forester/java/src/org/forester/analysis/TaxonomyDataManager.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.analysis;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.net.UnknownHostException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  40 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  41 import org.forester.archaeopteryx.tools.AncestralTaxonomyInferrer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  43 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  44 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  46 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  47 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  48 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  49 import org.forester.util.ForesterUtil;
  50 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  51 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
  52
  53 public final class TaxonomyDataManager extends RunnableProcess {
  54
  55     enum QUERY_TYPE {
  56         CODE, SN, CN, ID, LIN;
  57     }
  58     private static final int                              MAX_CACHE_SIZE           = 100000;
  59     private static final int                              MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN = 10;
  60     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _sn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  61     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _lineage_up_cache_map    = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  62     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _code_up_cache_map       = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  63     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _cn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  64     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _id_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  65     private final Phylogeny                               _phy;
  66     private final MainFrameApplication                    _mf;
  67     private final TreePanel                               _treepanel;
  68     private final boolean                                 _delete;
  69     private final boolean                                 _allow_simple_names;
  70
  71     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  72         _phy = phy;
  73         _mf = mf;
  74         _treepanel = treepanel;
  75         _delete = false;
  76         _allow_simple_names = false;
  77     }
  78
  79     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf,
  80                                 final TreePanel treepanel,
  81                                 final Phylogeny phy,
  82                                 final boolean delete,
  83                                 final boolean allow_simple_name ) {
  84         _phy = phy;
  85         _mf = mf;
  86         _treepanel = treepanel;
  87         _delete = delete;
  88         _allow_simple_names = allow_simple_name;
  89     }
  90
  91     synchronized static void clearCachesIfTooLarge() {
  92         if ( getSnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  93             getSnTaxCacheMap().clear();
  94         }
  95         if ( getLineageTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  96             getLineageTaxCacheMap().clear();
  97         }
  98         if ( getCnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  99             getCnTaxCacheMap().clear();
 100         }
 101         if ( getCodeTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 102             getCodeTaxCacheMap().clear();
 103         }
 104         if ( getIdTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 105             getIdTaxCacheMap().clear();
 106         }
 107     }
 108
 109     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCnTaxCacheMap() {
 110         return _cn_up_cache_map;
 111     }
 112
 113     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCodeTaxCacheMap() {
 114         return _code_up_cache_map;
 115     }
 116
 117     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getIdTaxCacheMap() {
 118         return _id_up_cache_map;
 119     }
 120
 121     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getLineageTaxCacheMap() {
 122         return _lineage_up_cache_map;
 123     }
 124
 125     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getSnTaxCacheMap() {
 126         return _sn_up_cache_map;
 127     }
 128
 129     private final static UniProtTaxonomy obtainTaxonomy( final HashMap<String, UniProtTaxonomy> cache,
 130                                                          final Object query,
 131                                                          final QUERY_TYPE qt ) throws IOException,
 132             AncestralTaxonomyInferenceException {
 133         if ( cache.containsKey( query ) ) {
 134             return cache.get( query ).copy();
 135         }
 136         else {
 137             List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = null;
 138             switch ( qt ) {
 139                 case ID:
 140                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromId( ( String ) query );
 141                     break;
 142                 case CODE:
 143                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromTaxonomyCode( ( String ) query );
 144                     break;
 145                 case SN:
 146                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( ( String ) query );
 147                     break;
 148                 case CN:
 149                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( ( String ) query );
 150                     break;
 151                 case LIN:
 152                     return obtainUniProtTaxonomyFromLineage( ( List<String> ) query );
 153                 default:
 154                     throw new RuntimeException();
 155             }
 156             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() == 1 ) ) {
 157                 final UniProtTaxonomy up_tax = up_taxonomies.get( 0 );
 158                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 159                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 160                 }
 161                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 162                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 163                 }
 164                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 165                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 166                 }
 167                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 168                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 169                 }
 170                 return up_tax;
 171             }
 172             else {
 173                 return null;
 174             }
 175         }
 176     }
 177
 178     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String query ) throws IOException {
 179         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 180     }
 181
 182     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String query ) throws IOException {
 183         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 184     }
 185
 186     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String query ) throws IOException {
 187         if ( query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.BACTERIA ) ||
 188                 query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.ARCHAEA ) ||
 189                 query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.VIRUSES ) ||
 190                 query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.EUKARYOTA )
 191                 ) {
 192             final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 193             l.add( UniProtTaxonomy.createSpecialFromScientificName( query ) );
 194             return l;
 195         }
 196
 197         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 198     }
 199
 200     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String query ) throws IOException {
 201         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 202     }
 203
 204     static final boolean isHasAppropriateId( final Taxonomy tax ) {
 205         return ( ( tax.getIdentifier() != null ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) && ( tax
 206                 .getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" )
 207                 || tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "uniprot" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
 208                 .equalsIgnoreCase( "uniprotkb" ) ) ) );
 209     }
 210
 211     synchronized final private static SortedSet<String> obtainDetailedTaxonomicInformation( final Phylogeny phy,
 212                                                                                             final boolean delete,
 213                                                                                             final boolean allow_to_use_basic_node_names )
 214             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 215         clearCachesIfTooLarge();
 216         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 217         List<PhylogenyNode> not_found_external_nodes = null;
 218         if ( delete ) {
 219             not_found_external_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 220         }
 221         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 222             final PhylogenyNode node = iter.next();
 223             final QUERY_TYPE qt = null;
 224             Taxonomy tax = null;
 225             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 226                 tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 227             }
 228             else if ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 229                 // Nothing to be done.
 230             }
 231             else if ( node.isExternal() ) {
 232                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 233                     not_found.add( node.getName() );
 234                 }
 235                 else {
 236                     not_found.add( node.toString() );
 237                 }
 238                 if ( delete ) {
 239                     not_found_external_nodes.add( node );
 240                 }
 241             }
 242             UniProtTaxonomy uniprot_tax = null;
 243             if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 244                     || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) )
 245                     || ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) ) {
 246                 if ( tax != null ) {
 247                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( tax, null, qt );
 248                 }
 249                 else {
 250                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( node.getName(), qt );
 251                 }
 252                 if ( uniprot_tax != null ) {
 253                     if ( tax == null ) {
 254                         tax = new Taxonomy();
 255                         node.getNodeData().addTaxonomy( tax );
 256                         node.setName( "" );
 257                     }
 258                     updateTaxonomy( qt, node, tax, uniprot_tax );
 259                 }
 260                 else {
 261                     if ( tax != null ) {
 262                         not_found.add( tax.toString() );
 263                     }
 264                     else {
 265                         not_found.add( node.getName() );
 266                     }
 267                     if ( delete && node.isExternal() ) {
 268                         not_found_external_nodes.add( node );
 269                     }
 270                 }
 271             }
 272         }
 273         if ( delete ) {
 274             for( final PhylogenyNode node : not_found_external_nodes ) {
 275                 phy.deleteSubtree( node, true );
 276             }
 277             phy.externalNodesHaveChanged();
 278             phy.clearHashIdToNodeMap();
 279             phy.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 280         }
 281         return not_found;
 282     }
 283
 284     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final Taxonomy tax, Object query, QUERY_TYPE qt )
 285             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 286         if ( tax == null ) {
 287             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty taxonomy object" );
 288         }
 289         if ( TaxonomyDataManager.isHasAppropriateId( tax ) ) {
 290             query = tax.getIdentifier().getValue();
 291             qt = QUERY_TYPE.ID;
 292             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), query, qt );
 293         }
 294         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 295             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getLineage() ) ) {
 296                 query = tax.getLineage();
 297                 qt = QUERY_TYPE.LIN;
 298                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap(), query, qt );
 299             }
 300             else {
 301                 query = tax.getScientificName();
 302                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 303                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), query, qt );
 304             }
 305         }
 306         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 307             query = tax.getTaxonomyCode();
 308             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 309             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), query, qt );
 310         }
 311         else {
 312             query = tax.getCommonName();
 313             qt = QUERY_TYPE.CN;
 314             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), query, qt );
 315         }
 316     }
 317
 318     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final String simple_name, QUERY_TYPE qt )
 319             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 320         if ( ForesterUtil.isEmpty( simple_name ) ) {
 321             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty simple name" );
 322         }
 323         qt = QUERY_TYPE.SN;
 324         UniProtTaxonomy ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 325         if ( ut == null ) {
 326             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 327             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 328         }
 329         if ( ut == null ) {
 330             qt = QUERY_TYPE.CN;
 331             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 332         }
 333         return ut;
 334     }
 335
 336     static final UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomyFromLineage( final List<String> lineage )
 337             throws AncestralTaxonomyInferenceException, IOException {
 338         final String lineage_str = ForesterUtil.stringListToString( lineage, ">" );
 339         if ( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().containsKey( lineage_str ) ) {
 340             return TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().get( lineage_str ).copy();
 341         }
 342         else {
 343             final List<UniProtTaxonomy> matching_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 344             final List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( lineage
 345                     .get( lineage.size() - 1 ) );
 346             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() > 0 ) ) {
 347                 for( final UniProtTaxonomy up_taxonomy : up_taxonomies ) {
 348                     boolean match = true;
 349                     I: for( int i = 0; i < lineage.size(); ++i ) {
 350                         if ( ( i == up_taxonomy.getLineage().size() )
 351                                 || !lineage.get( i ).equalsIgnoreCase( up_taxonomy.getLineage().get( i ) ) ) {
 352                             match = false;
 353                             break I;
 354                         }
 355                     }
 356                     if ( match ) {
 357                         matching_taxonomies.add( up_taxonomy );
 358                     }
 359                 }
 360                 if ( matching_taxonomies.isEmpty() ) {
 361                     throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 362                             + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" not found" );
 363                 }
 364                 //in case of more than one (e.g. "Xenopus" Genus and Subgenus), keep shorter, less specific  one:
 365                 int shortest = Integer.MAX_VALUE;
 366                 UniProtTaxonomy least_specific_up_tax = null;
 367                 for( final UniProtTaxonomy m : matching_taxonomies ) {
 368                     final int s = m.getLineage().size();
 369                     if ( s < shortest ) {
 370                         shortest = s;
 371                         least_specific_up_tax = m;
 372                     }
 373                 }
 374                 TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().put( lineage_str, least_specific_up_tax );
 375                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getScientificName() ) ) {
 376                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getScientificName(),
 377                                                                 least_specific_up_tax );
 378                 }
 379                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCode() ) ) {
 380                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCode(),
 381                                                                   least_specific_up_tax );
 382                 }
 383                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCommonName() ) ) {
 384                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCommonName(),
 385                                                                 least_specific_up_tax );
 386                 }
 387                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getId() ) ) {
 388                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getId(), least_specific_up_tax );
 389                 }
 390                 return least_specific_up_tax;
 391             }
 392             else {
 393                 throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "taxonomy \"" + ( lineage.get( lineage.size() - 1 ) )
 394                         + "\" not found" );
 395             }
 396         }
 397     }
 398
 399     synchronized final private static void updateTaxonomy( final QUERY_TYPE qt,
 400                                                            final PhylogenyNode node,
 401                                                            final Taxonomy tax,
 402                                                            final UniProtTaxonomy up_tax )
 403             throws PhyloXmlDataFormatException {
 404         if ( ( qt != QUERY_TYPE.SN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() )
 405                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 406             tax.setScientificName( up_tax.getScientificName() );
 407         }
 408         if ( node.isExternal() && ( qt != QUERY_TYPE.CODE ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() )
 409                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 410             tax.setTaxonomyCode( up_tax.getCode() );
 411         }
 412         if ( ( qt != QUERY_TYPE.CN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() )
 413                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 414             tax.setCommonName( up_tax.getCommonName() );
 415         }
 416         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getSynonym() ) && !tax.getSynonyms().contains( up_tax.getSynonym() ) ) {
 417             tax.getSynonyms().add( up_tax.getSynonym() );
 418         }
 419         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getRank() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
 420             try {
 421                 tax.setRank( up_tax.getRank().toLowerCase() );
 422             }
 423             catch ( final PhyloXmlDataFormatException ex ) {
 424                 tax.setRank( "" );
 425             }
 426         }
 427         if ( ( qt != QUERY_TYPE.ID ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() )
 428                 && ( ( tax.getIdentifier() == null ) || ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) ) {
 429             tax.setIdentifier( new Identifier( up_tax.getId(), "uniprot" ) );
 430         }
 431         if ( up_tax.getLineage() != null ) {
 432             tax.setLineage( new ArrayList<String>() );
 433             for( final String lin : up_tax.getLineage() ) {
 434                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 435                     tax.getLineage().add( lin );
 436                 }
 437             }
 438         }
 439     }
 440
 441     private final void execute() {
 442         start( _mf, "taxonomy data" );
 443         SortedSet<String> not_found = null;
 444         try {
 445             not_found = obtainDetailedTaxonomicInformation( _phy, _delete, _allow_simple_names );
 446         }
 447         catch ( final UnknownHostException e ) {
 448             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 449                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
 450                                            "Network error during taxonomic information gathering",
 451                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 452             return;
 453         }
 454         catch ( final IOException e ) {
 455             e.printStackTrace();
 456             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 457                                            e.toString(),
 458                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 459                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 460             return;
 461         }
 462         catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 463             e.printStackTrace();
 464             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 465                                            e.toString(),
 466                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 467                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 468             return;
 469         }
 470         finally {
 471             end( _mf );
 472         }
 473         if ( ( _phy == null ) || _phy.isEmpty() ) {
 474             try {
 475                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 476                                                "None of the external node taxonomies could be resolved",
 477                                                "Taxonomy Tool Failed",
 478                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 479             }
 480             catch ( final Exception e ) {
 481                 // Not important if this fails, do nothing.
 482             }
 483             return;
 484         }
 485         _treepanel.setTree( _phy );
 486         _mf.showWhole();
 487         _treepanel.setEdited( true );
 488         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
 489             int max = not_found.size();
 490             boolean more = false;
 491             if ( max > 20 ) {
 492                 more = true;
 493                 max = 20;
 494             }
 495             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 496             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 497             if ( not_found.size() == 1 ) {
 498                 if ( _delete ) {
 499                     sb.append( "The following taxonomy was not found and deleted (if external):\n" );
 500                 }
 501                 else {
 502                     sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 503                 }
 504             }
 505             else {
 506                 if ( _delete ) {
 507                     sb.append( "The following taxonomies were not found and deleted (if external) (total: "
 508                             + not_found.size() + "):\n" );
 509                 }
 510                 else {
 511                     sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 512                 }
 513             }
 514             int i = 0;
 515             for( final String string : not_found ) {
 516                 if ( i > 19 ) {
 517                     break;
 518                 }
 519                 sb.append( string );
 520                 sb.append( "\n" );
 521                 ++i;
 522             }
 523             if ( more ) {
 524                 sb.append( "..." );
 525             }
 526             try {
 527                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 528                                                sb.toString(),
 529                                                "Taxonomy Tool Completed",
 530                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 531             }
 532             catch ( final Exception e ) {
 533                 // Not important if this fails, do nothing.
 534             }
 535         }
 536         else {
 537             try {
 538                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 539                                                "Taxonomy tool successfully completed",
 540                                                "Taxonomy Tool Completed",
 541                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 542             }
 543             catch ( final Exception e ) {
 544                 // Not important if this fails, do nothing.
 545             }
 546         }
 547     }
 548
 549     private final String getBaseUrl() {
 550         return AncestralTaxonomyInferrer.getBaseUrl();
 551     }
 552
 553     @Override
 554     public void run() {
 555         execute();
 556     }
 557 }