forester/java/src/org/forester/application/strip.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  32 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  33 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  34 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  35 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  36 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  38
  39 public class strip {
  40
  41     public static void main( final String args[] ) {
  42         if ( args.length < 4 ) {
  43             System.out.println( "\nstrip: Wrong number of arguments.\n" );
  44             System.out
  45                     .println( "Usage: \"strip <infile> <outfile> <options> [name1] [name2] ... OR [phylogenyfile]\"\n" );
  46             System.out.println( " Options: -k to keep listed nodes" );
  47             System.out.println( "          -r to remove listed nodes" );
  48             System.out.println( "          -kp to keep nodes found in [phylogenyfile]" );
  49             System.out.println( "          -rp to remove nodes found in [phylogenyfile]\n" );
  50             System.exit( -1 );
  51         }
  52         final File infile = new File( args[ 0 ] );
  53         final File outfile = new File( args[ 1 ] );
  54         final String options = args[ 2 ];
  55         Phylogeny p = null;
  56         try {
  57             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  58             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( infile, true );
  59             p = factory.create( infile, pp )[ 0 ];
  60         }
  61         catch ( final Exception e ) {
  62             System.out.println( "\nCould not read \"" + infile + "\" [" + e.getMessage() + "]\n" );
  63             System.exit( -1 );
  64         }
  65         boolean keep = false;
  66         boolean from_p0 = false;
  67         if ( options.trim().toLowerCase().equals( "-k" ) ) {
  68             keep = true;
  69         }
  70         else if ( options.trim().toLowerCase().equals( "-kp" ) ) {
  71             keep = true;
  72             from_p0 = true;
  73         }
  74         else if ( options.trim().toLowerCase().equals( "-rp" ) ) {
  75             from_p0 = true;
  76         }
  77         else if ( !options.trim().toLowerCase().equals( "-r" ) ) {
  78             System.out.println( "\nUnknown option \"" + options + "\"\n" );
  79             System.exit( -1 );
  80         }
  81         String[] names = null;
  82         if ( from_p0 ) {
  83             names = strip.readInNamesFromPhylogeny( args[ 3 ] );
  84         }
  85         else {
  86             names = new String[ args.length - 3 ];
  87             for( int i = 0; i < args.length - 3; ++i ) {
  88                 names[ i ] = args[ i + 3 ];
  89             }
  90         }
  91         if ( keep ) {
  92             PhylogenyMethods.deleteExternalNodesPositiveSelection( names, p );
  93         }
  94         else {
  95             PhylogenyMethods.deleteExternalNodesNegativeSelection( names, p );
  96         }
  97         try {
  98             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
  99             w.toPhyloXML( outfile, p, 1 );
 100         }
 101         catch ( final IOException e ) {
 102             System.out.println( "\nFailure to write output [" + e.getMessage() + "]\n" );
 103             System.exit( -1 );
 104         }
 105     }
 106
 107     private static String[] readInNamesFromPhylogeny( final String file ) {
 108         Phylogeny p0 = null;
 109         try {
 110             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 111             final File f = new File( file );
 112             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( f, true );
 113             p0 = factory.create( f, pp )[ 0 ];
 114         }
 115         catch ( final Exception e ) {
 116             System.out.println( "\nCould not read \"" + file + "\" [" + e.getMessage() + "]\n" );
 117             System.exit( -1 );
 118         }
 119         return p0.getAllExternalNodeNames();
 120     }
 121 }