forester/java/src/org/forester/application/rio.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  27
  28 package org.forester.application;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.math.RoundingMode;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
  37 import org.forester.io.parsers.IteratingPhylogenyParser;
  38 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  39 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  40 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  41 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  42 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  43 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  44 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  45 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  46 import org.forester.rio.RIO;
  47 import org.forester.rio.RIO.REROOTING;
  48 import org.forester.rio.RIOException;
  49 import org.forester.sdi.SDIException;
  50 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  51 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  52 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  53 import org.forester.util.EasyWriter;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public class rio {
  57
  58     final static private String PRG_NAME                 = "rio";
  59     final static private String PRG_VERSION              = "4.000 beta 10";
  60     final static private String PRG_DATE                 = "140211";
  61     final static private String E_MAIL                   = "phyloxml@gmail.com";
  62     final static private String WWW                      = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester";
  63     final static private String HELP_OPTION_1            = "help";
  64     final static private String HELP_OPTION_2            = "h";
  65     final static private String GT_FIRST                 = "f";
  66     final static private String GT_LAST                  = "l";
  67     final static private String REROOTING_OPT            = "r";
  68     final static private String OUTGROUP                 = "o";
  69     final static private String RETURN_SPECIES_TREE      = "s";
  70     final static private String RETURN_BEST_GENE_TREE    = "g";
  71     final static private String USE_SDIR                 = "b";
  72     final static private String TRANSFER_TAXONOMY_OPTION = "t";
  73
  74     public static void main( final String[] args ) {
  75         ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME,
  76                                               "resampled inference of orthologs",
  77                                               PRG_VERSION,
  78                                               PRG_DATE,
  79                                               E_MAIL,
  80                                               WWW,
  81                                               ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
  82         CommandLineArguments cla = null;
  83         try {
  84             cla = new CommandLineArguments( args );
  85         }
  86         catch ( final Exception e ) {
  87             ForesterUtil.fatalError( e.getMessage() );
  88         }
  89         if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
  90             printHelp();
  91         }
  92         if ( ( args.length < 3 ) || ( args.length > 11 ) || ( cla.getNumberOfNames() < 3 ) ) {
  93             System.out.println();
  94             System.out.println( "error: incorrect number of arguments" );
  95             System.out.println();
  96             printHelp();
  97         }
  98         final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
  99         allowed_options.add( GT_FIRST );
 100         allowed_options.add( GT_LAST );
 101         allowed_options.add( REROOTING_OPT );
 102         allowed_options.add( OUTGROUP );
 103         allowed_options.add( USE_SDIR );
 104         allowed_options.add( RETURN_SPECIES_TREE );
 105         allowed_options.add( RETURN_BEST_GENE_TREE );
 106         allowed_options.add( TRANSFER_TAXONOMY_OPTION );
 107         final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
 108         if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
 109             ForesterUtil.fatalError( "unknown option(s): " + dissallowed_options );
 110         }
 111         final File gene_trees_file = cla.getFile( 0 );
 112         final File species_tree_file = cla.getFile( 1 );
 113         final File orthology_outtable = cla.getFile( 2 );
 114         final File logfile;
 115         if ( cla.getNumberOfNames() > 3 ) {
 116             logfile = cla.getFile( 3 );
 117             if ( logfile.exists() ) {
 118                 ForesterUtil.fatalError( "\"" + logfile + "\" already exists" );
 119             }
 120         }
 121         else {
 122             logfile = null;
 123         }
 124         boolean sdir = false;
 125         if ( cla.isOptionSet( USE_SDIR ) ) {
 126             if ( cla.isOptionHasAValue( USE_SDIR ) ) {
 127                 ForesterUtil.fatalError( "no value allowed for -" + USE_SDIR );
 128             }
 129             sdir = true;
 130             if ( logfile != null ) {
 131                 ForesterUtil.fatalError( "no logfile output for SDIR algorithm" );
 132             }
 133         }
 134         String outgroup = null;
 135         if ( cla.isOptionSet( OUTGROUP ) ) {
 136             if ( !cla.isOptionHasAValue( OUTGROUP ) ) {
 137                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + OUTGROUP );
 138             }
 139             if ( sdir ) {
 140                 ForesterUtil.fatalError( "no outgroup option for SDIR algorithm" );
 141             }
 142             outgroup = cla.getOptionValueAsCleanString( OUTGROUP );
 143         }
 144         REROOTING rerooting = REROOTING.BY_ALGORITHM;
 145         if ( cla.isOptionSet( REROOTING_OPT ) ) {
 146             if ( !cla.isOptionHasAValue( REROOTING_OPT ) ) {
 147                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + REROOTING_OPT );
 148             }
 149             if ( sdir ) {
 150                 ForesterUtil.fatalError( "no re-rooting option for SDIR algorithm" );
 151             }
 152             final String rerooting_str = cla.getOptionValueAsCleanString( REROOTING_OPT ).toLowerCase();
 153             if ( rerooting_str.equals( "none" ) ) {
 154                 rerooting = REROOTING.NONE;
 155             }
 156             else if ( rerooting_str.equals( "midpoint" ) ) {
 157                 rerooting = REROOTING.MIDPOINT;
 158             }
 159             else if ( rerooting_str.equals( "outgroup" ) ) {
 160                 rerooting = REROOTING.OUTGROUP;
 161             }
 162             else {
 163                 ForesterUtil
 164                         .fatalError( "values for re-rooting are: 'none', 'midpoint', or 'outgroup' (minizming duplications is default)" );
 165             }
 166         }
 167         if ( ForesterUtil.isEmpty( outgroup ) && ( rerooting == REROOTING.OUTGROUP ) ) {
 168             ForesterUtil.fatalError( "selected re-rooting by outgroup, but outgroup not set" );
 169         }
 170         if ( !ForesterUtil.isEmpty( outgroup ) && ( rerooting != REROOTING.OUTGROUP ) ) {
 171             ForesterUtil.fatalError( "outgroup set, but selected re-rooting by other approach" );
 172         }
 173         int gt_first = RIO.DEFAULT_RANGE;
 174         int gt_last = RIO.DEFAULT_RANGE;
 175         if ( cla.isOptionSet( GT_FIRST ) ) {
 176             if ( !cla.isOptionHasAValue( GT_FIRST ) ) {
 177                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + GT_FIRST );
 178             }
 179             if ( sdir ) {
 180                 ForesterUtil.fatalError( "no gene tree range option for SDIR algorithm" );
 181             }
 182             try {
 183                 gt_first = cla.getOptionValueAsInt( GT_FIRST );
 184             }
 185             catch ( final IOException e ) {
 186                 ForesterUtil.fatalError( "could not parse integer for -" + GT_FIRST + " option" );
 187             }
 188             if ( gt_first < 0 ) {
 189                 ForesterUtil.fatalError( "attempt to set index of first tree to analyze to: " + gt_first );
 190             }
 191         }
 192         if ( cla.isOptionSet( GT_LAST ) ) {
 193             if ( !cla.isOptionHasAValue( GT_LAST ) ) {
 194                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + GT_LAST );
 195             }
 196             if ( sdir ) {
 197                 ForesterUtil.fatalError( "no gene tree range option for SDIR algorithm" );
 198             }
 199             try {
 200                 gt_last = cla.getOptionValueAsInt( GT_LAST );
 201             }
 202             catch ( final IOException e ) {
 203                 ForesterUtil.fatalError( "could not parse integer for -" + GT_LAST + " option" );
 204             }
 205             if ( gt_last < 0 ) {
 206                 ForesterUtil.fatalError( "attempt to set index of last tree to analyze to: " + gt_last );
 207             }
 208         }
 209         if ( ( ( gt_last != RIO.DEFAULT_RANGE ) && ( gt_first != RIO.DEFAULT_RANGE ) ) && ( ( gt_last < gt_first ) ) ) {
 210             ForesterUtil.fatalError( "attempt to set range (0-based) of gene to analyze to: from " + gt_first + " to "
 211                     + gt_last );
 212         }
 213         File return_species_tree = null;
 214         if ( !sdir && cla.isOptionSet( RETURN_SPECIES_TREE ) ) {
 215             if ( !cla.isOptionHasAValue( RETURN_SPECIES_TREE ) ) {
 216                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + RETURN_SPECIES_TREE );
 217             }
 218             final String s = cla.getOptionValueAsCleanString( RETURN_SPECIES_TREE );
 219             return_species_tree = new File( s );
 220             if ( return_species_tree.exists() ) {
 221                 ForesterUtil.fatalError( "\"" + return_species_tree + "\" already exists" );
 222             }
 223         }
 224         File return_gene_tree = null;
 225         if ( !sdir && cla.isOptionSet( RETURN_BEST_GENE_TREE ) ) {
 226             if ( !cla.isOptionHasAValue( RETURN_BEST_GENE_TREE ) ) {
 227                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + RETURN_BEST_GENE_TREE );
 228             }
 229             final String s = cla.getOptionValueAsCleanString( RETURN_BEST_GENE_TREE );
 230             return_gene_tree = new File( s );
 231             if ( return_gene_tree.exists() ) {
 232                 ForesterUtil.fatalError( "\"" + return_gene_tree + "\" already exists" );
 233             }
 234         }
 235         boolean transfer_taxonomy = false;
 236         if ( !sdir && cla.isOptionSet( TRANSFER_TAXONOMY_OPTION ) ) {
 237             if ( return_gene_tree == null ) {
 238                 ForesterUtil.fatalError( "no point in transferring taxonomy data without returning best gene tree" );
 239             }
 240             transfer_taxonomy = true;
 241         }
 242         ForesterUtil.fatalErrorIfFileNotReadable( gene_trees_file );
 243         ForesterUtil.fatalErrorIfFileNotReadable( species_tree_file );
 244         if ( orthology_outtable.exists() ) {
 245             ForesterUtil.fatalError( "\"" + orthology_outtable + "\" already exists" );
 246         }
 247         long time = 0;
 248         System.out.println( "Gene trees                : " + gene_trees_file );
 249         System.out.println( "Species tree              : " + species_tree_file );
 250         System.out.println( "All vs all orthology table: " + orthology_outtable );
 251         if ( logfile != null ) {
 252             System.out.println( "Logfile                   : " + logfile );
 253         }
 254         if ( gt_first != RIO.DEFAULT_RANGE ) {
 255             System.out.println( "First gene tree to analyze: " + gt_first );
 256         }
 257         if ( gt_last != RIO.DEFAULT_RANGE ) {
 258             System.out.println( "Last gene tree to analyze : " + gt_last );
 259         }
 260         String rerooting_str = "";
 261         switch ( rerooting ) {
 262             case BY_ALGORITHM: {
 263                 rerooting_str = "by minimizing duplications";
 264                 break;
 265             }
 266             case MIDPOINT: {
 267                 rerooting_str = "by midpoint method";
 268                 break;
 269             }
 270             case OUTGROUP: {
 271                 rerooting_str = "by outgroup: " + outgroup;
 272                 break;
 273             }
 274             case NONE: {
 275                 rerooting_str = "none";
 276                 break;
 277             }
 278         }
 279         System.out.println( "Re-rooting                : " + rerooting_str );
 280         if ( !sdir ) {
 281             System.out.println( "Non binary species tree   : allowed" );
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "Non binary species tree   : disallowed" );
 285         }
 286         if ( return_species_tree != null ) {
 287             System.out.println( "Write used species tree to: " + return_species_tree );
 288         }
 289         if ( return_gene_tree != null ) {
 290             System.out.println( "Write best gene tree to   : " + return_gene_tree );
 291             System.out.println( "Transfer taxonomic data   : " + transfer_taxonomy );
 292         }
 293         time = System.currentTimeMillis();
 294         final ALGORITHM algorithm;
 295         if ( sdir ) {
 296             algorithm = ALGORITHM.SDIR;
 297         }
 298         else {
 299             algorithm = ALGORITHM.GSDIR;
 300         }
 301         try {
 302             final RIO rio;
 303             boolean iterating = false;
 304             final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( gene_trees_file, true );
 305             if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 306                 rio = RIO.executeAnalysis( gene_trees_file,
 307                                            species_tree_file,
 308                                            algorithm,
 309                                            rerooting,
 310                                            outgroup,
 311                                            gt_first,
 312                                            gt_last,
 313                                            logfile != null,
 314                                            true,
 315                                            transfer_taxonomy );
 316             }
 317             else {
 318                 iterating = true;
 319                 if ( p instanceof NHXParser ) {
 320                     final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
 321                     nhx.setReplaceUnderscores( false );
 322                     nhx.setIgnoreQuotes( true );
 323                     nhx.setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
 324                 }
 325                 else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 326                     final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
 327                     nex.setReplaceUnderscores( false );
 328                     nex.setIgnoreQuotes( true );
 329                     nex.setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
 330                 }
 331                 else {
 332                     throw new RuntimeException( "unknown parser type: " + p );
 333                 }
 334                 final IteratingPhylogenyParser ip = ( IteratingPhylogenyParser ) p;
 335                 ip.setSource( gene_trees_file );
 336                 rio = RIO.executeAnalysis( ip,
 337                                            species_tree_file,
 338                                            algorithm,
 339                                            rerooting,
 340                                            outgroup,
 341                                            gt_first,
 342                                            gt_last,
 343                                            logfile != null,
 344                                            true,
 345                                            transfer_taxonomy );
 346             }
 347             if ( algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 348                 System.out.println( "Taxonomy linking based on : " + rio.getGSDIRtaxCompBase() );
 349             }
 350             final IntMatrix m;
 351             if ( iterating ) {
 352                 m = rio.getOrthologTable();
 353             }
 354             else {
 355                 m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 356             }
 357             final BasicDescriptiveStatistics stats = rio.getDuplicationsStatistics();
 358             writeTable( orthology_outtable, stats.getN(), m );
 359             if ( ( algorithm != ALGORITHM.SDIR ) && ( logfile != null ) ) {
 360                 writeLogFile( logfile,
 361                               rio,
 362                               species_tree_file,
 363                               gene_trees_file,
 364                               orthology_outtable,
 365                               PRG_NAME,
 366                               PRG_VERSION,
 367                               PRG_DATE,
 368                               ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
 369             }
 370             if ( return_species_tree != null ) {
 371                 writeTree( rio.getSpeciesTree(), return_species_tree, "Wrote (stripped) species tree to" );
 372             }
 373             if ( return_gene_tree != null ) {
 374                 String tt = "";
 375                 if ( transfer_taxonomy ) {
 376                     tt = "(with transferred taxonomic data) ";
 377                 }
 378                 writeTree( rio.getMinDuplicationsGeneTree(),
 379                            return_gene_tree,
 380                            "Wrote (one) minimal duplication gene tree " + tt + "to" );
 381             }
 382             final java.text.DecimalFormat df = new java.text.DecimalFormat( "0.#" );
 383             System.out.println( "Mean number of duplications  : " + df.format( stats.arithmeticMean() ) + " (sd: "
 384                     + df.format( stats.sampleStandardDeviation() ) + ") ("
 385                     + df.format( 100.0 * stats.arithmeticMean() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 386             if ( stats.getN() > 3 ) {
 387                 System.out.println( "Median number of duplications: " + df.format( stats.median() ) + " ("
 388                         + df.format( 100.0 * stats.median() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 389             }
 390             System.out.println( "Minimum duplications         : " + ( int ) stats.getMin() + " ("
 391                     + df.format( 100.0 * stats.getMin() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 392             System.out.println( "Maximum duplications         : " + ( int ) stats.getMax() + " ("
 393                     + df.format( 100.0 * stats.getMax() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 394             System.out.println( "Gene tree internal nodes     : " + rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() );
 395             System.out.println( "Gene tree external nodes     : " + rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() );
 396         }
 397         catch ( final RIOException e ) {
 398             ForesterUtil.fatalError( e.getLocalizedMessage() );
 399         }
 400         catch ( final SDIException e ) {
 401             ForesterUtil.fatalError( e.getLocalizedMessage() );
 402         }
 403         catch ( final IOException e ) {
 404             ForesterUtil.fatalError( e.getLocalizedMessage() );
 405         }
 406         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 407             ForesterUtil.outOfMemoryError( e );
 408         }
 409         catch ( final Exception e ) {
 410             ForesterUtil.unexpectedFatalError( e );
 411         }
 412         catch ( final Error e ) {
 413             ForesterUtil.unexpectedFatalError( e );
 414         }
 415         time = System.currentTimeMillis() - time;
 416         System.out.println( "Time: " + time + "ms" );
 417         System.out.println( "OK" );
 418         System.exit( 0 );
 419     }
 420
 421     private final static void printHelp() {
 422         System.out.println( "Usage" );
 423         System.out.println();
 424         System.out
 425                 .println( PRG_NAME
 426                         + " [options] <gene trees infile> <species tree infile> <all vs all orthology table outfile> [logfile]" );
 427         System.out.println();
 428         System.out.println( " Options" );
 429         System.out.println( "  -" + GT_FIRST + "=<first>     : first gene tree to analyze (0-based index)" );
 430         System.out.println( "  -" + GT_LAST + "=<last>      : last gene tree to analyze (0-based index)" );
 431         System.out.println( "  -" + REROOTING_OPT
 432                 + "=<re-rooting>: re-rooting method for gene trees, possible values or 'none', 'midpoint'," );
 433         System.out.println( "                   or 'outgroup' (default: by minizming duplications)" );
 434         System.out.println( "  -" + OUTGROUP
 435                 + "=<outgroup>  : for rooting by outgroup, name of outgroup (external gene tree node)" );
 436         System.out
 437                 .println( "  -" + RETURN_SPECIES_TREE + "=<outfile>   : to write the (stripped) species tree to file" );
 438         System.out.println( "  -" + RETURN_BEST_GENE_TREE
 439                 + "=<outfile>   : to write (one) minimal duplication gene tree to file" );
 440         System.out
 441                 .println( "  -"
 442                         + TRANSFER_TAXONOMY_OPTION
 443                         + "             : to transfer taxonomic data from species tree to returned minimal duplication gene tree\n"
 444                         + "                   (if -" + RETURN_BEST_GENE_TREE + " option is used)" );
 445         System.out.println( "  -" + USE_SDIR
 446                 + "             : to use SDIR instead of GSDIR (faster, but non-binary species trees are" );
 447         System.out.println( "                   disallowed, as are most options)" );
 448         System.out.println();
 449         System.out.println( " Formats" );
 450         System.out
 451                 .println( "  The gene trees, as well as the species tree, ideally are in phyloXML (www.phyloxml.org) format," );
 452         System.out
 453                 .println( "  but can also be in New Hamphshire (Newick) or Nexus format as long as species information can be" );
 454         System.out
 455                 .println( "  extracted from the gene names (e.g. \"HUMAN\" from \"BCL2_HUMAN\") and matched to a single species" );
 456         System.out.println( "  in the species tree." );
 457         System.out.println();
 458         System.out.println( " Examples" );
 459         System.out.println( "  \"rio gene_trees.nh species.xml outtable.tsv log.txt\"" );
 460         System.out.println();
 461         System.out.println( " More information: http://code.google.com/p/forester/wiki/RIO" );
 462         System.out.println();
 463         System.exit( -1 );
 464     }
 465
 466     private static void writeLogFile( final File logfile,
 467                                       final RIO rio,
 468                                       final File species_tree_file,
 469                                       final File gene_trees_file,
 470                                       final File outtable,
 471                                       final String prg_name,
 472                                       final String prg_v,
 473                                       final String prg_date,
 474                                       final String f ) throws IOException {
 475         final EasyWriter out = ForesterUtil.createEasyWriter( logfile );
 476         out.println( prg_name );
 477         out.println( "version : " + prg_v );
 478         out.println( "date    : " + prg_date );
 479         out.println( "based on: " + f );
 480         out.println( "----------------------------------" );
 481         out.println( "Gene trees                                      : " + gene_trees_file );
 482         out.println( "Species tree                                    : " + species_tree_file );
 483         out.println( "All vs all orthology table                      : " + outtable );
 484         out.flush();
 485         out.println( rio.getLog().toString() );
 486         out.close();
 487         System.out.println( "Wrote log to \"" + logfile + "\"" );
 488     }
 489
 490     private static void writeTable( final File table_outfile, final int gene_trees_analyzed, final IntMatrix m )
 491             throws IOException {
 492         final EasyWriter w = ForesterUtil.createEasyWriter( table_outfile );
 493         final java.text.DecimalFormat df = new java.text.DecimalFormat( "0.####" );
 494         df.setDecimalSeparatorAlwaysShown( false );
 495         df.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
 496         for( int i = 0; i < m.size(); ++i ) {
 497             w.print( "\t" );
 498             w.print( m.getLabel( i ) );
 499         }
 500         w.println();
 501         for( int x = 0; x < m.size(); ++x ) {
 502             w.print( m.getLabel( x ) );
 503             for( int y = 0; y < m.size(); ++y ) {
 504                 w.print( "\t" );
 505                 if ( x == y ) {
 506                     if ( m.get( x, y ) != gene_trees_analyzed ) {
 507                         ForesterUtil.unexpectedFatalError( "diagonal value is off" );
 508                     }
 509                     w.print( "-" );
 510                 }
 511                 else {
 512                     w.print( df.format( ( ( double ) m.get( x, y ) ) / gene_trees_analyzed ) );
 513                 }
 514             }
 515             w.println();
 516         }
 517         w.close();
 518         System.out.println( "Wrote table to \"" + table_outfile + "\"" );
 519     }
 520
 521     private static void writeTree( final Phylogeny p, final File f, final String comment ) throws IOException {
 522         final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 523         writer.toPhyloXML( f, p, 0 );
 524         System.out.println( comment + " \"" + f + "\"" );
 525     }
 526 }