forester/java/src/org/forester/application/cladinator.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2017 J. Craig Venter Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phyloxml @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.text.DecimalFormat;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.SortedMap;
  34 import java.util.regex.Pattern;
  35 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  36
  37 import org.forester.clade_analysis.AnalysisMulti;
  38 import org.forester.clade_analysis.Prefix;
  39 import org.forester.clade_analysis.ResultMulti;
  40 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  41 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  42 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  43 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  44 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  45 import org.forester.util.BasicTable;
  46 import org.forester.util.BasicTableParser;
  47 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  48 import org.forester.util.EasyWriter;
  49 import org.forester.util.ForesterUtil;
  50 import org.forester.util.UserException;
  51
  52 public final class cladinator {
  53
  54     final static private String        PRG_NAME                             = "cladinator";
  55     final static private String        PRG_VERSION                          = "1.04";
  56     final static private String        PRG_DATE                             = "170915";
  57     final static private String        PRG_DESC                             = "clades within clades of annotated labels -- analysis of pplacer-type outputs";
  58     final static private String        E_MAIL                               = "phyloxml@gmail.com";
  59     final static private String        WWW                                  = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester";
  60     final static private String        HELP_OPTION_1                        = "help";
  61     final static private String        HELP_OPTION_2                        = "h";
  62     final static private String        SEP_OPTION                           = "s";
  63     final static private String        QUERY_PATTERN_OPTION                 = "q";
  64     final static private String        SPECIFICS_CUTOFF_OPTION              = "c";
  65     final static private String        MAPPING_FILE_OPTION                  = "m";
  66     final static private String        EXTRA_PROCESSING_OPTION1             = "x";
  67     final static private String        EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION         = "xs";
  68     final static private String        EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_OPTION  = "xk";
  69     final static private String        QUIET_OPTION                         = "Q";
  70     final static private String        VERBOSE_OPTION                       = "v";
  71     final static private double        SPECIFICS_CUTOFF_DEFAULT             = 0.8;
  72     final static private String        SEP_DEFAULT                          = ".";
  73     final static private Pattern       QUERY_PATTERN_DEFAULT                = AnalysisMulti.DEFAULT_QUERY_PATTERN_FOR_PPLACER_TYPE;
  74     final static private String        EXTRA_PROCESSING1_SEP_DEFAULT        = "|";
  75     final static private boolean       EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_DEFAULT = false;
  76     private final static DecimalFormat df                                   = new DecimalFormat( "0.0###" );
  77
  78     public static void main( final String args[] ) {
  79         try {
  80             ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME,
  81                                                   PRG_DESC,
  82                                                   PRG_VERSION,
  83                                                   PRG_DATE,
  84                                                   E_MAIL,
  85                                                   WWW,
  86                                                   ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
  87             CommandLineArguments cla = null;
  88             try {
  89                 cla = new CommandLineArguments( args );
  90             }
  91             catch ( final Exception e ) {
  92                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  93             }
  94             if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) ) {
  95                 System.out.println();
  96                 print_help();
  97                 System.exit( 0 );
  98             }
  99             if ( ( cla.getNumberOfNames() != 1 ) && ( cla.getNumberOfNames() != 2 ) ) {
 100                 print_help();
 101                 System.exit( -1 );
 102             }
 103             final List<String> allowed_options = new ArrayList<>();
 104             allowed_options.add( SEP_OPTION );
 105             allowed_options.add( QUERY_PATTERN_OPTION );
 106             allowed_options.add( SPECIFICS_CUTOFF_OPTION );
 107             allowed_options.add( MAPPING_FILE_OPTION );
 108             allowed_options.add( EXTRA_PROCESSING_OPTION1 );
 109             allowed_options.add( EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION );
 110             allowed_options.add( EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_OPTION );
 111             allowed_options.add( VERBOSE_OPTION );
 112             allowed_options.add( QUIET_OPTION );
 113             final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
 114             if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
 115                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "unknown option(s): " + dissallowed_options );
 116             }
 117             double cutoff_specifics = SPECIFICS_CUTOFF_DEFAULT;
 118             if ( cla.isOptionSet( SPECIFICS_CUTOFF_OPTION ) ) {
 119                 if ( cla.isOptionValueSet( SPECIFICS_CUTOFF_OPTION ) ) {
 120                     cutoff_specifics = cla.getOptionValueAsDouble( SPECIFICS_CUTOFF_OPTION );
 121                     if ( cutoff_specifics < 0 ) {
 122                         ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "cutoff cannot be negative" );
 123                     }
 124                 }
 125                 else {
 126                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "no value for cutoff for specifics" );
 127                 }
 128             }
 129             String separator = SEP_DEFAULT;
 130             if ( cla.isOptionSet( SEP_OPTION ) ) {
 131                 if ( cla.isOptionValueSet( SEP_OPTION ) ) {
 132                     separator = cla.getOptionValue( SEP_OPTION );
 133                 }
 134                 else {
 135                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "no value for separator option" );
 136                 }
 137             }
 138             Pattern compiled_query_str = null;
 139             if ( cla.isOptionSet( QUERY_PATTERN_OPTION ) ) {
 140                 if ( cla.isOptionValueSet( QUERY_PATTERN_OPTION ) ) {
 141                     final String query_str = cla.getOptionValue( QUERY_PATTERN_OPTION );
 142                     try {
 143                         compiled_query_str = Pattern.compile( query_str );
 144                     }
 145                     catch ( final PatternSyntaxException e ) {
 146                         ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "error in regular expression: " + e.getMessage() );
 147                     }
 148                 }
 149                 else {
 150                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "no value for query pattern option" );
 151                 }
 152             }
 153             File mapping_file = null;
 154             if ( cla.isOptionSet( MAPPING_FILE_OPTION ) ) {
 155                 if ( cla.isOptionValueSet( MAPPING_FILE_OPTION ) ) {
 156                     final String mapping_file_str = cla.getOptionValue( MAPPING_FILE_OPTION );
 157                     final String error = ForesterUtil.isReadableFile( mapping_file_str );
 158                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( error ) ) {
 159                         ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, error );
 160                     }
 161                     mapping_file = new File( mapping_file_str );
 162                 }
 163                 else {
 164                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "no value for mapping file" );
 165                 }
 166             }
 167             final Pattern pattern = ( compiled_query_str != null ) ? compiled_query_str : QUERY_PATTERN_DEFAULT;
 168             final File intreefile = cla.getFile( 0 );
 169             final String error_intreefile = ForesterUtil.isReadableFile( intreefile );
 170             if ( !ForesterUtil.isEmpty( error_intreefile ) ) {
 171                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, error_intreefile );
 172             }
 173             final File outtablefile;
 174             if ( cla.getNumberOfNames() > 1 ) {
 175                 outtablefile = cla.getFile( 1 );
 176                 final String error_outtablefile = ForesterUtil.isWritableFile( outtablefile );
 177                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( error_outtablefile ) ) {
 178                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, error_outtablefile );
 179                 }
 180             }
 181             else {
 182                 outtablefile = null;
 183             }
 184             final BasicTable<String> t;
 185             final SortedMap<String, String> map;
 186             if ( mapping_file != null ) {
 187                 t = BasicTableParser.parse( mapping_file, '\t' );
 188                 if ( t.getNumberOfColumns() != 2 ) {
 189                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 190                                              "mapping file needs to have 2 tab-separated columns, not "
 191                                                      + t.getNumberOfColumns() );
 192                 }
 193                 map = t.getColumnsAsMap( 0, 1 );
 194             }
 195             else {
 196                 t = null;
 197                 map = null;
 198             }
 199             final boolean extra_processing1;
 200             if ( cla.isOptionSet( EXTRA_PROCESSING_OPTION1 ) ) {
 201                 extra_processing1 = true;
 202             }
 203             else {
 204                 extra_processing1 = false;
 205             }
 206             String extra_processing1_sep = EXTRA_PROCESSING1_SEP_DEFAULT;
 207             if ( cla.isOptionSet( EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION ) ) {
 208                 if ( !extra_processing1 ) {
 209                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 210                                              "extra processing is not enabled, cannot set -"
 211                                                      + EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION + " option" );
 212                 }
 213                 if ( cla.isOptionValueSet( EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION ) ) {
 214                     extra_processing1_sep = cla.getOptionValue( EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION );
 215                 }
 216                 else {
 217                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "no value for extra processing separator" );
 218                 }
 219             }
 220             if ( ( extra_processing1_sep != null ) && extra_processing1_sep.equals( separator ) ) {
 221                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 222                                          "extra processing separator must not be the same the annotation-separator" );
 223             }
 224             boolean extra_processing1_keep = EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_DEFAULT;
 225             if ( cla.isOptionSet( EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_OPTION ) ) {
 226                 if ( !extra_processing1 ) {
 227                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 228                                              "extra processing is not enabled, cannot set -"
 229                                                      + EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_OPTION + " option" );
 230                 }
 231                 extra_processing1_keep = true;
 232             }
 233             final boolean verbose;
 234             if ( cla.isOptionSet( VERBOSE_OPTION ) ) {
 235                 verbose = true;
 236             }
 237             else {
 238                 verbose = false;
 239             }
 240             final boolean quit;
 241             if ( cla.isOptionSet( QUIET_OPTION ) ) {
 242                 quit = true;
 243             }
 244             else {
 245                 quit = false;
 246             }
 247             System.out.println( "Input tree                 : " + intreefile );
 248             System.out.println( "Specific-hit support cutoff: " + cutoff_specifics );
 249             if ( mapping_file != null ) {
 250                 System.out.println( "Mapping file               : " + mapping_file + " (" + t.getNumberOfRows()
 251                         + " rows)" );
 252             }
 253             System.out.println( "Annotation-separator       : " + separator );
 254             System.out.println( "Query pattern              : " + pattern );
 255             System.out.println( "Extra processing           : " + extra_processing1 );
 256             if ( extra_processing1 ) {
 257                 System.out.println( "Extra processing separator : " + extra_processing1_sep );
 258                 System.out.println( "Keep extra annotations     : " + extra_processing1_keep );
 259             }
 260             if ( outtablefile != null ) {
 261                 System.out.println( "Output table               : " + outtablefile );
 262             }
 263             Phylogeny phys[] = null;
 264             try {
 265                 final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 266                 final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intreefile, true );
 267                 phys = factory.create( intreefile, pp );
 268             }
 269             catch ( final IOException e ) {
 270                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "Could not read \"" + intreefile + "\" [" + e.getMessage() + "]" );
 271             }
 272             if ( phys.length == 0 ) {
 273                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "\"" + intreefile + "\" does not contain any trees" );
 274             }
 275             System.out.println( "Number of input trees      : " + phys.length );
 276             if ( phys.length == 1 ) {
 277                 System.out.println( "Ext. nodes in input tree   : " + phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() );
 278             }
 279             else {
 280                 System.out.println( "Ext. nodes in input tree 1 : " + phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() );
 281             }
 282             final EasyWriter outtable_writer;
 283             if ( outtablefile != null ) {
 284                 outtable_writer = ForesterUtil.createEasyWriter( outtablefile );
 285             }
 286             else {
 287                 outtable_writer = null;
 288             }
 289             int counter = 0;
 290             for( final Phylogeny phy : phys ) {
 291                 if ( map != null ) {
 292                     AnalysisMulti.performMapping( pattern, map, phy, verbose );
 293                 }
 294                 if ( extra_processing1 ) {
 295                     AnalysisMulti.performExtraProcessing1( pattern,
 296                                                            phy,
 297                                                            extra_processing1_sep,
 298                                                            extra_processing1_keep,
 299                                                            separator,
 300                                                            verbose );
 301                 }
 302                 final ResultMulti res = AnalysisMulti.execute( phy, pattern, separator, cutoff_specifics );
 303                 if ( !quit ) {
 304                     if ( phys.length == 1 ) {
 305                         printResult( res, -1 );
 306                     }
 307                     else {
 308                         printResult( res, counter );
 309                     }
 310                 }
 311                 if ( outtable_writer != null ) {
 312                     writeResultToTable( res, outtable_writer );
 313                     outtable_writer.flush();
 314                 }
 315                 ++counter;
 316             }
 317             if ( outtable_writer != null ) {
 318                 outtable_writer.flush();
 319                 outtable_writer.close();
 320             }
 321         }
 322         catch ( final UserException e ) {
 323             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 324         }
 325         catch ( final IOException e ) {
 326             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 327         }
 328         catch ( final Exception e ) {
 329             e.printStackTrace();
 330             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "Unexpected errror!" );
 331         }
 332     }
 333
 334     private final static void printResult( final ResultMulti res, final int counter ) {
 335         System.out.println();
 336         if ( counter == -1 ) {
 337             System.out.println( "Result for " + res.getQueryNamePrefix() );
 338         }
 339         else {
 340             System.out.println( "Result for " + res.getQueryNamePrefix() + " [tree " + counter + "]" );
 341         }
 342         if ( ( res.getAllMultiHitPrefixes() == null ) | ( res.getAllMultiHitPrefixes().size() < 1 ) ) {
 343             System.out.println( " No match to query pattern!" );
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( " Matching Clade(s):" );
 347             for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixes() ) {
 348                 System.out.println( " " + prefix );
 349             }
 350             if ( res.isHasSpecificMultiHitsPrefixes() ) {
 351                 System.out.println();
 352                 System.out.println( " Specific-hit(s):" );
 353                 for( final Prefix prefix : res.getSpecificMultiHitPrefixes() ) {
 354                     System.out.println( " " + prefix );
 355                 }
 356                 System.out.println();
 357                 System.out.println( " Matching Clade(s) with Specific-hit(s):" );
 358                 for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixes() ) {
 359                     System.out.println( " " + prefix );
 360                     for( final Prefix spec : res.getSpecificMultiHitPrefixes() ) {
 361                         if ( spec.getPrefix().startsWith( prefix.getPrefix() ) ) {
 362                             System.out.println( "     " + spec );
 363                         }
 364                     }
 365                 }
 366             }
 367             if ( !ForesterUtil.isEmpty( res.getAllMultiHitPrefixesDown() ) ) {
 368                 System.out.println();
 369                 System.out.println( " Matching Down-tree Bracketing Clade(s):" );
 370                 for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixesDown() ) {
 371                     System.out.println( " " + prefix );
 372                 }
 373             }
 374             if ( !ForesterUtil.isEmpty( res.getAllMultiHitPrefixesUp() ) ) {
 375                 System.out.println();
 376                 System.out.println( " Matching Up-tree Bracketing Clade(s):" );
 377                 for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixesUp() ) {
 378                     System.out.println( " " + prefix );
 379                 }
 380             }
 381             System.out.println();
 382             System.out.println( " Total Number of Matches: " + res.getNumberOfMatches() + "/"
 383                     + res.getReferenceTreeNumberOfExternalNodes() );
 384         }
 385         System.out.println();
 386     }
 387
 388     private final static void writeResultToTable( final ResultMulti res, final EasyWriter w ) throws IOException {
 389         if ( ( res.getAllMultiHitPrefixes() == null ) | ( res.getAllMultiHitPrefixes().size() < 1 ) ) {
 390             w.print( res.getQueryNamePrefix() );
 391             w.print( "\t" );
 392             w.println( "No match to query pattern!" );
 393         }
 394         else {
 395             for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixes() ) {
 396                 w.print( res.getQueryNamePrefix() );
 397                 w.print( "\t" );
 398                 w.print( "Matching Clades" );
 399                 w.print( "\t" );
 400                 w.print( prefix.getPrefix() );
 401                 w.print( "\t" );
 402                 w.print( df.format( prefix.getConfidence() ) );
 403                 w.print( "\t" );
 404                 w.print( String.valueOf( res.getNumberOfMatches() ) );
 405                 w.print( "\t" );
 406                 w.print( String.valueOf( res.getReferenceTreeNumberOfExternalNodes() ) );
 407                 w.println();
 408             }
 409             if ( res.isHasSpecificMultiHitsPrefixes() ) {
 410                 for( final Prefix prefix : res.getSpecificMultiHitPrefixes() ) {
 411                     w.print( res.getQueryNamePrefix() );
 412                     w.print( "\t" );
 413                     w.print( "Specific-hits" );
 414                     w.print( "\t" );
 415                     w.print( prefix.getPrefix() );
 416                     w.print( "\t" );
 417                     w.print( df.format( prefix.getConfidence() ) );
 418                     w.print( "\t" );
 419                     w.print( String.valueOf( res.getNumberOfMatches() ) );
 420                     w.print( "\t" );
 421                     w.print( String.valueOf( res.getReferenceTreeNumberOfExternalNodes() ) );
 422                     w.println();
 423                 }
 424             }
 425             if ( !ForesterUtil.isEmpty( res.getAllMultiHitPrefixesDown() ) ) {
 426                 for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixesDown() ) {
 427                     w.print( res.getQueryNamePrefix() );
 428                     w.print( "\t" );
 429                     w.print( "Matching Down-tree Bracketing Clades" );
 430                     w.print( "\t" );
 431                     w.print( prefix.getPrefix() );
 432                     w.print( "\t" );
 433                     w.print( df.format( prefix.getConfidence() ) );
 434                     w.print( "\t" );
 435                     w.print( String.valueOf( res.getNumberOfMatches() ) );
 436                     w.print( "\t" );
 437                     w.print( String.valueOf( res.getReferenceTreeNumberOfExternalNodes() ) );
 438                     w.println();
 439                 }
 440             }
 441             if ( !ForesterUtil.isEmpty( res.getAllMultiHitPrefixesUp() ) ) {
 442                 for( final Prefix prefix : res.getCollapsedMultiHitPrefixesUp() ) {
 443                     w.print( res.getQueryNamePrefix() );
 444                     w.print( "\t" );
 445                     w.print( "Matching Up-tree Bracketing Clades" );
 446                     w.print( "\t" );
 447                     w.print( prefix.getPrefix() );
 448                     w.print( "\t" );
 449                     w.print( df.format( prefix.getConfidence() ) );
 450                     w.print( "\t" );
 451                     w.print( String.valueOf( res.getNumberOfMatches() ) );
 452                     w.print( "\t" );
 453                     w.print( String.valueOf( res.getReferenceTreeNumberOfExternalNodes() ) );
 454                     w.println();
 455                 }
 456             }
 457         }
 458     }
 459
 460     private final static void print_help() {
 461         System.out.println( "Usage:" );
 462         System.out.println();
 463         System.out.println( PRG_NAME + " [options] <input tree(s) file> [output table file]" );
 464         System.out.println();
 465         System.out.println( " options:" );
 466         System.out.println( "  -" + SPECIFICS_CUTOFF_OPTION
 467                 + "=<double>        : the cutoff for \"specific-hit\" support values (default: "
 468                 + SPECIFICS_CUTOFF_DEFAULT + ")" );
 469         System.out.println( "  -" + SEP_OPTION + "=<separator>     : the annotation-separator to be used (default: "
 470                 + SEP_DEFAULT + ")" );
 471         System.out.println( "  -" + MAPPING_FILE_OPTION
 472                 + "=<mapping table> : to map node names to appropriate annotations (tab-separated, two columns) (default: no mapping)" );
 473         System.out.println( "  -" + EXTRA_PROCESSING_OPTION1
 474                 + "                 : to enable extra processing of annotations (e.g. \"Q16611|A.1.1\" becomes \"A.1.1\")" );
 475         System.out.println( "  -" + EXTRA_PROCESSING1_SEP_OPTION
 476                 + "=<separator>    : the separator for extra annotations (default: \"" + EXTRA_PROCESSING1_SEP_DEFAULT
 477                 + "\")" );
 478         System.out.println( "  -" + EXTRA_PROCESSING1_KEEP_EXTRA_OPTION
 479                 + "                : to keep extra annotations (e.g. \"Q16611|A.1.1\" becomes \"A.1.1.Q16611\")" );
 480         System.out.println( "  -" + VERBOSE_OPTION + "                 : verbose" );
 481         System.out.println( "  --" + QUERY_PATTERN_OPTION
 482                 + "=<query pattern>: the regular expression for the query (default: \"" + QUERY_PATTERN_DEFAULT
 483                 + "\" for pplacer output)" );
 484         System.out.println();
 485         System.out.println( "Examples:" );
 486         System.out.println();
 487         System.out.println( " " + PRG_NAME + " my_tree.nh result.tsv" );
 488         System.out.println( " " + PRG_NAME + " -c=0.5 -s=. my_tree.nh result.tsv" );
 489         System.out.println( " " + PRG_NAME + " -c=0.9 -s=_ -m=map.tsv my_tree.nh result.tsv" );
 490         System.out.println( " " + PRG_NAME + " -x -xs=& -xk my_tree.nh result.tsv" );
 491         System.out.println( " " + PRG_NAME + " -x -xs=\"|\" my_tree.nh result.tsv" );
 492         System.out.println( " " + PRG_NAME + " -x -xk -m=map.tsv pplacer_out_trees.sing.tre result.tsv" );
 493         System.out.println();
 494     }
 495 }