forester/java/src/org/forester/application/printSameOrder.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileWriter;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  33 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  34 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  35 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38
  39 public class printSameOrder {
  40
  41     public static void main( final String args[] ) {
  42         Phylogeny tree = null;
  43         PhylogenyNode node = null;
  44         PrintWriter out = null;
  45         File infile = null, outfile = null;
  46         if ( args.length != 2 ) {
  47             System.err.println( "\nprintSameOrder: Wrong number of arguments." );
  48             System.err.println( "Usage: \"java printSameOrder <infile> <outfile>\"\n" );
  49             System.exit( -1 );
  50         }
  51         infile = new File( args[ 0 ] );
  52         outfile = new File( args[ 1 ] );
  53         try {
  54             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  55             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( infile, true );
  56             tree = factory.create( infile, pp )[ 0 ];
  57         }
  58         catch ( final Exception e ) {
  59             System.err.println( e + "\nCould not read " + infile + "\n" );
  60             System.exit( -1 );
  61         }
  62         node = tree.getFirstExternalNode();
  63         try {
  64             out = new PrintWriter( new FileWriter( outfile ), true );
  65             while ( node != null ) {
  66                 out.println( node.getName() );
  67                 node = node.getNextExternalNode();
  68             }
  69         }
  70         catch ( final Exception e ) {
  71             System.err.println( e + "\nException during writing.\n" );
  72             System.exit( -1 );
  73         }
  74         finally {
  75             out.close();
  76         }
  77     }
  78 }