forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/AncestralTaxonomyInferrer.java

   1 // Exp $
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.net.UnknownHostException;
  29 import java.util.SortedSet;
  30
  31 import javax.swing.JOptionPane;
  32
  33 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInference;
  34 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  35 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
  36
  37 public class AncestralTaxonomyInferrer implements Runnable {
  38
  39     private final Phylogeny            _phy;
  40     private final MainFrameApplication _mf;
  41     private final TreePanel            _treepanel;
  42
  43     AncestralTaxonomyInferrer( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  44         _phy = phy;
  45         _mf = mf;
  46         _treepanel = treepanel;
  47     }
  48
  49     private String getBaseUrl() {
  50         return UniProtWsTools.BASE_URL;
  51     }
  52
  53     private void inferTaxonomies() {
  54         _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
  55         SortedSet<String> not_found = null;
  56         try {
  57             not_found = AncestralTaxonomyInference.inferTaxonomyFromDescendents( _phy );
  58         }
  59         catch ( final IllegalArgumentException e ) {
  60             _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  61             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
  62                                            e.getMessage(),
  63                                            "Error during ancestral taxonomy inference",
  64                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
  65             return;
  66         }
  67         catch ( final UnknownHostException e ) {
  68             _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  69             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
  70                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
  71                                            "Network error during ancestral taxonomy inference",
  72                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
  73             return;
  74         }
  75         catch ( final Exception e ) {
  76             _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  77             e.printStackTrace();
  78             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
  79                                            e.toString(),
  80                                            "Unexpected error during ancestral taxonomy inference",
  81                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
  82             return;
  83         }
  84         _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  85         _phy.setRerootable( false );
  86         _treepanel.setTree( _phy );
  87         _mf.showWhole();
  88         _treepanel.setEdited( true );
  89         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
  90             int max = not_found.size();
  91             boolean more = false;
  92             if ( max > 20 ) {
  93                 more = true;
  94                 max = 20;
  95             }
  96             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  97             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
  98             sb.append( "The result is incomplete, and, possibly, misleading.\n" );
  99             if ( not_found.size() == 1 ) {
 100                 sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 101             }
 102             else {
 103                 sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 104             }
 105             int i = 0;
 106             for( final String string : not_found ) {
 107                 if ( i > 19 ) {
 108                     break;
 109                 }
 110                 sb.append( string );
 111                 sb.append( "\n" );
 112                 ++i;
 113             }
 114             if ( more ) {
 115                 sb.append( "..." );
 116             }
 117             try {
 118                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 119                                                sb.toString(),
 120                                                "Ancestral Taxonomy Inference Completed",
 121                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 122             }
 123             catch ( final Exception e ) {
 124                 // Not important if this fails, do nothing.
 125             }
 126         }
 127         else {
 128             try {
 129                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 130                                                "Ancestral taxonomy inference successfully completed",
 131                                                "Ancestral Taxonomy Inference Completed",
 132                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 133             }
 134             catch ( final Exception e ) {
 135                 // Not important if this fails, do nothing.
 136             }
 137         }
 138     }
 139
 140     @Override
 141     public void run() {
 142         inferTaxonomies();
 143     }
 144 }