forester/java/src/org/forester/application/msa_quality.java

   1
   2 package org.forester.application;
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.FileInputStream;
   6 import java.io.FileNotFoundException;
   7 import java.io.IOException;
   8
   9 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  10 import org.forester.msa.Msa;
  11 import org.forester.msa.MsaMethods;
  12 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  13 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  14 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  15
  16 public class msa_quality {
  17
  18     public static void main( final String args[] ) {
  19         CommandLineArguments cla = null;
  20         try {
  21             cla = new CommandLineArguments( args );
  22         }
  23         catch ( final Exception e ) {
  24             // ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  25         }
  26         // if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
  27         //     printHelp();
  28         //     System.exit( 0 );
  29         // }
  30         final File in = cla.getFile( 0 );
  31         Msa msa = null;
  32         try {
  33             msa = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( in ) );
  34         }
  35         catch ( final FileNotFoundException e ) {
  36             // TODO Auto-generated catch block
  37             e.printStackTrace();
  38         }
  39         catch ( final IOException e ) {
  40             // TODO Auto-generated catch block
  41             e.printStackTrace();
  42         }
  43         final int end = 2;
  44         final int start = 6;
  45         final DescriptiveStatistics stats = new BasicDescriptiveStatistics();
  46         for( int c = start; c <= end; ++c ) {
  47             stats.addValue( MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, c ) );
  48         }
  49     }
  50 }