forester/archive/perl/mt.pl

   1 #!/usr/bin/perl -W
   2
   3 # mt.pl
   4 # -----
   5 #
   6 # Copyright (C) 2003 Christian M. Zmasek
   7 # All rights reserved
   8 #
   9 # Author: Christian M. Zmasek
  10 #         zmasek@genetics.wustl.edu
  11 #         http://www.genetics.wustl.edu/eddy/people/zmasek/
  12 #
  13 # Version: 1.000
  14 # Created on: 09/05/03
  15 # Last modified: 09/05/03
  16 #
  17 #
  18 #
  19 # Calculates trees based on all alignments/files in a given directory using
  20 # makeTree.pl.
  21 #
  22 #
  23
  24 use strict;
  25 use FindBin;
  26 use lib $FindBin::Bin;
  27 use rio_module2;
  28
  29
  30 my $PREPROCESSING_COMMAND = "";
  31 my $PERFORM_PREPROCESSING = 0;
  32
  33 my $POSTPROCESSING_COMMAND = "/nfs/dm3/homedir1/czmasek/RIO1.24/perl/extractSpecies.pl";
  34 my $PERFORM_POSTPROCESSING = 1;
  35
  36
  37 my $MY_TEMP_DIR           = $TEMP_DIR_DEFAULT;   # $TEMP_DIR_DEFAULT is inherited
  38                                                  # from rio_module.pm
  39
  40
  41
  42
  43 my $options               = ""; # Options for makeTree.pl, see makeTree.pl.
  44
  45
  46 my $suffix                = "";
  47 my $use_suffixes          = 0;
  48 my $input_dir             = "";
  49 my $output_dir            = "";
  50
  51 my $i                     = 0;
  52 my $filename              = "";
  53 my @filenames             = ();
  54
  55
  56
  57
  58
  59
  60 # Analyzes the options:
  61 # ---------------------
  62
  63 unless ( @ARGV == 3 || @ARGV == 4 ) {
  64     &printUsage();
  65 }
  66
  67 $options    = $ARGV[ 0 ];
  68 $input_dir  = $ARGV[ 1 ];
  69 $output_dir = $ARGV[ 2 ];
  70
  71 if ( @ARGV == 3 ) {
  72     $use_suffixes = 0;
  73 }
  74 elsif ( @ARGV == 4 ) {
  75     $use_suffixes = 1;
  76     $suffix = $ARGV[ 3 ];
  77 }
  78
  79
  80 $input_dir   = &addSlashAtEndIfNotPresent( $input_dir );
  81 $output_dir  = &addSlashAtEndIfNotPresent( $output_dir );
  82 $MY_TEMP_DIR = &addSlashAtEndIfNotPresent( $MY_TEMP_DIR );
  83
  84
  85
  86
  87 # This adds a "-" before the options for makeTree:
  88 # ------------------------------------------------
  89 unless ( $options =~ /^-/ ) {
  90     $options = "-".$options;
  91 }
  92
  93
  94
  95
  96
  97 # This creates the temp file:
  98 # --------------------------
  99
 100 my $time = time;
 101 my $ii   = 0;
 102
 103 my $temp_file = $MY_TEMP_DIR."mt".$time.$ii;
 104
 105 while ( -e $temp_file ) {
 106     $ii++;
 107     $temp_file = $MY_TEMP_DIR."mt".$time.$ii;
 108 }
 109
 110
 111
 112 opendir( DIR, $input_dir ) || error( "Cannot open directory \"$input_dir\": $!" );
 113
 114 $i = 0;
 115
 116 while( defined( $filename = readdir( DIR ) ) ) {
 117     if ( $filename =~ /^\.\.?$/ ) {
 118         next;
 119     }
 120     if ( $use_suffixes == 1 && $filename !~ /$suffix$/ ) {
 121         next;
 122     }
 123
 124     $filenames[ $i ] = $filename;
 125     $i++;
 126 }
 127
 128 close( DIR );
 129
 130 $i = 0;
 131
 132 FOREACH: foreach $filename ( @filenames ) {
 133
 134     # If the corresponding tree seems to already exists, do next one.
 135     if ( -e "$output_dir$filename.nhx" ) {
 136         next FOREACH;
 137     }
 138
 139     print "\n\n\n\n";
 140     print "MT.PL\n";
 141     print "working on: $filename\n";
 142
 143     print "[tree calculation $i]\n";
 144     print "=====================================================================\n\n\n";
 145
 146
 147     unlink( "$output_dir$filename.aln",
 148             "$output_dir$filename.log",
 149             "$output_dir$filename.nbd"  );
 150
 151     print( "MT.PL: executing:\n" );
 152
 153     my $inputfile = $input_dir.$filename;
 154
 155     my $outputfilename = "";
 156
 157     if ( $use_suffixes == 1 ) {
 158         $outputfilename = $output_dir . $filename;
 159         $outputfilename =~ s/$suffix$//;
 160         $outputfilename =~ s/\.$//;
 161         $outputfilename .= ".nhx";
 162     }
 163     else {
 164         $outputfilename = $output_dir . $filename . ".nhx";
 165     }
 166
 167
 168
 169     if ( $PERFORM_PREPROCESSING == 1 ) {
 170          my $pre_command = "$PREPROCESSING_COMMAND";
 171
 172          print( "$pre_command\n" );
 173          system( $pre_command ) && &error( "Could not execute \"$pre_command\"" );
 174     }
 175
 176     $MAKETREE = "/nfs/dm3/homedir1/czmasek/RIO1.24/perl/makeTree2.pl"; # <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<-------------------~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 177
 178     my $command = "$MAKETREE $options $inputfile $outputfilename";
 179
 180     print( "$command\n" );
 181     system( $command ) && &error( "Could not execute \"$command\"" );
 182
 183
 184
 185     if ( $PERFORM_POSTPROCESSING == 1 ) {
 186          my $post_command = "$POSTPROCESSING_COMMAND $outputfilename";
 187
 188          print( "$post_command\n" );
 189          system( $post_command ) && &error( "Could not execute \"$post_command\"" );
 190     }
 191
 192
 193
 194     $i++;
 195
 196 }
 197
 198
 199
 200 print( "\n\n\nMT.PL: Done!\n" );
 201
 202 exit( 0 );
 203
 204
 205
 206
 207
 208
 209 sub error{
 210
 211     my $text = $_[ 0 ];
 212
 213     print( "\nxt.pl: ERROR:\n" );
 214     print( "$text\n\n" );
 215
 216     exit( -1 );
 217
 218 }
 219
 220
 221
 222
 223 sub printUsage {
 224     print "\n";
 225     print " mt.pl\n";
 226     print " _____\n";
 227     print " \n";
 228     print " Copyright (C) 2003 Christian M. Zmasek\n";
 229     print " All rights reserved\n";
 230     print "\n";
 231     print " Author: Christian M. Zmasek\n";
 232     print " zmasek\@genetics.wustl.edu\n";
 233     print " http://www.genetics.wustl.edu/eddy/forester/\n";
 234     print "\n";
 235     print "\n";
 236     print " Purpose\n";
 237     print " -------\n";
 238     print "\n";
 239     print " Tree construction using makeTree.pl on all alignments/files\n";
 240     print " in a given directory.\n";
 241     print "\n";
 242     print "\n";
 243     print " Usage\n";
 244     print " -----\n";
 245     print "\n";
 246     print "   mt.pl <options for makeTree.pl> <input directory: aligments> <output\n";
 247     print "         directory> [suffix for alignments to be used in input directory]\n";
 248     print "\n";
 249     print "   If a suffix is given, it will be removed for the output files.\n";
 250     print "\n";
 251     print "\n";
 252     print " Example\n";
 253     print " -------\n";
 254     print "\n";
 255     print "   \"mt.pl NS21UTRB100DX alignments/ trees/ .aln\"\n";
 256     print "\n";
 257     print "\n";
 258     print "\n";
 259     exit( -1 );
 260
 261 }