forester/java/src/org/forester/application/meta_ontologizer.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.go.PfamToGoMapping;
  34 import org.forester.go.PfamToGoParser;
  35 import org.forester.go.etc.MetaOntologizer;
  36 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public class meta_ontologizer {
  40
  41     final static private String HELP_OPTION_1      = "help";
  42     final static private String HELP_OPTION_2      = "h";
  43     final static private String P_OPTION           = "p";
  44     final static private String PRG_NAME           = "meta_ontologizer";
  45     final static private String PRG_VERSION        = "1.10";
  46     final static private String PRG_DATE           = "2009.04.29";
  47     final static private String E_MAIL             = "czmasek@burnham.org";
  48     final static private String WWW                = "www.phylosoft.org/forester/";
  49     private static final String RESULT_FILE_PREFIX = "table";
  50
  51     public static void main( final String args[] ) {
  52         ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME, PRG_VERSION, PRG_DATE, E_MAIL, WWW );
  53         CommandLineArguments cla = null;
  54         try {
  55             cla = new CommandLineArguments( args );
  56         }
  57         catch ( final Exception e ) {
  58             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  59         }
  60         if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
  61             printHelp();
  62             System.exit( 0 );
  63         }
  64         if ( args.length < 4 ) {
  65             System.out.println();
  66             System.out.println( "[" + PRG_NAME + "] incorrect number of arguments" );
  67             System.out.println();
  68             printHelp();
  69             System.exit( -1 );
  70         }
  71         final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
  72         allowed_options.add( P_OPTION );
  73         final List<String> mandatory_options = new ArrayList<String>();
  74         mandatory_options.add( P_OPTION );
  75         if ( ( cla.getNumberOfNames() != 5 ) && ( cla.getNumberOfNames() != 6 ) ) {
  76             System.out.println();
  77             System.out.println( "[" + PRG_NAME + "] incorrect number of arguments" );
  78             System.out.println();
  79             printHelp();
  80             System.exit( -1 );
  81         }
  82         final String missing = cla.validateMandatoryOptionsAsString( mandatory_options );
  83         if ( missing.length() > 0 ) {
  84             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "missing option(s): " + missing );
  85         }
  86         final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
  87         if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
  88             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "unknown option(s): " + dissallowed_options );
  89         }
  90         final File obo_file = cla.getFile( 0 );
  91         final File pfam2go_file = cla.getFile( 1 );
  92         final File ontologizer_outdir = cla.getFile( 2 );
  93         File domain_gain_loss_file = null;
  94         String outfile_base = null;
  95         String comment = null;
  96         if ( cla.getNumberOfNames() == 6 ) {
  97             domain_gain_loss_file = cla.getFile( 3 );
  98             outfile_base = cla.getName( 4 );
  99             comment = cla.getName( 5 );
 100         }
 101         else {
 102             outfile_base = cla.getName( 3 );
 103             comment = cla.getName( 4 );
 104         }
 105         double p_adjusted_upper_limit = -1;
 106         try {
 107             p_adjusted_upper_limit = cla.getOptionValueAsDouble( P_OPTION );
 108         }
 109         catch ( final IOException e ) {
 110             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 111         }
 112         try {
 113             final PfamToGoParser parser = new PfamToGoParser( pfam2go_file );
 114             final List<PfamToGoMapping> pfam_to_go_mappings = parser.parse();
 115             ForesterUtil.programMessage( PRG_NAME, "parsed " + pfam_to_go_mappings.size() + " Pfam to GO mappings" );
 116             MetaOntologizer.reformat( ontologizer_outdir,
 117                                       RESULT_FILE_PREFIX,
 118                                       domain_gain_loss_file,
 119                                       outfile_base,
 120                                       obo_file,
 121                                       p_adjusted_upper_limit,
 122                                       comment,
 123                                       pfam_to_go_mappings );
 124         }
 125         catch ( final IOException e ) {
 126             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 127             e.printStackTrace();
 128         }
 129         ForesterUtil.programMessage( PRG_NAME, "OK" );
 130         System.out.println();
 131     }
 132
 133     private static void printHelp() {
 134         System.out.println( "Usage:" );
 135         System.out.println();
 136         System.out
 137         .println( PRG_NAME
 138                   + " -p=<adj P value limit> <obo file> <pfam to go file> <ontologizer outdir> [domain gain loss file] <base for meta ontologizer outfile> <comment>" );
 139         System.out.println();
 140     }
 141 }