forester/archive/perl/file_proc.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 my $in  = $ARGV[ 0 ];
   4 my $out = $ARGV[ 1 ];
   5
   6 if ( -e $out ) {
   7     print "File $out already exists.\n";
   8     exit( -1 );
   9 }
  10
  11 if ( !-e $in ) {
  12     print "File $in does not exist.\n";
  13     exit( -1 );
  14 }
  15
  16 open( IN, $in ) ;
  17 open ( OUT, ">>$out"  ) || die ( "Could not open file $out for writing!\n" );
  18
  19 while ( my $line = <IN> ) {
  20     my $newline = &proc_line( $line );
  21     if ( length( $newline ) > 0 ) {
  22         print OUT $newline;
  23     }
  24 }
  25
  26
  27 close( OUT ) or die( "can't close $out: $!" );
  28 close( IN ) or die( "can't close $in: $!" );
  29
  30 sub proc_line {
  31    my $line = shift;
  32
  33
  34    if ( $line =~ /^#/ ) {
  35        return "";
  36    }
  37    if ( $line =~ /^Predicted coding sequence\(s\):/ ) {
  38        return "";
  39    }
  40    elsif ( $line =~ /^>.*_aa\s*$/ ) {
  41        return "";
  42    }
  43    elsif ( $line =~ /^>/ ) {
  44        return $line;
  45    }
  46    elsif ( $line !~ /[a-z]/ ) {
  47        return "";
  48    }
  49    else {
  50        return $line;;
  51    }
  52 }