forester/java/src/org/forester/application/printAllSpecies.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileWriter;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  35 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38 import org.forester.util.ForesterUtil;
  39
  40 public class printAllSpecies {
  41
  42     public static void main( final String args[] ) {
  43         Phylogeny tree = null;
  44         PhylogenyNode node = null;
  45         PrintWriter out = null;
  46         File infile = null, outfile = null;
  47         if ( args.length != 2 ) {
  48             System.err.println( "\nprintAllSpecies: Wrong number of arguments." );
  49             System.err.println( "Usage: \"java printAllSpecies <infile> <outfile>\"\n" );
  50             System.exit( -1 );
  51         }
  52         infile = new File( args[ 0 ] );
  53         outfile = new File( args[ 1 ] );
  54         try {
  55             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  56             final PhylogenyParser pp = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( infile, true );
  57             tree = factory.create( infile, pp )[ 0 ];
  58         }
  59         catch ( final Exception e ) {
  60             System.err.println( e + "\nCould not read " + infile + "\n" );
  61             System.exit( -1 );
  62         }
  63         node = tree.getFirstExternalNode();
  64         try {
  65             out = new PrintWriter( new FileWriter( outfile ), true );
  66             while ( node != null ) {
  67                 out.println( PhylogenyMethods.getSpecies( node ) );
  68                 node = node.getNextExternalNode();
  69             }
  70         }
  71         catch ( final Exception e ) {
  72             System.err.println( e + "\nException during writing.\n" );
  73             System.exit( -1 );
  74         }
  75         finally {
  76             out.close();
  77         }
  78     }
  79 }