forester/java/src/org/forester/application/simple_node_processor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  31 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  32 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  33 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  34 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  35 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  36 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  37 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  38
  39 public class simple_node_processor {
  40
  41     private final static String BASE = "b_";
  42
  43     public static void main( final String args[] ) {
  44         if ( ( args.length != 2 ) ) {
  45             System.exit( -1 );
  46         }
  47         try {
  48             CommandLineArguments cla = null;
  49             cla = new CommandLineArguments( args );
  50             final File in = cla.getFile( 0 );
  51             final File out = cla.getFile( 1 );
  52             if ( out.exists() ) {
  53                 System.out.println( out + " already exists" );
  54                 System.exit( -1 );
  55             }
  56             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  57             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
  58             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( in, xml_parser );
  59             final Phylogeny phylogeny_0 = phylogenies_0[ 0 ];
  60             final PhylogenyNodeIterator it = phylogeny_0.iteratorPostorder();
  61             int i = 0;
  62             while ( it.hasNext() ) {
  63                 final PhylogenyNode node = it.next();
  64                 processNode( node, i );
  65                 i++;
  66             }
  67             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
  68             writer.toPhyloXML( out, phylogeny_0, 0 );
  69         }
  70         catch ( final Exception e ) {
  71             System.out.println( e.getLocalizedMessage() );
  72             e.printStackTrace();
  73             System.exit( -1 );
  74         }
  75     }
  76
  77     private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  78         node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
  79         if ( !node.isExternal() ) {
  80             if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
  81                 node.setName( BASE + i );
  82             }
  83         }
  84     }
  85 }