forester/java/src/org/forester/application/rio.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  27
  28 package org.forester.application;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
  36 import org.forester.io.parsers.IteratingPhylogenyParser;
  37 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  38 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  39 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  40 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  41 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  42 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  43 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  44 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  45 import org.forester.rio.RIO;
  46 import org.forester.rio.RIO.REROOTING;
  47 import org.forester.rio.RIOException;
  48 import org.forester.sdi.SDIException;
  49 import org.forester.sdi.SDIutil.ALGORITHM;
  50 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  51 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  52 import org.forester.util.EasyWriter;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public class rio {
  56
  57     final static private String PRG_NAME                 = "rio";
  58     final static private String PRG_VERSION              = "4.000 beta 10";
  59     final static private String PRG_DATE                 = "130325";
  60     final static private String E_MAIL                   = "phyloxml@gmail.com";
  61     final static private String WWW                      = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester";
  62     final static private String HELP_OPTION_1            = "help";
  63     final static private String HELP_OPTION_2            = "h";
  64     final static private String GT_FIRST                 = "f";
  65     final static private String GT_LAST                  = "l";
  66     final static private String REROOTING_OPT            = "r";
  67     final static private String OUTGROUP                 = "o";
  68     final static private String RETURN_SPECIES_TREE      = "s";
  69     final static private String RETURN_BEST_GENE_TREE    = "g";
  70     final static private String USE_SDIR                 = "b";
  71     final static private String TRANSFER_TAXONOMY_OPTION = "t";
  72
  73     public static void main( final String[] args ) {
  74         ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME,
  75                                               "resampled inference of orthologs",
  76                                               PRG_VERSION,
  77                                               PRG_DATE,
  78                                               E_MAIL,
  79                                               WWW,
  80                                               ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
  81         CommandLineArguments cla = null;
  82         try {
  83             cla = new CommandLineArguments( args );
  84         }
  85         catch ( final Exception e ) {
  86             ForesterUtil.fatalError( e.getMessage() );
  87         }
  88         if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) || ( args.length == 0 ) ) {
  89             printHelp();
  90         }
  91         if ( ( args.length < 3 ) || ( args.length > 11 ) || ( cla.getNumberOfNames() < 3 ) ) {
  92             System.out.println();
  93             System.out.println( "error: incorrect number of arguments" );
  94             System.out.println();
  95             printHelp();
  96         }
  97         final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
  98         allowed_options.add( GT_FIRST );
  99         allowed_options.add( GT_LAST );
 100         allowed_options.add( REROOTING_OPT );
 101         allowed_options.add( OUTGROUP );
 102         allowed_options.add( USE_SDIR );
 103         allowed_options.add( RETURN_SPECIES_TREE );
 104         allowed_options.add( RETURN_BEST_GENE_TREE );
 105         allowed_options.add( TRANSFER_TAXONOMY_OPTION );
 106         final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
 107         if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
 108             ForesterUtil.fatalError( "unknown option(s): " + dissallowed_options );
 109         }
 110         final File gene_trees_file = cla.getFile( 0 );
 111         final File species_tree_file = cla.getFile( 1 );
 112         final File orthology_outtable = cla.getFile( 2 );
 113         final File logfile;
 114         if ( cla.getNumberOfNames() > 3 ) {
 115             logfile = cla.getFile( 3 );
 116             if ( logfile.exists() ) {
 117                 ForesterUtil.fatalError( "\"" + logfile + "\" already exists" );
 118             }
 119         }
 120         else {
 121             logfile = null;
 122         }
 123         boolean sdir = false;
 124         if ( cla.isOptionSet( USE_SDIR ) ) {
 125             if ( cla.isOptionHasAValue( USE_SDIR ) ) {
 126                 ForesterUtil.fatalError( "no value allowed for -" + USE_SDIR );
 127             }
 128             sdir = true;
 129             if ( logfile != null ) {
 130                 ForesterUtil.fatalError( "no logfile output for SDIR algorithm" );
 131             }
 132         }
 133         String outgroup = null;
 134         if ( cla.isOptionSet( OUTGROUP ) ) {
 135             if ( !cla.isOptionHasAValue( OUTGROUP ) ) {
 136                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + OUTGROUP );
 137             }
 138             if ( sdir ) {
 139                 ForesterUtil.fatalError( "no outgroup option for SDIR algorithm" );
 140             }
 141             outgroup = cla.getOptionValueAsCleanString( OUTGROUP );
 142         }
 143         REROOTING rerooting = REROOTING.BY_ALGORITHM;
 144         if ( cla.isOptionSet( REROOTING_OPT ) ) {
 145             if ( !cla.isOptionHasAValue( REROOTING_OPT ) ) {
 146                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + REROOTING_OPT );
 147             }
 148             if ( sdir ) {
 149                 ForesterUtil.fatalError( "no re-rooting option for SDIR algorithm" );
 150             }
 151             final String rerooting_str = cla.getOptionValueAsCleanString( REROOTING_OPT ).toLowerCase();
 152             if ( rerooting_str.equals( "none" ) ) {
 153                 rerooting = REROOTING.NONE;
 154             }
 155             else if ( rerooting_str.equals( "midpoint" ) ) {
 156                 rerooting = REROOTING.MIDPOINT;
 157             }
 158             else if ( rerooting_str.equals( "outgroup" ) ) {
 159                 rerooting = REROOTING.OUTGROUP;
 160             }
 161             else {
 162                 ForesterUtil
 163                         .fatalError( "values for re-rooting are: 'none', 'midpoint', or 'outgroup' (minizming duplications is default)" );
 164             }
 165         }
 166         if ( ForesterUtil.isEmpty( outgroup ) && ( rerooting == REROOTING.OUTGROUP ) ) {
 167             ForesterUtil.fatalError( "selected re-rooting by outgroup, but outgroup not set" );
 168         }
 169         if ( !ForesterUtil.isEmpty( outgroup ) && ( rerooting != REROOTING.OUTGROUP ) ) {
 170             ForesterUtil.fatalError( "outgroup set, but selected re-rooting by other approach" );
 171         }
 172         int gt_first = RIO.DEFAULT_RANGE;
 173         int gt_last = RIO.DEFAULT_RANGE;
 174         if ( cla.isOptionSet( GT_FIRST ) ) {
 175             if ( !cla.isOptionHasAValue( GT_FIRST ) ) {
 176                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + GT_FIRST );
 177             }
 178             if ( sdir ) {
 179                 ForesterUtil.fatalError( "no gene tree range option for SDIR algorithm" );
 180             }
 181             try {
 182                 gt_first = cla.getOptionValueAsInt( GT_FIRST );
 183             }
 184             catch ( final IOException e ) {
 185                 ForesterUtil.fatalError( "could not parse integer for -" + GT_FIRST + " option" );
 186             }
 187             if ( gt_first < 0 ) {
 188                 ForesterUtil.fatalError( "attempt to set index of first tree to analyze to: " + gt_first );
 189             }
 190         }
 191         if ( cla.isOptionSet( GT_LAST ) ) {
 192             if ( !cla.isOptionHasAValue( GT_LAST ) ) {
 193                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + GT_LAST );
 194             }
 195             if ( sdir ) {
 196                 ForesterUtil.fatalError( "no gene tree range option for SDIR algorithm" );
 197             }
 198             try {
 199                 gt_last = cla.getOptionValueAsInt( GT_LAST );
 200             }
 201             catch ( final IOException e ) {
 202                 ForesterUtil.fatalError( "could not parse integer for -" + GT_LAST + " option" );
 203             }
 204             if ( gt_last < 0 ) {
 205                 ForesterUtil.fatalError( "attempt to set index of last tree to analyze to: " + gt_last );
 206             }
 207         }
 208         if ( ( ( gt_last != RIO.DEFAULT_RANGE ) && ( gt_first != RIO.DEFAULT_RANGE ) ) && ( ( gt_last < gt_first ) ) ) {
 209             ForesterUtil.fatalError( "attempt to set range (0-based) of gene to analyze to: from " + gt_first + " to "
 210                     + gt_last );
 211         }
 212         File return_species_tree = null;
 213         if ( !sdir && cla.isOptionSet( RETURN_SPECIES_TREE ) ) {
 214             if ( !cla.isOptionHasAValue( RETURN_SPECIES_TREE ) ) {
 215                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + RETURN_SPECIES_TREE );
 216             }
 217             final String s = cla.getOptionValueAsCleanString( RETURN_SPECIES_TREE );
 218             return_species_tree = new File( s );
 219             if ( return_species_tree.exists() ) {
 220                 ForesterUtil.fatalError( "\"" + return_species_tree + "\" already exists" );
 221             }
 222         }
 223         File return_gene_tree = null;
 224         if ( !sdir && cla.isOptionSet( RETURN_BEST_GENE_TREE ) ) {
 225             if ( !cla.isOptionHasAValue( RETURN_BEST_GENE_TREE ) ) {
 226                 ForesterUtil.fatalError( "no value for -" + RETURN_BEST_GENE_TREE );
 227             }
 228             final String s = cla.getOptionValueAsCleanString( RETURN_BEST_GENE_TREE );
 229             return_gene_tree = new File( s );
 230             if ( return_gene_tree.exists() ) {
 231                 ForesterUtil.fatalError( "\"" + return_gene_tree + "\" already exists" );
 232             }
 233         }
 234         boolean transfer_taxonomy = false;
 235         if ( !sdir && cla.isOptionSet( TRANSFER_TAXONOMY_OPTION ) ) {
 236             if ( return_gene_tree == null ) {
 237                 ForesterUtil.fatalError( "no point in transferring taxonomy data without returning best gene tree" );
 238             }
 239             transfer_taxonomy = true;
 240         }
 241         ForesterUtil.fatalErrorIfFileNotReadable( gene_trees_file );
 242         ForesterUtil.fatalErrorIfFileNotReadable( species_tree_file );
 243         if ( orthology_outtable.exists() ) {
 244             ForesterUtil.fatalError( "\"" + orthology_outtable + "\" already exists" );
 245         }
 246         long time = 0;
 247         System.out.println( "Gene trees                : " + gene_trees_file );
 248         System.out.println( "Species tree              : " + species_tree_file );
 249         System.out.println( "All vs all orthology table: " + orthology_outtable );
 250         if ( logfile != null ) {
 251             System.out.println( "Logfile                   : " + logfile );
 252         }
 253         if ( gt_first != RIO.DEFAULT_RANGE ) {
 254             System.out.println( "First gene tree to analyze: " + gt_first );
 255         }
 256         if ( gt_last != RIO.DEFAULT_RANGE ) {
 257             System.out.println( "Last gene tree to analyze : " + gt_last );
 258         }
 259         String rerooting_str = "";
 260         switch ( rerooting ) {
 261             case BY_ALGORITHM: {
 262                 rerooting_str = "by minimizing duplications";
 263                 break;
 264             }
 265             case MIDPOINT: {
 266                 rerooting_str = "by midpoint method";
 267                 break;
 268             }
 269             case OUTGROUP: {
 270                 rerooting_str = "by outgroup: " + outgroup;
 271                 break;
 272             }
 273             case NONE: {
 274                 rerooting_str = "none";
 275                 break;
 276             }
 277         }
 278         System.out.println( "Re-rooting                : " + rerooting_str );
 279         if ( !sdir ) {
 280             System.out.println( "Non binary species tree   : allowed" );
 281         }
 282         else {
 283             System.out.println( "Non binary species tree   : disallowed" );
 284         }
 285         if ( return_species_tree != null ) {
 286             System.out.println( "Write used species tree to: " + return_species_tree );
 287         }
 288         if ( return_gene_tree != null ) {
 289             System.out.println( "Write best gene tree to   : " + return_gene_tree );
 290             System.out.println( "Transfer taxonomic data   : " + transfer_taxonomy );
 291         }
 292         time = System.currentTimeMillis();
 293         final ALGORITHM algorithm;
 294         if ( sdir ) {
 295             algorithm = ALGORITHM.SDIR;
 296         }
 297         else {
 298             algorithm = ALGORITHM.GSDIR;
 299         }
 300         try {
 301             final RIO rio;
 302             boolean iterating = false;
 303             final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( gene_trees_file, true );
 304             if ( p instanceof PhyloXmlParser ) {
 305                 rio = RIO.executeAnalysis( gene_trees_file,
 306                                            species_tree_file,
 307                                            algorithm,
 308                                            rerooting,
 309                                            outgroup,
 310                                            gt_first,
 311                                            gt_last,
 312                                            logfile != null,
 313                                            true,
 314                                            transfer_taxonomy );
 315             }
 316             else {
 317                 iterating = true;
 318                 if ( p instanceof NHXParser ) {
 319                     final NHXParser nhx = ( NHXParser ) p;
 320                     nhx.setReplaceUnderscores( false );
 321                     nhx.setIgnoreQuotes( true );
 322                     nhx.setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
 323                 }
 324                 else if ( p instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 325                     final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) p;
 326                     nex.setReplaceUnderscores( false );
 327                     nex.setIgnoreQuotes( true );
 328                     nex.setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
 329                 }
 330                 else {
 331                     throw new RuntimeException( "unknown parser type: " + p );
 332                 }
 333                 final IteratingPhylogenyParser ip = ( IteratingPhylogenyParser ) p;
 334                 ip.setSource( gene_trees_file );
 335                 rio = RIO.executeAnalysis( ip,
 336                                            species_tree_file,
 337                                            algorithm,
 338                                            rerooting,
 339                                            outgroup,
 340                                            gt_first,
 341                                            gt_last,
 342                                            logfile != null,
 343                                            true,
 344                                            transfer_taxonomy );
 345             }
 346             if ( algorithm == ALGORITHM.GSDIR ) {
 347                 System.out.println( "Taxonomy linking based on : " + rio.getGSDIRtaxCompBase() );
 348             }
 349             final IntMatrix m;
 350             if ( iterating ) {
 351                 m = rio.getOrthologTable();
 352             }
 353             else {
 354                 m = RIO.calculateOrthologTable( rio.getAnalyzedGeneTrees(), true );
 355             }
 356             final BasicDescriptiveStatistics stats = rio.getDuplicationsStatistics();
 357             writeTable( orthology_outtable, stats.getN(), m );
 358             if ( ( algorithm != ALGORITHM.SDIR ) && ( logfile != null ) ) {
 359                 writeLogFile( logfile,
 360                               rio,
 361                               species_tree_file,
 362                               gene_trees_file,
 363                               orthology_outtable,
 364                               PRG_NAME,
 365                               PRG_VERSION,
 366                               PRG_DATE,
 367                               ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() );
 368             }
 369             if ( return_species_tree != null ) {
 370                 writeTree( rio.getSpeciesTree(), return_species_tree, "Wrote (stripped) species tree to" );
 371             }
 372             if ( return_gene_tree != null ) {
 373                 String tt = "";
 374                 if ( transfer_taxonomy ) {
 375                     tt = "(with transferred taxonomic data) ";
 376                 }
 377                 writeTree( rio.getMinDuplicationsGeneTree(),
 378                            return_gene_tree,
 379                            "Wrote (one) minimal duplication gene tree " + tt + "to" );
 380             }
 381             final java.text.DecimalFormat df = new java.text.DecimalFormat( "0.#" );
 382             System.out.println( "Mean number of duplications  : " + df.format( stats.arithmeticMean() ) + " (sd: "
 383                     + df.format( stats.sampleStandardDeviation() ) + ") ("
 384                     + df.format( 100.0 * stats.arithmeticMean() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 385             if ( stats.getN() > 3 ) {
 386                 System.out.println( "Median number of duplications: " + df.format( stats.median() ) + " ("
 387                         + df.format( 100.0 * stats.median() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 388             }
 389             System.out.println( "Minimum duplications         : " + ( int ) stats.getMin() + " ("
 390                     + df.format( 100.0 * stats.getMin() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 391             System.out.println( "Maximum duplications         : " + ( int ) stats.getMax() + " ("
 392                     + df.format( 100.0 * stats.getMax() / rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() ) + "%)" );
 393             System.out.println( "Gene tree internal nodes     : " + rio.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() );
 394             System.out.println( "Gene tree external nodes     : " + rio.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() );
 395         }
 396         catch ( final RIOException e ) {
 397             ForesterUtil.fatalError( e.getLocalizedMessage() );
 398         }
 399         catch ( final SDIException e ) {
 400             ForesterUtil.fatalError( e.getLocalizedMessage() );
 401         }
 402         catch ( final IOException e ) {
 403             ForesterUtil.fatalError( e.getLocalizedMessage() );
 404         }
 405         catch ( final OutOfMemoryError e ) {
 406             ForesterUtil.outOfMemoryError( e );
 407         }
 408         catch ( final Exception e ) {
 409             ForesterUtil.unexpectedFatalError( e );
 410         }
 411         catch ( final Error e ) {
 412             ForesterUtil.unexpectedFatalError( e );
 413         }
 414         time = System.currentTimeMillis() - time;
 415         System.out.println( "Time: " + time + "ms" );
 416         System.out.println( "OK" );
 417         System.exit( 0 );
 418     }
 419
 420     private final static void printHelp() {
 421         System.out.println( "Usage" );
 422         System.out.println();
 423         System.out
 424                 .println( PRG_NAME
 425                         + " [options] <gene trees infile> <species tree infile> <all vs all orthology table outfile> [logfile]" );
 426         System.out.println();
 427         System.out.println( " Options" );
 428         System.out.println( "  -" + GT_FIRST + "=<first>     : first gene tree to analyze (0-based index)" );
 429         System.out.println( "  -" + GT_LAST + "=<last>      : last gene tree to analyze (0-based index)" );
 430         System.out.println( "  -" + REROOTING_OPT
 431                 + "=<re-rooting>: re-rooting method for gene trees, possible values or 'none', 'midpoint'," );
 432         System.out.println( "                   or 'outgroup' (default: by minizming duplications)" );
 433         System.out.println( "  -" + OUTGROUP
 434                 + "=<outgroup>  : for rooting by outgroup, name of outgroup (external gene tree node)" );
 435         System.out
 436                 .println( "  -" + RETURN_SPECIES_TREE + "=<outfile>   : to write the (stripped) species tree to file" );
 437         System.out.println( "  -" + RETURN_BEST_GENE_TREE
 438                 + "=<outfile>   : to write (one) minimal duplication gene tree to file" );
 439         System.out
 440                 .println( "  -"
 441                         + TRANSFER_TAXONOMY_OPTION
 442                         + "             : to transfer taxonomic data from species tree to returned minimal duplication gene tree\n"
 443                         + "                   (if -" + RETURN_BEST_GENE_TREE + " option is used)" );
 444         System.out.println( "  -" + USE_SDIR
 445                 + "             : to use SDIR instead of GSDIR (faster, but non-binary species trees are" );
 446         System.out.println( "                   disallowed, as are most options)" );
 447         System.out.println();
 448         System.out.println( " Formats" );
 449         System.out
 450                 .println( "  The gene trees, as well as the species tree, ideally are in phyloXML (www.phyloxml.org) format," );
 451         System.out
 452                 .println( "  but can also be in New Hamphshire (Newick) or Nexus format as long as species information can be" );
 453         System.out
 454                 .println( "  extracted from the gene names (e.g. \"HUMAN\" from \"BCL2_HUMAN\") and matched to a single species" );
 455         System.out.println( "  in the species tree." );
 456         System.out.println();
 457         System.out.println( " Examples" );
 458         System.out.println( "  \"rio gene_trees.nh species.xml outtable.tsv log.txt\"" );
 459         System.out.println();
 460         System.out.println( " More information: http://code.google.com/p/forester/wiki/RIO" );
 461         System.out.println();
 462         System.exit( -1 );
 463     }
 464
 465     private static void writeLogFile( final File logfile,
 466                                       final RIO rio,
 467                                       final File species_tree_file,
 468                                       final File gene_trees_file,
 469                                       final File outtable,
 470                                       final String prg_name,
 471                                       final String prg_v,
 472                                       final String prg_date,
 473                                       final String f ) throws IOException {
 474         final EasyWriter out = ForesterUtil.createEasyWriter( logfile );
 475         out.println( prg_name );
 476         out.println( "version : " + prg_v );
 477         out.println( "date    : " + prg_date );
 478         out.println( "based on: " + f );
 479         out.println( "----------------------------------" );
 480         out.println( "Gene trees                                      : " + gene_trees_file );
 481         out.println( "Species tree                                    : " + species_tree_file );
 482         out.println( "All vs all orthology table                      : " + outtable );
 483         out.flush();
 484         out.println( rio.getLog().toString() );
 485         out.close();
 486         System.out.println( "Wrote log to \"" + logfile + "\"" );
 487     }
 488
 489     private static void writeTable( final File table_outfile, final int gene_trees_analyzed, final IntMatrix m )
 490             throws IOException {
 491         final EasyWriter w = ForesterUtil.createEasyWriter( table_outfile );
 492         final java.text.DecimalFormat df = new java.text.DecimalFormat( "0.###" );
 493         df.setDecimalSeparatorAlwaysShown( false );
 494         for( int i = 0; i < m.size(); ++i ) {
 495             w.print( "\t" );
 496             w.print( m.getLabel( i ) );
 497         }
 498         w.println();
 499         for( int x = 0; x < m.size(); ++x ) {
 500             w.print( m.getLabel( x ) );
 501             for( int y = 0; y < m.size(); ++y ) {
 502                 w.print( "\t" );
 503                 if ( x == y ) {
 504                     if ( m.get( x, y ) != gene_trees_analyzed ) {
 505                         ForesterUtil.unexpectedFatalError( "diagonal value is off" );
 506                     }
 507                     w.print( "-" );
 508                 }
 509                 else {
 510                     w.print( df.format( ( ( double ) m.get( x, y ) ) / gene_trees_analyzed ) );
 511                 }
 512             }
 513             w.println();
 514         }
 515         w.close();
 516         System.out.println( "Wrote table to \"" + table_outfile + "\"" );
 517     }
 518
 519     private static void writeTree( final Phylogeny p, final File f, final String comment ) throws IOException {
 520         final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 521         writer.toPhyloXML( f, p, 0 );
 522         System.out.println( comment + " \"" + f + "\"" );
 523     }
 524 }