forester/java/src/org/forester/application/pfamacc2pfamid.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.application;
  28
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.FileNotFoundException;
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 public class pfamacc2pfamid {
  36
  37     final static private String PRG_NAME = "pfamacc2pfamid";
  38
  39     public static void main( final String args[] ) {
  40         if ( args.length != 2 ) {
  41             printHelp();
  42             System.exit( -1 );
  43         }
  44         BufferedReader br = null;
  45         try {
  46             br = new BufferedReader( new FileReader( args[ 0 ] ) );
  47         }
  48         catch ( final FileNotFoundException e ) {
  49             printHelp();
  50             e.printStackTrace();
  51         }
  52         String line;
  53         final Map<String, String> acc_id = new HashMap<String, String>();
  54         String id = null;
  55         try {
  56             while ( ( line = br.readLine() ) != null ) {
  57                 if ( line.startsWith( "#=GF ID" ) ) {
  58                     if ( id != null ) {
  59                         System.err.println( "illegal format" );
  60                         System.exit( -1 );
  61                     }
  62                     id = line.substring( 7 ).trim();
  63                 }
  64                 else if ( line.startsWith( "#=GF AC" ) ) {
  65                     if ( id == null ) {
  66                         System.err.println( "illegal format" );
  67                         System.exit( -1 );
  68                     }
  69                     String acc = line.substring( 7 ).trim();
  70                     if ( acc.indexOf( '.' ) > 0 ) {
  71                         acc = acc.substring( 0, acc.indexOf( '.' ) );
  72                     }
  73                     acc_id.put( acc, id );
  74                     id = null;
  75                 }
  76                 else if ( line.startsWith( "//" ) ) {
  77                     if ( id != null ) {
  78                         System.err.println( "illegal format" );
  79                         System.exit( -1 );
  80                     }
  81                 }
  82             }
  83         }
  84         catch ( final Exception e ) {
  85             printHelp();
  86             e.printStackTrace();
  87         }
  88         try {
  89             br = new BufferedReader( new FileReader( args[ 1 ] ) );
  90         }
  91         catch ( final FileNotFoundException e ) {
  92             printHelp();
  93             e.printStackTrace();
  94         }
  95         int not_found = 0;
  96         try {
  97             while ( ( line = br.readLine() ) != null ) {
  98                 line = line.trim();
  99                 if ( ( line.length() > 0 ) && !line.startsWith( "#" ) ) {
 100                     String[] pfam_accs = null;
 101                     if ( line.contains( "," ) ) {
 102                         pfam_accs = line.split( "," );
 103                     }
 104                     else {
 105                         pfam_accs = new String[ 1 ];
 106                         pfam_accs[ 0 ] = line;
 107                     }
 108                     for( final String pfam_acc : pfam_accs ) {
 109                         if ( acc_id.containsKey( pfam_acc ) ) {
 110                             System.out.println( acc_id.get( pfam_acc ) );
 111                         }
 112                         else {
 113                             not_found++;
 114                         }
 115                     }
 116                 }
 117             }
 118         }
 119         catch ( final Exception e ) {
 120             printHelp();
 121             e.printStackTrace();
 122         }
 123         System.err.println( "# not found: " + not_found );
 124     }
 125
 126     private static void printHelp() {
 127         System.out.println();
 128         System.out.println( PRG_NAME + " <Pfam full> <file with pfam accessors, newline and/or comma separated>" );
 129         System.out.println();
 130     }
 131 }