forester/archive/perl/multifetch.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 # multifetch.pl [options] <list of seqs>
   4 #
   5 # Fetch all the seqs on the list. The list is a file with one line
   6 # per sequence; the first field is the key.
   7 #
   8 # Options:
   9 #    -d            : domain fetch - list is in GDF format
  10 #    -n <extra 5'> : include this many extra residues upstream (-d only)
  11 #    -c <extra 3'> : include this many extra residues downstream (-d only)
  12 #    -f            : fetch in FASTA instead of native format
  13 #    -g <file>     : use getseq from <file>, not fetch from main databases.
  14 #                    This always gives FASTA output.
  15 #    -D <database> : specify a source database, same usage as getseq:
  16 #                           -Dsw  SwissProt
  17 #                           -Dpir PIR
  18 #                           -Dem  EMBL
  19 #                           -Dgb  GenBank
  20 #                           -Dwp  WormPep
  21 #                           -Dowl OWL
  22
  23
  24 use FindBin;
  25 use lib $FindBin::Bin;
  26 use rio_module;
  27 require "getopts.pl";
  28
  29
  30 &Getopts('c:n:dfg:D:');
  31 if ($opt_c) { $extra_c  = $opt_c; }
  32 if ($opt_n) { $extra_n  = $opt_n; }
  33 if ($opt_d) { $domains  = 1;      }
  34 if ($opt_f) { $fmtarg = "-Ffasta";} else {$fmtarg = ""; }
  35 if ($opt_g) { $filearg = "-d$opt_g ";} else {$filearg = ""; }
  36 if ($opt_D) { $dbarg = "-D$opt_D "; } else {$dbarg = ""; }
  37
  38
  39 while (<>) {
  40     if ($domains) {
  41         if (($name, $from, $to, $source) = /^\s*(\S+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)/){
  42             if ($from < $to) {
  43                 $from -= $opt_n;
  44                 $to   += $opt_c;
  45             }
  46             else {
  47                 $from += $opt_n;
  48                 $to   -= $opt_c;
  49             }
  50
  51             system("$SFE $filearg $dbarg $fmtarg -r \"$name\" -f $from -t $to \"$source\"")
  52             && die "\n\n$0: Unexpected error: Could not execute \"$SFE $filearg $dbarg $fmtarg -r \"$name\" -f $from -t $to \"$source\"\": $!";
  53         }
  54     } else {
  55         if (/^\s*(\S+)/) {
  56             $key = $1;
  57
  58             system("$SFE $filearg $dbarg $fmtarg \"$key\"")
  59             && die "\n\n$0: Unexpected error: Could not execute \"$SFE $filearg $dbarg $fmtarg \"$key\"\": $!";
  60         }
  61     }
  62 }
  63
  64 # 01/30/02
  65 # CZ
  66 # Added usage of rio_module.pm, $SFE for sfetch.
  67
  68 # Thu Apr 10 18:27:40 1997
  69 #   - added -D option
  70 #   - simplified from six different getseq calls to two
  71