forester/java/src/org/forester/analysis/TaxonomyDataManager.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.analysis;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.net.UnknownHostException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  40 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  41 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  42 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  43 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  44 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  45 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  46 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  47 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  48 import org.forester.util.ForesterUtil;
  49 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
  50 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
  51
  52 public final class TaxonomyDataManager extends RunnableProcess {
  53
  54     enum QUERY_TYPE {
  55         CODE, SN, CN, ID, LIN;
  56     }
  57     private static final int                              MAX_CACHE_SIZE           = 100000;
  58     private static final int                              MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN = 10;
  59     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _sn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  60     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _lineage_up_cache_map    = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  61     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _code_up_cache_map       = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  62     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _cn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  63     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _id_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  64     private final Phylogeny                               _phy;
  65     private final MainFrameApplication                    _mf;
  66     private final TreePanel                               _treepanel;
  67     private final boolean                                 _delete;
  68     private final boolean                                 _allow_simple_names;
  69
  70     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  71         _phy = phy;
  72         _mf = mf;
  73         _treepanel = treepanel;
  74         _delete = false;
  75         _allow_simple_names = false;
  76     }
  77
  78     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf,
  79                                 final TreePanel treepanel,
  80                                 final Phylogeny phy,
  81                                 final boolean delete,
  82                                 final boolean allow_simple_name ) {
  83         _phy = phy;
  84         _mf = mf;
  85         _treepanel = treepanel;
  86         _delete = delete;
  87         _allow_simple_names = allow_simple_name;
  88     }
  89
  90     synchronized static void clearCachesIfTooLarge() {
  91         if ( getSnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  92             getSnTaxCacheMap().clear();
  93         }
  94         if ( getLineageTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  95             getLineageTaxCacheMap().clear();
  96         }
  97         if ( getCnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  98             getCnTaxCacheMap().clear();
  99         }
 100         if ( getCodeTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 101             getCodeTaxCacheMap().clear();
 102         }
 103         if ( getIdTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 104             getIdTaxCacheMap().clear();
 105         }
 106     }
 107
 108     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCnTaxCacheMap() {
 109         return _cn_up_cache_map;
 110     }
 111
 112     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCodeTaxCacheMap() {
 113         return _code_up_cache_map;
 114     }
 115
 116     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getIdTaxCacheMap() {
 117         return _id_up_cache_map;
 118     }
 119
 120     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getLineageTaxCacheMap() {
 121         return _lineage_up_cache_map;
 122     }
 123
 124     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getSnTaxCacheMap() {
 125         return _sn_up_cache_map;
 126     }
 127
 128     private final static UniProtTaxonomy obtainTaxonomy( final HashMap<String, UniProtTaxonomy> cache,
 129                                                          final Object query,
 130                                                          final QUERY_TYPE qt ) throws IOException,
 131             AncestralTaxonomyInferenceException {
 132         if ( cache.containsKey( query ) ) {
 133             return cache.get( query ).copy();
 134         }
 135         else {
 136             List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = null;
 137             switch ( qt ) {
 138                 case ID:
 139                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromId( ( String ) query );
 140                     break;
 141                 case CODE:
 142                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromTaxonomyCode( ( String ) query );
 143                     break;
 144                 case SN:
 145                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( ( String ) query );
 146                     break;
 147                 case CN:
 148                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( ( String ) query );
 149                     break;
 150                 case LIN:
 151                     return obtainUniProtTaxonomyFromLineage( ( List<String> ) query );
 152                 default:
 153                     throw new RuntimeException();
 154             }
 155             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() == 1 ) ) {
 156                 final UniProtTaxonomy up_tax = up_taxonomies.get( 0 );
 157                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 158                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 159                 }
 160                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 161                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 162                 }
 163                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 164                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 165                 }
 166                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 167                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 168                 }
 169                 return up_tax;
 170             }
 171             else {
 172                 return null;
 173             }
 174         }
 175     }
 176
 177     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String query ) throws IOException {
 178         return UniProtWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 179     }
 180
 181     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String query ) throws IOException {
 182         return UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 183     }
 184
 185     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String query ) throws IOException {
 186         return UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 187     }
 188
 189     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String query ) throws IOException {
 190         return UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 191     }
 192
 193     static final boolean isHasAppropriateId( final Taxonomy tax ) {
 194         return ( ( tax.getIdentifier() != null ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) && ( tax
 195                 .getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" )
 196                 || tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "uniprot" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
 197                 .equalsIgnoreCase( "uniprotkb" ) ) ) );
 198     }
 199
 200     synchronized final private static SortedSet<String> obtainDetailedTaxonomicInformation( final Phylogeny phy,
 201                                                                                             final boolean delete,
 202                                                                                             final boolean allow_to_use_basic_node_names )
 203             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 204         clearCachesIfTooLarge();
 205         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 206         List<PhylogenyNode> not_found_external_nodes = null;
 207         if ( delete ) {
 208             not_found_external_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 209         }
 210         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 211             final PhylogenyNode node = iter.next();
 212             final QUERY_TYPE qt = null;
 213             Taxonomy tax = null;
 214             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 215                 tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 216             }
 217             else if ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 218                 // Nothing to be done.
 219             }
 220             else if ( node.isExternal() ) {
 221                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 222                     not_found.add( node.getName() );
 223                 }
 224                 else {
 225                     not_found.add( node.toString() );
 226                 }
 227                 if ( delete ) {
 228                     not_found_external_nodes.add( node );
 229                 }
 230             }
 231             UniProtTaxonomy uniprot_tax = null;
 232             if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 233                     || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) )
 234                     || ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) ) {
 235                 if ( tax != null ) {
 236                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( tax, null, qt );
 237                 }
 238                 else {
 239                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( node.getName(), qt );
 240                 }
 241                 if ( uniprot_tax != null ) {
 242                     if ( tax == null ) {
 243                         tax = new Taxonomy();
 244                         node.getNodeData().addTaxonomy( tax );
 245                     }
 246                     updateTaxonomy( qt, node, tax, uniprot_tax );
 247                 }
 248                 else {
 249                     if ( tax != null ) {
 250                         not_found.add( tax.toString() );
 251                     }
 252                     else {
 253                         not_found.add(node.getName() );
 254                     }
 255                     if ( delete && node.isExternal() ) {
 256                         not_found_external_nodes.add( node );
 257                     }
 258                 }
 259             }
 260         }
 261         if ( delete ) {
 262             for( final PhylogenyNode node : not_found_external_nodes ) {
 263                 phy.deleteSubtree( node, true );
 264             }
 265             phy.externalNodesHaveChanged();
 266             phy.hashIDs();
 267             phy.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 268         }
 269         return not_found;
 270     }
 271
 272     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final Taxonomy tax, Object query, QUERY_TYPE qt )
 273             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 274         if ( tax == null ) {
 275             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty taxonomy object" );
 276         }
 277         if ( TaxonomyDataManager.isHasAppropriateId( tax ) ) {
 278             query = tax.getIdentifier().getValue();
 279             qt = QUERY_TYPE.ID;
 280             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), query, qt );
 281         }
 282         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 283             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getLineage() ) ) {
 284                 query = tax.getLineage();
 285                 qt = QUERY_TYPE.LIN;
 286                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap(), query, qt );
 287             }
 288             else {
 289                 query = tax.getScientificName();
 290                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 291                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), query, qt );
 292             }
 293         }
 294         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 295             query = tax.getTaxonomyCode();
 296             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 297             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), query, qt );
 298         }
 299         else {
 300             query = tax.getCommonName();
 301             qt = QUERY_TYPE.CN;
 302             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), query, qt );
 303         }
 304     }
 305
 306     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final String simple_name, QUERY_TYPE qt )
 307             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 308         if ( ForesterUtil.isEmpty( simple_name ) ) {
 309             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty simple name" );
 310         }
 311         qt = QUERY_TYPE.SN;
 312         UniProtTaxonomy ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 313         if ( ut == null ) {
 314             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 315             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 316         }
 317         if ( ut == null ) {
 318             qt = QUERY_TYPE.CN;
 319             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 320         }
 321         return ut;
 322     }
 323
 324     static final UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomyFromLineage( final List<String> lineage )
 325             throws AncestralTaxonomyInferenceException, IOException {
 326         final String lineage_str = ForesterUtil.stringListToString( lineage, ">" );
 327         UniProtTaxonomy up_tax = null;
 328         if ( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().containsKey( lineage_str ) ) {
 329             up_tax = TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().get( lineage_str ).copy();
 330         }
 331         else {
 332             final List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( lineage
 333                     .get( lineage.size() - 1 ) );
 334             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() > 0 ) ) {
 335                 for( final UniProtTaxonomy up_taxonomy : up_taxonomies ) {
 336                     boolean match = true;
 337                     I: for( int i = 0; i < lineage.size(); ++i ) {
 338                         if ( !lineage.get( i ).equalsIgnoreCase( up_taxonomy.getLineage().get( i ) ) ) {
 339                             match = false;
 340                             break I;
 341                         }
 342                     }
 343                     if ( match ) {
 344                         if ( up_tax != null ) {
 345                             throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 346                                     + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" is not unique" );
 347                         }
 348                         up_tax = up_taxonomy;
 349                     }
 350                 }
 351                 if ( up_tax == null ) {
 352                     throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 353                             + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" not found" );
 354                 }
 355                 TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().put( lineage_str, up_tax );
 356                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 357                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 358                 }
 359                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 360                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 361                 }
 362                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 363                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 364                 }
 365                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 366                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 367                 }
 368             }
 369         }
 370         return up_tax;
 371     }
 372
 373     synchronized final private static void updateTaxonomy( final QUERY_TYPE qt,
 374                                                            final PhylogenyNode node,
 375                                                            final Taxonomy tax,
 376                                                            final UniProtTaxonomy up_tax ) {
 377         if ( ( qt != QUERY_TYPE.SN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() )
 378                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 379             tax.setScientificName( up_tax.getScientificName() );
 380         }
 381         if ( node.isExternal() && ( qt != QUERY_TYPE.CODE ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() )
 382                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 383             tax.setTaxonomyCode( up_tax.getCode() );
 384         }
 385         if ( ( qt != QUERY_TYPE.CN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() )
 386                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 387             tax.setCommonName( up_tax.getCommonName() );
 388         }
 389         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getSynonym() ) && !tax.getSynonyms().contains( up_tax.getSynonym() ) ) {
 390             tax.getSynonyms().add( up_tax.getSynonym() );
 391         }
 392         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getRank() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
 393             try {
 394                 tax.setRank( up_tax.getRank().toLowerCase() );
 395             }
 396             catch ( final PhyloXmlDataFormatException ex ) {
 397                 tax.setRank( "" );
 398             }
 399         }
 400         if ( ( qt != QUERY_TYPE.ID ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() )
 401                 && ( ( tax.getIdentifier() == null ) || ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) ) {
 402             tax.setIdentifier( new Identifier( up_tax.getId(), "uniprot" ) );
 403         }
 404         if ( up_tax.getLineage() != null ) {
 405             tax.setLineage( new ArrayList<String>() );
 406             for( final String lin : up_tax.getLineage() ) {
 407                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 408                     tax.getLineage().add( lin );
 409                 }
 410             }
 411         }
 412     }
 413
 414     private final void execute() {
 415         start( _mf, "taxonomy data" );
 416         SortedSet<String> not_found = null;
 417         try {
 418             not_found = obtainDetailedTaxonomicInformation( _phy, _delete, _allow_simple_names );
 419         }
 420         catch ( final UnknownHostException e ) {
 421             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 422                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
 423                                            "Network error during taxonomic information gathering",
 424                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 425             return;
 426         }
 427         catch ( final IOException e ) {
 428             e.printStackTrace();
 429             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 430                                            e.toString(),
 431                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 432                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 433             return;
 434         }
 435         catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 436             e.printStackTrace();
 437             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 438                                            e.toString(),
 439                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 440                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 441             return;
 442         }
 443         finally {
 444             end( _mf );
 445         }
 446         if ( ( _phy == null ) || _phy.isEmpty() ) {
 447             try {
 448                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 449                                                "None of the external node taxonomies could be resolved",
 450                                                "Taxonomy Tool Failed",
 451                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 452             }
 453             catch ( final Exception e ) {
 454                 // Not important if this fails, do nothing.
 455             }
 456             return;
 457         }
 458         _treepanel.setTree( _phy );
 459         _mf.showWhole();
 460         _treepanel.setEdited( true );
 461         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
 462             int max = not_found.size();
 463             boolean more = false;
 464             if ( max > 20 ) {
 465                 more = true;
 466                 max = 20;
 467             }
 468             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 469             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 470             if ( not_found.size() == 1 ) {
 471                 if ( _delete ) {
 472                     sb.append( "The following taxonomy was not found and deleted (if external):\n" );
 473                 }
 474                 else {
 475                     sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 476                 }
 477             }
 478             else {
 479                 if ( _delete ) {
 480                     sb.append( "The following taxonomies were not found and deleted (if external) (total: "
 481                             + not_found.size() + "):\n" );
 482                 }
 483                 else {
 484                     sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 485                 }
 486             }
 487             int i = 0;
 488             for( final String string : not_found ) {
 489                 if ( i > 19 ) {
 490                     break;
 491                 }
 492                 sb.append( string );
 493                 sb.append( "\n" );
 494                 ++i;
 495             }
 496             if ( more ) {
 497                 sb.append( "..." );
 498             }
 499             try {
 500                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 501                                                sb.toString(),
 502                                                "Taxonomy Tool Completed",
 503                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 504             }
 505             catch ( final Exception e ) {
 506                 // Not important if this fails, do nothing.
 507             }
 508         }
 509         else {
 510             try {
 511                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 512                                                "Taxonomy tool successfully completed",
 513                                                "Taxonomy Tool Completed",
 514                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 515             }
 516             catch ( final Exception e ) {
 517                 // Not important if this fails, do nothing.
 518             }
 519         }
 520     }
 521
 522     private final String getBaseUrl() {
 523         return UniProtWsTools.BASE_URL;
 524     }
 525
 526     @Override
 527     public void run() {
 528         execute();
 529     }
 530 }