forester/java/src/org/forester/analysis/TaxonomyDataManager.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.analysis;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.net.UnknownHostException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36 import java.util.regex.Matcher;
  37
  38 import javax.swing.JOptionPane;
  39
  40 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  41 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  42 import org.forester.archaeopteryx.tools.AncestralTaxonomyInferrer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  44 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  45 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  46 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  47 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  48 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  49 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  50 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  51 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  52 import org.forester.util.ForesterUtil;
  53 import org.forester.util.TaxonomyUtil;
  54 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  55 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
  56
  57 public final class TaxonomyDataManager extends RunnableProcess {
  58
  59     enum QUERY_TYPE {
  60         CODE, SN, CN, ID, LIN;
  61     }
  62     private static final int                              MAX_CACHE_SIZE           = 100000;
  63     private static final int                              MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN = 2000;
  64     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _sn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  65     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _lineage_up_cache_map    = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  66     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _code_up_cache_map       = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  67     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _cn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  68     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _id_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  69     private final Phylogeny                               _phy;
  70     private final MainFrameApplication                    _mf;
  71     private final TreePanel                               _treepanel;
  72     private final boolean                                 _delete;
  73     private final boolean                                 _allow_simple_names;
  74
  75     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  76         _phy = phy;
  77         _mf = mf;
  78         _treepanel = treepanel;
  79         _delete = false;
  80         _allow_simple_names = false;
  81     }
  82
  83     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf,
  84                                 final TreePanel treepanel,
  85                                 final Phylogeny phy,
  86                                 final boolean delete,
  87                                 final boolean allow_simple_name ) {
  88         _phy = phy;
  89         _mf = mf;
  90         _treepanel = treepanel;
  91         _delete = delete;
  92         _allow_simple_names = allow_simple_name;
  93     }
  94
  95     synchronized static void clearCachesIfTooLarge() {
  96         if ( getSnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  97             getSnTaxCacheMap().clear();
  98         }
  99         if ( getLineageTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 100             getLineageTaxCacheMap().clear();
 101         }
 102         if ( getCnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 103             getCnTaxCacheMap().clear();
 104         }
 105         if ( getCodeTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 106             getCodeTaxCacheMap().clear();
 107         }
 108         if ( getIdTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 109             getIdTaxCacheMap().clear();
 110         }
 111     }
 112
 113     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCnTaxCacheMap() {
 114         return _cn_up_cache_map;
 115     }
 116
 117     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCodeTaxCacheMap() {
 118         return _code_up_cache_map;
 119     }
 120
 121     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getIdTaxCacheMap() {
 122         return _id_up_cache_map;
 123     }
 124
 125     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getLineageTaxCacheMap() {
 126         return _lineage_up_cache_map;
 127     }
 128
 129     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getSnTaxCacheMap() {
 130         return _sn_up_cache_map;
 131     }
 132
 133
 134     @SuppressWarnings("unchecked")
 135     private final static UniProtTaxonomy obtainTaxonomy( final HashMap<String, UniProtTaxonomy> cache,
 136                                                          final Object query,
 137                                                          final QUERY_TYPE qt ) throws IOException,
 138                                                          AncestralTaxonomyInferenceException {
 139         if ( cache.containsKey( query ) ) {
 140             return cache.get( query ).copy();
 141         }
 142         else {
 143             List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = null;
 144             switch ( qt ) {
 145                 case ID:
 146                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromId( ( String ) query );
 147                     break;
 148                 case CODE:
 149                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromTaxonomyCode( ( String ) query );
 150                     break;
 151                 case SN:
 152                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( ( String ) query );
 153                     break;
 154                 case CN:
 155                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( ( String ) query );
 156                     break;
 157                 case LIN:
 158                     return obtainUniProtTaxonomyFromLineage( ( List<String> ) query );
 159
 160                 default:
 161                     throw new RuntimeException();
 162             }
 163             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() == 1 ) ) {
 164                 final UniProtTaxonomy up_tax = up_taxonomies.get( 0 );
 165                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 166                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 167                 }
 168                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 169                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 170                 }
 171                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 172                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 173                 }
 174                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 175                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 176                 }
 177                 return up_tax;
 178             }
 179             else {
 180                 return null;
 181             }
 182         }
 183     }
 184
 185     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String query ) throws IOException {
 186         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 187     }
 188
 189     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String query ) throws IOException {
 190         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 191     }
 192
 193     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String query ) throws IOException {
 194         if ( query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.BACTERIA ) || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.ARCHAEA )
 195                 || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.VIRUSES )
 196                 || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.EUKARYOTA ) || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.X ) ) {
 197             final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 198             l.add( UniProtTaxonomy.createSpecialFromScientificName( query ) );
 199             return l;
 200         }
 201         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 202     }
 203
 204     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String query ) throws IOException {
 205         //FIXME fix "SPHAR" issue
 206         if ( ( ( query.indexOf( "XX" ) == 3 ) && TaxonomyUtil.isHasTaxIdFromFakeTaxCode( query ) )
 207                 || query.equals( "SPHAR" ) /* TODO remove me, is same as Sphingomonas aromaticivorans */
 208                 ) {
 209             final int id = TaxonomyUtil.getTaxIdFromFakeTaxCode( query );
 210             return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( String.valueOf( id ), MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 211         }
 212         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 213     }
 214
 215     static final boolean isHasAppropriateId( final Taxonomy tax ) {
 216         return ( ( tax.getIdentifier() != null ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) && ( tax
 217                 .getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" )
 218                 || tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "uniprot" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
 219                 .equalsIgnoreCase( "uniprotkb" ) ) ) );
 220     }
 221
 222     synchronized final private static SortedSet<String> obtainDetailedTaxonomicInformation( final Phylogeny phy,
 223                                                                                             final boolean delete,
 224                                                                                             final boolean allow_to_use_basic_node_names )
 225                                                                                                     throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 226         clearCachesIfTooLarge();
 227         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 228         List<PhylogenyNode> not_found_external_nodes = null;
 229         if ( delete ) {
 230             not_found_external_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 231         }
 232         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 233             final PhylogenyNode node = iter.next();
 234             final QUERY_TYPE qt = null;
 235             Taxonomy tax = null;
 236             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 237                 tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 238             }
 239             else if ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 240                 // Nothing to be done.
 241             }
 242             else if ( node.isExternal() ) {
 243                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 244                     not_found.add( node.getName() );
 245                 }
 246                 else {
 247                     not_found.add( node.toString() );
 248                 }
 249                 if ( delete ) {
 250                     not_found_external_nodes.add( node );
 251                 }
 252             }
 253             UniProtTaxonomy uniprot_tax = null;
 254             if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 255                     || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) )
 256                     || ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) ) {
 257                 if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax )
 258                         || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 259                         || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil
 260                         .isEmpty( tax.getCommonName() ) ) ) ) {
 261                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( tax, null, qt );
 262                 }
 263                 else {
 264                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( node.getName(), qt );
 265                 }
 266                 if ( uniprot_tax != null ) {
 267                     if ( tax == null ) {
 268                         tax = new Taxonomy();
 269                         node.getNodeData().addTaxonomy( tax );
 270                     }
 271                     updateTaxonomy( qt, node, tax, uniprot_tax );
 272                 }
 273                 else {
 274                     if ( tax != null ) {
 275                         not_found.add( tax.toString() );
 276                     }
 277                     else {
 278                         not_found.add( node.getName() );
 279                     }
 280                     if ( delete && node.isExternal() ) {
 281                         not_found_external_nodes.add( node );
 282                     }
 283                 }
 284             }
 285         }
 286         if ( delete ) {
 287             for( final PhylogenyNode node : not_found_external_nodes ) {
 288                 phy.deleteSubtree( node, true );
 289             }
 290             phy.externalNodesHaveChanged();
 291             phy.clearHashIdToNodeMap();
 292             phy.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 293         }
 294         return not_found;
 295     }
 296
 297     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final Taxonomy tax, Object query, QUERY_TYPE qt )
 298             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 299         if ( tax == null ) {
 300             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty taxonomy object" );
 301         }
 302         if ( TaxonomyDataManager.isHasAppropriateId( tax ) ) {
 303             query = tax.getIdentifier().getValue();
 304             qt = QUERY_TYPE.ID;
 305             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), query, qt );
 306         }
 307         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 308             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getLineage() ) ) {
 309                 query = tax.getLineage();
 310                 qt = QUERY_TYPE.LIN;
 311                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap(), query, qt );
 312             }
 313             else {
 314                 query = tax.getScientificName();
 315                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 316                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), query, qt );
 317             }
 318         }
 319         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 320             query = tax.getTaxonomyCode();
 321             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 322             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), query, qt );
 323         }
 324         else {
 325             query = tax.getCommonName();
 326             qt = QUERY_TYPE.CN;
 327             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), query, qt );
 328         }
 329     }
 330
 331     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final String simple_name, QUERY_TYPE qt )
 332             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 333         if ( ForesterUtil.isEmpty( simple_name ) ) {
 334             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty simple name" );
 335         }
 336         UniProtTaxonomy ut = null;
 337         final String code = ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( simple_name,
 338                                                                          NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
 339         if ( !ForesterUtil.isEmpty( code ) ) {
 340             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 341             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), code, qt );
 342         }
 343         if ( ut == null ) {
 344             final String sn = ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( simple_name );
 345             if ( !ForesterUtil.isEmpty( sn ) ) {
 346                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 347                 ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), sn, qt );
 348             }
 349         }
 350         if ( ut == null ) {
 351             final String id = ParserUtils
 352                     .extractUniprotTaxonomyIdFromNodeName( simple_name,
 353                                                            NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
 354             if ( !ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
 355                 qt = QUERY_TYPE.ID;
 356                 ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), id, qt );
 357             }
 358         }
 359         if ( ut == null ) {
 360             String sn = "";
 361             final Matcher m = ParserUtils.TAXOMONY_SN_PATTERN_GENUS.matcher( simple_name );
 362             if ( m.matches() ) {
 363                 sn = m.group( 1 );
 364             }
 365             if ( !ForesterUtil.isEmpty( sn ) ) {
 366                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 367                 ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), sn, qt );
 368             }
 369         }
 370         return ut;
 371     }
 372
 373     static final UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomyFromLineage( final List<String> lineage )
 374             throws AncestralTaxonomyInferenceException, IOException {
 375         final String lineage_str = ForesterUtil.stringListToString( lineage, ">" );
 376         if ( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().containsKey( lineage_str ) ) {
 377             return TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().get( lineage_str ).copy();
 378         }
 379         else {
 380             final List<UniProtTaxonomy> matching_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 381             final List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( lineage
 382                                                                                          .get( lineage.size() - 1 ) );
 383             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() > 0 ) ) {
 384                 for( final UniProtTaxonomy up_taxonomy : up_taxonomies ) {
 385                     boolean match = true;
 386                     I: for( int i = 0; i < lineage.size(); ++i ) {
 387                         if ( ( i == up_taxonomy.getLineage().size() )
 388                                 || !lineage.get( i ).equalsIgnoreCase( up_taxonomy.getLineage().get( i ) ) ) {
 389                             match = false;
 390                             break I;
 391                         }
 392                     }
 393                     if ( match ) {
 394                         matching_taxonomies.add( up_taxonomy );
 395                     }
 396                 }
 397                 if ( matching_taxonomies.isEmpty() ) {
 398                     throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 399                             + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" not found" );
 400                 }
 401                 //in case of more than one (e.g. "Xenopus" Genus and Subgenus), keep shorter, less specific  one:
 402                 int shortest = Integer.MAX_VALUE;
 403                 UniProtTaxonomy least_specific_up_tax = null;
 404                 for( final UniProtTaxonomy m : matching_taxonomies ) {
 405                     final int s = m.getLineage().size();
 406                     if ( s < shortest ) {
 407                         shortest = s;
 408                         least_specific_up_tax = m;
 409                     }
 410                 }
 411                 TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().put( lineage_str, least_specific_up_tax );
 412                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getScientificName() ) ) {
 413                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getScientificName(),
 414                                                                 least_specific_up_tax );
 415                 }
 416                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCode() ) ) {
 417                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCode(),
 418                                                                   least_specific_up_tax );
 419                 }
 420                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCommonName() ) ) {
 421                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCommonName(),
 422                                                                 least_specific_up_tax );
 423                 }
 424                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getId() ) ) {
 425                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getId(), least_specific_up_tax );
 426                 }
 427                 return least_specific_up_tax;
 428             }
 429             else {
 430                 throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "taxonomy \"" + ( lineage.get( lineage.size() - 1 ) )
 431                                                                + "\" not found" );
 432             }
 433         }
 434     }
 435
 436     synchronized final private static void updateTaxonomy( final QUERY_TYPE qt,
 437                                                            final PhylogenyNode node,
 438                                                            final Taxonomy tax,
 439                                                            final UniProtTaxonomy up_tax )
 440                                                                    throws PhyloXmlDataFormatException {
 441         if ( ( qt != QUERY_TYPE.SN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() )
 442                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 443             tax.setScientificName( up_tax.getScientificName() );
 444         }
 445         if ( node.isExternal() && ( qt != QUERY_TYPE.CODE ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() )
 446                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 447             tax.setTaxonomyCode( up_tax.getCode() );
 448         }
 449         if ( ( qt != QUERY_TYPE.CN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() )
 450                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 451             tax.setCommonName( up_tax.getCommonName() );
 452         }
 453         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getSynonym() ) && !tax.getSynonyms().contains( up_tax.getSynonym() ) ) {
 454             tax.getSynonyms().add( up_tax.getSynonym() );
 455         }
 456         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getRank() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
 457             try {
 458                 tax.setRank( up_tax.getRank().toLowerCase() );
 459             }
 460             catch ( final PhyloXmlDataFormatException ex ) {
 461                 tax.setRank( "" );
 462             }
 463         }
 464         if ( ( qt != QUERY_TYPE.ID ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() )
 465                 && ( ( tax.getIdentifier() == null ) || ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) ) {
 466             tax.setIdentifier( new Identifier( up_tax.getId(), "uniprot" ) );
 467         }
 468         if ( up_tax.getLineage() != null ) {
 469             tax.setLineage( new ArrayList<String>() );
 470             for( final String lin : up_tax.getLineage() ) {
 471                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 472                     tax.getLineage().add( lin );
 473                 }
 474             }
 475         }
 476     }
 477
 478     private final void execute() {
 479         start( _mf, "taxonomy data" );
 480         SortedSet<String> not_found = null;
 481         try {
 482             not_found = obtainDetailedTaxonomicInformation( _phy, _delete, _allow_simple_names );
 483         }
 484         catch ( final UnknownHostException e ) {
 485             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 486                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
 487                                            "Network error during taxonomic information gathering",
 488                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 489             return;
 490         }
 491         catch ( final IOException e ) {
 492             e.printStackTrace();
 493             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 494                                            e.toString(),
 495                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 496                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 497             return;
 498         }
 499         catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 500             e.printStackTrace();
 501             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 502                                            e.toString(),
 503                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 504                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 505             return;
 506         }
 507         finally {
 508             end( _mf );
 509         }
 510         if ( ( _phy == null ) || _phy.isEmpty() ) {
 511             try {
 512                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 513                                                "None of the external node taxonomies could be resolved",
 514                                                "Taxonomy Tool Failed",
 515                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 516             }
 517             catch ( final Exception e ) {
 518                 // Not important if this fails, do nothing.
 519             }
 520             return;
 521         }
 522         _treepanel.setTree( _phy );
 523         _mf.showWhole();
 524         _treepanel.setEdited( true );
 525         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
 526             int max = not_found.size();
 527             boolean more = false;
 528             if ( max > 20 ) {
 529                 more = true;
 530                 max = 20;
 531             }
 532             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 533             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 534             if ( not_found.size() == 1 ) {
 535                 if ( _delete ) {
 536                     sb.append( "The following taxonomy was not found and deleted (if external):\n" );
 537                 }
 538                 else {
 539                     sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 540                 }
 541             }
 542             else {
 543                 if ( _delete ) {
 544                     sb.append( "The following taxonomies were not found and deleted (if external) (total: "
 545                             + not_found.size() + "):\n" );
 546                 }
 547                 else {
 548                     sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 549                 }
 550             }
 551             int i = 0;
 552             for( final String string : not_found ) {
 553                 if ( i > 19 ) {
 554                     break;
 555                 }
 556                 sb.append( string );
 557                 sb.append( "\n" );
 558                 ++i;
 559             }
 560             if ( more ) {
 561                 sb.append( "..." );
 562             }
 563             try {
 564                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 565                                                sb.toString(),
 566                                                "Taxonomy Tool Completed",
 567                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 568             }
 569             catch ( final Exception e ) {
 570                 // Not important if this fails, do nothing.
 571             }
 572         }
 573         else {
 574             try {
 575                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 576                                                "Taxonomy tool successfully completed",
 577                                                "Taxonomy Tool Completed",
 578                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 579             }
 580             catch ( final Exception e ) {
 581                 // Not important if this fails, do nothing.
 582             }
 583         }
 584     }
 585
 586     private final String getBaseUrl() {
 587         return AncestralTaxonomyInferrer.getBaseUrl();
 588     }
 589
 590     @Override
 591     public void run() {
 592         execute();
 593     }
 594 }