forester/java/src/org/forester/application/nhx_too.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  36 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  37 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  38 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  39 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  40 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  41 import org.forester.util.ForesterUtil;
  42
  43 public class nhx_too {
  44
  45     final static private String PRG_NAME                 = "nhx_too";
  46     final static private String PRG_VERSION              = "0.1";
  47     final static private String PRG_DATE                 = "2008.03.04";
  48     final static private String INT_NODE_NAME_IS_SUPPORT = "is";
  49
  50     public static void main( final String args[] ) {
  51         ForesterUtil.printProgramInformation( nhx_too.PRG_NAME, nhx_too.PRG_VERSION, nhx_too.PRG_DATE );
  52         if ( ( args.length < 3 ) || ( args.length > 3 ) ) {
  53             System.out.println();
  54             System.out.println( nhx_too.PRG_NAME + ": wrong number of arguments" );
  55             System.out.println();
  56             System.out.println( "Usage: \"" + nhx_too.PRG_NAME + " [options] <infile> <outfile>\n" );
  57             System.out.println( " Options: -" + nhx_too.INT_NODE_NAME_IS_SUPPORT
  58                     + ": internal node names are support values (i.e. MrBayes output)" );
  59             System.out.println();
  60             System.exit( -1 );
  61         }
  62         CommandLineArguments cla = null;
  63         try {
  64             cla = new CommandLineArguments( args );
  65         }
  66         catch ( final Exception e ) {
  67             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  68         }
  69         final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
  70         allowed_options.add( nhx_too.INT_NODE_NAME_IS_SUPPORT );
  71         final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
  72         if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
  73             ForesterUtil.fatalError( nhx_too.PRG_NAME, "Unknown option(s): " + dissallowed_options );
  74         }
  75         final File phylogeny_infile = cla.getFile( 0 );
  76         final File phylogeny_outfile = cla.getFile( 1 );
  77         boolean int_node_name_is_support = false;
  78         if ( cla.isOptionSet( nhx_too.INT_NODE_NAME_IS_SUPPORT ) ) {
  79             int_node_name_is_support = true;
  80         }
  81         Phylogeny p = null;
  82         try {
  83             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  84             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( phylogeny_infile, true );
  85             p = factory.create( phylogeny_infile, pp )[ 0 ];
  86         }
  87         catch ( final Exception e ) {
  88             ForesterUtil.fatalError( nhx_too.PRG_NAME, "Could not read \"" + phylogeny_infile + "\" [" + e.getMessage()
  89                     + "]" );
  90         }
  91         if ( int_node_name_is_support ) {
  92             try {
  93                 PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( p );
  94             }
  95             catch ( final Exception e ) {
  96                 ForesterUtil.unexpectedFatalError( nhx_too.PRG_NAME,
  97                                                    "Failure during moving of internal names to support values ["
  98                                                            + e.getMessage() + "]" );
  99             }
 100         }
 101         try {
 102             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
 103             w.toNewHampshireX( p, phylogeny_outfile );
 104         }
 105         catch ( final IOException e ) {
 106             ForesterUtil.fatalError( nhx_too.PRG_NAME, "Failure to write output [" + e.getMessage() + "]" );
 107         }
 108         System.out.println();
 109         System.out.println( "Done [wrote \"" + phylogeny_outfile + "\"]." );
 110         System.out.println();
 111     }
 112 }