forester/java/src/org/forester/application/get_distances.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.BufferedWriter;
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.io.FileWriter;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.StringTokenizer;
  35
  36 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  37 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  38 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  39 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  40 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  41 import org.forester.util.ForesterUtil;
  42
  43 public class get_distances {
  44
  45     public static void main( final String args[] ) {
  46         if ( args.length != 3 ) {
  47             System.out.println( "\nget_distances: Wrong number of arguments.\n" );
  48             System.out.println( "Usage: \"get_distances <phylogeny file> <file with node names> <outfile>\"\n" );
  49             System.exit( -1 );
  50         }
  51         final File phylogeny_infile = new File( args[ 0 ] );
  52         final File names_infile = new File( args[ 1 ] );
  53         final File outfile = new File( args[ 2 ] );
  54         Phylogeny p = null;
  55         try {
  56             final PhylogenyParser pp = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( phylogeny_infile, true );
  57             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  58             p = factory.create( phylogeny_infile, pp )[ 0 ];
  59         }
  60         catch ( final Exception e ) {
  61             System.out.println( "\nCould not read \"" + phylogeny_infile + "\" [" + e.getMessage() + "]\n" );
  62             System.exit( -1 );
  63         }
  64         String line = "";
  65         try {
  66             final BufferedReader in = new BufferedReader( new FileReader( names_infile ) );
  67             final BufferedWriter out = new BufferedWriter( new FileWriter( outfile ) );
  68             while ( ( line = in.readLine() ) != null ) {
  69                 if ( line.length() < 3 ) {
  70                     continue;
  71                 }
  72                 final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line );
  73                 if ( st.countTokens() < 2 ) {
  74                     continue;
  75                 }
  76                 final double d = PhylogenyMethods.getInstance().calculateDistance( p.getNode( st.nextToken() ),
  77                                                                                    p.getNode( st.nextToken() ) );
  78                 out.write( line + " " + d );
  79                 out.newLine();
  80             }
  81             out.flush();
  82             out.close();
  83             in.close();
  84         }
  85         catch ( final IOException e ) {
  86             System.out.println( "\nError during processing of \"" + names_infile + "\" [" + e.getMessage()
  87                     + "] at line \"" + line + "\"\n" );
  88             System.exit( -1 );
  89         }
  90         System.out.println( "\nDone.\n" );
  91     }
  92 }