forester/java/src/org/forester/application/msa_quality.java

   1
   2 package org.forester.application;
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.FileInputStream;
   6
   7 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
   8 import org.forester.msa.Msa;
   9 import org.forester.msa.MsaMethods;
  10 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  11 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  12 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  13
  14 public class msa_quality {
  15
  16     public static void main( final String args[] ) {
  17         try {
  18             final CommandLineArguments cla = new CommandLineArguments( args );
  19             // if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
  20             //     printHelp();
  21             //     System.exit( 0 );
  22             // }
  23             final File in = cla.getFile( 0 );
  24             int from = 0;
  25             int to = 0;
  26             int window = 0;
  27             int step = 0;
  28             if ( cla.isOptionSet( "f" ) && cla.isOptionSet( "t" ) ) {
  29                 from = cla.getOptionValueAsInt( "f" );
  30                 to = cla.getOptionValueAsInt( "t" );
  31             }
  32             else if ( cla.isOptionSet( "s" ) && cla.isOptionSet( "w" ) ) {
  33                 step = cla.getOptionValueAsInt( "s" );
  34                 window = cla.getOptionValueAsInt( "w" );
  35             }
  36             else {
  37             }
  38             Msa msa = null;
  39             msa = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( in ) );
  40             if ( cla.isOptionSet( "f" ) && cla.isOptionSet( "t" ) ) {
  41                 singleCalc( in, from, to, msa );
  42             }
  43             else {
  44                 windowedCalcs( window, step, msa );
  45             }
  46         }
  47         catch ( final Exception e ) {
  48             e.printStackTrace();
  49             // ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  50         }
  51     }
  52
  53     private static void windowedCalcs( int window, int step, final Msa msa ) {
  54         if ( window < 1 ) {
  55             window = 1;
  56         }
  57         if ( step < 1 ) {
  58             step = 1;
  59         }
  60         String min_pos = "";
  61         String max_pos = "";
  62         double min = 1;
  63         double max = 0;
  64         for( int i = 0; i <= msa.getLength() - 1; i += step ) {
  65             int to = i + window - 1;
  66             if ( to > ( msa.getLength() - 1 ) ) {
  67                 to = msa.getLength() - 1;
  68             }
  69             final DescriptiveStatistics stats = calc( i, to, msa );
  70             final double mean = stats.arithmeticMean();
  71             final String pos = i + "-" + to;
  72             System.out.print( pos );
  73             System.out.print( ":\t" );
  74             System.out.print( mean );
  75             if ( window > 2 ) {
  76                 System.out.print( "\t" );
  77                 System.out.print( stats.median() );
  78                 System.out.print( "\t" );
  79                 System.out.print( stats.sampleStandardDeviation() );
  80             }
  81             System.out.println();
  82             if ( mean > max ) {
  83                 max = mean;
  84                 max_pos = pos;
  85             }
  86             if ( mean < min ) {
  87                 min = mean;
  88                 min_pos = pos;
  89             }
  90         }
  91         System.out.println( "Min: " + min_pos + ": " + min );
  92         System.out.println( "Max: " + max_pos + ": " + max );
  93     }
  94
  95     private static void singleCalc( final File in, int from, int to, final Msa msa ) {
  96         if ( from < 0 ) {
  97             from = 0;
  98         }
  99         if ( to > ( msa.getLength() - 1 ) ) {
 100             to = msa.getLength() - 1;
 101         }
 102         final DescriptiveStatistics stats = calc( from, to, msa );
 103         System.out.println( in.toString() + ": " + from + "-" + to + ":" );
 104         System.out.println();
 105         System.out.println( stats.toString() );
 106     }
 107
 108     private static DescriptiveStatistics calc( final int from, final int to, final Msa msa ) {
 109         final DescriptiveStatistics stats = new BasicDescriptiveStatistics();
 110         for( int c = from; c <= to; ++c ) {
 111             stats.addValue( MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, c ) );
 112         }
 113         return stats;
 114     }
 115 }