forester/java/src/org/forester/analysis/TaxonomyDataManager.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.analysis;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.net.UnknownHostException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  40 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  41 import org.forester.archaeopteryx.tools.AncestralTaxonomyInferrer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  43 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  44 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  46 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  47 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  48 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  49 import org.forester.util.ForesterUtil;
  50 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  51 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
  52
  53 public final class TaxonomyDataManager extends RunnableProcess {
  54
  55     enum QUERY_TYPE {
  56         CODE, SN, CN, ID, LIN;
  57     }
  58     private static final int                              MAX_CACHE_SIZE           = 100000;
  59     private static final int                              MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN = 10;
  60     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _sn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  61     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _lineage_up_cache_map    = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  62     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _code_up_cache_map       = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  63     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _cn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  64     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _id_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  65     private final Phylogeny                               _phy;
  66     private final MainFrameApplication                    _mf;
  67     private final TreePanel                               _treepanel;
  68     private final boolean                                 _delete;
  69     private final boolean                                 _allow_simple_names;
  70
  71     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  72         _phy = phy;
  73         _mf = mf;
  74         _treepanel = treepanel;
  75         _delete = false;
  76         _allow_simple_names = false;
  77     }
  78
  79     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf,
  80                                 final TreePanel treepanel,
  81                                 final Phylogeny phy,
  82                                 final boolean delete,
  83                                 final boolean allow_simple_name ) {
  84         _phy = phy;
  85         _mf = mf;
  86         _treepanel = treepanel;
  87         _delete = delete;
  88         _allow_simple_names = allow_simple_name;
  89     }
  90
  91     synchronized static void clearCachesIfTooLarge() {
  92         if ( getSnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  93             getSnTaxCacheMap().clear();
  94         }
  95         if ( getLineageTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  96             getLineageTaxCacheMap().clear();
  97         }
  98         if ( getCnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  99             getCnTaxCacheMap().clear();
 100         }
 101         if ( getCodeTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 102             getCodeTaxCacheMap().clear();
 103         }
 104         if ( getIdTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 105             getIdTaxCacheMap().clear();
 106         }
 107     }
 108
 109     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCnTaxCacheMap() {
 110         return _cn_up_cache_map;
 111     }
 112
 113     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCodeTaxCacheMap() {
 114         return _code_up_cache_map;
 115     }
 116
 117     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getIdTaxCacheMap() {
 118         return _id_up_cache_map;
 119     }
 120
 121     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getLineageTaxCacheMap() {
 122         return _lineage_up_cache_map;
 123     }
 124
 125     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getSnTaxCacheMap() {
 126         return _sn_up_cache_map;
 127     }
 128
 129     private final static UniProtTaxonomy obtainTaxonomy( final HashMap<String, UniProtTaxonomy> cache,
 130                                                          final Object query,
 131                                                          final QUERY_TYPE qt ) throws IOException,
 132             AncestralTaxonomyInferenceException {
 133         if ( cache.containsKey( query ) ) {
 134             return cache.get( query ).copy();
 135         }
 136         else {
 137             List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = null;
 138             switch ( qt ) {
 139                 case ID:
 140                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromId( ( String ) query );
 141                     break;
 142                 case CODE:
 143                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromTaxonomyCode( ( String ) query );
 144                     break;
 145                 case SN:
 146                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( ( String ) query );
 147                     break;
 148                 case CN:
 149                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( ( String ) query );
 150                     break;
 151                 case LIN:
 152                     return obtainUniProtTaxonomyFromLineage( ( List<String> ) query );
 153                 default:
 154                     throw new RuntimeException();
 155             }
 156             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() == 1 ) ) {
 157                 final UniProtTaxonomy up_tax = up_taxonomies.get( 0 );
 158                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 159                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 160                 }
 161                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 162                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 163                 }
 164                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 165                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 166                 }
 167                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 168                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 169                 }
 170                 return up_tax;
 171             }
 172             else {
 173                 return null;
 174             }
 175         }
 176     }
 177
 178     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String query ) throws IOException {
 179         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 180     }
 181
 182     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String query ) throws IOException {
 183         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 184     }
 185
 186     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String query ) throws IOException {
 187         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 188     }
 189
 190     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String query ) throws IOException {
 191         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 192     }
 193
 194     static final boolean isHasAppropriateId( final Taxonomy tax ) {
 195         return ( ( tax.getIdentifier() != null ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) && ( tax
 196                 .getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" )
 197                 || tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "uniprot" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
 198                 .equalsIgnoreCase( "uniprotkb" ) ) ) );
 199     }
 200
 201     synchronized final private static SortedSet<String> obtainDetailedTaxonomicInformation( final Phylogeny phy,
 202                                                                                             final boolean delete,
 203                                                                                             final boolean allow_to_use_basic_node_names )
 204             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 205         clearCachesIfTooLarge();
 206         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 207         List<PhylogenyNode> not_found_external_nodes = null;
 208         if ( delete ) {
 209             not_found_external_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 210         }
 211         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 212             final PhylogenyNode node = iter.next();
 213             final QUERY_TYPE qt = null;
 214             Taxonomy tax = null;
 215             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 216                 tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 217             }
 218             else if ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 219                 // Nothing to be done.
 220             }
 221             else if ( node.isExternal() ) {
 222                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 223                     not_found.add( node.getName() );
 224                 }
 225                 else {
 226                     not_found.add( node.toString() );
 227                 }
 228                 if ( delete ) {
 229                     not_found_external_nodes.add( node );
 230                 }
 231             }
 232             UniProtTaxonomy uniprot_tax = null;
 233             if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 234                     || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) )
 235                     || ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) ) {
 236                 if ( tax != null ) {
 237                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( tax, null, qt );
 238                 }
 239                 else {
 240                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( node.getName(), qt );
 241                 }
 242                 if ( uniprot_tax != null ) {
 243                     if ( tax == null ) {
 244                         tax = new Taxonomy();
 245                         node.getNodeData().addTaxonomy( tax );
 246                         node.setName( "" );
 247                     }
 248                     updateTaxonomy( qt, node, tax, uniprot_tax );
 249                 }
 250                 else {
 251                     if ( tax != null ) {
 252                         not_found.add( tax.toString() );
 253                     }
 254                     else {
 255                         not_found.add( node.getName() );
 256                     }
 257                     if ( delete && node.isExternal() ) {
 258                         not_found_external_nodes.add( node );
 259                     }
 260                 }
 261             }
 262         }
 263         if ( delete ) {
 264             for( final PhylogenyNode node : not_found_external_nodes ) {
 265                 phy.deleteSubtree( node, true );
 266             }
 267             phy.externalNodesHaveChanged();
 268             phy.clearHashIdToNodeMap();
 269             phy.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 270         }
 271         return not_found;
 272     }
 273
 274     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final Taxonomy tax, Object query, QUERY_TYPE qt )
 275             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 276         if ( tax == null ) {
 277             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty taxonomy object" );
 278         }
 279         if ( TaxonomyDataManager.isHasAppropriateId( tax ) ) {
 280             query = tax.getIdentifier().getValue();
 281             qt = QUERY_TYPE.ID;
 282             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), query, qt );
 283         }
 284         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 285             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getLineage() ) ) {
 286                 query = tax.getLineage();
 287                 qt = QUERY_TYPE.LIN;
 288                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap(), query, qt );
 289             }
 290             else {
 291                 query = tax.getScientificName();
 292                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 293                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), query, qt );
 294             }
 295         }
 296         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 297             query = tax.getTaxonomyCode();
 298             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 299             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), query, qt );
 300         }
 301         else {
 302             query = tax.getCommonName();
 303             qt = QUERY_TYPE.CN;
 304             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), query, qt );
 305         }
 306     }
 307
 308     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final String simple_name, QUERY_TYPE qt )
 309             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 310         if ( ForesterUtil.isEmpty( simple_name ) ) {
 311             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty simple name" );
 312         }
 313         qt = QUERY_TYPE.SN;
 314         UniProtTaxonomy ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 315         if ( ut == null ) {
 316             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 317             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 318         }
 319         if ( ut == null ) {
 320             qt = QUERY_TYPE.CN;
 321             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 322         }
 323         return ut;
 324     }
 325
 326     static final UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomyFromLineage( final List<String> lineage )
 327             throws AncestralTaxonomyInferenceException, IOException {
 328         final String lineage_str = ForesterUtil.stringListToString( lineage, ">" );
 329         UniProtTaxonomy up_tax = null;
 330         if ( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().containsKey( lineage_str ) ) {
 331             up_tax = TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().get( lineage_str ).copy();
 332         }
 333         else {
 334             final List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( lineage
 335                     .get( lineage.size() - 1 ) );
 336             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() > 0 ) ) {
 337                 for( final UniProtTaxonomy up_taxonomy : up_taxonomies ) {
 338                     boolean match = true;
 339                     I: for( int i = 0; i < lineage.size(); ++i ) {
 340                         if ( i == up_taxonomy.getLineage().size() || !lineage.get( i ).equalsIgnoreCase( up_taxonomy.getLineage().get( i ) ) ) {
 341                             match = false;
 342                             break I;
 343                         }
 344                     }
 345                     if ( match ) {
 346                         if ( up_tax != null ) {
 347                             //TODO this is dead code?!
 348                             throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 349                                     + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" is not unique" );
 350                         }
 351                         up_tax = up_taxonomy;
 352                     }
 353                 }
 354                 if ( up_tax == null ) {
 355                     throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 356                             + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" not found" );
 357                 }
 358                 TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().put( lineage_str, up_tax );
 359                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 360                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 361                 }
 362                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 363                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 364                 }
 365                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 366                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 367                 }
 368                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 369                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 370                 }
 371             }
 372         }
 373         return up_tax;
 374     }
 375
 376     synchronized final private static void updateTaxonomy( final QUERY_TYPE qt,
 377                                                            final PhylogenyNode node,
 378                                                            final Taxonomy tax,
 379                                                            final UniProtTaxonomy up_tax )
 380             throws PhyloXmlDataFormatException {
 381         if ( ( qt != QUERY_TYPE.SN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() )
 382                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 383             tax.setScientificName( up_tax.getScientificName() );
 384         }
 385         if ( node.isExternal() && ( qt != QUERY_TYPE.CODE ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() )
 386                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 387             tax.setTaxonomyCode( up_tax.getCode() );
 388         }
 389         if ( ( qt != QUERY_TYPE.CN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() )
 390                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 391             tax.setCommonName( up_tax.getCommonName() );
 392         }
 393         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getSynonym() ) && !tax.getSynonyms().contains( up_tax.getSynonym() ) ) {
 394             tax.getSynonyms().add( up_tax.getSynonym() );
 395         }
 396         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getRank() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
 397             try {
 398                 tax.setRank( up_tax.getRank().toLowerCase() );
 399             }
 400             catch ( final PhyloXmlDataFormatException ex ) {
 401                 tax.setRank( "" );
 402             }
 403         }
 404         if ( ( qt != QUERY_TYPE.ID ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() )
 405                 && ( ( tax.getIdentifier() == null ) || ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) ) {
 406             tax.setIdentifier( new Identifier( up_tax.getId(), "uniprot" ) );
 407         }
 408         if ( up_tax.getLineage() != null ) {
 409             tax.setLineage( new ArrayList<String>() );
 410             for( final String lin : up_tax.getLineage() ) {
 411                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 412                     tax.getLineage().add( lin );
 413                 }
 414             }
 415         }
 416     }
 417
 418     private final void execute() {
 419         start( _mf, "taxonomy data" );
 420         SortedSet<String> not_found = null;
 421         try {
 422             not_found = obtainDetailedTaxonomicInformation( _phy, _delete, _allow_simple_names );
 423         }
 424         catch ( final UnknownHostException e ) {
 425             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 426                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
 427                                            "Network error during taxonomic information gathering",
 428                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 429             return;
 430         }
 431         catch ( final IOException e ) {
 432             e.printStackTrace();
 433             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 434                                            e.toString(),
 435                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 436                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 437             return;
 438         }
 439         catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 440             e.printStackTrace();
 441             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 442                                            e.toString(),
 443                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 444                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 445             return;
 446         }
 447         finally {
 448             end( _mf );
 449         }
 450         if ( ( _phy == null ) || _phy.isEmpty() ) {
 451             try {
 452                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 453                                                "None of the external node taxonomies could be resolved",
 454                                                "Taxonomy Tool Failed",
 455                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 456             }
 457             catch ( final Exception e ) {
 458                 // Not important if this fails, do nothing.
 459             }
 460             return;
 461         }
 462         _treepanel.setTree( _phy );
 463         _mf.showWhole();
 464         _treepanel.setEdited( true );
 465         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
 466             int max = not_found.size();
 467             boolean more = false;
 468             if ( max > 20 ) {
 469                 more = true;
 470                 max = 20;
 471             }
 472             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 473             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 474             if ( not_found.size() == 1 ) {
 475                 if ( _delete ) {
 476                     sb.append( "The following taxonomy was not found and deleted (if external):\n" );
 477                 }
 478                 else {
 479                     sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 480                 }
 481             }
 482             else {
 483                 if ( _delete ) {
 484                     sb.append( "The following taxonomies were not found and deleted (if external) (total: "
 485                             + not_found.size() + "):\n" );
 486                 }
 487                 else {
 488                     sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 489                 }
 490             }
 491             int i = 0;
 492             for( final String string : not_found ) {
 493                 if ( i > 19 ) {
 494                     break;
 495                 }
 496                 sb.append( string );
 497                 sb.append( "\n" );
 498                 ++i;
 499             }
 500             if ( more ) {
 501                 sb.append( "..." );
 502             }
 503             try {
 504                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 505                                                sb.toString(),
 506                                                "Taxonomy Tool Completed",
 507                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 508             }
 509             catch ( final Exception e ) {
 510                 // Not important if this fails, do nothing.
 511             }
 512         }
 513         else {
 514             try {
 515                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 516                                                "Taxonomy tool successfully completed",
 517                                                "Taxonomy Tool Completed",
 518                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 519             }
 520             catch ( final Exception e ) {
 521                 // Not important if this fails, do nothing.
 522             }
 523         }
 524     }
 525
 526     private final String getBaseUrl() {
 527         return AncestralTaxonomyInferrer.getBaseUrl();
 528     }
 529
 530     @Override
 531     public void run() {
 532         execute();
 533     }
 534 }