forester/java/src/org/forester/application/annotator.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.Collections;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInference;
  35 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInferenceException;
  36 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  37 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  41 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  42 import org.forester.util.ForesterUtil;
  43 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  44
  45 public final class annotator {
  46
  47     final static private String PRG_NAME    = "annotator";
  48     final static private String PRG_VERSION = "1.00";
  49     final static private String PRG_DATE    = "131122";
  50
  51     public static void main( final String args[] ) {
  52         ForesterUtil.printProgramInformation( annotator.PRG_NAME, annotator.PRG_VERSION, annotator.PRG_DATE );
  53         System.out.println();
  54         if ( ( args.length != 2 ) ) {
  55             annotator.argumentsError();
  56         }
  57         CommandLineArguments cla = null;
  58         try {
  59             cla = new CommandLineArguments( args );
  60         }
  61         catch ( final Exception e ) {
  62             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  63         }
  64         final File indir = cla.getFile( 0 );
  65         final File outdir = cla.getFile( 1 );
  66         if ( !indir.isDirectory() ) {
  67             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, indir + " is not a directory" );
  68         }
  69         if ( !outdir.isDirectory() ) {
  70             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, outdir + " is not a directory" );
  71         }
  72         final File[] list_of_files = indir.listFiles();
  73         final List<File> infiles = new ArrayList<File>();
  74         for( final File file : list_of_files ) {
  75             if ( file.isFile() && file.canRead() && file.toString().toLowerCase().endsWith( ".xml" ) ) {
  76                 infiles.add( file );
  77             }
  78         }
  79         Collections.sort( infiles );
  80         int c = 0;
  81         for( final File infile : infiles ) {
  82             System.out.println( ++c + "/" + infiles.size() + ": " + infile );
  83             final File outfile = new File( outdir.getAbsolutePath().toString() + "/" + infile.getName() );
  84             if ( outfile.exists() ) {
  85                 System.out.println( outfile + " already exists" );
  86             }
  87             else {
  88                 Phylogeny phy = null;
  89                 try {
  90                     final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  91                     final Phylogeny[] phylogenies = factory.create( infile,
  92                                                                     PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating() );
  93                     phy = phylogenies[ 0 ];
  94                 }
  95                 catch ( final Exception e ) {
  96                     ForesterUtil
  97                     .fatalError( PRG_NAME, "failed to read phylgenies from [" + infile + "] [" + e.getMessage()
  98                                  + "]" );
  99                 }
 100                 try {
 101                     obtainSeqInformation( phy );
 102                 }
 103                 catch ( final IOException e ) {
 104                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 105                 }
 106                 //                try {
 107                 //                    inferTaxonomyFromDescendents( phy );
 108                 //                }
 109                 //                catch ( final IOException e ) {
 110                 //                    ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 111                 //                }
 112                 //                catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 113                 //                    ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 114                 //                }
 115                 //phy.setRerootable( false );
 116                 try {
 117                     final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
 118                     w.toPhyloXML( phy, 0, outfile );
 119                 }
 120                 catch ( final IOException e ) {
 121                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "failed to write output [" + e.getMessage() + "]" );
 122                 }
 123             }
 124         }
 125     }
 126
 127     private static void obtainSeqInformation( final Phylogeny phy ) throws IOException {
 128         SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( phy, true, true, SequenceDbWsTools.DEFAULT_LINES_TO_RETURN );
 129     }
 130
 131     private static void inferTaxonomyFromDescendents( final Phylogeny phy ) throws IOException,
 132     AncestralTaxonomyInferenceException {
 133         AncestralTaxonomyInference.inferTaxonomyFromDescendents( phy );
 134     }
 135
 136     private static void argumentsError() {
 137         System.out.println( annotator.PRG_NAME + " <indir> <outdir>" );
 138         System.out.println();
 139         System.exit( -1 );
 140     }
 141 }