forester/java/src/org/forester/application/gsdi.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.text.SimpleDateFormat;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Date;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedMap;
  35 import java.util.SortedSet;
  36 import java.util.TreeMap;
  37 import java.util.TreeSet;
  38
  39 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  40 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  41 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  42 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  43 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  44 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  46 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  47 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  48 import org.forester.sdi.GSDI;
  49 import org.forester.sdi.GSDII;
  50 import org.forester.sdi.GSDIR;
  51 import org.forester.sdi.SDIException;
  52 import org.forester.sdi.SDIutil;
  53 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  54 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  55 import org.forester.util.EasyWriter;
  56 import org.forester.util.ForesterConstants;
  57 import org.forester.util.ForesterUtil;
  58
  59 public final class gsdi {
  60
  61     final static public boolean REPLACE_UNDERSCORES_IN_NH_SPECIES_TREE = true;
  62     final static private String ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION    = "g";
  63     final static private String GSDIR_OPTION                           = "r";
  64     final static private String MOST_PARSIMONIOUS_OPTION               = "m";
  65     final static private String GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE           = "q";
  66     final static private String HELP_OPTION_1                          = "help";
  67     final static private String HELP_OPTION_2                          = "h";
  68     final static private String SUFFIX_FOR_SPECIES_TREE_USED           = "_species_tree_used.xml";
  69     final static private String LOGFILE_SUFFIX                         = "_gsdi_log.txt";
  70     final static private String REMAPPED_SUFFIX                        = "_gsdi_remapped.txt";
  71     final static private String PRG_NAME                               = "gsdi";
  72     final static private String PRG_VERSION                            = "1.000";
  73     final static private String PRG_DATE                               = "120629";
  74     final static private String PRG_DESC                               = "general speciation duplication inference";
  75     final static private String E_MAIL                                 = "phylosoft@gmail.com";
  76     final static private String WWW                                    = "www.phylosoft.org/forester";
  77
  78     public static void main( final String args[] ) {
  79         try {
  80             ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME,
  81                                                   PRG_DESC,
  82                                                   PRG_VERSION,
  83                                                   PRG_DATE,
  84                                                   E_MAIL,
  85                                                   WWW,
  86                                                   ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
  87             CommandLineArguments cla = null;
  88             try {
  89                 cla = new CommandLineArguments( args );
  90             }
  91             catch ( final Exception e ) {
  92                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  93             }
  94             if ( cla.isOptionSet( gsdi.HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( gsdi.HELP_OPTION_2 ) ) {
  95                 System.out.println();
  96                 gsdi.print_help();
  97                 System.exit( 0 );
  98             }
  99             else if ( ( args.length < 2 ) || ( cla.getNumberOfNames() != 3 ) ) {
 100                 System.out.println();
 101                 System.out.println( "Wrong number of arguments." );
 102                 System.out.println();
 103                 gsdi.print_help();
 104                 System.exit( -1 );
 105             }
 106             final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
 107             allowed_options.add( gsdi.GSDIR_OPTION );
 108             allowed_options.add( gsdi.GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE );
 109             allowed_options.add( gsdi.MOST_PARSIMONIOUS_OPTION );
 110             allowed_options.add( gsdi.ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION );
 111             final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
 112             if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
 113                 ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "unknown option(s): " + dissallowed_options );
 114             }
 115             execute( cla );
 116         }
 117         catch ( final IOException e ) {
 118             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, e.getMessage() );
 119         }
 120     }
 121
 122     private static void execute( final CommandLineArguments cla ) throws IOException {
 123         ALGORITHM base_algorithm = ALGORITHM.GSDI;
 124         boolean most_parsimonous_duplication_model = false;
 125         boolean allow_stripping_of_gene_tree = false;
 126         if ( cla.isOptionSet( gsdi.GSDIR_OPTION ) ) {
 127             base_algorithm = ALGORITHM.GSDIR;
 128         }
 129         if ( cla.isOptionSet( gsdi.MOST_PARSIMONIOUS_OPTION ) ) {
 130             if ( base_algorithm == ALGORITHM.SDI ) {
 131                 ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "Cannot use most parsimonious duplication mode with SDI" );
 132             }
 133             most_parsimonous_duplication_model = true;
 134         }
 135         if ( cla.isOptionSet( gsdi.ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION ) ) {
 136             if ( base_algorithm == ALGORITHM.SDI ) {
 137                 ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "Cannot allow stripping of gene tree with SDI" );
 138             }
 139             allow_stripping_of_gene_tree = true;
 140         }
 141         Phylogeny species_tree = null;
 142         Phylogeny gene_tree = null;
 143         File gene_tree_file = null;
 144         File species_tree_file = null;
 145         File out_file = null;
 146         File log_file = null;
 147         EasyWriter log_writer = null;
 148         try {
 149             gene_tree_file = cla.getFile( 0 );
 150             species_tree_file = cla.getFile( 1 );
 151             out_file = cla.getFile( 2 );
 152             log_file = new File( ForesterUtil.removeSuffix( out_file.toString() ) + LOGFILE_SUFFIX );
 153         }
 154         catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 155             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "error in command line: " + e.getMessage() );
 156         }
 157         if ( ForesterUtil.isReadableFile( gene_tree_file ) != null ) {
 158             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isReadableFile( gene_tree_file ) );
 159         }
 160         if ( ForesterUtil.isReadableFile( species_tree_file ) != null ) {
 161             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isReadableFile( species_tree_file ) );
 162         }
 163         if ( ForesterUtil.isWritableFile( out_file ) != null ) {
 164             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isWritableFile( out_file ) );
 165         }
 166         if ( ForesterUtil.isWritableFile( log_file ) != null ) {
 167             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, ForesterUtil.isWritableFile( log_file ) );
 168         }
 169         try {
 170             log_writer = ForesterUtil.createEasyWriter( log_file );
 171         }
 172         catch ( final IOException e ) {
 173             ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, "Failed to create [" + log_file + "]: " + e.getMessage() );
 174         }
 175         try {
 176             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 177             gene_tree = factory.create( gene_tree_file, new PhyloXmlParser() )[ 0 ];
 178         }
 179         catch ( final IOException e ) {
 180             fatalError( "error",
 181                         "failed to read gene tree from [" + gene_tree_file + "]: " + e.getMessage(),
 182                         log_writer );
 183         }
 184         try {
 185             species_tree = SDIutil.parseSpeciesTree( gene_tree,
 186                                                      species_tree_file,
 187                                                      REPLACE_UNDERSCORES_IN_NH_SPECIES_TREE,
 188                                                      true,
 189                                                      TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
 190         }
 191         catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 192             fatalError( "user error",
 193                         "failed to transfer general node name, in [" + species_tree_file + "]: " + e.getMessage(),
 194                         log_writer );
 195         }
 196         catch ( final SDIException e ) {
 197             fatalError( "user error", e.getMessage(), log_writer );
 198         }
 199         catch ( final IOException e ) {
 200             fatalError( "error",
 201                         "Failed to read species tree from [" + species_tree_file + "]: " + e.getMessage(),
 202                         log_writer );
 203         }
 204         gene_tree.setRooted( true );
 205         species_tree.setRooted( true );
 206         if ( !gene_tree.isCompletelyBinary() ) {
 207             fatalError( "user error", "gene tree is not completely binary", log_writer );
 208         }
 209         if ( base_algorithm == ALGORITHM.SDI ) {
 210             if ( !species_tree.isCompletelyBinary() ) {
 211                 fatalError( "user error",
 212                             "species tree is not completely binary, use GSDI or GSDIR instead",
 213                             log_writer );
 214             }
 215         }
 216         log_writer.println( PRG_NAME + " - " + PRG_DESC );
 217         log_writer.println( "  version         : " + PRG_VERSION );
 218         log_writer.println( "  date            : " + PRG_DATE );
 219         log_writer.println( "  forester version: " + ForesterConstants.FORESTER_VERSION );
 220         log_writer.println();
 221         log_writer.println( "Start time                               : "
 222                 + new SimpleDateFormat( "yyyyMMdd HH:mm:ss" ).format( new Date() ) );
 223         System.out.println( "Start time                               : "
 224                 + new SimpleDateFormat( "yyyyMMdd HH:mm:ss" ).format( new Date() ) );
 225         log_writer.println( "Gene tree file                           : " + gene_tree_file.getCanonicalPath() );
 226         System.out.println( "Gene tree file                           : " + gene_tree_file.getCanonicalPath() );
 227         log_writer.println( "Gene tree name                           : "
 228                 + ( ForesterUtil.isEmpty( gene_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 229         System.out.println( "Gene tree name                           : "
 230                 + ( ForesterUtil.isEmpty( gene_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 231         log_writer.println( "Species tree file                        : " + species_tree_file.getCanonicalPath() );
 232         System.out.println( "Species tree file                        : " + species_tree_file.getCanonicalPath() );
 233         log_writer.println( "Species tree name                        : "
 234                 + ( ForesterUtil.isEmpty( species_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 235         System.out.println( "Species tree name                        : "
 236                 + ( ForesterUtil.isEmpty( species_tree.getName() ) ? "" : gene_tree.getName() ) );
 237         GSDII gsdii = null;
 238         final long start_time = new Date().getTime();
 239         try {
 240             if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDI ) {
 241                 System.out.println( "Algorithm       : GSDI" );
 242                 log_writer.println( "Algorithm       : GSDI" );
 243             }
 244             else if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 245                 System.out.println( "Algorithm       : GSDIR" );
 246                 log_writer.println( "Algorithm       : GSDIR" );
 247             }
 248             System.out.println( "Use most parsimonous duplication model   : " + most_parsimonous_duplication_model );
 249             System.out.println( "Allow stripping of gene tree nodes       : " + allow_stripping_of_gene_tree );
 250             log_writer.println( "Use most parsimonous duplication model   : " + most_parsimonous_duplication_model );
 251             log_writer.println( "Allow stripping of gene tree nodes       : " + allow_stripping_of_gene_tree );
 252             log_writer.flush();
 253             if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDI ) {
 254                 gsdii = new GSDI( gene_tree,
 255                                   species_tree,
 256                                   most_parsimonous_duplication_model,
 257                                   allow_stripping_of_gene_tree,
 258                                   true );
 259             }
 260             else if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 261                 gsdii = new GSDIR( gene_tree, species_tree, allow_stripping_of_gene_tree, true );
 262             }
 263         }
 264         catch ( final SDIException e ) {
 265             fatalError( "user error", e.getLocalizedMessage(), log_writer );
 266         }
 267         catch ( final IOException e ) {
 268             fatalError( "error", e.toString(), log_writer );
 269         }
 270         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 271             ForesterUtil.outOfMemoryError( e );
 272         }
 273         catch ( final Exception e ) {
 274             e.printStackTrace();
 275             fatalError( "unexpected error", e.toString(), log_writer );
 276         }
 277         System.out.println( "Running time (excluding I/O)             : " + ( new Date().getTime() - start_time )
 278                 + "ms" );
 279         log_writer.println( "Running time (excluding I/O)             : " + ( new Date().getTime() - start_time )
 280                 + "ms" );
 281         System.out.println( "Mapping based on                         : " + gsdii.getTaxCompBase() );
 282         log_writer.println( "Mapping based on                         : " + gsdii.getTaxCompBase() );
 283         if ( ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) ) {
 284             final GSDIR gsdir = ( GSDIR ) gsdii;
 285             System.out.println( "Duplications sum statistics              : " + gsdir.getMinDuplicationsSum() );
 286             log_writer.println( "Duplications sum statistics              : " + gsdir.getMinDuplicationsSum() );
 287         }
 288         try {
 289             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 290             if ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 291                 writer.toPhyloXML( out_file,
 292                                    ( ( GSDIR ) gsdii ).getMinDuplicationsSumGeneTrees(),
 293                                    0,
 294                                    ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
 295             }
 296             else {
 297                 writer.toPhyloXML( out_file, gene_tree, 0 );
 298             }
 299         }
 300         catch ( final IOException e ) {
 301             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 302                                      "Failed to write to [" + out_file.getCanonicalPath() + "]: " + e.getMessage() );
 303         }
 304         System.out.println( "Wrote resulting gene tree to             : " + out_file.getCanonicalPath() );
 305         log_writer.println( "Wrote resulting gene tree to             : " + out_file.getCanonicalPath() );
 306         final File species_tree_used_file = new File( ForesterUtil.removeSuffix( out_file.toString() )
 307                 + SUFFIX_FOR_SPECIES_TREE_USED );
 308         try {
 309             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 310             writer.toPhyloXML( species_tree_used_file, species_tree, 0 );
 311         }
 312         catch ( final IOException e ) {
 313             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "Failed to write to [" + species_tree_used_file.getCanonicalPath()
 314                     + "]: " + e.getMessage() );
 315         }
 316         System.out.println( "Wrote (stripped) species tree to         : " + species_tree_used_file.getCanonicalPath() );
 317         log_writer.println( "Wrote (stripped) species tree to         : " + species_tree_used_file.getCanonicalPath() );
 318         if ( ( gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree() != null )
 319                 && !gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().isEmpty() ) {
 320             System.out.println( "Number of gene tree species remapped     : "
 321                     + gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() );
 322             log_writer.println( "Number of gene tree species remapped     : "
 323                     + gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() );
 324             writeToRemappedFile( out_file, gsdii.getReMappedScientificNamesFromGeneTree(), log_writer );
 325         }
 326         System.out.println( "Number of external nodes in gene tree    : " + gene_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 327         log_writer.println( "Number of external nodes in gene tree    : " + gene_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 328         System.out.println( "Number of external nodes in species tree : " + species_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 329         log_writer.println( "Number of external nodes in species tree : " + species_tree.getNumberOfExternalNodes() );
 330         final int poly = PhylogenyMethods.countNumberOfPolytomies( species_tree );
 331         System.out.println( "Number of polytomies in species tree     : " + poly );
 332         log_writer.println( "Number of polytomies in species tree     : " + poly );
 333         System.out.println( "External nodes stripped from gene tree   : "
 334                 + gsdii.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() );
 335         log_writer.println( "External nodes stripped from gene tree   : "
 336                 + gsdii.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() );
 337         System.out.println( "External nodes stripped from species tree: " + gsdii.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() );
 338         log_writer.println( "External nodes stripped from species tree: " + gsdii.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() );
 339         System.out.println();
 340         System.out.println( "Number of speciations                    : " + gsdii.getSpeciationsSum() );
 341         log_writer.println( "Number of speciations                    : " + gsdii.getSpeciationsSum() );
 342         if ( ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) ) {
 343             final GSDIR gsdir = ( GSDIR ) gsdii;
 344             System.out.println( "Minimal number of duplications           : " + gsdir.getMinDuplicationsSum() );
 345             log_writer.println( "Minimal number of duplications           : " + gsdir.getMinDuplicationsSum() );
 346         }
 347         else if ( ( base_algorithm == ALGORITHM.GSDI ) ) {
 348             final GSDI gsdi = ( GSDI ) gsdii;
 349             System.out.println( "Number of duplications                   : " + gsdi.getDuplicationsSum() );
 350             log_writer.println( "Number of duplications                   : " + gsdi.getDuplicationsSum() );
 351             if ( !most_parsimonous_duplication_model ) {
 352                 final int u = gsdi.getSpeciationOrDuplicationEventsSum();
 353                 System.out.println( "Number of potential duplications         : " + u );
 354                 log_writer.println( "Number of potential duplications         : " + u );
 355             }
 356         }
 357         log_writer.println();
 358         printMappedNodesToLog( log_writer, gsdii );
 359         log_writer.println();
 360         printStrippedGeneTreeNodesToLog( log_writer, gsdii );
 361         System.out.println();
 362         System.out.println( "Wrote log to                             : " + log_file.getCanonicalPath() );
 363         System.out.println();
 364         log_writer.close();
 365     }
 366
 367     private static void fatalError( final String type, final String msg, final EasyWriter log_writer ) {
 368         try {
 369             log_writer.flush();
 370             log_writer.println();
 371             log_writer.print( type.toUpperCase() + ": " );
 372             log_writer.println( msg );
 373             log_writer.close();
 374         }
 375         catch ( final IOException e ) {
 376             e.printStackTrace();
 377         }
 378         ForesterUtil.fatalError( gsdi.PRG_NAME, msg );
 379     }
 380
 381     private static void print_help() {
 382         System.out.println( "Usage: " + gsdi.PRG_NAME
 383                 + " [-options] <gene tree in phyloXML format> <species tree> <outfile>" );
 384         System.out.println();
 385         System.out.println( "Options:" );
 386         System.out.println( " -" + gsdi.ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION
 387                 + ": to allow stripping of gene tree nodes without a matching species" );
 388         System.out.println( " -" + gsdi.MOST_PARSIMONIOUS_OPTION
 389                 + ": use most parimonious duplication model for GSDI: " );
 390         System.out.println( "     assign nodes as speciations which would otherwise be assiged" );
 391         System.out.println( "     as potential duplications due to polytomies in the species tree" );
 392         System.out.println( " -" + gsdi.GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE
 393                 + ": to allow species tree in other formats than phyloXML (i.e. Newick, NHX, Nexus)" );
 394         System.out.println( " -" + gsdi.GSDIR_OPTION
 395                 + ": to use GSDIR algorithm instead of GSDI algorithm (re-rooting)" );
 396         System.out.println();
 397         System.out.println( "Gene tree:" );
 398         System.out.println( " in phyloXM format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields" );
 399         System.out.println();
 400         System.out.println( "Species tree:" );
 401         System.out.println( " in phyloXML format (unless option -" + gsdi.GUESS_FORMAT_OF_SPECIES_TREE + " is used)" );
 402         System.out.println();
 403         System.out.println( "Example: gsdi -" + ALLOW_STRIPPING_OF_GENE_TREE_OPTION
 404                 + " gene_tree.xml tree_of_life.xml out.xml" );
 405         System.out.println();
 406     }
 407
 408     private static void printMappedNodesToLog( final EasyWriter log_writer, final GSDII gsdi ) throws IOException {
 409         final SortedSet<String> ss = new TreeSet<String>();
 410         for( final PhylogenyNode n : gsdi.getMappedExternalSpeciesTreeNodes() ) {
 411             ss.add( n.toString() );
 412         }
 413         log_writer.println( "The following " + ss.size() + " species were used: " );
 414         for( final String s : ss ) {
 415             log_writer.println( "  " + s );
 416         }
 417     }
 418
 419     private static void printStrippedGeneTreeNodesToLog( final EasyWriter log_writer, final GSDII gsdi )
 420             throws IOException {
 421         final SortedMap<String, Integer> sm = new TreeMap<String, Integer>();
 422         for( final PhylogenyNode n : gsdi.getStrippedExternalGeneTreeNodes() ) {
 423             final String s = n.toString();
 424             if ( sm.containsKey( s ) ) {
 425                 sm.put( s, sm.get( s ) + 1 );
 426             }
 427             else {
 428                 sm.put( s, 1 );
 429             }
 430         }
 431         log_writer.println( "The following " + sm.size() + " nodes were stripped from the gene tree: " );
 432         for( final String s : sm.keySet() ) {
 433             final int count = sm.get( s );
 434             if ( count == 1 ) {
 435                 log_writer.println( "  " + s );
 436             }
 437             else {
 438                 log_writer.println( "  " + s + " [" + count + "]" );
 439             }
 440         }
 441     }
 442
 443     private static void writeToRemappedFile( final File out_file,
 444                                              final SortedSet<String> remapped,
 445                                              final EasyWriter log_writer ) throws IOException {
 446         final File file = new File( ForesterUtil.removeSuffix( out_file.toString() ) + REMAPPED_SUFFIX );
 447         final EasyWriter remapped_writer = ForesterUtil.createEasyWriter( file );
 448         for( final String s : remapped ) {
 449             remapped_writer.println( s );
 450         }
 451         remapped_writer.close();
 452         System.out.println( "Wrote remapped gene tree species to      : " + file.getCanonicalPath() );
 453         log_writer.println( "Wrote remapped gene tree species to      : " + file.getCanonicalPath() );
 454     }
 455 }