forester/java/src/org/forester/application/gsdi.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.text.SimpleDateFormat;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Date;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedMap;
  35 import java.util.SortedSet;
  36 import java.util.TreeMap;
  37 import java.util.TreeSet;
  38
  39 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  40 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  41 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  42 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  43 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  44 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  46 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  47 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  48 import org.forester.sdi.GSDI;
  49 import org.forester.sdi.GSDII;
  50 import org.forester.sdi.GSDIR;
  51 import org.forester.sdi.SDIException;
  52 import org.forester.sdi.SDIutil;
  53 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  54 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  55 import org.forester.util.EasyWriter;
  56 import org.forester.util.ForesterConstants;
  57 import org.forester.util.ForesterUtil;
  58
  59 public final class gsdi {
  60
  61     final static public boolean REPLACE_UNDERSCORES_IN_NH_SPECIES_TREE = true;
  62     final static private String ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION    = "g";
  63     final static private String GSDIR_OPTION                           = "r";
  64     final static private String MOST_PARSIMONIOUS_OPTION               = "m";
  65     final static private String GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE           = "q";
  66     final static private String TRANSFER_TAXONOMY_OPTION               = "t";
  67     final static private String HELP_OPTION_1                          = "help";
  68     final static private String HELP_OPTION_2                          = "h";
  69     final static private String SUFFIX_FOR_SPECIES_TREE_USED           = "_species_tree_used.xml";
  70     final static private String LOGFILE_SUFFIX                         = "_gsdi_log.txt";
  71     final static private String REMAPPED_SUFFIX                        = "_gsdi_remapped.txt";
  72     final static private String PRG_NAME                               = "gsdi";
  73     final static private String PRG_VERSION                            = "1.001";
  74     final static private String PRG_DATE                               = "130325";
  75     final static private String PRG_DESC                               = "general speciation duplication inference";
  76     final static private String E_MAIL                                 = "phylosoft@gmail.com";
  77     final static private String WWW                                    = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester";
  78
  79     public static void main( final String args[] ) {
  80         try {
  81             ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME,
  82                                                   PRG_DESC,
  83                                                   PRG_VERSION,
  84                                                   PRG_DATE,
  85                                                   E_MAIL,
  86                                                   WWW,
  87                                                   ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
  88             CommandLineArguments cla = null;
  89             try {
  90                 cla = new CommandLineArguments( args );
  91             }
  92             catch ( final Exception e ) {
  93                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  94             }
  95             if ( cla.isOptionSet( gsdi.HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( gsdi.HELP_OPTION_2 ) ) {
  96                 System.out.println();
  97                 gsdi.print_help();
  98                 System.exit( 0 );
  99             }
 100             else if ( ( args.length < 2 ) || ( cla.getNumberOfNames() != 3 ) ) {
 101                 System.out.println();
 102                 System.out.println( "Wrong number of arguments." );
 103                 System.out.println();
 104                 gsdi.print_help();
 105                 System.exit( -1 );
 106             }
 107             final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
 108             allowed_options.add( gsdi.GSDIR_OPTION );
 109             allowed_options.add( gsdi.GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE );
 110             allowed_options.add( gsdi.MOST_PARSIMONIOUS_OPTION );
 111             allowed_options.add( gsdi.ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION );
 112             allowed_options.add( TRANSFER_TAXONOMY_OPTION );
 113             final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
 114             if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
 115                 ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "unknown option(s): " + dissallowed_options );
 116             }
 117             execute( cla );
 118         }
 119         catch ( final IOException e ) {
 120             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, e.getMessage() );
 121         }
 122     }
 123
 124     private static void execute( final CommandLineArguments cla ) throws IOException {
 125         ALGORITHM base_algorithm = ALGORITHM.GSDI;
 126         boolean most_parsimonous_duplication_model = false;
 127         boolean allow_stripping_of_gene_tree = false;
 128         if ( cla.isOptionSet( gsdi.GSDIR_OPTION ) ) {
 129             base_algorithm = ALGORITHM.GSDIR;
 130         }
 131         if ( cla.isOptionSet( gsdi.MOST_PARSIMONIOUS_OPTION ) ) {
 132             if ( base_algorithm == ALGORITHM.SDI ) {
 133                 ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "Cannot use most parsimonious duplication mode with SDI" );
 134             }
 135             most_parsimonous_duplication_model = true;
 136         }
 137         if ( cla.isOptionSet( gsdi.ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION ) ) {
 138             if ( base_algorithm == ALGORITHM.SDI ) {
 139                 ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "Cannot allow stripping of gene tree with SDI" );
 140             }
 141             allow_stripping_of_gene_tree = true;
 142         }
 143         boolean transfer_taxonomy = false;
 144         if ( cla.isOptionSet( TRANSFER_TAXONOMY_OPTION ) ) {
 145             transfer_taxonomy = true;
 146         }
 147         Phylogeny species_tree = null;
 148         Phylogeny gene_tree = null;
 149         File gene_tree_file = null;
 150         File species_tree_file = null;
 151         File out_file = null;
 152         File log_file = null;
 153         EasyWriter log_writer = null;
 154         try {
 155             gene_tree_file = cla.getFile( 0 );
 156             species_tree_file = cla.getFile( 1 );
 157             out_file = cla.getFile( 2 );
 158             log_file = new File( ForesterUtil.removeSuffix( out_file.toString() ) + LOGFILE_SUFFIX );
 159         }
 160         catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 161             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "error in command line: " + e.getMessage() );
 162         }
 163         if ( ForesterUtil.isReadableFile( gene_tree_file ) != null ) {
 164             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isReadableFile( gene_tree_file ) );
 165         }
 166         if ( ForesterUtil.isReadableFile( species_tree_file ) != null ) {
 167             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isReadableFile( species_tree_file ) );
 168         }
 169         if ( ForesterUtil.isWritableFile( out_file ) != null ) {
 170             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isWritableFile( out_file ) );
 171         }
 172         if ( ForesterUtil.isWritableFile( log_file ) != null ) {
 173             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isWritableFile( log_file ) );
 174         }
 175         try {
 176             log_writer = ForesterUtil.createEasyWriter( log_file );
 177         }
 178         catch ( final IOException e ) {
 179             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "Failed to create [" + log_file + "]: " + e.getMessage() );
 180         }
 181         try {
 182             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 183             gene_tree = factory.create( gene_tree_file, PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating() )[ 0 ];
 184         }
 185         catch ( final IOException e ) {
 186             fatalError( "error",
 187                         "failed to read gene tree from [" + gene_tree_file + "]: " + e.getMessage(),
 188                         log_writer );
 189         }
 190         try {
 191             species_tree = SDIutil.parseSpeciesTree( gene_tree,
 192                                                      species_tree_file,
 193                                                      REPLACE_UNDERSCORES_IN_NH_SPECIES_TREE,
 194                                                      true,
 195                                                      TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
 196         }
 197         catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 198             fatalError( "user error",
 199                         "failed to transfer general node name, in [" + species_tree_file + "]: " + e.getMessage(),
 200                         log_writer );
 201         }
 202         catch ( final SDIException e ) {
 203             fatalError( "user error", e.getMessage(), log_writer );
 204         }
 205         catch ( final IOException e ) {
 206             fatalError( "error",
 207                         "Failed to read species tree from [" + species_tree_file + "]: " + e.getMessage(),
 208                         log_writer );
 209         }
 210         gene_tree.setRooted( true );
 211         species_tree.setRooted( true );
 212         if ( !gene_tree.isCompletelyBinary() ) {
 213             fatalError( "user error", "gene tree is not completely binary", log_writer );
 214         }
 215         if ( base_algorithm == ALGORITHM.SDI ) {
 216             if ( !species_tree.isCompletelyBinary() ) {
 217                 fatalError( "user error",
 218                             "species tree is not completely binary, use GSDI or GSDIR instead",
 219                             log_writer );
 220             }
 221         }
 222         log_writer.println( PRG_NAME + " - " + PRG_DESC );
 223         log_writer.println( "  version         : " + PRG_VERSION );
 224         log_writer.println( "  date            : " + PRG_DATE );
 225         log_writer.println( "  forester version: " + ForesterConstants.FORESTER_VERSION );
 226         log_writer.println();
 227         log_writer.println( "Start time                               : "
 228                 + new SimpleDateFormat( "yyyyMMdd HH:mm:ss" ).format( new Date() ) );
 229         System.out.println( "Start time                               : "
 230                 + new SimpleDateFormat( "yyyyMMdd HH:mm:ss" ).format( new Date() ) );
 231         log_writer.println( "Gene tree file                           : " + gene_tree_file.getCanonicalPath() );
 232         System.out.println( "Gene tree file                           : " + gene_tree_file.getCanonicalPath() );
 233         log_writer.println( "Gene tree name                           : "
 234                 + ( ForesterUtil.isEmpty( gene_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 235         System.out.println( "Gene tree name                           : "
 236                 + ( ForesterUtil.isEmpty( gene_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 237         log_writer.println( "Species tree file                        : " + species_tree_file.getCanonicalPath() );
 238         System.out.println( "Species tree file                        : " + species_tree_file.getCanonicalPath() );
 239         log_writer.println( "Species tree name                        : "
 240                 + ( ForesterUtil.isEmpty( species_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 241         System.out.println( "Species tree name                        : "
 242                 + ( ForesterUtil.isEmpty( species_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 243         System.out.println( "Transfer taxonomy                        : " + transfer_taxonomy );
 244         GSDII gsdii = null;
 245         final long start_time = new Date().getTime();
 246         try {
 247             if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDI ) {
 248                 System.out.println( "Algorithm                                : GSDI" );
 249                 log_writer.println( "Algorithm                                : GSDI" );
 250             }
 251             else if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 252                 System.out.println( "Algorithm                                : GSDIR" );
 253                 log_writer.println( "Algorithm                                : GSDIR" );
 254             }
 255             System.out.println( "Use most parsimonous duplication model   : " + most_parsimonous_duplication_model );
 256             System.out.println( "Allow stripping of gene tree nodes       : " + allow_stripping_of_gene_tree );
 257             log_writer.println( "Use most parsimonous duplication model   : " + most_parsimonous_duplication_model );
 258             log_writer.println( "Allow stripping of gene tree nodes       : " + allow_stripping_of_gene_tree );
 259             log_writer.flush();
 260             if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDI ) {
 261                 gsdii = new GSDI( gene_tree,
 262                                   species_tree,
 263                                   most_parsimonous_duplication_model,
 264                                   allow_stripping_of_gene_tree,
 265                                   true,
 266                                   transfer_taxonomy );
 267             }
 268             else if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 269                 gsdii = new GSDIR( gene_tree, species_tree, allow_stripping_of_gene_tree, true, transfer_taxonomy );
 270             }
 271         }
 272         catch ( final SDIException e ) {
 273             fatalError( "user error", e.getLocalizedMessage(), log_writer );
 274         }
 275         catch ( final IOException e ) {
 276             fatalError( "error", e.toString(), log_writer );
 277         }
 278         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 279             ForesterUtil.outOfMemoryError( e );
 280         }
 281         catch ( final Exception e ) {
 282             e.printStackTrace();
 283             fatalError( "unexpected error", e.toString(), log_writer );
 284         }
 285         System.out.println( "Running time (excluding I/O)             : " + ( new Date().getTime() - start_time )
 286                 + "ms" );
 287         log_writer.println( "Running time (excluding I/O)             : " + ( new Date().getTime() - start_time )
 288                 + "ms" );
 289         System.out.println( "Mapping based on                         : " + gsdii.getTaxCompBase() );
 290         log_writer.println( "Mapping based on                         : " + gsdii.getTaxCompBase() );
 291         try {
 292             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 293             if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 294                 writer.toPhyloXML( out_file, ( ( GSDIR ) gsdii ).getMinDuplicationsSumGeneTree(), 0 );
 295             }
 296             else {
 297                 writer.toPhyloXML( out_file, gene_tree, 0 );
 298             }
 299         }
 300         catch ( final IOException e ) {
 301             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 302                                      "Failed to write to [" + out_file.getCanonicalPath() + "]: " + e.getMessage() );
 303         }
 304         System.out.println( "Wrote resulting gene tree to             : " + out_file.getCanonicalPath() );
 305         log_writer.println( "Wrote resulting gene tree to             : " + out_file.getCanonicalPath() );
 306         final File species_tree_used_file = new File( ForesterUtil.removeSuffix( out_file.toString() )
 307                 + SUFFIX_FOR_SPECIES_TREE_USED );
 308         try {
 309             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 310             writer.toPhyloXML( species_tree_used_file, species_tree, 0 );
 311         }
 312         catch ( final IOException e ) {
 313             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "Failed to write to [" + species_tree_used_file.getCanonicalPath()
 314                     + "]: " + e.getMessage() );
 315         }
 316         System.out.println( "Wrote (stripped) species tree to         : " + species_tree_used_file.getCanonicalPath() );
 317         log_writer.println( "Wrote (stripped) species tree to         : " + species_tree_used_file.getCanonicalPath() );
 318         if ( ( gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree() != null )
 319                 && !gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().isEmpty() ) {
 320             System.out.println( "Number of gene tree species remapped     : "
 321                     + gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() );
 322             log_writer.println( "Number of gene tree species remapped     : "
 323                     + gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() );
 324             writeToRemappedFile( out_file, gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree(), log_writer );
 325         }
 326         System.out.println( "Number of external nodes in gene tree    : " + gene_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 327         log_writer.println( "Number of external nodes in gene tree    : " + gene_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 328         System.out.println( "Number of external nodes in species tree : " + species_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 329         log_writer.println( "Number of external nodes in species tree : " + species_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 330         final int poly = PhylogenyMethods.countNumberOfPolytomies( species_tree );
 331         System.out.println( "Number of polytomies in species tree     : " + poly );
 332         log_writer.println( "Number of polytomies in species tree     : " + poly );
 333         System.out.println( "External nodes stripped from gene tree   : "
 334                 + gsdii.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() );
 335         log_writer.println( "External nodes stripped from gene tree   : "
 336                 + gsdii.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() );
 337         System.out.println( "External nodes stripped from species tree: " + gsdii.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() );
 338         log_writer.println( "External nodes stripped from species tree: " + gsdii.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() );
 339         System.out.println();
 340         System.out.println( "Number of speciations                    : " + gsdii.getSpeciationsSum() );
 341         log_writer.println( "Number of speciations                    : " + gsdii.getSpeciationsSum() );
 342         if ( ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) ) {
 343             final GSDIR gsdir = ( GSDIR ) gsdii;
 344             System.out.println( "Minimal number of duplications           : " + gsdir.getMinDuplicationsSum() );
 345             log_writer.println( "Minimal number of duplications           : " + gsdir.getMinDuplicationsSum() );
 346         }
 347         else if ( ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDI ) ) {
 348             final GSDI gsdi = ( GSDI ) gsdii;
 349             System.out.println( "Number of duplications                   : " + gsdi.getDuplicationsSum() );
 350             log_writer.println( "Number of duplications                   : " + gsdi.getDuplicationsSum() );
 351             if ( !most_parsimonous_duplication_model ) {
 352                 final int u = gsdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum();
 353                 System.out.println( "Number of potential duplications         : " + u );
 354                 log_writer.println( "Number of potential duplications         : " + u );
 355             }
 356         }
 357         log_writer.println();
 358         printMappedNodesToLog( log_writer, gsdii );
 359         log_writer.println();
 360         printStrippedGeneTreeNodesToLog( log_writer, gsdii );
 361         System.out.println();
 362         System.out.println( "Wrote log to                             : " + log_file.getCanonicalPath() );
 363         System.out.println();
 364         log_writer.close();
 365     }
 366
 367     private static void fatalError( final String type, final String msg, final EasyWriter log_writer ) {
 368         try {
 369             log_writer.flush();
 370             log_writer.println();
 371             log_writer.print( type.toUpperCase() + ": " );
 372             log_writer.println( msg );
 373             log_writer.close();
 374         }
 375         catch ( final IOException e ) {
 376             e.printStackTrace();
 377         }
 378         ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, msg );
 379     }
 380
 381     private static void print_help() {
 382         System.out.println( "Usage: " + gsdi.PRG_NAME
 383                 + " [-options] <gene tree in phyloXML format> <species tree> <outfile>" );
 384         System.out.println();
 385         System.out.println( "Options:" );
 386         System.out.println( " -" + gsdi.ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION
 387                 + ": to allow stripping of gene tree nodes without a matching species" );
 388         System.out.println( " -" + gsdi.MOST_PARSIMONIOUS_OPTION
 389                 + ": use most parimonious duplication model for GSDI: " );
 390         System.out.println( "     assign nodes as speciations which would otherwise be assiged" );
 391         System.out.println( "     as potential duplications due to polytomies in the species tree" );
 392         System.out.println( " -" + gsdi.GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE
 393                 + ": to allow species tree in other formats than phyloXML (i.e. Newick, NHX, Nexus)" );
 394         System.out.println( " -" + gsdi.GSDIR_OPTION
 395                 + ": to use GSDIR algorithm instead of GSDI algorithm (re-rooting)" );
 396         System.out.println( " -" + TRANSFER_TAXONOMY_OPTION
 397                 + ": to transfer taxonomic data from species tree to gene tree\n" );
 398         System.out.println();
 399         System.out.println( "Gene tree:" );
 400         System.out.println( " in phyloXM format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields" );
 401         System.out.println();
 402         System.out.println( "Species tree:" );
 403         System.out.println( " in phyloXML format (unless option -" + gsdi.GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE + " is used)" );
 404         System.out.println();
 405         System.out.println( "Example: gsdi -" + ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION
 406                 + " gene_tree.xml tree_of_life.xml out.xml" );
 407         System.out.println();
 408     }
 409
 410     private static void printMappedNodesToLog( final EasyWriter log_writer, final GSDII gsdi ) throws IOException {
 411         final SortedSet<String> ss = new TreeSet<String>();
 412         for( final PhylogenyNode n : gsdi.getMappedExternalSpeciesTreeNodes() ) {
 413             ss.add( n.toString() );
 414         }
 415         log_writer.println( "The following " + ss.size() + " species were used: " );
 416         for( final String s : ss ) {
 417             log_writer.println( "  " + s );
 418         }
 419     }
 420
 421     private static void printStrippedGeneTreeNodesToLog( final EasyWriter log_writer, final GSDII gsdi )
 422             throws IOException {
 423         final SortedMap<String, Integer> sm = new TreeMap<String, Integer>();
 424         for( final PhylogenyNode n : gsdi.getStrippedExternalGeneTreeNodes() ) {
 425             final String s = n.toString();
 426             if ( sm.containsKey( s ) ) {
 427                 sm.put( s, sm.get( s ) + 1 );
 428             }
 429             else {
 430                 sm.put( s, 1 );
 431             }
 432         }
 433         log_writer.println( "The following " + sm.size() + " nodes were stripped from the gene tree: " );
 434         for( final String s : sm.keySet() ) {
 435             final int count = sm.get( s );
 436             if ( count == 1 ) {
 437                 log_writer.println( "  " + s );
 438             }
 439             else {
 440                 log_writer.println( "  " + s + " [" + count + "]" );
 441             }
 442         }
 443     }
 444
 445     private static void writeToRemappedFile( final File out_file,
 446                                              final SortedSet<String> remapped,
 447                                              final EasyWriter log_writer ) throws IOException {
 448         final File file = new File( ForesterUtil.removeSuffix( out_file.toString() ) + REMAPPED_SUFFIX );
 449         final EasyWriter remapped_writer = ForesterUtil.createEasyWriter( file );
 450         for( final String s : remapped ) {
 451             remapped_writer.println( s );
 452         }
 453         remapped_writer.close();
 454         System.out.println( "Wrote remapped gene tree species to      : " + file.getCanonicalPath() );
 455         log_writer.println( "Wrote remapped gene tree species to      : " + file.getCanonicalPath() );
 456     }
 457 }