forester/archive/perl/gs_aa_extract.pl

   1 #!/usr/bin/perl -W
   2
   3 # $Id: gs_aa_extract.pl,v 1.2 2008/03/09 00:11:50 cmzmasek Exp $
   4
   5 # This extracts the AA sequences from GENSCAN output files
   6 # Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 # All rights reserved
   8 # Created 2007-07-28 in Winterthur, Switzerland by CMZ
   9
  10 # Usage: gs_aa_extract.pl <genscan-output infile> <outfile>
  11
  12 use strict;
  13
  14 if ( scalar( @ARGV ) != 2 ) {
  15     print "\ngs_aa_extract.pl <genscan-output infile> <outfile>\n\n";
  16     exit( -1 );
  17 }
  18
  19 my $infile  = $ARGV[ 0 ];
  20 my $outfile = $ARGV[ 1 ];
  21
  22 if ( -e $outfile) {
  23     die "\n$0: \"$outfile\" already exists.\n\n";
  24 }
  25 unless( ( -s $infile ) && ( -f $infile ) && ( -T $infile ) ) {
  26     die "\n$0: cannot read from \"$infile\".\n\n";
  27 }
  28
  29 open( IN, "$infile" ) || die "\n$0: Cannot open file \"$infile\": $!\n";
  30 open( OUT, ">$outfile" ) || die "\n$0: Cannot create file \"$outfile\": $!\n";
  31
  32 my $line = "";
  33 my $desc = "";
  34
  35 while ( $line = <IN> ) {
  36     if ( $line =~ /^>/ ) {
  37         $desc = $line;
  38     }
  39     elsif ( $line =~ /^[A-Z]+$/ ) {
  40         if ( length( $desc ) > 0 ) {
  41             print OUT $desc;
  42             $desc = "";
  43         }
  44         print OUT $line;
  45     }
  46 }
  47
  48 close( OUT );
  49
  50 print( "\nOK\n" );
  51
  52 exit( 0 );
  53