forester/java/src/org/forester/application/rename.java

   1
   2 package org.forester.application;
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.IOException;
   6
   7 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
   8 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
   9 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  12 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  13 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  14 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  15 import org.forester.util.ForesterUtil;
  16
  17 public class rename {
  18
  19     public static void main( final String args[] ) {
  20         final File infile = new File( args[ 0 ] );
  21         final File outfile = new File( args[ 1 ] );
  22         Phylogeny p = null;
  23         try {
  24             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  25             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( infile, true );
  26             p = factory.create( infile, pp )[ 0 ];
  27         }
  28         catch ( final Exception e ) {
  29             System.out.println( "\nCould not read \"" + infile + "\" [" + e.getMessage() + "]\n" );
  30             System.exit( -1 );
  31         }
  32         for( final PhylogenyNodeIterator iter = p.iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
  33             final PhylogenyNode node = iter.next();
  34             final String node_name = node.getName();
  35             if ( !ForesterUtil.isEmpty( node_name ) ) {
  36                 final int i = node_name.lastIndexOf( '_' );
  37                 if ( i > 0 ) {
  38                     node.setName( node_name.substring( i + 1 )  );
  39                 }
  40             }
  41         }
  42         try {
  43             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
  44             w.toNewHampshire( p, true, outfile );
  45         }
  46         catch ( final IOException e ) {
  47             System.out.println( "\nFailure to write output [" + e.getMessage() + "]\n" );
  48             System.exit( -1 );
  49         }
  50     }
  51 }