forester/java/src/org/forester/application/pfam2go_extractor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Set;
  33 import java.util.SortedSet;
  34 import java.util.TreeSet;
  35
  36 import org.forester.go.GoId;
  37 import org.forester.go.GoTerm;
  38 import org.forester.go.GoUtils;
  39 import org.forester.go.OBOparser;
  40 import org.forester.go.PfamToGoMapping;
  41 import org.forester.go.PfamToGoParser;
  42
  43 public class pfam2go_extractor {
  44
  45     final static private String PRG_NAME = "pfam2go_extractor";
  46
  47     public static void main( final String args[] ) {
  48         if ( args.length < 3 ) {
  49             printHelp();
  50         }
  51         final PfamToGoParser p = new PfamToGoParser( new File( args[ 0 ] ) );
  52         List<PfamToGoMapping> pfam2go = null;
  53         try {
  54             pfam2go = p.parse();
  55         }
  56         catch ( final IOException e ) {
  57             printHelp();
  58             e.printStackTrace();
  59         }
  60         final OBOparser parser = new OBOparser( new File( args[ 1 ] ), OBOparser.ReturnType.BASIC_GO_TERM );
  61         List<GoTerm> all_go_terms = null;
  62         try {
  63             all_go_terms = parser.parse();
  64         }
  65         catch ( final IOException e ) {
  66             printHelp();
  67             e.printStackTrace();
  68         }
  69         final Map<GoId, GoTerm> goid_to_term_map = GoUtils.createGoIdToGoTermMap( all_go_terms );
  70         System.out.println( "# pfam2go : " + args[ 0 ] );
  71         System.out.println( "# OBO file: " + args[ 1 ] );
  72         final GoId[] queries = new GoId[ args.length - 2 ];
  73         for( int i = 2; i < args.length; ++i ) {
  74             queries[ i - 2 ] = new GoId( args[ i ] );
  75             System.out.println( "# " + ( i - 2 ) + ": " + queries[ i - 2 ].getId() + " = "
  76                     + goid_to_term_map.get( queries[ i - 2 ] ).getName() + " ("
  77                     + goid_to_term_map.get( queries[ i - 2 ] ).getDefinition() + ")" );
  78         }
  79         final SortedSet<String> pfams = new TreeSet<String>();
  80         for( final PfamToGoMapping pfam_to_go_mapping : pfam2go ) {
  81             final String domain_id = pfam_to_go_mapping.getKey();
  82             final GoId go_id = pfam_to_go_mapping.getValue();
  83             final Set<GoId> supers = GoUtils.getAllSuperGoIds( go_id, goid_to_term_map );
  84             supers.add( go_id );
  85             for( final GoId querie : queries ) {
  86                 if ( supers.contains( querie ) ) {
  87                     pfams.add( domain_id.toString() );
  88                 }
  89             }
  90         }
  91         for( final String pfam : pfams ) {
  92             System.out.println( pfam );
  93         }
  94     }
  95
  96     private static void printHelp() {
  97         System.out.println();
  98         System.out.println( PRG_NAME
  99                             + " <pfam2go mapping file> <file with all GO terms, in 'obo' format> <GO id> [more GO ids]" );
 100         System.out.println();
 101     }
 102 }