forester/java/src/org/forester/application/pfam_go.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashSet;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Set;
  35
  36 import org.forester.go.PfamToGoMapping;
  37 import org.forester.go.PfamToGoParser;
  38 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  39 import org.forester.util.ForesterUtil;
  40
  41 public class pfam_go {
  42
  43     final static private String HELP_OPTION_1 = "help";
  44     final static private String HELP_OPTION_2 = "h";
  45     final static private String PRG_NAME      = "pfam2go";
  46     final static private String PRG_VERSION   = "1.00";
  47     final static private String PRG_DATE      = "2010.02.02";
  48     final static private String E_MAIL        = "czmasek@burnham.org";
  49     final static private String WWW           = "www.phylosoft.org";
  50
  51     private static void doit( final File pfams_file, final List<PfamToGoMapping> mappings ) throws IOException {
  52         final BufferedReader reader = ForesterUtil.obtainReader( pfams_file );
  53         String line = "";
  54         int found_count = 0;
  55         int not_found_count = 0;
  56         final Set<String> encountered_domains = new HashSet<String>();
  57         while ( ( line = reader.readLine() ) != null ) {
  58             line = line.trim();
  59             if ( ForesterUtil.isEmpty( line ) || line.startsWith( "##" ) ) {
  60                 continue;
  61             }
  62             else if ( line.startsWith( "#" ) ) {
  63                 encountered_domains.clear();
  64                 line = line.replace( '#', '>' );
  65                 System.out.println( line );
  66             }
  67             else {
  68                 if ( !encountered_domains.contains( line ) ) {
  69                     encountered_domains.add( line );
  70                     boolean found = false;
  71                     for( final PfamToGoMapping mapping : mappings ) {
  72                         if ( mapping.getKey().getId().equals( line ) ) {
  73                             System.out.println( mapping.getValue() );
  74                             found = true;
  75                         }
  76                     }
  77                     if ( found ) {
  78                         found_count++;
  79                     }
  80                     else {
  81                         not_found_count++;
  82                     }
  83                 }
  84                 else {
  85                     System.err.println( "# duplicate domain: " + line );
  86                 }
  87             }
  88         }
  89         System.out.println( "# pfams with mapping to GO   : " + found_count );
  90         System.out.println( "# pfams without mapping to GO: " + not_found_count );
  91         reader.close();
  92     }
  93
  94     public static void main( final String args[] ) {
  95         CommandLineArguments cla = null;
  96         try {
  97             cla = new CommandLineArguments( args );
  98         }
  99         catch ( final Exception e ) {
 100             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 101         }
 102         if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
 103             printHelp();
 104             System.exit( 0 );
 105         }
 106         final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
 107         if ( cla.getNumberOfNames() != 2 ) {
 108             printHelp();
 109             System.exit( -1 );
 110         }
 111         final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
 112         if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
 113             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "unknown option(s): " + dissallowed_options );
 114         }
 115         final File pfam2go_file = cla.getFile( 0 );
 116         final File pfams_file = cla.getFile( 1 );
 117         final PfamToGoParser pfam2go_parser = new PfamToGoParser( pfam2go_file );
 118         List<PfamToGoMapping> mappings = null;
 119         try {
 120             mappings = pfam2go_parser.parse();
 121         }
 122         catch ( final IOException e ) {
 123             e.printStackTrace();
 124         }
 125         try {
 126             doit( pfams_file, mappings );
 127         }
 128         catch ( final IOException e ) {
 129             e.printStackTrace();
 130         }
 131         System.out.println();
 132     }
 133
 134     private static void printHelp() {
 135         ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME, PRG_VERSION, PRG_DATE, E_MAIL, WWW );
 136         System.out.println( "Usage:" );
 137         System.out.println();
 138         System.out.println( PRG_NAME + " <pfam2go file> <file with pfams>" );
 139         System.out.println();
 140         System.out.println();
 141     }
 142 }