forester/java/src/org/forester/application/pfam2go_extractor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Set;
  33 import java.util.SortedSet;
  34 import java.util.TreeSet;
  35
  36 import org.forester.go.GoId;
  37 import org.forester.go.GoTerm;
  38 import org.forester.go.GoUtils;
  39 import org.forester.go.OBOparser;
  40 import org.forester.go.PfamToGoMapping;
  41 import org.forester.go.PfamToGoParser;
  42 import org.forester.protein.DomainId;
  43
  44 public class pfam2go_extractor {
  45
  46     final static private String PRG_NAME = "pfam2go_extractor";
  47
  48     public static void main( final String args[] ) {
  49         if ( args.length < 3 ) {
  50             printHelp();
  51         }
  52         final PfamToGoParser p = new PfamToGoParser( new File( args[ 0 ] ) );
  53         List<PfamToGoMapping> pfam2go = null;
  54         try {
  55             pfam2go = p.parse();
  56         }
  57         catch ( final IOException e ) {
  58             printHelp();
  59             e.printStackTrace();
  60         }
  61         final OBOparser parser = new OBOparser( new File( args[ 1 ] ), OBOparser.ReturnType.BASIC_GO_TERM );
  62         List<GoTerm> all_go_terms = null;
  63         try {
  64             all_go_terms = parser.parse();
  65         }
  66         catch ( final IOException e ) {
  67             printHelp();
  68             e.printStackTrace();
  69         }
  70         final Map<GoId, GoTerm> goid_to_term_map = GoUtils.createGoIdToGoTermMap( all_go_terms );
  71         System.out.println( "# pfam2go : " + args[ 0 ] );
  72         System.out.println( "# OBO file: " + args[ 1 ] );
  73         final GoId[] queries = new GoId[ args.length - 2 ];
  74         for( int i = 2; i < args.length; ++i ) {
  75             queries[ i - 2 ] = new GoId( args[ i ] );
  76             System.out.println( "# " + ( i - 2 ) + ": " + queries[ i - 2 ].getId() + " = "
  77                     + goid_to_term_map.get( queries[ i - 2 ] ).getName() + " ("
  78                     + goid_to_term_map.get( queries[ i - 2 ] ).getDefinition() + ")" );
  79         }
  80         final SortedSet<String> pfams = new TreeSet<String>();
  81         for( final PfamToGoMapping pfam_to_go_mapping : pfam2go ) {
  82             final DomainId domain_id = pfam_to_go_mapping.getKey();
  83             final GoId go_id = pfam_to_go_mapping.getValue();
  84             final Set<GoId> supers = GoUtils.getAllSuperGoIds( go_id, goid_to_term_map );
  85             supers.add( go_id );
  86             for( int i = 0; i < queries.length; ++i ) {
  87                 if ( supers.contains( queries[ i ] ) ) {
  88                     pfams.add( domain_id.toString() );
  89                 }
  90             }
  91         }
  92         for( final String pfam : pfams ) {
  93             System.out.println( pfam );
  94         }
  95     }
  96
  97     private static void printHelp() {
  98         System.out.println();
  99         System.out.println( PRG_NAME
 100                 + " <pfam2go mapping file> <file with all GO terms, in 'obo' format> <GO id> [more GO ids]" );
 101         System.out.println();
 102     }
 103 }