forester/archive/perl/rio_slave_driver.pl

   1 #!/usr/bin/perl -W
   2
   3 # rio_slave_driver.pl
   4 # -------------------
   5 #
   6 # Copyright (C) 2002 Washington University School of Medicine
   7 # and Howard Hughes Medical Institute
   8 # All rights reserved
   9 #
  10 # Created: 01/18/02
  11 # Author: Christian M. Zmasek
  12 # zmasek@genetics.wustl.edu
  13 # http://www.genetics.wustl.edu/eddy/people/zmasek/
  14 #
  15 # Last modified: 02/20/02
  16
  17
  18 # 0: block size
  19 # 1: number of blocks which have a size of block size + 1
  20 # 2: name of resampled alignment, inc. query
  21 # 3: matrix number
  22 # 4: name of query
  23 # 5: PWD file
  24 # 6: temp dir
  25 # 7: seed for random number generator for neighbor
  26 # 8...: list of node names
  27
  28
  29
  30
  31 use strict;
  32
  33 use FindBin;
  34 use lib $FindBin::Bin;
  35 use rio_module;
  36
  37 if ( @ARGV < 9 ) {
  38     &dieWithUnexpectedError( "argumnet count off" );
  39 }
  40
  41
  42 my $block_size    = shift( @ARGV );
  43 my $larger_blocks = shift( @ARGV );
  44 my $align         = shift( @ARGV );
  45 my $matrix_n      = shift( @ARGV );
  46 my $name          = shift( @ARGV );
  47 my $pwd_file      = shift( @ARGV );
  48 my $temp_dir      = shift( @ARGV );
  49 my $seed          = shift( @ARGV );
  50 my @nodelist      = @ARGV;
  51 my $start         = 0;
  52 my $end           = 0;
  53 my $x             = 0;
  54 my $node          = "";
  55
  56
  57 $start = 0;
  58
  59 if ( $larger_blocks > 0 ) {
  60     $end = $block_size;
  61 }
  62 else {
  63     $end = $block_size - 1;
  64 }
  65
  66 for ( $x = 0; $x < scalar( @nodelist ); $x++ ) {
  67     my $child_pid;
  68     $node = $nodelist[ $x ];
  69
  70     if ( !defined( $child_pid = fork() ) ) {
  71         &dieWithUnexpectedError( "cannot fork" );
  72     }
  73     elsif ( $child_pid ) {
  74         # I'm the parent, forking off $nodelist number of children
  75     }
  76     else {
  77         exec( "ssh",
  78               $node,
  79               "/usr/bin/perl",
  80               $RIO_SLAVE,
  81               $start,
  82               $end,
  83               $align.$x,
  84               $matrix_n,
  85               $name,
  86               $pwd_file,
  87               $seed,
  88               $x,
  89               $temp_dir )
  90               || &dieWithUnexpectedError( "could not \"exec ssh $node /usr/bin/perl $RIO_SLAVE\"" );
  91
  92     }
  93     $larger_blocks--;
  94     if ( $larger_blocks > 0 ) {
  95         $start += ( $block_size + 1 );
  96         $end   += ( $block_size + 1 );
  97     }
  98     elsif ( $larger_blocks == 0 ) {
  99         $start += ( $block_size + 1 );
 100         $end   += $block_size;
 101     }
 102     else {
 103         $start += $block_size;
 104         $end   += $block_size;
 105     }
 106 }
 107
 108 exit( 0 );