forester/java/src/org/forester/application/simple_node_processor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  31 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  32 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  33 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  34 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  35 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  36 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  37
  38 public class simple_node_processor {
  39
  40     private final static String BASE = "b_";
  41
  42     public static void main( final String args[] ) {
  43         File in = null;
  44         final File out = null;
  45         try {
  46             CommandLineArguments cla = null;
  47             cla = new CommandLineArguments( args );
  48             in = cla.getFile( 0 );
  49             // out = cla.getFile( 1 );
  50             // if ( out.exists() ) {
  51             //      System.out.println( out + " already exists" );
  52             //      System.exit( -1 );
  53             //  }
  54             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  55             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
  56             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( in, xml_parser );
  57             final Phylogeny phylogeny_0 = phylogenies_0[ 0 ];
  58             final PhylogenyNodeIterator it = phylogeny_0.iteratorPostorder();
  59             int i = 0;
  60             while ( it.hasNext() ) {
  61                 final PhylogenyNode node = it.next();
  62                 processNode( node, i );
  63                 i++;
  64             }
  65             //  final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
  66             //  writer.toPhyloXML( out, phylogeny_0, 0 );
  67         }
  68         catch ( final Exception e ) {
  69             System.out.println( e.getLocalizedMessage() );
  70             e.printStackTrace();
  71             System.exit( -1 );
  72         }
  73     }
  74
  75     //    private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  76     //        node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
  77     //        if ( !node.isExternal() ) {
  78     //            if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
  79     //                node.setName( BASE + i );
  80     //            }
  81     //        }
  82     //    }
  83     private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  84         if ( node.isExternal() ) {
  85             final String c = "" + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount();
  86             final String s = node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName();
  87             System.out.println( s + "\t" + c );
  88         }
  89     }
  90 }