forester/archive/perl/rio_slave.pl

   1 #!/usr/bin/perl -W
   2
   3 # rio_slave.pl
   4 # ------------
   5 #
   6 # Copyright (C) 2002 Washington University School of Medicine
   7 # and Howard Hughes Medical Institute
   8 # All rights reserved
   9 #
  10 # Created: 01/18/02
  11 # Author: Christian M. Zmasek
  12 # zmasek@genetics.wustl.edu
  13 # http://www.genetics.wustl.edu/eddy/people/zmasek/
  14 #
  15 # Last modified: 02/20/02
  16
  17
  18 # Arguments:
  19
  20 # 0: first block in multiple alignment to process
  21 # 1: last block in multiple alignment to process
  22 # 2: name of resampled alignment, inc. query
  23 # 3: matrix number
  24 # 4: name of query
  25 # 5: PWD file
  26 # 6: seed for random number generator for neighbor
  27 # 7: node number
  28 # 8: temp dir
  29
  30
  31 use strict;
  32
  33 use FindBin;
  34 use lib $FindBin::Bin;
  35 use rio_module;
  36
  37 if ( @ARGV != 9 ) {
  38     &dieWithUnexpectedError( "argument count is off" );
  39 }
  40
  41 my $start       = $ARGV[ 0 ];
  42 my $end         = $ARGV[ 1 ];
  43 my $align       = $ARGV[ 2 ];
  44 my $matrix_n    = $ARGV[ 3 ];
  45 my $name        = $ARGV[ 4 ];
  46 my $pwd_file    = $ARGV[ 5 ];
  47 my $seed        = $ARGV[ 6 ];
  48 my $number      = $ARGV[ 7 ];
  49 my $temp_dir    = $ARGV[ 8 ];
  50
  51 my $b           = 0;
  52 my $outfile     = "";
  53 my $mytemp_dir  = $temp_dir."/dir_".$number;
  54
  55 mkdir(  $mytemp_dir, 0700 )
  56 || &dieWithUnexpectedError( "Could not create \"$mytemp_dir\"" );
  57
  58 unless ( ( -e $mytemp_dir ) && ( -d $mytemp_dir ) ) {
  59     &dieWithUnexpectedError( "\"$mytemp_dir\" does not exist, or is not a directory" );
  60 }
  61
  62
  63 &executePuzzleDQObootstrapped( $align, $matrix_n );
  64
  65 system( "mv", $align.".dist", $mytemp_dir."/DISTs_TO_QUERY" )
  66 && &dieWithUnexpectedError( "could not mv" );
  67
  68 unlink( $align );
  69
  70 sleep( 2 );
  71
  72 &dividePWDfile( $pwd_file,
  73                 $mytemp_dir."/DIVIDED",
  74                 $start,
  75                 $end );
  76
  77 &addDistsToQueryToPWDfile( $mytemp_dir."/DIVIDED",
  78                            $mytemp_dir."/DISTs_TO_QUERY",
  79                            $mytemp_dir."/PWD_INC_QUERY",
  80                            $name );
  81
  82 unlink( $mytemp_dir."/DIVIDED" );
  83
  84 $b = $end - $start + 1;
  85
  86 chdir ( $mytemp_dir )
  87 || &dieWithUnexpectedError( "Could not chdir to \"$mytemp_dir\"" );
  88
  89 &executeNeighbor( $mytemp_dir."/PWD_INC_QUERY",
  90                   $b,
  91                   1, # randomize input order
  92                   $seed,
  93                   1 ); # lower-triangular data matrix
  94
  95
  96 unlink( "outfile", $mytemp_dir."/PWD_INC_QUERY", $mytemp_dir."/DISTs_TO_QUERY" );
  97
  98 system( "mv", "outtree", "../MAKETREEOUT".$MULTIPLE_TREES_FILE_SUFFIX.$number )
  99 && &dieWithUnexpectedError( "could not mv" );
 100
 101 sleep( 1 );
 102
 103 chdir( ".." )
 104 || &dieWithUnexpectedError( "Could not chdir to \"..\"" );
 105
 106 rmdir( $mytemp_dir ) || &dieWithUnexpectedError( "Could not delete \"$mytemp_dir\"" );
 107
 108 $outfile = "FINISHED_$number";
 109
 110 open( OUT, ">$outfile" ) || &dieWithUnexpectedError( "Cannot create file \"$outfile\"" );
 111 close( OUT );
 112
 113 exit( 0 );
 114
 115
 116
 117
 118 sub dividePWDfile {
 119     my $pwd_file        = $_[ 0 ];
 120     my $outfile         = $_[ 1 ];
 121     my $start           = $_[ 2 ]; # e.g. 0
 122     my $end             = $_[ 3 ]; # e.g. 9
 123
 124     my $c               = 0;
 125     my $write           = 0;
 126     my $return_line     = "";
 127
 128     &testForTextFilePresence( $pwd_file );
 129
 130     open( IN_PWD, "$pwd_file" ) || &dieWithUnexpectedError( "Cannot open file \"$pwd_file\"" );
 131     open( OUT_PWD, ">$outfile" ) || &dieWithUnexpectedError( "Cannot create file \"$outfile\"" );
 132
 133     while ( $return_line = <IN_PWD> ) {
 134         if ( $return_line =~ /^\s*(\d+)\s*$/ ) {
 135             if ( $c >= $start && $c <= $end ) {
 136                 $write = 1;
 137             }
 138             elsif ( $c > $end ) {
 139                 last;
 140             }
 141             $c++;
 142         }
 143         if ( $write == 1 ) {
 144             print OUT_PWD $return_line;
 145         }
 146     }
 147
 148     close( IN_PWD );
 149     close( OUT_PWD );
 150
 151     return;
 152
 153 } ## dividePWDfile
 154
 155
 156
 157
 158
 159
 160