forester/java/src/org/forester/application/rename_fasta.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25 //
  26 //
  27 // "java -Xmx1024m -cp path\to\forester.jar org.forester.application.fasta_split
  28 //
  29 //
  30
  31 package org.forester.application;
  32
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileInputStream;
  35 import java.io.FileNotFoundException;
  36 import java.io.IOException;
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.regex.Matcher;
  42 import java.util.regex.Pattern;
  43
  44 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  45 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  46 import org.forester.io.writers.SequenceWriter.SEQ_FORMAT;
  47 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  48 import org.forester.sequence.MolecularSequence;
  49 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  50 import org.forester.util.ForesterUtil;
  51
  52 public final class rename_fasta {
  53
  54
  55
  56     public static void main( final String args[] ) {
  57         try {
  58             final File infile = new File( args[ 0 ] );
  59             final File outfile = new File( args[ 1 ] );
  60             List<MolecularSequence> seqs;
  61             seqs = FastaParser.parse( new FileInputStream( infile ) );
  62             for( MolecularSequence seq : seqs ) {
  63                 BasicSequence bseq = ( BasicSequence ) seq;
  64                 final int i = bseq.getIdentifier().lastIndexOf( '_' );
  65                 if ( i > 0 ) {
  66                     bseq.setIdentifier( bseq.getIdentifier().substring( i + 1 ) );
  67                 }
  68             }
  69             SequenceWriter.writeSeqs( seqs, outfile, SEQ_FORMAT.FASTA, 60 );
  70         }
  71         catch ( FileNotFoundException e ) {
  72             e.printStackTrace();
  73         }
  74         catch ( IOException e ) {
  75             e.printStackTrace();
  76         }
  77     }
  78
  79
  80 }