forester/java/src/org/forester/application/annotator.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInference;
  34 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInferenceException;
  35 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  36 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  37 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  38 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  39 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  40 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  41 import org.forester.util.ForesterUtil;
  42 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  43
  44 public final class annotator {
  45
  46     final static private String PRG_NAME    = "annotator";
  47     final static private String PRG_VERSION = "1.00";
  48     final static private String PRG_DATE    = "131122";
  49
  50     public static void main( final String args[] ) {
  51         ForesterUtil.printProgramInformation( annotator.PRG_NAME, annotator.PRG_VERSION, annotator.PRG_DATE );
  52         System.out.println();
  53         if ( ( args.length != 2 ) ) {
  54             annotator.argumentsError();
  55         }
  56         CommandLineArguments cla = null;
  57         try {
  58             cla = new CommandLineArguments( args );
  59         }
  60         catch ( final Exception e ) {
  61             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  62         }
  63         final File indir = cla.getFile( 0 );
  64         final File outdir = cla.getFile( 1 );
  65         if ( !indir.isDirectory() ) {
  66             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, indir + " is not a directory" );
  67         }
  68         if ( !outdir.isDirectory() ) {
  69             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, outdir + " is not a directory" );
  70         }
  71         final File[] list_of_files = indir.listFiles();
  72         final List<File> infiles = new ArrayList<File>();
  73         for( final File file : list_of_files ) {
  74             if ( file.isFile() && file.canRead() && file.toString().toLowerCase().endsWith( ".xml" ) ) {
  75                 infiles.add( file );
  76             }
  77         }
  78         int c = 0;
  79         for( final File infile : infiles ) {
  80             System.out.println( ++c + "/" + infiles.size() + ": " + infile );
  81             Phylogeny phy = null;
  82             try {
  83                 final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  84                 final Phylogeny[] phylogenies = factory.create( infile,
  85                                                                 PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating() );
  86                 phy = phylogenies[ 0 ];
  87             }
  88             catch ( final Exception e ) {
  89                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "failed to read phylgenies from [" + infile + "] [" + e.getMessage()
  90                         + "]" );
  91             }
  92             try {
  93                 obtainSeqInformation( phy );
  94             }
  95             catch ( final IOException e ) {
  96                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  97             }
  98             try {
  99                 inferTaxonomyFromDescendents( phy );
 100             }
 101             catch ( final IOException e ) {
 102                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 103             }
 104             catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 105                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 106             }
 107             final File outfile = new File( outdir.getAbsolutePath().toString() + "/" + infile.getName() );
 108             try {
 109                 final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
 110                 w.toPhyloXML( phy, 0, outfile );
 111             }
 112             catch ( final IOException e ) {
 113                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "failed to write output [" + e.getMessage() + "]" );
 114             }
 115         }
 116     }
 117
 118     private static void obtainSeqInformation( final Phylogeny phy ) throws IOException {
 119         SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( phy, true, true, SequenceDbWsTools.DEFAULT_LINES_TO_RETURN );
 120     }
 121
 122     private static void inferTaxonomyFromDescendents( final Phylogeny phy ) throws IOException,
 123             AncestralTaxonomyInferenceException {
 124         AncestralTaxonomyInference.inferTaxonomyFromDescendents( phy );
 125     }
 126
 127     private static void argumentsError() {
 128         System.out.println( annotator.PRG_NAME + " <indir> <outdir>" );
 129         System.out.println();
 130         System.exit( -1 );
 131     }
 132 }