forester/java/src/org/forester/application/pfamacc2go.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.application;
  28
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.FileNotFoundException;
  32 import java.io.FileReader;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.forester.go.PfamToGoMapping;
  37 import org.forester.go.PfamToGoParser;
  38
  39 public class pfamacc2go {
  40
  41     final static private String PRG_NAME = "pfamacc2go";
  42
  43     public static void main( final String args[] ) {
  44         if ( args.length != 2 ) {
  45             printHelp();
  46             System.exit( -1 );
  47         }
  48         final PfamToGoParser p = new PfamToGoParser( new File( args[ 0 ] ) );
  49         p.setUseAccessors( true );
  50         List<PfamToGoMapping> pfam2go = null;
  51         try {
  52             pfam2go = p.parse();
  53         }
  54         catch ( final IOException e ) {
  55             printHelp();
  56             e.printStackTrace();
  57         }
  58         BufferedReader br = null;
  59         try {
  60             br = new BufferedReader( new FileReader( args[ 1 ] ) );
  61         }
  62         catch ( final FileNotFoundException e ) {
  63             printHelp();
  64             e.printStackTrace();
  65         }
  66         String line;
  67         int total_pfam_ids = 0;
  68         int mapped_pfam_ids = 0;
  69         try {
  70             while ( ( line = br.readLine() ) != null ) {
  71                 line = line.trim();
  72                 if ( ( line.length() > 0 ) && !line.startsWith( "#" ) ) {
  73                     String[] pfam_ids = null;
  74                     if ( line.contains( "," ) ) {
  75                         pfam_ids = line.split( "," );
  76                     }
  77                     else {
  78                         pfam_ids = new String[ 1 ];
  79                         pfam_ids[ 0 ] = line;
  80                     }
  81                     for( final String pfam_id : pfam_ids ) {
  82                         total_pfam_ids++;
  83                         boolean mapped = false;
  84                         for( final PfamToGoMapping pfam_to_go_mapping : pfam2go ) {
  85                             if ( pfam_to_go_mapping.getKey().equals( pfam_id ) ) {
  86                                 mapped = true;
  87                                 System.out.println( pfam_to_go_mapping.getValue().toString() );
  88                             }
  89                         }
  90                         if ( mapped ) {
  91                             mapped_pfam_ids++;
  92                         }
  93                     }
  94                 }
  95             }
  96         }
  97         catch ( final Exception e ) {
  98             printHelp();
  99             e.printStackTrace();
 100         }
 101         System.out.println( "# total pfam ids : " + total_pfam_ids );
 102         System.out.println( "# pfam ids mapped: " + mapped_pfam_ids );
 103     }
 104
 105     private static void printHelp() {
 106         System.out.println();
 107         System.out.println( PRG_NAME
 108                             + " <pfam2go mapping file> <file with pfam accessors, newline and/or comma separated>" );
 109         System.out.println();
 110     }
 111 }