forester/java/src/org/forester/application/table2fasta.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25 //
  26 //
  27 // "java -Xmx1024m -cp path\to\forester.jar org.forester.application.fasta_split
  28 //
  29 //
  30
  31 package org.forester.application;
  32
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  39 import org.forester.io.writers.SequenceWriter.SEQ_FORMAT;
  40 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  41 import org.forester.sequence.MolecularSequence;
  42 import org.forester.util.BasicTable;
  43 import org.forester.util.BasicTableParser;
  44 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  45 import org.forester.util.ForesterUtil;
  46
  47 public final class table2fasta {
  48
  49     final static private String PRG_NAME    = "table2fasta";
  50     final static private String PRG_VERSION = "1.00";
  51     final static private String PRG_DATE    = "150327";
  52
  53     public static void main( final String args[] ) {
  54         ForesterUtil.printProgramInformation( table2fasta.PRG_NAME, table2fasta.PRG_VERSION, table2fasta.PRG_DATE );
  55         System.out.println();
  56         if ( ( args.length != 3 ) ) {
  57             table2fasta.argumentsError();
  58         }
  59         CommandLineArguments cla = null;
  60         try {
  61             cla = new CommandLineArguments( args );
  62         }
  63         catch ( final Exception e ) {
  64             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  65         }
  66         final int position = Integer.parseInt( cla.getName( 0 ) );
  67         final File intable = cla.getFile( 1 );
  68         final File outfile = cla.getFile( 2 );
  69         if ( outfile.exists() ) {
  70             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, outfile + " already exists" );
  71         }
  72         if ( !intable.exists() ) {
  73             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, intable + " does not exist" );
  74         }
  75         BasicTable<String> t = null;
  76         try {
  77             t = BasicTableParser.parse( intable, '\t' );
  78         }
  79         catch ( final IOException e ) {
  80             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
  81         }
  82         final List<MolecularSequence> seqs = new ArrayList<MolecularSequence>();
  83         System.out.println( "Number of rows: " + t.getNumberOfRows() );
  84         for( int r = 0; r < t.getNumberOfRows(); ++r ) {
  85             String seq = null;
  86             final StringBuilder id = new StringBuilder();
  87             for( int c = 0; c < t.getNumberOfColumns(); ++c ) {
  88                 if ( c == position ) {
  89                     seq = t.getValue( c, r );
  90                 }
  91                 else if ( ( c == 0 ) || ( c == 1 ) ) {
  92                     id.append( t.getValue( c, r ) );
  93                     id.append( " " );
  94                 }
  95             }
  96             if ( id.length() < 2 ) {
  97                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "row " + r + " id is empty" );
  98             }
  99             String id_str = id.toString().trim();
 100             if ( id_str.startsWith( ">" ) ) {
 101                 id_str = id_str.substring( 1 );
 102             }
 103             if ( ForesterUtil.isEmpty( seq ) ) {
 104                 seq = t.getValue( position - 1, r );
 105                 if ( ForesterUtil.isEmpty( seq ) ) {
 106                     ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, "row " + r + " seq is empty" );
 107                 }
 108             }
 109             MolecularSequence s = null;
 110             try {
 111                 s = BasicSequence.createAaSequence( id_str, seq );
 112             }
 113             catch ( final Exception e ) {
 114                 ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 115             }
 116             if ( s != null ) {
 117                 seqs.add( s );
 118             }
 119         }
 120         try {
 121             SequenceWriter.writeSeqs( seqs, outfile, SEQ_FORMAT.FASTA, 60 );
 122         }
 123         catch ( final IOException e ) {
 124             ForesterUtil.fatalError( PRG_NAME, e.getMessage() );
 125         }
 126     }
 127
 128     private static void argumentsError() {
 129         System.out.println( PRG_NAME + " <position> <infile> <outfile>" );
 130         System.out.println();
 131         System.exit( -1 );
 132     }
 133 }