forester/java/src/org/forester/application/ta.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.application;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.Date;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  35 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  36 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  37 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  38 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  39 import org.forester.sdi.GSDI;
  40 import org.forester.sdi.SDI;
  41 import org.forester.sdi.SDIse;
  42 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  43 import org.forester.util.ForesterUtil;
  44
  45 public class ta {
  46
  47     final static private String STRIP_OPTION             = "s";
  48     final static private String SDISE_OPTION             = "b";
  49     final static private String MOST_PARSIMONIOUS_OPTION = "m";
  50     final static private String HELP_OPTION_1            = "help";
  51     final static private String HELP_OPTION_2            = "h";
  52     final static private String DEFAULT_OUTFILE          = "sdi_out.xml";
  53     final static private String PRG_NAME                 = "sdi";
  54     final static private String PRG_VERSION              = "alpha 0.3";
  55     final static private String PRG_DATE                 = "2008.03.04";
  56
  57     public static void main( final String args[] ) {
  58         ForesterUtil.printProgramInformation( PRG_NAME, PRG_VERSION, PRG_DATE );
  59         CommandLineArguments cla = null;
  60         try {
  61             cla = new CommandLineArguments( args );
  62         }
  63         catch ( final Exception e ) {
  64             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  65         }
  66         if ( cla.isOptionSet( HELP_OPTION_1 ) || cla.isOptionSet( HELP_OPTION_2 ) ) {
  67             System.out.println();
  68             print_help();
  69             System.exit( 0 );
  70         }
  71         else if ( ( args.length < 2 ) || ( cla.getNumberOfNames() < 2 ) || ( cla.getNumberOfNames() > 3 ) ) {
  72             System.out.println();
  73             System.out.println( "Wrong number of arguments." );
  74             System.out.println();
  75             print_help();
  76             System.exit( -1 );
  77         }
  78         final List<String> allowed_options = new ArrayList<String>();
  79         allowed_options.add( STRIP_OPTION );
  80         allowed_options.add( SDISE_OPTION );
  81         allowed_options.add( MOST_PARSIMONIOUS_OPTION );
  82         final String dissallowed_options = cla.validateAllowedOptionsAsString( allowed_options );
  83         if ( dissallowed_options.length() > 0 ) {
  84             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "unknown option(s): " + dissallowed_options );
  85         }
  86         boolean use_sdise = false;
  87         boolean strip = false;
  88         boolean most_parsimonous_duplication_model = false;
  89         if ( cla.isOptionSet( STRIP_OPTION ) ) {
  90             strip = true;
  91         }
  92         if ( cla.isOptionSet( SDISE_OPTION ) ) {
  93             use_sdise = true;
  94         }
  95         if ( cla.isOptionSet( MOST_PARSIMONIOUS_OPTION ) ) {
  96             if ( use_sdise ) {
  97                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "Can only use most parsimonious duplication mode with GSDI" );
  98             }
  99             most_parsimonous_duplication_model = true;
 100         }
 101         Phylogeny species_tree = null;
 102         Phylogeny gene_tree = null;
 103         File gene_tree_file = null;
 104         File species_tree_file = null;
 105         File out_file = null;
 106         try {
 107             gene_tree_file = cla.getFile( 0 );
 108             species_tree_file = cla.getFile( 1 );
 109             if ( cla.getNumberOfNames() == 3 ) {
 110                 out_file = cla.getFile( 2 );
 111             }
 112             else {
 113                 out_file = new File( DEFAULT_OUTFILE );
 114             }
 115         }
 116         catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 117             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "error in command line: " + e.getMessage() );
 118         }
 119         if ( ForesterUtil.isReadableFile( gene_tree_file ) != null ) {
 120             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, ForesterUtil.isReadableFile( gene_tree_file ) );
 121         }
 122         if ( ForesterUtil.isReadableFile( species_tree_file ) != null ) {
 123             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, ForesterUtil.isReadableFile( species_tree_file ) );
 124         }
 125         if ( ForesterUtil.isWritableFile( out_file ) != null ) {
 126             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, ForesterUtil.isWritableFile( out_file ) );
 127         }
 128         try {
 129             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 130             final PhylogenyParser pp = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( species_tree_file, true );
 131             species_tree = factory.create( species_tree_file, pp )[ 0 ];
 132         }
 133         catch ( final IOException e ) {
 134             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 135                                      "Failed to read species tree from \"" + gene_tree_file + "\" [" + e.getMessage()
 136                                              + "]" );
 137         }
 138         try {
 139             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 140             final PhylogenyParser pp = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( gene_tree_file, true );
 141             gene_tree = factory.create( gene_tree_file, pp )[ 0 ];
 142         }
 143         catch ( final IOException e ) {
 144             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME,
 145                                      "Failed to read gene tree from \"" + gene_tree_file + "\" [" + e.getMessage()
 146                                              + "]" );
 147         }
 148         gene_tree.setRooted( true );
 149         species_tree.setRooted( true );
 150         if ( !gene_tree.isCompletelyBinary() ) {
 151             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "gene tree is not completely binary." );
 152         }
 153         if ( use_sdise ) {
 154             if ( !species_tree.isCompletelyBinary() ) {
 155                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "species tree is not completely binary." );
 156             }
 157         }
 158         // For timing.
 159         // gene_tree = Helper.createBalancedTree( 10 );
 160         // species_tree = Helper.createBalancedTree( 13 );
 161         // species_tree = Helper.createUnbalancedTree( 1024 );
 162         // gene_tree = Helper.createUnbalancedTree( 8192 );
 163         // species_tree = gene_tree.copyTree();
 164         // gene_tree = species_tree.copyTree();
 165         // Helper.numberSpeciesInOrder( species_tree );
 166         // Helper.numberSpeciesInOrder( gene_tree );
 167         // Helper.randomizeSpecies( 1, 8192, gene_tree );
 168         // Helper.intervalNumberSpecies( gene_tree, 4096 );
 169         // Helper.numberSpeciesInDescOrder( gene_tree );
 170         System.out.println();
 171         System.out.println( "Strip species tree: " + strip );
 172         SDI sdi = null;
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         try {
 175             if ( use_sdise ) {
 176                 System.out.println();
 177                 System.out.println( "Using SDIse algorithm." );
 178                 sdi = new SDIse( gene_tree, species_tree );
 179             }
 180             else {
 181                 System.out.println();
 182                 System.out.println( "Using GSDI algorithm." );
 183                 System.out.println();
 184                 System.out.println( "Use most parsimonous duplication model: " + most_parsimonous_duplication_model );
 185                 sdi = new GSDI( gene_tree, species_tree, most_parsimonous_duplication_model );
 186             }
 187         }
 188         catch ( final Exception e ) {
 189             ForesterUtil.unexpectedFatalError( PRG_NAME, e );
 190         }
 191         System.out.println();
 192         System.out.println( "Running time (excluding I/O): " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms" );
 193         try {
 194             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
 195             writer.toPhyloXML( out_file, gene_tree, 1 );
 196         }
 197         catch ( final IOException e ) {
 198             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "Failed to write to \"" + out_file + "\" [" + e.getMessage() + "]" );
 199         }
 200         System.out.println();
 201         System.out.println( "Successfully wrote resulting gene tree to: " + out_file );
 202         System.out.println();
 203         //        if ( use_sdise ) {
 204         //            computeMappingCostL();
 205         //            System.out.println( "Mapping cost                    : " + computeMappingCostL() );
 206         //        }
 207         //        System.out.println( "Number of duplications          : " + getDuplicationsSum() );
 208         if ( !use_sdise && !most_parsimonous_duplication_model ) {
 209             System.out.println( "Number of potential duplications: "
 210                     + ( ( GSDI ) sdi ).getSpeciationOrDuplicationEventsSum() );
 211         }
 212         if ( !use_sdise ) {
 213             System.out.println( "Number speciations              : " + ( ( GSDI ) sdi ).getSpeciationsSum() );
 214         }
 215         System.out.println();
 216     } // main( final String args[] )
 217
 218     private static void print_help() {
 219         System.out.println( "Usage: \"" + PRG_NAME
 220                 + " [-options] <gene tree file name> <species tree file name>  [outfile name]\"" );
 221         System.out.println();
 222         System.out.println( "Options:" );
 223         System.out.println( " -" + STRIP_OPTION + ": to strip the species tree prior to duplication inference" );
 224         System.out.println( " -" + SDISE_OPTION
 225                 + ": to use SDIse algorithm instead of GSDI algorithm (for binary trees only, faster)" );
 226         System.out.println( " -" + MOST_PARSIMONIOUS_OPTION + ": use most parimonious duplication model for GSDI: " );
 227         System.out.println( "     assign nodes as speciations which would otherwise be assiged" );
 228         System.out.println( "     as unknown because of polytomies in the species tree" );
 229         System.out.println();
 230         System.out.println( "Species tree file" );
 231         System.out.println( " In NHX format, with species names in species name fields unless -n option" );
 232         System.out.println( " is used." );
 233         System.out.println();
 234         System.out.println( "Gene tree file" );
 235         System.out.println( " In NHX format, with species names in species name fields and sequence names" );
 236         System.out.println( " in sequence name fields." );
 237         System.out.println();
 238         System.out.println( "!! WARNING: GSDI algorithm is under development, please use SDIse (-b) instead  !!" );
 239         System.out.println();
 240     } // print_help()
 241 }