forester/archive/perl/xt.pl

   1 #!/usr/bin/perl -W
   2
   3 # xt.pl
   4 # -----
   5 #
   6 # Copyright (C) 2003 Christian M. Zmasek
   7 # All rights reserved
   8 #
   9 # Author: Christian M. Zmasek
  10 #         zmasek@genetics.wustl.edu
  11 #         http://www.genetics.wustl.edu/eddy/people/zmasek/
  12 #
  13 # Version: 1.010
  14 # Last modified 03/25/03
  15 #
  16 #
  17 #
  18 # Calculates trees based on Pfam alignments or precalculated distances using
  19 # makeTree.pl.
  20
  21
  22 use strict;
  23 use FindBin;
  24 use lib $FindBin::Bin;
  25 use rio_module;
  26
  27
  28 # To use _your_ species list make $MY_SPECIES_NAMES_FILE point to it.
  29 # To use _your_ TrEMBL ACDEOS make $MY_TREMBL_ACDEOS_FILE point to it.
  30
  31 my $MY_SPECIES_NAMES_FILE = $SPECIES_NAMES_FILE; # $SPECIES_NAMES_FILE is inherited
  32                                                  # from rio_module.pm
  33
  34 my $MY_TREMBL_ACDEOS_FILE = $TREMBL_ACDEOS_FILE; # $TREMBL_ACDEOS_FILE is inherited
  35                                                  # from rio_module.pm
  36
  37 my $MY_TEMP_DIR           = $TEMP_DIR_DEFAULT;   # $TEMP_DIR_DEFAULT is inherited
  38                                                  # from rio_module.pm
  39
  40 my $LOGFILE               = "00_xt_logfile";
  41 my $PWD_SUFFIX            = ".pwd";
  42 my $ALN_SUFFIX            = ".aln";
  43
  44 my $use_precalc_pwd       = 0;  # 0: input is Pfam aligments ($input_dir must point to "/Pfam/Full/").
  45                                 # 1: input is precalculated pairwise distancs ($input_dir must point to "").
  46 my $use_precalc_pwd_and_aln = 0;# 0: otherwise
  47                                 # 1: input is precalculated pairwise distancs
  48                                 # _and_ alns,$use_precalc_pwd = 1 ($input_dir must point to alns).
  49 my $add_species           = 0;  # "I": 0: do nothing with species information.
  50                                 # "S": 1: add species code to TrEMBL sequences and ignore sequences from
  51                                 #         species not in $MY_SPECIES_NAMES_FILE (only if input is Pfam aligments).
  52 my $options               = ""; # Options for makeTree.pl, see makeTree.pl.
  53                                 # Do not use F [Pairwise distance (pwd) file as input (instead of alignment)]
  54                                 # since this is determined with $USE_PRECALC_PWD
  55 my $min_seqs              = 0;  # Minimal number of sequences (TREE-PUZZLE needs at least four seqs).
  56                                 # Ignored if $USE_PRECALC_PWD = 1
  57 my $max_seqs              = 0;  # Maximal number of sequences.
  58                                 # Ignored if $USE_PRECALC_PWD = 1
  59 my $input_dir             = "";
  60 my $input_dir_aln         = ""; # for .aln files
  61 my $output_dir            = "";
  62
  63 my $i                     = 0;
  64 my $seqs                  = 0;
  65 my $filename              = "";
  66 my @filenames             = ();
  67 my %AC_OS                 = (); # AC -> species name
  68 my %Species_names_hash    = ();
  69 my $too_small             = 0;
  70 my $too_large             = 0;
  71 my $already_present       = 0;
  72 my @too_small_names       = ();
  73 my @too_large_names       = ();
  74 my @already_present_names = ();
  75
  76
  77 # Analyzes the options:
  78 # ---------------------
  79
  80 unless ( @ARGV == 3 || @ARGV == 4 || @ARGV == 6 ) {
  81     &printUsage();
  82 }
  83
  84 if ( @ARGV == 3 ) {
  85     $use_precalc_pwd         = 1;
  86     $use_precalc_pwd_and_aln = 0;
  87     $options         = $ARGV[ 0 ];
  88     $input_dir       = $ARGV[ 1 ];
  89     $output_dir      = $ARGV[ 2 ];
  90     $add_species     = 0;
  91 }
  92 elsif ( @ARGV == 4 ) {
  93     $use_precalc_pwd         = 1;
  94     $use_precalc_pwd_and_aln = 1;
  95     $options         = $ARGV[ 0 ];
  96     $input_dir       = $ARGV[ 1 ];
  97     $input_dir_aln   = $ARGV[ 2 ];
  98     $output_dir      = $ARGV[ 3 ];
  99     $add_species     = 0;
 100     $input_dir_aln = &addSlashAtEndIfNotPresent( $input_dir_aln );
 101 }
 102 else {
 103     $use_precalc_pwd         = 0;
 104     $use_precalc_pwd_and_aln = 0;
 105     $add_species     = $ARGV[ 0 ];
 106     $options         = $ARGV[ 1 ];
 107     $min_seqs        = $ARGV[ 2 ];
 108     $max_seqs        = $ARGV[ 3 ];
 109     $input_dir       = $ARGV[ 4 ];
 110     $output_dir      = $ARGV[ 5 ];
 111     if ( $min_seqs < 4 ) {
 112         $min_seqs = 4;
 113     }
 114     if ( $add_species eq "I" ) {
 115         $add_species = 0;
 116     }
 117     elsif ( $add_species eq "S" ) {
 118         $add_species = 1;
 119     }
 120     else {
 121         print( "\nFirst must be either \"I\" [Ignore species] or\n\"S\" [add Species code to TrEMBL sequences and ignore sequences from species not in $MY_SPECIES_NAMES_FILE].\n\n" );
 122         &printUsage();
 123     }
 124 }
 125
 126
 127
 128 $input_dir   = &addSlashAtEndIfNotPresent( $input_dir );
 129 $output_dir  = &addSlashAtEndIfNotPresent( $output_dir );
 130 $MY_TEMP_DIR = &addSlashAtEndIfNotPresent( $MY_TEMP_DIR );
 131
 132
 133
 134
 135 # This adds a "-" before the options for makeTree:
 136 # ------------------------------------------------
 137 unless ( $options =~ /^-/ ) {
 138     $options = "-".$options;
 139 }
 140
 141
 142
 143 # If based on pwd, species are "fixed" and certain options for makeTree
 144 # are not applicable and option "F" is mandatory:
 145 # ---------------------------------------------------------------------
 146 if ( $use_precalc_pwd == 1 ) {
 147     $options =~ s/D//g;
 148     $options =~ s/C//g;
 149     $options =~ s/N//g;
 150     unless ( $options =~ /F/ ) {
 151         $options = $options."F";
 152     }
 153 }
 154 else {
 155     $options =~ s/F//g;
 156 }
 157
 158 if ( $use_precalc_pwd_and_aln == 1 ) {
 159     unless ( $options =~ /U/ ) {
 160         $options = $options."U";
 161     }
 162 }
 163 if ( $use_precalc_pwd_and_aln == 0 && $use_precalc_pwd == 1 ) {
 164     $options =~ s/U//g;
 165 }
 166
 167
 168
 169
 170 # If species are to be considered, speices names file and TrEMBL ACDEOS
 171 # files need to be read in:
 172 # ---------------------------------------------------------------------
 173 if ( $add_species == 1 ) {
 174     print "\nXT.PL: Reading species names file...\n";
 175     &readSpeciesNamesFile( $MY_SPECIES_NAMES_FILE );
 176     print "\nXT.PL: Reading TrEMBL ACDEOS file...\n";
 177     &readTrEMBL_ACDEOS_FILE( $MY_TREMBL_ACDEOS_FILE );
 178 }
 179
 180
 181
 182 # This creates the temp file:
 183 # --------------------------
 184
 185 my $time = time;
 186 my $ii   = 0;
 187
 188 my $temp_file = $MY_TEMP_DIR."xt".$time.$ii;
 189
 190 while ( -e $temp_file ) {
 191     $ii++;
 192     $temp_file = $MY_TEMP_DIR."xt".$time.$ii;
 193 }
 194
 195
 196
 197 &startLogfile();
 198
 199 opendir( DIR, $input_dir ) || error( "Cannot open directory \"$input_dir\": $!" );
 200
 201 $i = 0;
 202
 203 while( defined( $filename = readdir( DIR ) ) ) {
 204     if ( $filename =~ /^\.\.?$/ ) {
 205         next;
 206     }
 207     if ( $use_precalc_pwd == 1 && $filename !~ /$PWD_SUFFIX$/ ) {
 208         next
 209     }
 210     $filenames[ $i ] = $filename;
 211     $i++;
 212 }
 213
 214 close( DIR );
 215
 216 $i = 0;
 217
 218 FOREACH: foreach $filename ( @filenames ) {
 219
 220     # If the corresponding tree seems to already exists, do next one.
 221     my $fn = $filename;
 222     if ( $use_precalc_pwd == 1 ) {
 223         $fn =~ s/$PWD_SUFFIX$//;
 224     }
 225     if ( -e "$output_dir$fn.nhx" ) {
 226         $already_present_names[ $already_present++ ] = $fn;
 227         next FOREACH;
 228     }
 229
 230     if ( $use_precalc_pwd != 1 ) {
 231
 232         if ( $add_species == 1 ) {
 233
 234             # 1. Pfam flat file name
 235             # 2. outfile name
 236             # Returns the number of sequences in the resulting alignment.
 237             $seqs = &removeSeqsFromPfamAlign( $input_dir.$filename, $temp_file );
 238
 239         }
 240         else {
 241             # Gets the number of seqs in the alignment.
 242             open( F, "$input_dir"."$filename" );
 243             while( <F> ) {
 244                 if ( $_ =~/^#.+SQ\s+(\d+)\s*$/ ) {
 245                     $seqs = $1;
 246                     last;
 247                 }
 248             }
 249             close( F );
 250         }
 251
 252         if ( $seqs < $min_seqs ) {
 253             $too_small_names[ $too_small++ ] = $filename;
 254             next FOREACH;
 255         }
 256         if ( $seqs > $max_seqs ) {
 257             $too_large_names [ $too_large++ ] = $filename;
 258             next FOREACH;
 259         }
 260     }
 261
 262     print "\n\n\n\n";
 263     print "XT.PL\n";
 264     if ( $use_precalc_pwd == 1 ) {
 265         print "working on: $filename\n";
 266     }
 267     else {
 268         print "working on: $filename [$seqs seqs]\n";
 269     }
 270     print "[tree calculation $i]\n";
 271     print "=====================================================================\n\n\n";
 272
 273
 274     unlink( "$output_dir$filename.aln", "$output_dir$filename.log" );
 275
 276     print( "XT.PL: executing:\n" );
 277
 278     my $inputfile = "";
 279
 280     if ( $add_species == 1 ) {
 281         $inputfile = $temp_file;
 282     }
 283     else {
 284         $inputfile = $input_dir.$filename;
 285     }
 286
 287     if ( $use_precalc_pwd == 1 ) {
 288         $filename =~ s/$PWD_SUFFIX$//;
 289     }
 290
 291     if ( $use_precalc_pwd_and_aln == 1 ) {
 292         $inputfile = $inputfile." ".$input_dir_aln.$filename.$ALN_SUFFIX;
 293     }
 294
 295     my $command = "$MAKETREE $options $inputfile $output_dir$filename.nhx";
 296
 297     print( "$command\n" );
 298     system( $command ) && &error( "Could not execute \"$command\"" );
 299
 300     if ( $add_species == 1 ) {
 301         if ( unlink( $temp_file ) != 1 ) {
 302             &error( "Unexpected: Could not delete \"$temp_file\"" );
 303         }
 304     }
 305
 306     $i++;
 307
 308 }
 309
 310 &finishLogfile();
 311
 312 print( "\n\n\nXT.PL: Done!\n" );
 313 print( "Wrote \"$LOGFILE\".\n\n" );
 314
 315 exit( 0 );
 316
 317
 318
 319
 320
 321
 322 sub error{
 323
 324     my $text = $_[ 0 ];
 325
 326     print( "\nxt.pl: ERROR:\n" );
 327     print( "$text\n\n" );
 328
 329     exit( -1 );
 330
 331 } ## dieWithUnexpectedError
 332
 333 # Similar to the method with the same name in "rio.pl".
 334 # Removes sequences from a Pfam flat file.
 335 # Adds species to TrEMBL seqs.
 336 # It can remove all sequences not from species listed in a species names file.
 337 # Two arguments:
 338 # 1. Pfam flat file name
 339 # 2. outfile name
 340 # Returns the number of sequences in the resulting alignment.
 341 # Last modified: 02/22/03
 342 sub removeSeqsFromPfamAlign {
 343     my $infile                   = $_[ 0 ];
 344     my $outfile                  = $_[ 1 ];
 345     my $return_line              = "";
 346     my $saw_sequence_line        = 0;
 347     my $number_of_seqs           = 0;
 348     my $OS                       = "";
 349     my $AC                       = "";
 350     my $i                        = 0;
 351     my $length                   = 0;
 352     my $seq_name                 = "";
 353     my $seq                      = "";
 354
 355
 356     open( OUT_RNSP, ">$outfile" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot create file \"$outfile\": $!";
 357     open( IN_RNSP, "$infile" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot open file <<$infile>>: $!";
 358     while ( $return_line = <IN_RNSP> ) {
 359
 360         if ( $saw_sequence_line == 1
 361         && !&containsPfamNamedSequence( $return_line )
 362         && !&isPfamCommentLine( $return_line ) ) {
 363             # This is just for counting purposes.
 364             $saw_sequence_line = 2;
 365         }
 366         if ( &isPfamSequenceLine( $return_line ) ) {
 367             if ( $saw_sequence_line == 0 ) {
 368                 $saw_sequence_line = 1;
 369             }
 370             $return_line =~ /^\s*(\S+)\s+(\S+)/;
 371             $seq_name = $1;
 372             $seq      = $2;
 373             if ( !&startsWithSWISS_PROTname( $return_line ) ) {
 374                 $seq_name =~ /^(\S+)\//;
 375                 $AC = $1;
 376                 unless( exists( $AC_OS{ $AC } ) ) {
 377                     #ACs not present in "ACDEOS" file.
 378                     next;
 379                 }
 380                 $OS = $AC_OS{ $AC };
 381                 if ( !$OS || $OS eq "" ) {
 382                     die "\n\n$0: Unexpected error: species for \"$AC\" not found.\n\n";
 383                 }
 384                 unless( exists( $Species_names_hash{ $OS } ) ) {
 385                     next;
 386                 }
 387                 $seq_name =~ s/\//_$OS\//;
 388             }
 389             else {
 390                 if ( $return_line =~ /_([A-Z0-9]{1,5})\// ) {
 391                     unless( exists( $Species_names_hash{ $1 } ) ) {
 392                         next;
 393                     }
 394                 }
 395                 # remove everything whose species cannot be determined.
 396                 else {
 397                     next;
 398                 }
 399             }
 400             $length = length( $seq_name );
 401             for ( $i = 0; $i <= ( $LENGTH_OF_NAME - $length - 1 ); $i++ ) {
 402                     $seq_name .= " ";
 403             }
 404             $return_line = $seq_name.$seq."\n";
 405         }
 406
 407         if ( !&isPfamCommentLine( $return_line ) ) {
 408             print OUT_RNSP $return_line;
 409         }
 410
 411         if ( $saw_sequence_line == 1 ) {
 412             $number_of_seqs++;
 413         }
 414     } ## while ( $return_line = <IN_RNSP> )
 415     close( IN_RNSP );
 416     close( OUT_RNSP );
 417
 418     return $number_of_seqs;
 419
 420 } ## removeSeqsFromPfamAlign
 421
 422
 423
 424
 425
 426
 427
 428 # Reads in (SWISS-PROT) species names from a file.
 429 # Names must be separated by newlines.
 430 # Lines beginning with "#" are ignored.
 431 # A possible "=" and everything after is ignored.
 432 # One argument: species-names-file name
 433 # Last modified: 04/24/01
 434 sub readSpeciesNamesFile {
 435     my $infile      = $_[ 0 ];
 436     my $return_line = "";
 437     my $species     = "";
 438
 439     unless ( ( -s $infile ) && ( -f $infile ) && ( -T $infile ) ) {
 440         die "\n\n$0: Error: \"$infile\" does not exist, is empty, or is not a plain textfile.\n\n";
 441     }
 442
 443     open( IN_RSNF, "$infile" ) || die "\n\n$0: Unexpected error: Cannot open file <<$infile>>: $!\n\n";
 444     while ( $return_line = <IN_RSNF> ) {
 445         if ( $return_line !~ /^\s*#/ && $return_line =~ /(\S+)/ ) {
 446             $species = $1;
 447             $species =~ s/=.+//;
 448             $Species_names_hash{ $species } = "";
 449         }
 450     }
 451     close( IN_RSNF );
 452
 453     return;
 454 } ## readSpeciesNamesFile
 455
 456
 457
 458 # Last modified: 05/18/01
 459 sub readTrEMBL_ACDEOS_FILE {
 460     my $infile      = $_[ 0 ];
 461     my $return_line = "";
 462
 463     unless ( ( -s $infile  ) && ( -f $infile  ) && ( -T $infile ) ) {
 464         &error( "\"$infile\" does not exist, is empty, or is not a plain textfile" );
 465     }
 466     # Fill up (huge) hashs.
 467     open( HH, "$infile" ) || &error(  "Unexpected error: Cannot open file \"$infile\"" );
 468     while ( $return_line = <HH> ) {
 469
 470         if ( $return_line =~ /(\S+);[^;]*;(\S+)/ ) {
 471              $AC_OS{ $1 } = $2;
 472         }
 473     }
 474     close( HH );
 475 } ## readTrEMBL_ACDEOS_FILE
 476
 477
 478
 479 # Last modified: 05/17/01
 480 sub startLogfile {
 481     if ( -e "$LOGFILE" ) {
 482         &error( "logfile \"$LOGFILE\" already exists, rename it or place it in another directory" );
 483     }
 484
 485     open( L, ">$LOGFILE" ) || &error( "Cannot create logfile: $!" );
 486     if ( $use_precalc_pwd != 1 ) {
 487         print L "Trees are based directly on Pfam alignments\n";
 488         if ( $add_species == 1 ) {
 489             print L "Add species code to TrEMBL sequences and ignore sequences\nfrom species not in $MY_SPECIES_NAMES_FILE\n";
 490         }
 491         else {
 492             print L "Do nothing with species information\n";
 493         }
 494     }
 495     else {
 496         print L "Trees are based on precalculated pairwise distances\n";
 497     }
 498     if ( $use_precalc_pwd_and_aln == 1 ) {
 499         print L "and the matching alignments\n";
 500     }
 501     print L "Options for makeTree: $options\n";
 502     if ( $use_precalc_pwd != 1 ) {
 503         print L "Min seqs            : $min_seqs\n";
 504         print L "Max seqs            : $max_seqs\n";
 505     }
 506     if ( $add_species == 1 ) {
 507         print L "TrEMBL ACDEOS file  : $MY_TREMBL_ACDEOS_FILE\n";
 508         print L "Species names file  : $MY_SPECIES_NAMES_FILE\n";
 509     }
 510     print L "Input directory     : $input_dir\n";
 511     if ( $use_precalc_pwd_and_aln == 1 ) {
 512     print L "Input directory aln : $input_dir_aln\n";
 513     }
 514     print L "Output directory    : $output_dir\n";
 515     print L "Start date          : ".`date`;
 516
 517 } ## startLogfile
 518
 519
 520
 521 # Last modified: 05/17/01
 522 sub finishLogfile {
 523     my $j = 0;
 524     print L "\n\n";
 525     print L "Successfully calculated $i trees.\n";
 526     if ( $use_precalc_pwd != 1 ) {
 527         print L "Too large alignments (>$max_seqs): $too_large\n";
 528         print L "Too small alignments (<$min_seqs): $too_small\n";
 529     }
 530     print L "Alignments for which a tree appears to already exist: $already_present\n";
 531     print L "Finish date        : ".`date`."\n\n";
 532     if ( $use_precalc_pwd != 1 ) {
 533         print L "List of the $too_large alignments which were ignored because they\n";
 534         print L "contained too many sequences (>$max_seqs) [after pruning]:\n";
 535         for ( $j = 0; $j < $too_large; ++$j ) {
 536             print L "$too_large_names[ $j ]\n";
 537         }
 538         print L "\n\n";
 539         print L "List of the $too_small alignments which were ignored because they\n";
 540         print L "contained not enough sequences (<$min_seqs) [after pruning]:\n";
 541         for ( $j = 0; $j < $too_small; ++$j ) {
 542             print L "$too_small_names[ $j ]\n";
 543         }
 544     }
 545     print L "\n\n";
 546     print L "List of the $already_present alignments which were ignored because\n";
 547     print L "a tree appears to already exist:\n";
 548     for ( $j = 0; $j < $already_present; ++$j ) {
 549         print L "$already_present_names[ $j ]\n";
 550     }
 551     print L "\n";
 552     close( L );
 553 } ## finishLogfile
 554
 555
 556 sub printUsage {
 557     print "\n";
 558     print " xt.pl\n";
 559     print " _____\n";
 560     print " \n";
 561     print " Copyright (C) 2003 Christian M. Zmasek\n";
 562     print " All rights reserved\n";
 563     print "\n";
 564     print " Author: Christian M. Zmasek\n";
 565     print " zmasek\@genetics.wustl.edu\n";
 566     print " http://www.genetics.wustl.edu/eddy/forester/\n";
 567     print "\n";
 568     print "\n";
 569     print " Purpose\n";
 570     print " -------\n";
 571     print "\n";
 572     print " Tree construction using makeTree.pl based on directories\n";
 573     print " of Pfam alignments or precalculated pairwise distances.\n";
 574     print "\n";
 575     print "\n";
 576     print " Usage\n";
 577     print " -----\n";
 578     print "\n";
 579     print " Input is Pfam aligments:\n";
 580     print "   xt.pl <I or S> <options for makeTree.pl> <minimal number of seqs>\n";
 581     print "   <maximal number of seqs> <input directory: Pfam aligments> <output directory>\n";
 582     print "\n";
 583     print " Input is precalculated pairwise distancs:\n";
 584     print "   xt.pl <options for makeTree.pl> <input directory: pairwise distances \"$PWD_SUFFIX\"> <output directory>\n";
 585     print "\n";
 586     print " Input is precalculated pairwise distancs and corresponding alignment files:\n";
 587     print "   xt.pl <options for makeTree.pl> <input directory: pairwise distances \"$PWD_SUFFIX\">\n";
 588     print "   <input directory: corresponding alignment files \"$ALN_SUFFIX\"> <output directory>\n";
 589     print "\n";
 590     print "\n";
 591     print " Examples\n";
 592     print " --------\n";
 593     print "\n";
 594     print "   \"xt.pl S NS21UTRB100DX 4 200 DB/PFAM/Full/ trees/\"\n";
 595     print "\n";
 596     print "   \"xt.pl FLB100R /pfam2pwd_out/ trees/\"\n";
 597     print "\n";
 598     print "   \"xt.pl FULB100R /pfam2pwd_out/ /pfam2pwd_out/ trees/\"\n";
 599     print "\n";
 600     print "\n";
 601     print " Options\n";
 602     print " -------\n";
 603     print "\n";
 604     print " I: ignore species information (use all sequences)\n";
 605     print " S: add species codes to TrEMBL sequences and ignore sequences\n";
 606     print "    from species not in $MY_SPECIES_NAMES_FILE,\n";
 607     print "    species codes are extracted from $MY_TREMBL_ACDEOS_FILE\n";
 608     print "\n";
 609     print "\n";
 610     print " Options for makeTree\n";
 611     print " --------------------\n";
 612     print "\n";
 613     print " N  : Suggestion to remove columns in the alignment which contain gaps.\n";
 614     print "      Gaps are not removed, if, after removal of gaps, the resulting\n";
 615     print "      alignment would be shorter than $MIN_NUMBER_OF_AA aa (\$MIN_NUMBER_OF_AA).\n";
 616     print "      Default is not to remove gaps.\n";
 617     print " Bx : Number of bootstrapps. B0: do not bootstrap. Default: 100 bootstrapps.\n";
 618     print "      The number of bootstrapps should be divisible by 10.\n";
 619     print " U  : Use TREE-PUZZLE to calculate ML branchlengths for consesus tree, in case of\n";
 620     print "      bootstrapped analysis.\n";
 621     print " J  : Use JTT matrix (Jones et al. 1992) in TREE-PUZZLE, default: PAM.\n";
 622     print " L  : Use BLOSUM 62 matrix (Henikoff-Henikoff 92) in TREE-PUZZLE, default: PAM.\n";
 623     print " M  : Use mtREV24 matrix (Adachi-Hasegawa 1996) in TREE-PUZZLE, default: PAM.\n";
 624     print " W  : Use WAG matrix (Whelan-Goldman 2000) in TREE-PUZZLE, default: PAM.\n";
 625     print " T  : Use VT matrix (Mueller-Vingron 2000) in TREE-PUZZLE, default: PAM.\n";
 626     print " P  : Let TREE-PUZZLE choose which matrix to use, default: PAM.\n";
 627     print " R  : Randomize input order in PHYLIP NEIGHBOR.\n";
 628     print " Sx : Seed for random number generator(s). Must be 4n+1. Default is 9.\n";
 629     print " X  : To keep multiple tree file (=trees from bootstrap resampled alignments).\n";
 630     print " D  : To keep (and create, in case of bootstrap analysis) pairwise distance\n";
 631     print "      matrix file. This is created form the not resampled aligment.\n";
 632     print " C  : Calculate pairwise distances only (no tree). Bootstrap is always 1.\n";
 633     print "      No other files are generated.\n";
 634     print " F  : Pairwise distance (pwd) file as input (instead of alignment).\n";
 635     print "      No -D, -C, and -N options available in this case.\n";
 636     print " V  : Verbose\n";
 637     print "\n";
 638     exit( -1 );
 639
 640 }