forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/AptxUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Component;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.RenderingHints;
  34 import java.awt.image.BufferedImage;
  35 import java.io.ByteArrayOutputStream;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileNotFoundException;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  40 import java.lang.reflect.Method;
  41 import java.net.URI;
  42 import java.net.URL;
  43 import java.security.KeyManagementException;
  44 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  45 import java.text.ParseException;
  46 import java.util.Arrays;
  47 import java.util.HashMap;
  48 import java.util.HashSet;
  49 import java.util.Iterator;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Locale;
  52 import java.util.Map;
  53 import java.util.Set;
  54 import java.util.SortedSet;
  55 import java.util.TreeSet;
  56
  57 import javax.imageio.IIOImage;
  58 import javax.imageio.ImageIO;
  59 import javax.imageio.ImageWriteParam;
  60 import javax.imageio.ImageWriter;
  61 import javax.imageio.stream.ImageOutputStream;
  62 import javax.swing.JApplet;
  63 import javax.swing.JOptionPane;
  64 import javax.swing.text.MaskFormatter;
  65
  66 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  67 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  68 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  69 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  70 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  71 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  72 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
  75 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  80 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  81 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  82 import org.forester.util.ForesterUtil;
  83 import org.forester.util.TaxonomyUtil;
  84
  85 public final class AptxUtil {
  86
  87     public static enum GraphicsExportType {
  88         BMP( "bmp" ), GIF( "gif" ), JPG( "jpg" ), PDF( "pdf" ), PNG( "png" ), TIFF( "tif" );
  89
  90         private final String _suffix;
  91
  92         private GraphicsExportType( final String suffix ) {
  93             _suffix = suffix;
  94         }
  95
  96         @Override
  97         public String toString() {
  98             return _suffix;
  99         }
 100     }
 101     private final static String[] AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED = GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()
 102             .getAvailableFontFamilyNames();
 103     static {
 104         Arrays.sort( AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED );
 105     }
 106
 107     final public static Color calculateColorFromString( final String str, final boolean is_taxonomy ) {
 108         final String my_str = str.toUpperCase();
 109         char first = my_str.charAt( 0 );
 110         char second = ' ';
 111         char third = ' ';
 112         if ( my_str.length() > 1 ) {
 113             if ( is_taxonomy ) {
 114                 second = my_str.charAt( 1 );
 115             }
 116             else {
 117                 second = my_str.charAt( my_str.length() - 1 );
 118             }
 119             if ( is_taxonomy ) {
 120                 if ( my_str.length() > 2 ) {
 121                     if ( my_str.indexOf( " " ) > 0 ) {
 122                         third = my_str.charAt( my_str.indexOf( " " ) + 1 );
 123                     }
 124                     else {
 125                         third = my_str.charAt( 2 );
 126                     }
 127                 }
 128             }
 129             else if ( my_str.length() > 2 ) {
 130                 third = my_str.charAt( ( my_str.length() - 1 ) / 2 );
 131             }
 132         }
 133         first = normalizeCharForRGB( first );
 134         second = normalizeCharForRGB( second );
 135         third = normalizeCharForRGB( third );
 136         if ( ( first > 200 ) && ( second > 200 ) && ( third > 200 ) ) {
 137             first = 0;
 138         }
 139         else if ( ( first < 60 ) && ( second < 60 ) && ( third < 60 ) ) {
 140             second = 255;
 141         }
 142         else if ( Math.abs( first - second ) < 40 && Math.abs( second - third ) < 40 ) {
 143             third = 255;
 144         }
 145         return new Color( first, second, third );
 146     }
 147
 148     public static MaskFormatter createMaskFormatter( final String s ) {
 149         MaskFormatter formatter = null;
 150         try {
 151             formatter = new MaskFormatter( s );
 152         }
 153         catch ( final ParseException e ) {
 154             throw new IllegalArgumentException( e );
 155         }
 156         return formatter;
 157     }
 158
 159     final static public boolean isHasAtLeastNodeWithEvent( final Phylogeny phy ) {
 160         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 161         while ( it.hasNext() ) {
 162             if ( it.next().getNodeData().isHasEvent() ) {
 163                 return true;
 164             }
 165         }
 166         return false;
 167     }
 168
 169     /**
 170      * Returns true if at least one branch has a length larger than zero.
 171      *
 172      *
 173      * @param phy
 174      */
 175     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 176         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 177         while ( it.hasNext() ) {
 178             if ( it.next().getDistanceToParent() > 0.0 ) {
 179                 return true;
 180             }
 181         }
 182         return false;
 183     }
 184
 185     final static public boolean isHasNoBranchLengthSmallerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 186         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 187         while ( it.hasNext() ) {
 188             final PhylogenyNode n = it.next();
 189             if ( n.getDistanceToParent() < 0.0 && !n.isRoot() ) {
 190                 return false;
 191             }
 192         }
 193         return true;
 194     }
 195
 196     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportSD( final Phylogeny phy ) {
 197         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 198         while ( it.hasNext() ) {
 199             final PhylogenyNode n = it.next();
 200             if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 201                 final List<Confidence> c = n.getBranchData().getConfidences();
 202                 for( final Confidence confidence : c ) {
 203                     if ( confidence.getStandardDeviation() > 0 ) {
 204                         return true;
 205                     }
 206                 }
 207             }
 208         }
 209         return false;
 210     }
 211
 212     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( final Phylogeny phy ) {
 213         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 214         while ( it.hasNext() ) {
 215             if ( it.next().getBranchData().isHasConfidences() ) {
 216                 return true;
 217             }
 218         }
 219         return false;
 220     }
 221
 222     final static public boolean isHasAtLeastOneNodeWithScientificName( final Phylogeny phy ) {
 223         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 224         while ( it.hasNext() ) {
 225             final PhylogenyNode n = it.next();
 226             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
 227                     && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
 228                 return true;
 229             }
 230         }
 231         return false;
 232     }
 233
 234     final static public boolean isHasAtLeastOneNodeWithSequenceAnnotation( final Phylogeny phy ) {
 235         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 236         while ( it.hasNext() ) {
 237             final PhylogenyNode n = it.next();
 238             if ( n.getNodeData().isHasSequence()
 239                     && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) ) {
 240                 return true;
 241             }
 242         }
 243         return false;
 244     }
 245
 246     final public static void launchWebBrowser( final URI uri,
 247                                                final boolean is_applet,
 248                                                final JApplet applet,
 249                                                final String frame_name ) throws IOException {
 250         if ( is_applet ) {
 251             applet.getAppletContext().showDocument( uri.toURL(), frame_name );
 252         }
 253         else {
 254             // This requires Java 1.6:
 255             // =======================
 256             // boolean no_desktop = false;
 257             // try {
 258             // if ( Desktop.isDesktopSupported() ) {
 259             // System.out.println( "desktop supported" );
 260             // final Desktop dt = Desktop.getDesktop();
 261             // dt.browse( uri );
 262             // }
 263             // else {
 264             // no_desktop = true;
 265             // }
 266             // }
 267             // catch ( final Exception ex ) {
 268             // ex.printStackTrace();
 269             // no_desktop = true;
 270             // }
 271             // catch ( final Error er ) {
 272             // er.printStackTrace();
 273             // no_desktop = true;
 274             // }
 275             // if ( no_desktop ) {
 276             // System.out.println( "desktop not supported" );
 277             try {
 278                 openUrlInWebBrowser( uri.toString() );
 279             }
 280             catch ( final Exception e ) {
 281                 throw new IOException( e );
 282             }
 283             // }
 284         }
 285     }
 286
 287     public static Set<Taxonomy> obtainAllDistinctTaxonomies( final PhylogenyNode node ) {
 288         final List<PhylogenyNode> descs = node.getAllExternalDescendants();
 289         final Set<Taxonomy> tax_set = new HashSet<Taxonomy>();
 290         for( final PhylogenyNode n : descs ) {
 291             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !n.getNodeData().getTaxonomy().isEmpty() ) {
 292                 tax_set.add( n.getNodeData().getTaxonomy() );
 293             }
 294         }
 295         return tax_set;
 296     }
 297
 298     public final static void printWarningMessage( final String name, final String message ) {
 299         System.out.println( "[" + name + "] > " + message );
 300     }
 301
 302     final public static Phylogeny[] readPhylogeniesFromUrl( final URL url,
 303                                                             final boolean phyloxml_validate_against_xsd,
 304                                                             final boolean replace_underscores,
 305                                                             final boolean internal_numbers_are_confidences,
 306                                                             final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction,
 307                                                             final boolean midpoint_reroot )
 308                                                                     throws FileNotFoundException, IOException {
 309         final PhylogenyParser parser;
 310         boolean nhx_or_nexus = false;
 311         if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 312             parser = new TolParser();
 313         }
 314         else {
 315             parser = ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents( url, phyloxml_validate_against_xsd );
 316             if ( parser instanceof NHXParser ) {
 317                 nhx_or_nexus = true;
 318                 final NHXParser nhx = ( NHXParser ) parser;
 319                 nhx.setReplaceUnderscores( replace_underscores );
 320                 nhx.setIgnoreQuotes( false );
 321                 nhx.setTaxonomyExtraction( taxonomy_extraction );
 322             }
 323             else if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 324                 nhx_or_nexus = true;
 325                 final NexusPhylogeniesParser nex = ( NexusPhylogeniesParser ) parser;
 326                 nex.setReplaceUnderscores( replace_underscores );
 327                 nex.setIgnoreQuotes( false );
 328             }
 329         }
 330         AptxUtil.printAppletMessage( "Archaeopteryx", "parser is " + parser.getName() );
 331         Phylogeny[] phys = null;
 332         try {
 333             phys = ForesterUtil.readPhylogeniesFromUrl( url, parser );
 334         }
 335         catch ( final KeyManagementException e ) {
 336             throw new IOException( e.getMessage() );
 337         }
 338         catch ( final NoSuchAlgorithmException e ) {
 339             throw new IOException( e.getMessage() );
 340         }
 341         if ( phys != null ) {
 342             if ( nhx_or_nexus && internal_numbers_are_confidences ) {
 343                 for( final Phylogeny phy : phys ) {
 344                     PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 345                 }
 346             }
 347             if ( midpoint_reroot ) {
 348                 for( final Phylogeny phy : phys ) {
 349                     PhylogenyMethods.midpointRoot( phy );
 350                     PhylogenyMethods.orderAppearance( phy.getRoot(), true, true, DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME );
 351                 }
 352             }
 353         }
 354         return phys;
 355     }
 356
 357     final public static void showErrorMessage( final Component parent, final String error_msg ) {
 358         printAppletMessage( AptxConstants.PRG_NAME, error_msg );
 359         JOptionPane.showMessageDialog( parent, error_msg, "[" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION
 360                                        + "] Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 361     }
 362
 363     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final File intree,
 364                                                      final File outfile,
 365                                                      final int width,
 366                                                      final int height,
 367                                                      final GraphicsExportType type,
 368                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 369         final PhylogenyParser parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intree, true );
 370         Phylogeny[] phys = null;
 371         phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, intree );
 372         writePhylogenyToGraphicsFile( phys[ 0 ], outfile, width, height, type, config );
 373     }
 374
 375     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final Phylogeny phy,
 376                                                      final File outfile,
 377                                                      final int width,
 378                                                      final int height,
 379                                                      final GraphicsExportType type,
 380                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 381         final Phylogeny[] phys = new Phylogeny[ 1 ];
 382         phys[ 0 ] = phy;
 383         final MainFrameApplication mf = MainFrameApplication.createInstance( phys, config );
 384         AptxUtil.writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( outfile, width, height, mf.getMainPanel()
 385                                                              .getCurrentTreePanel(), mf.getMainPanel().getControlPanel(), type, mf.getOptions() );
 386         mf.end();
 387     }
 388
 389     public final static void writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( final File outfile,
 390                                                                          final int width,
 391                                                                          final int height,
 392                                                                          final TreePanel tree_panel,
 393                                                                          final ControlPanel ac,
 394                                                                          final GraphicsExportType type,
 395                                                                          final Options options ) throws IOException {
 396         tree_panel.calcParametersForPainting( width, height );
 397         tree_panel.resetPreferredSize();
 398         tree_panel.repaint();
 399         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 400                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 401         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 402         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 403             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 404             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 405         }
 406         else {
 407             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 408             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 409         }
 410         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 411         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 412             return;
 413         }
 414         if ( outfile.isDirectory() ) {
 415             throw new IOException( "\"" + outfile + "\" is a directory" );
 416         }
 417         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 418         final Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 419         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 420         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, 0, 0 );
 421         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
 422             writeToTiff( outfile, buffered_img );
 423         }
 424         else {
 425             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), outfile );
 426         }
 427         g2d.dispose();
 428     }
 429
 430     final private static char normalizeCharForRGB( char c ) {
 431         c -= 65;
 432         c *= 10.2;
 433         c = c > 255 ? 255 : c;
 434         c = c < 0 ? 0 : c;
 435         return c;
 436     }
 437
 438     final private static void openUrlInWebBrowser( final String url ) throws IOException, ClassNotFoundException,
 439     SecurityException, NoSuchMethodException, IllegalArgumentException, IllegalAccessException,
 440     InvocationTargetException, InterruptedException {
 441         final String os = System.getProperty( "os.name" );
 442         final Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
 443         if ( os.toLowerCase().startsWith( "win" ) ) {
 444             Runtime.getRuntime().exec( "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler " + url );
 445         }
 446         else if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 447             final Class<?> file_mgr = Class.forName( "com.apple.eio.FileManager" );
 448             final Method open_url = file_mgr.getDeclaredMethod( "openURL", new Class[] { String.class } );
 449             open_url.invoke( null, new Object[] { url } );
 450         }
 451         else {
 452             final String[] browsers = { "firefox", "opera", "konqueror", "mozilla", "netscape", "epiphany" };
 453             String browser = null;
 454             for( int i = 0; ( i < browsers.length ) && ( browser == null ); ++i ) {
 455                 if ( runtime.exec( new String[] { "which", browsers[ i ] } ).waitFor() == 0 ) {
 456                     browser = browsers[ i ];
 457                 }
 458             }
 459             if ( browser == null ) {
 460                 throw new IOException( "could not find a web browser to open [" + url + "] in" );
 461             }
 462             else {
 463                 runtime.exec( new String[] { browser, url } );
 464             }
 465         }
 466     }
 467
 468     final static void addPhylogeniesToTabs( final Phylogeny[] phys,
 469                                             final String default_name,
 470                                             final String full_path,
 471                                             final Configuration configuration,
 472                                             final MainPanel main_panel ) {
 473         if ( phys.length > AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 474             JOptionPane.showMessageDialog( main_panel, "Attempt to load " + phys.length
 475                                            + " phylogenies,\ngoing to load only the first " + AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD, AptxConstants.PRG_NAME
 476                                            + " more than " + AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD + " phylogenies", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 477         }
 478         int i = 1;
 479         for( final Phylogeny phy : phys ) {
 480             if ( !phy.isEmpty() ) {
 481                 if ( i <= AptxConstants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 482                     String my_name = "";
 483                     String my_name_for_file = "";
 484                     if ( phys.length > 1 ) {
 485                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 486                             my_name = new String( default_name );
 487                         }
 488                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 489                             my_name_for_file = new String( full_path );
 490                         }
 491                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 492                             my_name_for_file = new String( default_name );
 493                         }
 494                         String suffix = "";
 495                         if ( my_name_for_file.indexOf( '.' ) > 0 ) {
 496                             suffix = my_name_for_file.substring( my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ),
 497                                                                  my_name_for_file.length() );
 498                             my_name_for_file = my_name_for_file.substring( 0, my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ) );
 499                         }
 500                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 501                             my_name_for_file += "_";
 502                         }
 503                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 504                             my_name_for_file += phy.getName().replaceAll( " ", "_" );
 505                         }
 506                         else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 507                             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 508                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 509                                 sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 510                                 sb.append( "_" );
 511                             }
 512                             sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 513                             my_name_for_file += sb;
 514                         }
 515                         else {
 516                             my_name_for_file += i;
 517                         }
 518                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name ) && ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() )
 519                                 && ( phy.getIdentifier() == null ) ) {
 520                             my_name = my_name + " [" + i + "]";
 521                         }
 522                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( suffix ) ) {
 523                             my_name_for_file += suffix;
 524                         }
 525                     }
 526                     else {
 527                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 528                             my_name = new String( default_name );
 529                         }
 530                         my_name_for_file = "";
 531                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 532                             my_name_for_file = new String( full_path );
 533                         }
 534                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 535                             my_name_for_file = new String( default_name );
 536                         }
 537                         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 538                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 539                                 my_name_for_file = new String( phy.getName() ).replaceAll( " ", "_" );
 540                             }
 541                             else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 542                                 final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 543                                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 544                                     sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 545                                     sb.append( "_" );
 546                                 }
 547                                 sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 548                                 my_name_for_file = new String( sb.toString().replaceAll( " ", "_" ) );
 549                             }
 550                         }
 551                     }
 552                     main_panel.addPhylogenyInNewTab( phy, configuration, my_name, full_path );
 553                     main_panel.getCurrentTreePanel().setTreeFile( new File( my_name_for_file ) );
 554                     lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 555                     ++i;
 556                 }
 557             }
 558         }
 559     }
 560
 561     final static void addPhylogenyToPanel( final Phylogeny[] phys,
 562                                            final Configuration configuration,
 563                                            final MainPanel main_panel ) {
 564         final Phylogeny phy = phys[ 0 ];
 565         main_panel.addPhylogenyInPanel( phy, configuration );
 566         lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 567     }
 568
 569     // Returns true if the specified format name can be written
 570     final static boolean canWriteFormat( final String format_name ) {
 571         final Iterator<ImageWriter> iter = ImageIO.getImageWritersByFormatName( format_name );
 572         return iter.hasNext();
 573     }
 574
 575     final static String createBasicInformation( final Phylogeny phy, final File treefile ) {
 576         final StringBuilder desc = new StringBuilder();
 577         if ( ( phy != null ) && !phy.isEmpty() ) {
 578             String f = null;
 579             if ( treefile != null ) {
 580                 try {
 581                     f = treefile.getCanonicalPath();
 582                 }
 583                 catch ( final IOException e ) {
 584                     //Not important, ignore.
 585                 }
 586                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( f ) ) {
 587                     desc.append( "Path: " );
 588                     desc.append( f );
 589                     desc.append( "\n" );
 590                 }
 591             }
 592             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 593                 desc.append( "Name: " );
 594                 desc.append( phy.getName() );
 595                 desc.append( "\n" );
 596             }
 597             if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 598                 desc.append( "Id: " );
 599                 desc.append( phy.getIdentifier().toString() );
 600                 desc.append( "\n" );
 601             }
 602             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getDescription() ) ) {
 603                 desc.append( "Description: " );
 604                 desc.append( phy.getDescription() );
 605                 desc.append( "\n" );
 606             }
 607             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getDistanceUnit() ) ) {
 608                 desc.append( "Distance Unit: " );
 609                 desc.append( phy.getDistanceUnit() );
 610                 desc.append( "\n" );
 611             }
 612             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getType() ) ) {
 613                 desc.append( "Type: " );
 614                 desc.append( phy.getType() );
 615                 desc.append( "\n" );
 616             }
 617             desc.append( "Rooted: " );
 618             desc.append( phy.isRooted() );
 619             desc.append( "\n" );
 620             desc.append( "Rerootable: " );
 621             desc.append( phy.isRerootable() );
 622             desc.append( "\n" );
 623             desc.append( "Nodes: " );
 624             desc.append( phy.getNodeCount() );
 625             desc.append( "\n" );
 626             desc.append( "External nodes: " );
 627             desc.append( phy.getNumberOfExternalNodes() );
 628             desc.append( "\n" );
 629             desc.append( "Internal nodes: " );
 630             desc.append( phy.getNodeCount() - phy.getNumberOfExternalNodes() );
 631             desc.append( "\n" );
 632             desc.append( "Internal nodes with polytomies: " );
 633             desc.append( PhylogenyMethods.countNumberOfPolytomies( phy ) );
 634             desc.append( "\n" );
 635             desc.append( "Branches: " );
 636             desc.append( phy.getNumberOfBranches() );
 637             desc.append( "\n" );
 638             desc.append( "Depth: " );
 639             desc.append( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( phy ) );
 640             desc.append( "\n" );
 641             desc.append( "Maximum distance to root: " );
 642             desc.append( ForesterUtil.round( PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( phy ), 6 ) );
 643             desc.append( "\n" );
 644             final Set<Taxonomy> taxs = obtainAllDistinctTaxonomies( phy.getRoot() );
 645             if ( taxs != null ) {
 646                 desc.append( "Distinct external taxonomies: " );
 647                 desc.append( taxs.size() );
 648             }
 649             for( final Taxonomy t : taxs ) {
 650                 System.out.println( t.toString() );
 651             }
 652             desc.append( "\n" );
 653             final DescriptiveStatistics bs = PhylogenyMethods.calculateBranchLengthStatistics( phy );
 654             if ( bs.getN() > 3 ) {
 655                 desc.append( "\n" );
 656                 desc.append( "Branch-length statistics: " );
 657                 desc.append( "\n" );
 658                 desc.append( "    Number of branches with non-negative branch-lengths: " + bs.getN() );
 659                 desc.append( "\n" );
 660                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( bs.median(), 6 ) );
 661                 desc.append( "\n" );
 662                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( bs.arithmeticMean(), 6 ) + " (stdev: "
 663                         + ForesterUtil.round( bs.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 664                 desc.append( "\n" );
 665                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( bs.getMin(), 6 ) );
 666                 desc.append( "\n" );
 667                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( bs.getMax(), 6 ) );
 668                 desc.append( "\n" );
 669                 if ( Math.abs( bs.getMax() - bs.getMin() ) > 0.0001 ) {
 670                     desc.append( "\n" );
 671                     final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( bs );
 672                     desc.append( histo.toStringBuffer( 12, '#', 40, 7, "    " ) );
 673                 }
 674             }
 675             final DescriptiveStatistics ds = PhylogenyMethods.calculateNumberOfDescendantsPerNodeStatistics( phy );
 676             if ( ds.getN() > 2 ) {
 677                 desc.append( "\n" );
 678                 desc.append( "Descendants per node statistics: " );
 679                 desc.append( "\n" );
 680                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( ds.median(), 6 ) );
 681                 desc.append( "\n" );
 682                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( ds.arithmeticMean(), 6 ) + " (stdev: "
 683                         + ForesterUtil.round( ds.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 684                 desc.append( "\n" );
 685                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMin() ) );
 686                 desc.append( "\n" );
 687                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMax() ) );
 688                 desc.append( "\n" );
 689             }
 690             List<DescriptiveStatistics> css = null;
 691             try {
 692                 css = PhylogenyMethods.calculateConfidenceStatistics( phy );
 693             }
 694             catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 695                 ForesterUtil.printWarningMessage( AptxConstants.PRG_NAME, e.getMessage() );
 696             }
 697             if ( ( css != null ) && ( css.size() > 0 ) ) {
 698                 desc.append( "\n" );
 699                 for( int i = 0; i < css.size(); ++i ) {
 700                     final DescriptiveStatistics cs = css.get( i );
 701                     if ( ( cs != null ) && ( cs.getN() > 1 ) ) {
 702                         if ( css.size() > 1 ) {
 703                             desc.append( "Support statistics " + ( i + 1 ) + ": " );
 704                         }
 705                         else {
 706                             desc.append( "Support statistics: " );
 707                         }
 708                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( cs.getDescription() ) ) {
 709                             desc.append( "\n" );
 710                             desc.append( "    Type: " + cs.getDescription() );
 711                         }
 712                         desc.append( "\n" );
 713                         desc.append( "    Branches with support: " + cs.getN() );
 714                         desc.append( "\n" );
 715                         desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( cs.median(), 6 ) );
 716                         desc.append( "\n" );
 717                         desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( cs.arithmeticMean(), 6 ) );
 718                         if ( cs.getN() > 2 ) {
 719                             desc.append( " (stdev: " + ForesterUtil.round( cs.sampleStandardDeviation(), 6 ) + ")" );
 720                         }
 721                         desc.append( "\n" );
 722                         desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( cs.getMin(), 6 ) );
 723                         desc.append( "\n" );
 724                         desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( cs.getMax(), 6 ) );
 725                         desc.append( "\n" );
 726                     }
 727                 }
 728             }
 729         }
 730         return desc.toString();
 731     }
 732
 733     /**
 734      * Exits with -1.
 735      *
 736      *
 737      * @param message
 738      *            to message to be printed
 739      */
 740     final static void dieWithSystemError( final String message ) {
 741         System.out.println();
 742         System.out.println( AptxConstants.PRG_NAME + " encountered the following system error: " + message );
 743         System.out.println( "Please contact the authors." );
 744         System.out.println( AptxConstants.PRG_NAME + " needs to close." );
 745         System.out.println();
 746         System.exit( -1 );
 747     }
 748
 749     final static String[] getAllPossibleRanks() {
 750         final String[] str_array = new String[ TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 751         int i = 0;
 752         for( final String e : TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 753             if ( !e.equals( TaxonomyUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( TaxonomyUtil.OTHER ) ) {
 754                 str_array[ i++ ] = e;
 755             }
 756         }
 757         return str_array;
 758     }
 759
 760     final static String[] getAllPossibleRanks(final Map<String, Integer> present_ranks) {
 761         final String[] str_array = new String[ TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 762         int i = 0;
 763         for( final String e : TaxonomyUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 764             if ( !e.equals( TaxonomyUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( TaxonomyUtil.OTHER ) ) {
 765                 if ( present_ranks != null && present_ranks.containsKey( e ) ) {
 766                     str_array[ i++ ] = e + " (" +  present_ranks.get(e) + ")";
 767                 }
 768                 else {
 769                     str_array[ i++ ] = e;
 770                 }
 771             }
 772         }
 773         return str_array;
 774     }
 775
 776     final static String[] getAllRanks( final Phylogeny tree ) {
 777         final SortedSet<String> ranks = new TreeSet<String>();
 778         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 779             final PhylogenyNode n = it.next();
 780             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) ) {
 781                 ranks.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() );
 782             }
 783         }
 784         return ForesterUtil.stringSetToArray( ranks );
 785     }
 786
 787     final static String[] getAvailableFontFamiliesSorted() {
 788         return AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED;
 789     }
 790
 791     final static boolean isUsOrCanada() {
 792         try {
 793             if ( ( Locale.getDefault().equals( Locale.CANADA ) ) || ( Locale.getDefault().equals( Locale.US ) ) ) {
 794                 return true;
 795             }
 796         }
 797         catch ( final Exception e ) {
 798             return false;
 799         }
 800         return false;
 801     }
 802     final static void lookAtRealBranchLengthsForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 803                                                                      final ControlPanel cp ) {
 804         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 805             final boolean has_bl = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t );
 806
 807             if ( !has_bl ) {
 808                 cp.setDrawPhylogram( false );
 809                 cp.setDrawPhylogramEnabled( false );
 810             }
 811             else {
 812                 final boolean has_all_bl = AptxUtil.isHasNoBranchLengthSmallerThanZero( t );
 813                 cp.setDrawPhylogram(  has_all_bl );
 814                 if ( cp.getDisplayAsPhylogramCb() != null ) {
 815                     cp.setDrawPhylogramEnabled( true );
 816                 }
 817             }
 818         }
 819     }
 820     final static void lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 821                                                                       final ControlPanel atv_control,
 822                                                                       final Configuration configuration ) {
 823         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 824             final boolean has_bl = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t );
 825             if ( !has_bl ) {
 826                 atv_control.setDrawPhylogram( false );
 827                 atv_control.setDrawPhylogramEnabled( false );
 828             }
 829             if ( t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchColor() != null
 830                     && atv_control.getUseVisualStylesCb() != null ) {
 831                 atv_control.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
 832             }
 833             if ( t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchWidth() != null
 834                     && t.getFirstExternalNode().getBranchData().getBranchWidth().getValue()
 835                     != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE
 836                     && atv_control.getUseBranchWidthsCb() != null ) {
 837                 atv_control.getUseBranchWidthsCb().setSelected( true );
 838             }
 839
 840
 841             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.display_as_phylogram ) ) {
 842                 if ( atv_control.getDisplayAsPhylogramCb() != null ) {
 843                     if ( has_bl ) {
 844                         final boolean has_all_bl = AptxUtil.isHasNoBranchLengthSmallerThanZero( t );
 845
 846                         atv_control.setDrawPhylogram( has_all_bl );
 847                         atv_control.setDrawPhylogramEnabled( true );
 848                     }
 849                     else {
 850                         atv_control.setDrawPhylogram( false );
 851                     }
 852                 }
 853             }
 854             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_confidence_values ) ) {
 855                 if ( atv_control.getWriteConfidenceCb() != null ) {
 856                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( t ) ) {
 857                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, true );
 858                     }
 859                     else {
 860                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, false );
 861                     }
 862                 }
 863             }
 864             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_events ) ) {
 865                 if ( atv_control.getShowEventsCb() != null ) {
 866                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastNodeWithEvent( t ) ) {
 867                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, true );
 868                     }
 869                     else {
 870                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, false );
 871                     }
 872                 }
 873             }
 874         }
 875     }
 876
 877     final static void openWebsite( final String url, final boolean is_applet, final JApplet applet ) throws IOException {
 878         try {
 879             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( url ), is_applet, applet, AptxConstants.PRG_NAME );
 880         }
 881         catch ( final Exception e ) {
 882             throw new IOException( e );
 883         }
 884     }
 885
 886     final static void outOfMemoryError( final OutOfMemoryError e ) {
 887         System.err.println();
 888         System.err.println( "Java memory allocation might be too small, try \"-Xmx2048m\" java command line option" );
 889         System.err.println();
 890         e.printStackTrace();
 891         System.err.println();
 892         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 893                                        "Java memory allocation might be too small, try \"-Xmx2048m\" java command line option"
 894                                                + "\n\nError: " + e.getLocalizedMessage(),
 895                                                "Out of Memory Error [" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION + "]",
 896                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 897         System.exit( -1 );
 898     }
 899
 900     final static void printAppletMessage( final String applet_name, final String message ) {
 901         System.out.println( "[" + applet_name + "] > " + message );
 902     }
 903
 904     final static void removeBranchColors( final Phylogeny phy ) {
 905         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 906             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 907         }
 908     }
 909
 910     final static void removeVisualStyles( final Phylogeny phy ) {
 911         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 912             it.next().getNodeData().setNodeVisualData( null );
 913         }
 914     }
 915
 916     final static void unexpectedError( final Error e ) {
 917         System.err.println();
 918         e.printStackTrace( System.err );
 919         System.err.println();
 920         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 921         for( final StackTraceElement s : e.getStackTrace() ) {
 922             sb.append( s + "\n" );
 923         }
 924         JOptionPane
 925         .showMessageDialog( null,
 926                             "An unexpected (possibly severe) error has occured - terminating. \nPlease contact: "
 927                                     + AptxConstants.AUTHOR_EMAIL + " \nError: " + e.getLocalizedMessage() + "\n"
 928                                     + sb,
 929                                     "Unexpected Severe Error [" + AptxConstants.PRG_NAME + " " + AptxConstants.VERSION + "]",
 930                                     JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 931         System.exit( -1 );
 932     }
 933
 934     final static void unexpectedException( final Exception e ) {
 935         System.err.println();
 936         e.printStackTrace( System.err );
 937         System.err.println();
 938         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 939         for( final StackTraceElement s : e.getStackTrace() ) {
 940             sb.append( s + "\n" );
 941         }
 942         JOptionPane.showMessageDialog( null,
 943                                        "An unexpected exception has occured. \nPlease contact: "
 944                                                + AptxConstants.AUTHOR_EMAIL + " \nException: " + e.getLocalizedMessage()
 945                                                + "\n" + sb,
 946                                                "Unexpected Exception [" + AptxConstants.PRG_NAME + AptxConstants.VERSION + "]",
 947                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 948     }
 949
 950     final static String writePhylogenyToGraphicsByteArrayOutputStream( final ByteArrayOutputStream baos,
 951                                                                        int width,
 952                                                                        int height,
 953                                                                        final TreePanel tree_panel,
 954                                                                        final ControlPanel ac,
 955                                                                        final GraphicsExportType type,
 956                                                                        final Options options ) throws IOException {
 957
 958         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 959                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 960         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 961         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 962             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 963             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 964         }
 965         else {
 966             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 967             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 968         }
 969         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 970         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 971             return "";
 972         }
 973         Rectangle visible = null;
 974 //        if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 975 //            width = options.getPrintSizeX();
 976 //            height = options.getPrintSizeY();
 977 //        }
 978        /* else*/ if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 979             visible = tree_panel.getVisibleRect();
 980             width = visible.width;
 981             height = visible.height;
 982         }
 983         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 984         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 985         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 986         int x = 0;
 987         int y = 0;
 988         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 989             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
 990             g2d.setClip( null );
 991             x = visible.x;
 992             y = visible.y;
 993         }
 994         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
 995         ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), baos );
 996         g2d.dispose();
 997         System.gc();
 998         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 999             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1000         }
1001         String msg = baos.toString();
1002         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1003             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1004         }
1005         return msg;
1006     }
1007
1008     final static String writePhylogenyToGraphicsFile( final String file_name,
1009                                                       int width,
1010                                                       int height,
1011                                                       final TreePanel tree_panel,
1012                                                       final ControlPanel ac,
1013                                                       final GraphicsExportType type,
1014                                                       final Options options ) throws IOException {
1015
1016         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
1017                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1018         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
1019         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
1020             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1021             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1022         }
1023         else {
1024             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1025             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1026         }
1027         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
1028         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
1029             return "";
1030         }
1031         final File file = new File( file_name );
1032         if ( file.isDirectory() ) {
1033             throw new IOException( "\"" + file_name + "\" is a directory" );
1034         }
1035         Rectangle visible = null;
1036 //        if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1037 //            width = options.getPrintSizeX();
1038 //            height = options.getPrintSizeY();
1039 //        }
1040         /*else*/ if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1041             visible = tree_panel.getVisibleRect();
1042             width = visible.width;
1043             height = visible.height;
1044         }
1045         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1046         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1047         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1048         int x = 0;
1049         int y = 0;
1050         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1051             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
1052             g2d.setClip( null );
1053             x = visible.x;
1054             y = visible.y;
1055         }
1056         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1057         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
1058             writeToTiff( file, buffered_img );
1059         }
1060         else {
1061             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), file );
1062         }
1063         g2d.dispose();
1064         System.gc();
1065         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1066             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1067         }
1068         String msg = file.toString();
1069         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1070             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1071         }
1072         return msg;
1073     }
1074
1075     final static void writeToTiff( final File file, final BufferedImage image ) throws IOException {
1076         // See: http://log.robmeek.com/2005/08/write-tiff-in-java.html
1077         ImageWriter writer = null;
1078         ImageOutputStream ios = null;
1079         // Find an appropriate writer:
1080         final Iterator<ImageWriter> it = ImageIO.getImageWritersByFormatName( "TIF" );
1081         if ( it.hasNext() ) {
1082             writer = it.next();
1083         }
1084         else {
1085             throw new IOException( "failed to get TIFF image writer" );
1086         }
1087         // Setup writer:
1088         ios = ImageIO.createImageOutputStream( file );
1089         writer.setOutput( ios );
1090         final ImageWriteParam image_write_param = new ImageWriteParam( Locale.getDefault() );
1091         image_write_param.setCompressionMode( ImageWriteParam.MODE_EXPLICIT );
1092         // see writeParam.getCompressionTypes() for available compression type
1093         // strings.
1094         image_write_param.setCompressionType( "PackBits" );
1095         final String t[] = image_write_param.getCompressionTypes();
1096         for( final String string : t ) {
1097             System.out.println( string );
1098         }
1099         // Convert to an IIOImage:
1100         final IIOImage iio_image = new IIOImage( image, null, null );
1101         writer.write( null, iio_image, image_write_param );
1102     }
1103
1104     final static Map<String, Integer> getRankCounts(final Phylogeny tree) {
1105         final Map<String, Integer> present_ranks = new HashMap<String, Integer>();
1106
1107         if ( ( tree != null ) && !tree.isEmpty() ) {
1108             for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
1109                 final PhylogenyNode n = it.next();
1110                 if ( !n.isExternal() && n.getNodeData().isHasTaxonomy()
1111                         && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) && !n.isRoot() ) {
1112                     final String rank = n.getNodeData().getTaxonomy().getRank().toLowerCase();
1113                     if (present_ranks.containsKey( rank ) ) {
1114                         present_ranks.put( rank, present_ranks.get( rank ) + 1 );
1115                     }
1116                     else {
1117                         present_ranks.put( rank, 1 );
1118                     }
1119                 }
1120             }
1121         }
1122         return present_ranks;
1123     }
1124 }