forester/java/src/org/forester/application/msa_quality.java

   1
   2 package org.forester.application;
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.FileInputStream;
   6 import java.io.FileNotFoundException;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.util.SortedMap;
   9
  10 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  11 import org.forester.msa.Msa;
  12 import org.forester.msa.MsaMethods;
  13 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  14
  15 public class msa_quality {
  16
  17     public static void main( final String args[] ) {
  18         CommandLineArguments cla = null;
  19         try {
  20             cla = new CommandLineArguments( args );
  21         }
  22         catch ( final Exception e ) {
  23             // ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  24         }
  25         // if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
  26         //     printHelp();
  27         //     System.exit( 0 );
  28         // }
  29         final File in = cla.getFile( 0 );
  30         Msa msa = null;
  31         try {
  32             msa = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( in ) );
  33         }
  34         catch ( final FileNotFoundException e ) {
  35             // TODO Auto-generated catch block
  36             e.printStackTrace();
  37         }
  38         catch ( final IOException e ) {
  39             // TODO Auto-generated catch block
  40             e.printStackTrace();
  41         }
  42         final int end = 2;
  43         final int start = 6;
  44         for( int c = start; c <= end; ++c ) {
  45             final SortedMap<Character, Integer> dist = MsaMethods.calculateResidueDestributionPerColumn( msa, c );
  46             final char majority_char = ' ';
  47             final int majority_count = 0;
  48         }
  49     }
  50 }