temp_dir>> does not exist, or is not a directory: $!\n\n";
 186 }
 187
 188
 189
 190 $message1 = "# $0\n".
 191             "# Version                : $VERSION\n".
 192             "# Date started           : $start_date".
 193             "# Infile                 : $infile\n".
 194             "# Species names file     : $species_names_file\n".
 195             "# Output directory       : $output_directory\n".
 196             "# Outfile                : $outfile\n".
 197             "# RIO PWD directory      : $RIO_PWD_DIRECTORY\n".
 198             "# RIO BSP directory      : $RIO_BSP_DIRECTORY\n".
 199             "# RIO NBD directory      : $RIO_NBD_DIRECTORY\n".
 200             "# RIO ALN directory      : $RIO_ALN_DIRECTORY\n".
 201             "# RIO HMM directory      : $RIO_HMM_DIRECTORY\n".
 202             "# Fasta db               : $FASTA_DB\n".
 203             "# Species of query       : $QUERY_SPECIES\n".
 204             "# Species tree           : $SPECIES_TREE\n".
 205             "# rio.pl options         : $RIOPL_OPTIONS\n\n\n";
 206
 207 open( IN, "$infile"  ) || die "\n\n$0: Cannot open file <<$infile>>: $!\n\n";
 208 open( LOG, ">> $logfile" ) || die "\n\n$0: Cannot open file <<$logfile>>: $!\n\n";
 209
 210
 211 # Turns off buffering for LOG.
 212 $old_fh = select( LOG );
 213 $| = 1;
 214 select( $old_fh );
 215
 216
 217 $ID = "";
 218
 219 W: while ( $return_line = <IN> ) {
 220
 221     if ( $return_line =~ /^\s*>>.*(CE\d+)/ ) {
 222         $ID = $1;
 223         $return_line =~ /^\s*>>(.+)/;
 224         $description_line = $1;
 225     }
 226     elsif ( $return_line =~ /^\s*\/\// ) {
 227         $ID = "";
 228     }
 229     elsif ( $return_line =~ /^\s*=(\S+)\s+.+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+\S+\s*$/
 230     && $ID ne "" ) {
 231
 232         $pfam_name = $1;
 233         $score     = $2;
 234         $E_value   = $3;
 235
 236         $outname = $ID.".".$pfam_name;
 237
 238         # Checks if already done.
 239         if ( %outnames && exists( $outnames{ $outname } ) ) {
 240             $already_done++;
 241             next W;
 242         }
 243
 244         &executeHmmfetch( $PFAM_HMM_DB, $pfam_name, $temp_dir."/HMMFILE" );
 245
 246         $GA = &getGA1cutoff( $temp_dir."/HMMFILE" );
 247         unlink( $temp_dir."/HMMFILE" );
 248
 249         if ( $GA == 2000 ) {
 250             die "\n\n$0: Unexpected error: No GA cutoff found for \"$pfam_name\".\n\n";
 251         }
 252         elsif ( $score < $GA ) {
 253             next W;
 254         }
 255
 256         if ( -s $output_directory."/".$outname ) {
 257             unlink( $output_directory."/".$outname );
 258         }
 259
 260
 261         $message1 .= "\n\n".
 262                      "# ############################################################################\n".
 263                      "# Annotation: $description_line\n".
 264                      "# HMM       : $pfam_name\n".
 265                      "# score     : $score\n".
 266                      "# E-value   : $E_value\n";
 267
 268
 269
 270         unless ( ( -s $RIO_PWD_DIRECTORY.$pfam_name.$SUFFIX_PWD ) ) {
 271             $pwd_not_present++;
 272             $message1 .= "# No PWD file for this family.\n".
 273                          "# ############################################################################\n";
 274             next W;
 275         }
 276
 277
 278         unless ( ( -s $PFAM_SEED_DIRECTORY."/".$pfam_name ) && ( -f $PFAM_SEED_DIRECTORY."/".$pfam_name ) && ( -T $PFAM_SEED_DIRECTORY."/".$pfam_name ) ) {
 279             die "\n\n$0: Error: Pfam seed alignment <<$PFAM_SEED_DIRECTORY"."/"."$pfam_name>> not present.\n\n";
 280         }
 281
 282
 283         &getSequenceFromFastaFile( $FASTA_DB,
 284                                    $temp_dir."/QUERY",
 285                                    $ID );
 286
 287         &performRIO( $pfam_name,                               # A=
 288                      $temp_dir."/QUERY",                       # Q=
 289                      $output_directory."/".$outname,           # O=
 290                      $ID."_".$QUERY_SPECIES,                   # N=
 291                      $SPECIES_TREE,                            # S=
 292                      $RIOPL_OPTIONS,                           # L=0 R=0 U=70 V=0 X=2 Y=2 Z=2 C E K I x
 293                      $temp_dir."/riopltempdir" );              # j=
 294
 295
 296
 297         if ( -s $output_directory."/".$outname ) {
 298             $successful++;
 299         }
 300         else {
 301             $message1 .= "# Query has not been aligned (E value too low).\n".
 302                          "# ############################################################################\n";
 303             $query_not_aligned++;
 304         }
 305
 306         if ( unlink( $temp_dir."/QUERY" ) != 1 ) {
 307             die "\n$0: Unexpected error: File(s) could not be deleted.\n";
 308         }
 309
 310
 311
 312         if ( -s $output_directory."/".$outname ) {
 313             open( OUT_MESG_ONE, ">$temp_dir/_message1_" ) || die "\n\n$0: Cannot create file \"$temp_dir/_message1_\": $!\n\n";
 314             print OUT_MESG_ONE ( $message1 );
 315             close( OUT_MESG_ONE );
 316
 317             $message1 = "";
 318
 319             open( OUT_MESG_TWO, ">$temp_dir/_message2_" ) || die "\n\n$0: Cannot create file \"$temp_dir/_message2_\": $!\n\n";
 320             print OUT_MESG_TWO ( "# Successful calculations                  : $successful\n" );
 321             print OUT_MESG_TWO ( "# No calculation due to absence of PWD file: $pwd_not_present\n" );
 322             print OUT_MESG_TWO ( "# Calculation already performed            : $already_done\n" );
 323             print OUT_MESG_TWO ( "# ############################################################################\n" );
 324             close( OUT_MESG_TWO );
 325
 326             if ( -s $outfile ) {
 327                 system( "cat $outfile $temp_dir/_message1_ $output_directory/$outname $temp_dir/_message2_ > $outfile"."___" )
 328                 && die "\n\n$0: Could not execute \"cat $outfile $temp_dir/_message1_ $output_directory/$outname $temp_dir/_message2_ > $outfile"."___\": $!\n\n";
 329                 system( "mv", $outfile."___", $outfile )
 330                 && die "\n\n$0: Could not execute \"mv $outfile"."___ $outfile\": $!\n\n";
 331             }
 332             else {
 333                 system( "cat $temp_dir/_message1_ $output_directory/$outname $temp_dir/_message2_ > $outfile" )
 334                 && die "\n\n$0: Could not execute \"cat $temp_dir/_message1_ $output_directory/$outname $temp_dir/_message2_ > $outfile\": $!\n\n";
 335
 336             }
 337
 338             print LOG "$outname\n";
 339
 340             unlink( "$temp_dir/_message1_", "$temp_dir/_message2_" );
 341
 342         }
 343
 344
 345
 346     } ## End of elsif ( $return_line =~ /^\s*=(\S+)\s+.+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+\S+$/ && $ID ne "" )
 347
 348 } ## End of while ( $return_line = <IN> )
 349
 350 close( IN );
 351 close( LOG );
 352
 353
 354 open( OUT_MESG_TWO, ">$temp_dir/_message2_" ) || die "\n$0: Cannot create file \"$temp_dir/_message2_\": $!\n";
 355 print OUT_MESG_TWO ( "\n\n# Xrio.pl successfully terminated.\n" );
 356 print OUT_MESG_TWO ( "# Started   : $start_date" );
 357 print OUT_MESG_TWO ( "# Terminated: ".`date`."\n" );
 358 print OUT_MESG_TWO ( "# Successful calculations                  : $successful\n" );
 359 print OUT_MESG_TWO ( "# No calculation due to absence of PWD file: $pwd_not_present\n" );
 360 print OUT_MESG_TWO ( "# Calculation already performed            : $already_done\n\n" );
 361 close( OUT_MESG_TWO );
 362
 363 if ( -s $outfile ) {
 364     if ( $message1 ne "" ) {
 365         open( OUT_MESG_ONE, ">$temp_dir/_message1_" ) || die "\n$0: Cannot create file \"$temp_dir/_message1_\": $!\n";
 366         print OUT_MESG_ONE ( $message1 );
 367         close( OUT_MESG_ONE );
 368         system( "cat $outfile $temp_dir/_message1_ $temp_dir/_message2_ > $outfile"."___" )
 369         && die "$0: Could not execute \"cat $outfile $temp_dir/_message1_ $temp_dir/_message2_ > $outfile"."___\": $!";
 370     }
 371     else {
 372         system( "cat $outfile $temp_dir/_message2_ > $outfile"."___" )
 373         && die "$0: Could not execute \"cat $outfile $temp_dir/_message2_ > $outfile"."___\": $!";
 374     }
 375     system( "mv", $outfile."___", $outfile )
 376     && die "$0: Could not execute \"mv $outfile"."___ $outfile\": $!";
 377 }
 378 else {
 379     open( OUT_MESG_ONE, ">$temp_dir/_message1_" ) || die "\n$0: Cannot create file \"$temp_dir/_message1_\": $!\n";
 380     print OUT_MESG_ONE ( $message1 );
 381     close( OUT_MESG_ONE );
 382     system( "cat $temp_dir/_message1_ $temp_dir/_message2_ > $outfile" )
 383     && die "$0: Could not execute \"cat $temp_dir/_message1_ $temp_dir/_message2_ > $outfile\": $!";
 384 }
 385
 386 unlink( "$temp_dir/_message1_", "$temp_dir/_message2_" );
 387
 388 rmdir( $temp_dir ) || die "\n$0: Unexpected failure (could not remove: $temp_dir): $!\n";
 389
 390 print( "\n\nXrio.pl successfully terminated.\n" );
 391 print( "Successful calculations                  : $successful\n" );
 392 print( "No calculation due to absence of PWD file: $pwd_not_present\n" );
 393 print( "Calculation already performed            : $already_done\n" );
 394 print( "Started   : $start_date" );
 395 print( "Terminated: ".`date`."\n" );
 396 print( "\n" );
 397
 398 exit( 0 );
 399
 400
 401
 402 # Methods
 403 # -------
 404
 405
 406
 407 # Gets the gathering cutoff per sequence from a HMM file.
 408 #
 409 # One argument: the HMM file name
 410 # Returns the gathering cutoff per sequence, 2000 upon failure
 411 # Last modified: 07/11/01
 412 sub getGA1cutoff {
 413
 414     my $infile      = $_[ 0 ];
 415     my $return_line = "";
 416     my $GA          = 2000;
 417
 418     &testForTextFilePresence( $infile );
 419
 420     open( H, "$infile" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot open file <<$infile>>: $!";
 421     while ( $return_line = <H> ) {
 422
 423         if ( $return_line =~ /^GA\s+(\S+)/ ) {
 424             $GA = $1;
 425             close( H );
 426             return $GA;
 427         }
 428
 429     }
 430     close( H );
 431     return $GA;
 432
 433 } ## getGA1cutoff
 434
 435
 436
 437
 438
 439 #  1.  A= Name of Pfam family
 440 #  2.  Q= Query file
 441 #  3.  O= Output
 442 #  4.  N= query Name
 443 #  5.  S= Species tree file
 444 #  6.  more options, such I K m
 445 #  7.  j= Name for temporary directory
 446 sub performRIO {
 447     my $pfam_name              = $_[ 0 ];
 448     my $query_file             = $_[ 1 ];
 449     my $output_file            = $_[ 2 ];
 450     my $name_for_query         = $_[ 3 ];
 451     my $species_tree_file      = $_[ 4 ];
 452     my $more_options           = $_[ 5 ];
 453     my $tmp_file_rio           = $_[ 6 ];
 454
 455     my $options_for_rio = "";
 456
 457     $options_for_rio .= ( " A=".$pfam_name );
 458     $options_for_rio .= ( " Q=".$query_file );
 459     $options_for_rio .= ( " O=".$output_file );
 460     $options_for_rio .= ( " N=".$name_for_query );
 461     $options_for_rio .= ( " S=".$species_tree_file );
 462     $options_for_rio .= ( " j=".$tmp_file_rio );
 463     $options_for_rio .= ( " ".$more_options );
 464
 465     system( "$RIO_PL 1 $options_for_rio" )
 466     && die "$0: performRIO: Could not execute \"$RIO_PL 1 $options_for_rio\": $!\n";
 467
 468 } ## performRIO
 469
 470
 471
 472 # Reads in (SWISS-PROT) species names from a file.
 473 # Names must be separated by newlines.
 474 # Lines beginning with "#" are ignored.
 475 # A possible "=" and everything after is ignored.
 476 # One argument: species-names-file name
 477 # Last modified: 04/24/01
 478 sub readSpeciesNamesFile {
 479     my $infile = $_[ 0 ];
 480     my $return_line = "";
 481     my $species     = "";
 482
 483     unless ( ( -s $infile ) && ( -f $infile ) && ( -T $infile ) ) {
 484         &Error( "\"$infile\" does not exist,\n is empty, or is not a plain textfile." );
 485     }
 486
 487     open( IN_RSNF, "$infile" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot open file <<$infile>>: $!";
 488     while ( $return_line = <IN_RSNF> ) {
 489         if ( $return_line !~ /^\s*#/ && $return_line =~ /(\S+)/ ) {
 490             $species = $1;
 491             $species =~ s/=.+//;
 492             $Species_names_hash{ $species } = "";
 493         }
 494     }
 495     close( IN_RSNF );
 496
 497     return;
 498 } ## readSpeciesNamesFile
 499
 500
 501
 502 # Searches the > line of a multiple seq file for a
 503 # query, saves the found entries.
 504 # Three arguments:
 505 # 1. multi Fasta file to search through
 506 # 2. outputfile name
 507 # 3. query
 508 # Last modified: 03/05/01
 509 sub getSequenceFromFastaFile {
 510
 511     my $inputfile  = $_[ 0 ];
 512     my $outputfile = $_[ 1 ];
 513     my $query      = $_[ 2 ];
 514     my $hits       = 0;
 515
 516     open( IN_GSFF,  "$inputfile"   )
 517     || die "\n$0: getSequenceFromFastaFile: Cannot open file <<$inputfile>>: $!\n";
 518     open( OUT_GSFF, ">$outputfile" )
 519     || die "\n$0: getSequenceFromFastaFile: Cannot create file <<$outputfile>>: $!\n";
 520
 521
 522     while ( $return_line = <IN_GSFF> ) {
 523         if ( $return_line =~ /^\s*>.*$query\s+/ ) {
 524             $hits++;
 525             print $return_line;
 526             print OUT_GSFF $return_line;
 527             $return_line = <IN_GSFF>;
 528             while ( $return_line && $return_line =~ /^\s*[^>]/ ) {
 529                 print OUT_GSFF $return_line;
 530                 $return_line = <IN_GSFF>;
 531             }
 532             last; # In Wormpep there _are_ ambigous CE numbers.
 533         }
 534
 535     }
 536
 537     close( IN_GSFF );
 538     close( OUT_GSFF );
 539     if ( $hits < 1 ) {
 540         die "\n$0: getSequenceFromFastaFile: Unexpected error: <<$query>> not found.\n";
 541     }
 542     if ( $hits > 1 ) {
 543         die "\n$0: getSequenceFromFastaFile: Unexpected error: <<$query>> is ambigous.\n";
 544     }
 545
 546 } ## getSequenceFromFastaFile
 547
 548
 549
 550
 551 # Last modified: 03/08/01
 552 sub errorInCommandLine {
 553
 554     print "\n";
 555     print " Xrio.pl  $VERSION\n";
 556     print " -------\n";
 557     print "\n";
 558     print " Christian Zmasek (zmasek\@genetics.wustl.edu)\n";
 559     print "\n";
 560     print " Purpose. Runs \"rio.pl\" for each Pfam assignment in \"infile\".\n";
 561     print "\n";
 562     print " Usage. rio.pl <infile> <species names file> <output directory> <outfile> <logfile>\n";
 563     print "\n";
 564     print " infile: has the following format (defined per example):\n";
 565     print "   >>4R79.1 CE19649   Zinc-binding metalloprotease domain (CAMBRIDGE) protein_id:CAB63429.1\n";
 566     print "   =Astacin  Astacin (Peptidase family M12A)                296.3    3.8e-85   1\n";
 567     print "   //\n";
 568     print "\n";
 569     print "   >>4R79.2 CE19650   Ras family (CAMBRIDGE) TR:Q9XXA4 protein_id:CAA20282.1\n";
 570     print "   =ras           Ras family                                208.8    8.1e-59   1\n";
 571     print "   =FA_desaturase Fatty acid desaturase                       4.5        1.5   1\n";
 572     print "   =UPF0117       Domain of unknown function DUF36            3.1        3.5   1\n";
 573     print "   =arf           ADP-ribosylation factor family            -46.0    1.5e-05   1\n";
 574     print "   //\n";
 575     print "\n";
 576     print " species names file: list of species to use for analysis.\n";
 577     print "\n";
 578     print " This version uses the CE number as identifier for output files.\n";
 579     print "\n";
 580
 581     exit( -1 );
 582
 583 } ## errorInCommandLine
 584
 585