forester/java/src/org/forester/analysis/TaxonomyDataManager.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.analysis;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.net.UnknownHostException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  40 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  41 import org.forester.archaeopteryx.tools.AncestralTaxonomyInferrer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  43 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  44 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  46 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  47 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  48 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  49 import org.forester.util.ForesterUtil;
  50 import org.forester.util.TaxonomyUtil;
  51 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  52 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
  53
  54 public final class TaxonomyDataManager extends RunnableProcess {
  55
  56     enum QUERY_TYPE {
  57         CODE, SN, CN, ID, LIN;
  58     }
  59     private static final int                              MAX_CACHE_SIZE           = 100000;
  60     private static final int                              MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN = 2000;
  61     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _sn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  62     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _lineage_up_cache_map    = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  63     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _code_up_cache_map       = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  64     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _cn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  65     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _id_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  66     private final Phylogeny                               _phy;
  67     private final MainFrameApplication                    _mf;
  68     private final TreePanel                               _treepanel;
  69     private final boolean                                 _delete;
  70     private final boolean                                 _allow_simple_names;
  71
  72     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  73         _phy = phy;
  74         _mf = mf;
  75         _treepanel = treepanel;
  76         _delete = false;
  77         _allow_simple_names = false;
  78     }
  79
  80     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf,
  81                                 final TreePanel treepanel,
  82                                 final Phylogeny phy,
  83                                 final boolean delete,
  84                                 final boolean allow_simple_name ) {
  85         _phy = phy;
  86         _mf = mf;
  87         _treepanel = treepanel;
  88         _delete = delete;
  89         _allow_simple_names = allow_simple_name;
  90     }
  91
  92     synchronized static void clearCachesIfTooLarge() {
  93         if ( getSnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  94             getSnTaxCacheMap().clear();
  95         }
  96         if ( getLineageTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  97             getLineageTaxCacheMap().clear();
  98         }
  99         if ( getCnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 100             getCnTaxCacheMap().clear();
 101         }
 102         if ( getCodeTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 103             getCodeTaxCacheMap().clear();
 104         }
 105         if ( getIdTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 106             getIdTaxCacheMap().clear();
 107         }
 108     }
 109
 110     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCnTaxCacheMap() {
 111         return _cn_up_cache_map;
 112     }
 113
 114     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCodeTaxCacheMap() {
 115         return _code_up_cache_map;
 116     }
 117
 118     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getIdTaxCacheMap() {
 119         return _id_up_cache_map;
 120     }
 121
 122     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getLineageTaxCacheMap() {
 123         return _lineage_up_cache_map;
 124     }
 125
 126     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getSnTaxCacheMap() {
 127         return _sn_up_cache_map;
 128     }
 129
 130     private final static UniProtTaxonomy obtainTaxonomy( final HashMap<String, UniProtTaxonomy> cache,
 131                                                          final Object query,
 132                                                          final QUERY_TYPE qt ) throws IOException,
 133             AncestralTaxonomyInferenceException {
 134         if ( cache.containsKey( query ) ) {
 135             return cache.get( query ).copy();
 136         }
 137         else {
 138             List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = null;
 139             switch ( qt ) {
 140                 case ID:
 141                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromId( ( String ) query );
 142                     break;
 143                 case CODE:
 144                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromTaxonomyCode( ( String ) query );
 145                     break;
 146                 case SN:
 147                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( ( String ) query );
 148                     break;
 149                 case CN:
 150                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( ( String ) query );
 151                     break;
 152                 case LIN:
 153                     return obtainUniProtTaxonomyFromLineage( ( List<String> ) query );
 154                 default:
 155                     throw new RuntimeException();
 156             }
 157             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() == 1 ) ) {
 158                 final UniProtTaxonomy up_tax = up_taxonomies.get( 0 );
 159                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 160                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 161                 }
 162                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 163                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 164                 }
 165                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 166                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 167                 }
 168                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 169                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 170                 }
 171                 return up_tax;
 172             }
 173             else {
 174                 return null;
 175             }
 176         }
 177     }
 178
 179     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String query ) throws IOException {
 180         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 181     }
 182
 183     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String query ) throws IOException {
 184         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 185     }
 186
 187     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String query ) throws IOException {
 188         if ( query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.BACTERIA ) || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.ARCHAEA )
 189                 || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.VIRUSES )
 190                 || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.EUKARYOTA ) || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.X ) ) {
 191             final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 192             l.add( UniProtTaxonomy.createSpecialFromScientificName( query ) );
 193             return l;
 194         }
 195         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 196     }
 197
 198     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String query ) throws IOException {
 199         if ( ( query.indexOf( "XX" ) == 3 ) && TaxonomyUtil.isHasTaxIdFromFakeTaxCode( query ) ) {
 200             final int id = TaxonomyUtil.getTaxIdFromFakeTaxCode( query );
 201             return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( String.valueOf( id ), MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 202         }
 203         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 204     }
 205
 206     static final boolean isHasAppropriateId( final Taxonomy tax ) {
 207         return ( ( tax.getIdentifier() != null ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) && ( tax
 208                 .getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" )
 209                 || tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "uniprot" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
 210                 .equalsIgnoreCase( "uniprotkb" ) ) ) );
 211     }
 212
 213     synchronized final private static SortedSet<String> obtainDetailedTaxonomicInformation( final Phylogeny phy,
 214                                                                                             final boolean delete,
 215                                                                                             final boolean allow_to_use_basic_node_names )
 216             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 217         clearCachesIfTooLarge();
 218         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 219         List<PhylogenyNode> not_found_external_nodes = null;
 220         if ( delete ) {
 221             not_found_external_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 222         }
 223         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 224             final PhylogenyNode node = iter.next();
 225             final QUERY_TYPE qt = null;
 226             Taxonomy tax = null;
 227             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 228                 tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 229             }
 230             else if ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 231                 // Nothing to be done.
 232             }
 233             else if ( node.isExternal() ) {
 234                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 235                     not_found.add( node.getName() );
 236                 }
 237                 else {
 238                     not_found.add( node.toString() );
 239                 }
 240                 if ( delete ) {
 241                     not_found_external_nodes.add( node );
 242                 }
 243             }
 244             UniProtTaxonomy uniprot_tax = null;
 245             if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 246                     || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) )
 247                     || ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) ) {
 248                 if ( tax != null ) {
 249                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( tax, null, qt );
 250                 }
 251                 else {
 252                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( node.getName(), qt );
 253                 }
 254                 if ( uniprot_tax != null ) {
 255                     if ( tax == null ) {
 256                         tax = new Taxonomy();
 257                         node.getNodeData().addTaxonomy( tax );
 258                         node.setName( "" );
 259                     }
 260                     updateTaxonomy( qt, node, tax, uniprot_tax );
 261                 }
 262                 else {
 263                     if ( tax != null ) {
 264                         not_found.add( tax.toString() );
 265                     }
 266                     else {
 267                         not_found.add( node.getName() );
 268                     }
 269                     if ( delete && node.isExternal() ) {
 270                         not_found_external_nodes.add( node );
 271                     }
 272                 }
 273             }
 274         }
 275         if ( delete ) {
 276             for( final PhylogenyNode node : not_found_external_nodes ) {
 277                 phy.deleteSubtree( node, true );
 278             }
 279             phy.externalNodesHaveChanged();
 280             phy.clearHashIdToNodeMap();
 281             phy.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 282         }
 283         return not_found;
 284     }
 285
 286     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final Taxonomy tax, Object query, QUERY_TYPE qt )
 287             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 288         if ( tax == null ) {
 289             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty taxonomy object" );
 290         }
 291         if ( TaxonomyDataManager.isHasAppropriateId( tax ) ) {
 292             query = tax.getIdentifier().getValue();
 293             qt = QUERY_TYPE.ID;
 294             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), query, qt );
 295         }
 296         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 297             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getLineage() ) ) {
 298                 query = tax.getLineage();
 299                 qt = QUERY_TYPE.LIN;
 300                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap(), query, qt );
 301             }
 302             else {
 303                 query = tax.getScientificName();
 304                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 305                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), query, qt );
 306             }
 307         }
 308         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 309             query = tax.getTaxonomyCode();
 310             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 311             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), query, qt );
 312         }
 313         else {
 314             query = tax.getCommonName();
 315             qt = QUERY_TYPE.CN;
 316             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), query, qt );
 317         }
 318     }
 319
 320     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final String simple_name, QUERY_TYPE qt )
 321             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 322         if ( ForesterUtil.isEmpty( simple_name ) ) {
 323             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty simple name" );
 324         }
 325         qt = QUERY_TYPE.SN;
 326         UniProtTaxonomy ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 327         if ( ut == null ) {
 328             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 329             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 330         }
 331         if ( ut == null ) {
 332             qt = QUERY_TYPE.CN;
 333             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 334         }
 335         return ut;
 336     }
 337
 338     static final UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomyFromLineage( final List<String> lineage )
 339             throws AncestralTaxonomyInferenceException, IOException {
 340         final String lineage_str = ForesterUtil.stringListToString( lineage, ">" );
 341         if ( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().containsKey( lineage_str ) ) {
 342             return TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().get( lineage_str ).copy();
 343         }
 344         else {
 345             final List<UniProtTaxonomy> matching_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 346             final List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( lineage
 347                     .get( lineage.size() - 1 ) );
 348             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() > 0 ) ) {
 349                 for( final UniProtTaxonomy up_taxonomy : up_taxonomies ) {
 350                     boolean match = true;
 351                     I: for( int i = 0; i < lineage.size(); ++i ) {
 352                         if ( ( i == up_taxonomy.getLineage().size() )
 353                                 || !lineage.get( i ).equalsIgnoreCase( up_taxonomy.getLineage().get( i ) ) ) {
 354                             match = false;
 355                             break I;
 356                         }
 357                     }
 358                     if ( match ) {
 359                         matching_taxonomies.add( up_taxonomy );
 360                     }
 361                 }
 362                 if ( matching_taxonomies.isEmpty() ) {
 363                     throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 364                             + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" not found" );
 365                 }
 366                 //in case of more than one (e.g. "Xenopus" Genus and Subgenus), keep shorter, less specific  one:
 367                 int shortest = Integer.MAX_VALUE;
 368                 UniProtTaxonomy least_specific_up_tax = null;
 369                 for( final UniProtTaxonomy m : matching_taxonomies ) {
 370                     final int s = m.getLineage().size();
 371                     if ( s < shortest ) {
 372                         shortest = s;
 373                         least_specific_up_tax = m;
 374                     }
 375                 }
 376                 TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().put( lineage_str, least_specific_up_tax );
 377                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getScientificName() ) ) {
 378                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getScientificName(),
 379                                                                 least_specific_up_tax );
 380                 }
 381                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCode() ) ) {
 382                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCode(),
 383                                                                   least_specific_up_tax );
 384                 }
 385                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCommonName() ) ) {
 386                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCommonName(),
 387                                                                 least_specific_up_tax );
 388                 }
 389                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getId() ) ) {
 390                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getId(), least_specific_up_tax );
 391                 }
 392                 return least_specific_up_tax;
 393             }
 394             else {
 395                 throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "taxonomy \"" + ( lineage.get( lineage.size() - 1 ) )
 396                         + "\" not found" );
 397             }
 398         }
 399     }
 400
 401     synchronized final private static void updateTaxonomy( final QUERY_TYPE qt,
 402                                                            final PhylogenyNode node,
 403                                                            final Taxonomy tax,
 404                                                            final UniProtTaxonomy up_tax )
 405             throws PhyloXmlDataFormatException {
 406         if ( ( qt != QUERY_TYPE.SN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() )
 407                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 408             tax.setScientificName( up_tax.getScientificName() );
 409         }
 410         if ( node.isExternal() && ( qt != QUERY_TYPE.CODE ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() )
 411                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 412             tax.setTaxonomyCode( up_tax.getCode() );
 413         }
 414         if ( ( qt != QUERY_TYPE.CN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() )
 415                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 416             tax.setCommonName( up_tax.getCommonName() );
 417         }
 418         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getSynonym() ) && !tax.getSynonyms().contains( up_tax.getSynonym() ) ) {
 419             tax.getSynonyms().add( up_tax.getSynonym() );
 420         }
 421         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getRank() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
 422             try {
 423                 tax.setRank( up_tax.getRank().toLowerCase() );
 424             }
 425             catch ( final PhyloXmlDataFormatException ex ) {
 426                 tax.setRank( "" );
 427             }
 428         }
 429         if ( ( qt != QUERY_TYPE.ID ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() )
 430                 && ( ( tax.getIdentifier() == null ) || ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) ) {
 431             tax.setIdentifier( new Identifier( up_tax.getId(), "uniprot" ) );
 432         }
 433         if ( up_tax.getLineage() != null ) {
 434             tax.setLineage( new ArrayList<String>() );
 435             for( final String lin : up_tax.getLineage() ) {
 436                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 437                     tax.getLineage().add( lin );
 438                 }
 439             }
 440         }
 441     }
 442
 443     private final void execute() {
 444         start( _mf, "taxonomy data" );
 445         SortedSet<String> not_found = null;
 446         try {
 447             not_found = obtainDetailedTaxonomicInformation( _phy, _delete, _allow_simple_names );
 448         }
 449         catch ( final UnknownHostException e ) {
 450             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 451                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
 452                                            "Network error during taxonomic information gathering",
 453                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 454             return;
 455         }
 456         catch ( final IOException e ) {
 457             e.printStackTrace();
 458             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 459                                            e.toString(),
 460                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 461                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 462             return;
 463         }
 464         catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 465             e.printStackTrace();
 466             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 467                                            e.toString(),
 468                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 469                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 470             return;
 471         }
 472         finally {
 473             end( _mf );
 474         }
 475         if ( ( _phy == null ) || _phy.isEmpty() ) {
 476             try {
 477                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 478                                                "None of the external node taxonomies could be resolved",
 479                                                "Taxonomy Tool Failed",
 480                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 481             }
 482             catch ( final Exception e ) {
 483                 // Not important if this fails, do nothing.
 484             }
 485             return;
 486         }
 487         _treepanel.setTree( _phy );
 488         _mf.showWhole();
 489         _treepanel.setEdited( true );
 490         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
 491             int max = not_found.size();
 492             boolean more = false;
 493             if ( max > 20 ) {
 494                 more = true;
 495                 max = 20;
 496             }
 497             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 498             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 499             if ( not_found.size() == 1 ) {
 500                 if ( _delete ) {
 501                     sb.append( "The following taxonomy was not found and deleted (if external):\n" );
 502                 }
 503                 else {
 504                     sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 505                 }
 506             }
 507             else {
 508                 if ( _delete ) {
 509                     sb.append( "The following taxonomies were not found and deleted (if external) (total: "
 510                             + not_found.size() + "):\n" );
 511                 }
 512                 else {
 513                     sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 514                 }
 515             }
 516             int i = 0;
 517             for( final String string : not_found ) {
 518                 if ( i > 19 ) {
 519                     break;
 520                 }
 521                 sb.append( string );
 522                 sb.append( "\n" );
 523                 ++i;
 524             }
 525             if ( more ) {
 526                 sb.append( "..." );
 527             }
 528             try {
 529                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 530                                                sb.toString(),
 531                                                "Taxonomy Tool Completed",
 532                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 533             }
 534             catch ( final Exception e ) {
 535                 // Not important if this fails, do nothing.
 536             }
 537         }
 538         else {
 539             try {
 540                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 541                                                "Taxonomy tool successfully completed",
 542                                                "Taxonomy Tool Completed",
 543                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 544             }
 545             catch ( final Exception e ) {
 546                 // Not important if this fails, do nothing.
 547             }
 548         }
 549     }
 550
 551     private final String getBaseUrl() {
 552         return AncestralTaxonomyInferrer.getBaseUrl();
 553     }
 554
 555     @Override
 556     public void run() {
 557         execute();
 558     }
 559 }