forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/AptxUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Component;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.RenderingHints;
  34 import java.awt.image.BufferedImage;
  35 import java.io.ByteArrayOutputStream;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileNotFoundException;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  40 import java.lang.reflect.Method;
  41 import java.net.URI;
  42 import java.net.URL;
  43 import java.text.ParseException;
  44 import java.util.Arrays;
  45 import java.util.HashMap;
  46 import java.util.Iterator;
  47 import java.util.List;
  48 import java.util.Locale;
  49 import java.util.Map;
  50 import java.util.Set;
  51 import java.util.SortedSet;
  52 import java.util.TreeSet;
  53 import java.util.regex.Matcher;
  54 import java.util.regex.Pattern;
  55
  56 import javax.imageio.IIOImage;
  57 import javax.imageio.ImageIO;
  58 import javax.imageio.ImageWriteParam;
  59 import javax.imageio.ImageWriter;
  60 import javax.imageio.stream.ImageOutputStream;
  61 import javax.swing.JApplet;
  62 import javax.swing.JOptionPane;
  63 import javax.swing.text.MaskFormatter;
  64
  65 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInference;
  66 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  67 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
  68 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  69 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  70 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  78 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
  82 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  83 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  84 import org.forester.util.ForesterUtil;
  85 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
  86
  87 public final class AptxUtil {
  88
  89     private final static Pattern  seq_identifier_pattern_1       = Pattern
  90                                                                          .compile( "^([A-Za-z]{2,5})[|=:]([0-9A-Za-z_\\.]{5,40})\\s*$" );
  91     private final static Pattern  seq_identifier_pattern_2       = Pattern
  92                                                                          .compile( "^([A-Za-z]{2,5})[|=:]([0-9A-Za-z_\\.]{5,40})[|,; ].*$" );
  93     private final static String[] AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED = GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()
  94                                                                          .getAvailableFontFamilyNames();
  95     static {
  96         Arrays.sort( AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED );
  97     }
  98
  99     public final static Accession obtainSequenceAccessionFromName( final String sequence_name ) {
 100         final String n = sequence_name.trim();
 101         final Matcher matcher1 = seq_identifier_pattern_1.matcher( n );
 102         String group1 = "";
 103         String group2 = "";
 104         if ( matcher1.matches() ) {
 105             group1 = matcher1.group( 1 );
 106             group2 = matcher1.group( 2 );
 107         }
 108         else {
 109             final Matcher matcher2 = seq_identifier_pattern_2.matcher( n );
 110             if ( matcher2.matches() ) {
 111                 group1 = matcher2.group( 1 );
 112                 group2 = matcher2.group( 2 );
 113             }
 114         }
 115         if ( ForesterUtil.isEmpty( group1 ) || ForesterUtil.isEmpty( group2 ) ) {
 116             return null;
 117         }
 118         return new Accession( group2, group1 );
 119     }
 120
 121     public static void ensurePresenceOfTaxonomy( final PhylogenyNode node ) {
 122         if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 123             node.getNodeData().setTaxonomy( new Taxonomy() );
 124         }
 125     }
 126
 127     public static void ensurePresenceOfSequence( final PhylogenyNode node ) {
 128         if ( !node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 129             node.getNodeData().setSequence( new Sequence() );
 130         }
 131     }
 132
 133     final public static void ensurePresenceOfDistribution( final PhylogenyNode node ) {
 134         if ( !node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
 135             node.getNodeData().setDistribution( new Distribution( "" ) );
 136         }
 137     }
 138
 139     final public static void ensurePresenceOfDate( final PhylogenyNode node ) {
 140         if ( !node.getNodeData().isHasDate() ) {
 141             node.getNodeData().setDate( new org.forester.phylogeny.data.Date() );
 142         }
 143     }
 144
 145     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( final Phylogeny phy ) {
 146         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 147         while ( it.hasNext() ) {
 148             if ( it.next().getBranchData().isHasConfidences() ) {
 149                 return true;
 150             }
 151         }
 152         return false;
 153     }
 154
 155     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final File intree,
 156                                                      final File outfile,
 157                                                      final int width,
 158                                                      final int height,
 159                                                      final GraphicsExportType type,
 160                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 161         final PhylogenyParser parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intree, true );
 162         Phylogeny[] phys = null;
 163         phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, intree );
 164         writePhylogenyToGraphicsFile( phys[ 0 ], outfile, width, height, type, config );
 165     }
 166
 167     public static void writePhylogenyToGraphicsFile( final Phylogeny phy,
 168                                                      final File outfile,
 169                                                      final int width,
 170                                                      final int height,
 171                                                      final GraphicsExportType type,
 172                                                      final Configuration config ) throws IOException {
 173         final Phylogeny[] phys = new Phylogeny[ 1 ];
 174         phys[ 0 ] = phy;
 175         final MainFrameApplication mf = MainFrameApplication.createInstance( phys, config );
 176         AptxUtil.writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( outfile, width, height, mf.getMainPanel()
 177                 .getCurrentTreePanel(), mf.getMainPanel().getControlPanel(), type, mf.getOptions() );
 178         mf.end();
 179     }
 180
 181     /**
 182      * Returns true if at least one branch has a length larger than zero.
 183      *
 184      *
 185      * @param phy
 186      */
 187     final static public boolean isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( final Phylogeny phy ) {
 188         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 189         while ( it.hasNext() ) {
 190             if ( it.next().getDistanceToParent() > 0.0 ) {
 191                 return true;
 192             }
 193         }
 194         return false;
 195     }
 196
 197     final static public boolean isHasAtLeastNodeWithEvent( final Phylogeny phy ) {
 198         final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder();
 199         while ( it.hasNext() ) {
 200             if ( it.next().getNodeData().isHasEvent() ) {
 201                 return true;
 202             }
 203         }
 204         return false;
 205     }
 206
 207     public static MaskFormatter createMaskFormatter( final String s ) {
 208         MaskFormatter formatter = null;
 209         try {
 210             formatter = new MaskFormatter( s );
 211         }
 212         catch ( final ParseException e ) {
 213             throw new IllegalArgumentException( e );
 214         }
 215         return formatter;
 216     }
 217
 218     final static void addPhylogeniesToTabs( final Phylogeny[] phys,
 219                                             final String default_name,
 220                                             final String full_path,
 221                                             final Configuration configuration,
 222                                             final MainPanel main_panel ) {
 223         if ( phys.length > Constants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 224             JOptionPane.showMessageDialog( main_panel, "Attempt to load " + phys.length
 225                     + " phylogenies,\ngoing to load only the first " + Constants.MAX_TREES_TO_LOAD, Constants.PRG_NAME
 226                     + " more than " + Constants.MAX_TREES_TO_LOAD + " phylogenies", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 227         }
 228         int i = 1;
 229         for( final Phylogeny phy : phys ) {
 230             if ( !phy.isEmpty() ) {
 231                 if ( i <= Constants.MAX_TREES_TO_LOAD ) {
 232                     String my_name = "";
 233                     String my_name_for_file = "";
 234                     if ( phys.length > 1 ) {
 235                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 236                             my_name = new String( default_name );
 237                         }
 238                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 239                             my_name_for_file = new String( full_path );
 240                         }
 241                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 242                             my_name_for_file = new String( default_name );
 243                         }
 244                         String suffix = "";
 245                         if ( my_name_for_file.indexOf( '.' ) > 0 ) {
 246                             suffix = my_name_for_file.substring( my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ),
 247                                                                  my_name_for_file.length() );
 248                             my_name_for_file = my_name_for_file.substring( 0, my_name_for_file.lastIndexOf( '.' ) );
 249                         }
 250                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 251                             my_name_for_file += "_";
 252                         }
 253                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 254                             my_name_for_file += phy.getName().replaceAll( " ", "_" );
 255                         }
 256                         else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 257                             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 258                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 259                                 sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 260                                 sb.append( "_" );
 261                             }
 262                             sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 263                             my_name_for_file += sb;
 264                         }
 265                         else {
 266                             my_name_for_file += i;
 267                         }
 268                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( my_name ) && ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() )
 269                                 && ( phy.getIdentifier() == null ) ) {
 270                             my_name = my_name + " [" + i + "]";
 271                         }
 272                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( suffix ) ) {
 273                             my_name_for_file += suffix;
 274                         }
 275                     }
 276                     else {
 277                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 278                             my_name = new String( default_name );
 279                         }
 280                         my_name_for_file = "";
 281                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( full_path ) ) {
 282                             my_name_for_file = new String( full_path );
 283                         }
 284                         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 285                             my_name_for_file = new String( default_name );
 286                         }
 287                         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_name_for_file ) ) {
 288                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 289                                 my_name_for_file = new String( phy.getName() ).replaceAll( " ", "_" );
 290                             }
 291                             else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 292                                 final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 293                                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getIdentifier().getProvider() ) ) {
 294                                     sb.append( phy.getIdentifier().getProvider() );
 295                                     sb.append( "_" );
 296                                 }
 297                                 sb.append( phy.getIdentifier().getValue() );
 298                                 my_name_for_file = new String( sb.toString().replaceAll( " ", "_" ) );
 299                             }
 300                         }
 301                     }
 302                     main_panel.addPhylogenyInNewTab( phy, configuration, my_name, full_path );
 303                     main_panel.getCurrentTreePanel().setTreeFile( new File( my_name_for_file ) );
 304                     lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 305                     ++i;
 306                 }
 307             }
 308         }
 309     }
 310
 311     final static void addPhylogenyToPanel( final Phylogeny[] phys,
 312                                            final Configuration configuration,
 313                                            final MainPanel main_panel ) {
 314         final Phylogeny phy = phys[ 0 ];
 315         main_panel.addPhylogenyInPanel( phy, configuration );
 316         lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( phy, main_panel.getControlPanel(), configuration );
 317     }
 318
 319     final static Color calculateColorFromString( final String str ) {
 320         final String species_uc = str.toUpperCase();
 321         char first = species_uc.charAt( 0 );
 322         char second = ' ';
 323         char third = ' ';
 324         if ( species_uc.length() > 1 ) {
 325             second = species_uc.charAt( 1 );
 326             if ( species_uc.length() > 2 ) {
 327                 if ( species_uc.indexOf( " " ) > 0 ) {
 328                     third = species_uc.charAt( species_uc.indexOf( " " ) + 1 );
 329                 }
 330                 else {
 331                     third = species_uc.charAt( 2 );
 332                 }
 333             }
 334         }
 335         first = AptxUtil.normalizeCharForRGB( first );
 336         second = AptxUtil.normalizeCharForRGB( second );
 337         third = AptxUtil.normalizeCharForRGB( third );
 338         if ( ( first > 235 ) && ( second > 235 ) && ( third > 235 ) ) {
 339             first = 0;
 340         }
 341         else if ( ( first < 80 ) && ( second < 80 ) && ( third < 80 ) ) {
 342             second = 255;
 343         }
 344         return new Color( first, second, third );
 345     }
 346
 347     // Returns true if the specified format name can be written
 348     final static boolean canWriteFormat( final String format_name ) {
 349         final Iterator<ImageWriter> iter = ImageIO.getImageWritersByFormatName( format_name );
 350         return iter.hasNext();
 351     }
 352
 353     final public static void collapseSpeciesSpecificSubtrees( final Phylogeny phy ) {
 354         boolean inferred = false;
 355         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 356             final PhylogenyNode n = it.next();
 357             if ( !n.isExternal() && !n.isCollapse() && ( n.getNumberOfDescendants() > 1 ) ) {
 358                 final Set<Taxonomy> taxs = PhylogenyMethods.obtainDistinctTaxonomies( n );
 359                 if ( ( taxs != null ) && ( taxs.size() == 1 ) ) {
 360                     AptxUtil.collapseSubtree( n, true );
 361                     if ( !n.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 362                         n.getNodeData().setTaxonomy( ( Taxonomy ) n.getAllExternalDescendants().get( 0 ).getNodeData()
 363                                 .getTaxonomy().copy() );
 364                     }
 365                     inferred = true;
 366                 }
 367                 else {
 368                     n.setCollapse( false );
 369                 }
 370             }
 371         }
 372         if ( inferred ) {
 373             phy.setRerootable( false );
 374         }
 375     }
 376
 377     final static void collapseSubtree( final PhylogenyNode node, final boolean collapse ) {
 378         node.setCollapse( collapse );
 379         if ( node.isExternal() ) {
 380             return;
 381         }
 382         final PhylogenyNodeIterator it = new PreorderTreeIterator( node );
 383         while ( it.hasNext() ) {
 384             it.next().setCollapse( collapse );
 385         }
 386     }
 387
 388     final static void colorPhylogenyAccordingToConfidenceValues( final Phylogeny tree, final TreePanel tree_panel ) {
 389         double max_conf = 0.0;
 390         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 391             final PhylogenyNode n = it.next();
 392             n.getBranchData().setBranchColor( null );
 393             if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 394                 final double conf = PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n );
 395                 if ( conf > max_conf ) {
 396                     max_conf = conf;
 397                 }
 398             }
 399         }
 400         if ( max_conf > 0.0 ) {
 401             final Color bg = tree_panel.getTreeColorSet().getBackgroundColor();
 402             final Color br = tree_panel.getTreeColorSet().getBranchColor();
 403             for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 404                 final PhylogenyNode n = it.next();
 405                 if ( n.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 406                     final double conf = PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n );
 407                     final BranchColor c = new BranchColor( ForesterUtil.calcColor( conf, 0.0, max_conf, bg, br ) );
 408                     colorizeSubtree( n, c );
 409                 }
 410             }
 411         }
 412     }
 413
 414     final static int colorPhylogenyAccordingToRanks( final Phylogeny tree, final String rank, final TreePanel tree_panel ) {
 415         final Map<String, Color> true_lineage_to_color_map = new HashMap<String, Color>();
 416         int colorizations = 0;
 417         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 418             final PhylogenyNode n = it.next();
 419             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
 420                     && ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() )
 421                             || !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) || !ForesterUtil
 422                             .isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) ) {
 423                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() )
 424                         && n.getNodeData().getTaxonomy().getRank().equalsIgnoreCase( rank ) ) {
 425                     final BranchColor c = new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( n.getNodeData()
 426                             .getTaxonomy() ) );
 427                     colorizeSubtree( n, c );
 428                     ++colorizations;
 429                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
 430                         true_lineage_to_color_map.put( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName(), c.getValue() );
 431                     }
 432                 }
 433             }
 434         }
 435         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 436             final PhylogenyNode node = it.next();
 437             if ( ( node.getBranchData().getBranchColor() == null ) && node.getNodeData().isHasTaxonomy()
 438                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getLineage() ) ) {
 439                 boolean success = false;
 440                 if ( !true_lineage_to_color_map.isEmpty() ) {
 441                     for( final String lin : node.getNodeData().getTaxonomy().getLineage() ) {
 442                         if ( true_lineage_to_color_map.containsKey( lin ) ) {
 443                             colorizeSubtree( node, new BranchColor( true_lineage_to_color_map.get( lin ) ) );
 444                             ++colorizations;
 445                             success = true;
 446                             break;
 447                         }
 448                     }
 449                 }
 450                 if ( !success ) {
 451                     final Map<String, String> lineage_to_rank_map = MainPanel.getLineageToRankMap();
 452                     for( final String lin : node.getNodeData().getTaxonomy().getLineage() ) {
 453                         final Taxonomy temp_tax = new Taxonomy();
 454                         temp_tax.setScientificName( lin );
 455                         if ( lineage_to_rank_map.containsKey( lin )
 456                                 && !ForesterUtil.isEmpty( lineage_to_rank_map.get( lin ) )
 457                                 && lineage_to_rank_map.get( lin ).equalsIgnoreCase( rank ) ) {
 458                             final BranchColor c = new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( temp_tax ) );
 459                             colorizeSubtree( node, c );
 460                             ++colorizations;
 461                             true_lineage_to_color_map.put( lin, c.getValue() );
 462                             break;
 463                         }
 464                         else {
 465                             UniProtTaxonomy up = null;
 466                             try {
 467                                 up = AncestralTaxonomyInference.obtainUniProtTaxonomy( temp_tax, null, null );
 468                             }
 469                             catch ( final Exception e ) {
 470                                 e.printStackTrace();
 471                             }
 472                             if ( ( up != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( up.getRank() ) ) {
 473                                 lineage_to_rank_map.put( lin, up.getRank() );
 474                                 if ( up.getRank().equalsIgnoreCase( rank ) ) {
 475                                     final BranchColor c = new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( temp_tax ) );
 476                                     colorizeSubtree( node, c );
 477                                     ++colorizations;
 478                                     true_lineage_to_color_map.put( lin, c.getValue() );
 479                                     break;
 480                                 }
 481                             }
 482                         }
 483                     }
 484                 }
 485             }
 486         }
 487         return colorizations;
 488     }
 489
 490     private static void colorizeSubtree( final PhylogenyNode node, final BranchColor c ) {
 491         node.getBranchData().setBranchColor( c );
 492         final List<PhylogenyNode> descs = PhylogenyMethods.getAllDescendants( node );
 493         for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
 494             desc.getBranchData().setBranchColor( c );
 495         }
 496     }
 497
 498     final static String[] getAllRanks( final Phylogeny tree ) {
 499         final SortedSet<String> ranks = new TreeSet<String>();
 500         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 501             final PhylogenyNode n = it.next();
 502             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() ) ) {
 503                 ranks.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getRank() );
 504             }
 505         }
 506         return ForesterUtil.stringSetToArray( ranks );
 507     }
 508
 509     public static String[] getAllPossibleRanks() {
 510         final String[] str_array = new String[ PhyloXmlUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST.size() - 2 ];
 511         int i = 0;
 512         for( final String e : PhyloXmlUtil.TAXONOMY_RANKS_LIST ) {
 513             if ( !e.equals( PhyloXmlUtil.UNKNOWN ) && !e.equals( PhyloXmlUtil.OTHER ) ) {
 514                 str_array[ i++ ] = e;
 515             }
 516         }
 517         return str_array;
 518     }
 519
 520     final static void colorPhylogenyAccordingToExternalTaxonomy( final Phylogeny tree, final TreePanel tree_panel ) {
 521         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 522             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 523         }
 524         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 525             final PhylogenyNode n = it.next();
 526             if ( !n.getBranchData().isHasBranchColor() ) {
 527                 final Taxonomy tax = PhylogenyMethods.getExternalDescendantsTaxonomy( n );
 528                 if ( tax != null ) {
 529                     n.getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( tax ) ) );
 530                     final List<PhylogenyNode> descs = PhylogenyMethods.getAllDescendants( n );
 531                     for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
 532                         desc.getBranchData()
 533                                 .setBranchColor( new BranchColor( tree_panel.calculateTaxonomyBasedColor( tax ) ) );
 534                     }
 535                 }
 536             }
 537         }
 538     }
 539
 540     final static String createBasicInformation( final Phylogeny phy ) {
 541         final StringBuilder desc = new StringBuilder();
 542         if ( ( phy != null ) && !phy.isEmpty() ) {
 543             if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
 544                 desc.append( "Name: " );
 545                 desc.append( phy.getName() );
 546                 desc.append( "\n" );
 547             }
 548             if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 549                 desc.append( "Id: " );
 550                 desc.append( phy.getIdentifier() );
 551                 desc.append( "\n" );
 552             }
 553             desc.append( "Rooted: " );
 554             desc.append( phy.isRooted() );
 555             desc.append( "\n" );
 556             desc.append( "Rerootable: " );
 557             desc.append( phy.isRerootable() );
 558             desc.append( "\n" );
 559             desc.append( "Node sum: " );
 560             desc.append( phy.getNodeCount() );
 561             desc.append( "\n" );
 562             desc.append( "External node sum: " );
 563             desc.append( phy.getNumberOfExternalNodes() );
 564             desc.append( "\n" );
 565             desc.append( "Internal node sum: " );
 566             desc.append( phy.getNodeCount() - phy.getNumberOfExternalNodes() );
 567             desc.append( "\n" );
 568             desc.append( "Branche sum: " );
 569             desc.append( phy.getNumberOfBranches() );
 570             desc.append( "\n" );
 571             desc.append( "Depth: " );
 572             desc.append( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( phy ) );
 573             desc.append( "\n" );
 574             desc.append( "Maximum distance to root: " );
 575             desc.append( ForesterUtil.round( PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( phy ), 6 ) );
 576             desc.append( "\n" );
 577             final Set<Taxonomy> taxs = PhylogenyMethods.obtainDistinctTaxonomies( phy.getRoot() );
 578             if ( taxs != null ) {
 579                 desc.append( "Distinct external taxonomies: " );
 580                 desc.append( taxs.size() );
 581             }
 582             desc.append( "\n" );
 583             final DescriptiveStatistics bs = PhylogenyMethods.calculatBranchLengthStatistics( phy );
 584             if ( bs.getN() > 2 ) {
 585                 desc.append( "\n" );
 586                 desc.append( "Branch-length statistics: " );
 587                 desc.append( "\n" );
 588                 desc.append( "    Number of branches with non-negative branch-lengths: " + bs.getN() );
 589                 desc.append( "\n" );
 590                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( bs.median(), 6 ) );
 591                 desc.append( "\n" );
 592                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( bs.arithmeticMean(), 6 ) );
 593                 desc.append( "\n" );
 594                 desc.append( "    SD: " + ForesterUtil.round( bs.sampleStandardDeviation(), 6 ) );
 595                 desc.append( "\n" );
 596                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.round( bs.getMin(), 6 ) );
 597                 desc.append( "\n" );
 598                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.round( bs.getMax(), 6 ) );
 599                 desc.append( "\n" );
 600                 desc.append( "\n" );
 601                 final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( bs );
 602                 desc.append( histo.toStringBuffer( 12, '#', 40, 7, "    " ) );
 603             }
 604             final DescriptiveStatistics ds = PhylogenyMethods.calculatNumberOfDescendantsPerNodeStatistics( phy );
 605             if ( ds.getN() > 2 ) {
 606                 desc.append( "\n" );
 607                 desc.append( "Descendants per node statistics: " );
 608                 desc.append( "\n" );
 609                 desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( ds.median(), 2 ) );
 610                 desc.append( "\n" );
 611                 desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( ds.arithmeticMean(), 2 ) );
 612                 desc.append( "\n" );
 613                 desc.append( "    SD: " + ForesterUtil.round( ds.sampleStandardDeviation(), 2 ) );
 614                 desc.append( "\n" );
 615                 desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMin() ) );
 616                 desc.append( "\n" );
 617                 desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( ds.getMax() ) );
 618                 desc.append( "\n" );
 619             }
 620             List<DescriptiveStatistics> css = null;
 621             try {
 622                 css = PhylogenyMethods.calculatConfidenceStatistics( phy );
 623             }
 624             catch ( final IllegalArgumentException e ) {
 625                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, e.getMessage() );
 626             }
 627             if ( ( css != null ) && ( css.size() > 0 ) ) {
 628                 desc.append( "\n" );
 629                 for( int i = 0; i < css.size(); ++i ) {
 630                     final DescriptiveStatistics cs = css.get( i );
 631                     if ( ( cs != null ) && ( cs.getN() > 1 ) ) {
 632                         if ( css.size() > 1 ) {
 633                             desc.append( "Support statistics " + ( i + 1 ) + ": " );
 634                         }
 635                         else {
 636                             desc.append( "Support statistics: " );
 637                         }
 638                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( cs.getDescription() ) ) {
 639                             desc.append( "\n" );
 640                             desc.append( "    Type: " + cs.getDescription() );
 641                         }
 642                         desc.append( "\n" );
 643                         desc.append( "    Branches with support: " + cs.getN() );
 644                         desc.append( "\n" );
 645                         desc.append( "    Median: " + ForesterUtil.round( cs.median(), 6 ) );
 646                         desc.append( "\n" );
 647                         desc.append( "    Mean: " + ForesterUtil.round( cs.arithmeticMean(), 6 ) );
 648                         desc.append( "\n" );
 649                         if ( cs.getN() > 2 ) {
 650                             desc.append( "    SD: " + ForesterUtil.round( cs.sampleStandardDeviation(), 6 ) );
 651                             desc.append( "\n" );
 652                         }
 653                         desc.append( "    Minimum: " + ForesterUtil.roundToInt( cs.getMin() ) );
 654                         desc.append( "\n" );
 655                         desc.append( "    Maximum: " + ForesterUtil.roundToInt( cs.getMax() ) );
 656                         desc.append( "\n" );
 657                     }
 658                 }
 659             }
 660         }
 661         return desc.toString();
 662     }
 663
 664     /**
 665      * Exits with -1.
 666      *
 667      *
 668      * @param message
 669      *            to message to be printed
 670      */
 671     final static void dieWithSystemError( final String message ) {
 672         System.out.println();
 673         System.out.println( Constants.PRG_NAME + " encountered the following system error: " + message );
 674         System.out.println( "Please contact the authors." );
 675         System.out.println( Constants.PRG_NAME + " needs to close." );
 676         System.out.println();
 677         System.exit( -1 );
 678     }
 679
 680     final static String[] getAvailableFontFamiliesSorted() {
 681         return AVAILABLE_FONT_FAMILIES_SORTED;
 682     }
 683
 684     final static void inferCommonPartOfScientificNames( final Phylogeny tree ) {
 685         boolean inferred = false;
 686         for( final PhylogenyNodeIterator it = tree.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 687             final PhylogenyNode n = it.next();
 688             if ( !n.getNodeData().isHasTaxonomy() && !n.isExternal() ) {
 689                 final String sn = PhylogenyMethods.inferCommonPartOfScientificNameOfDescendants( n );
 690                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( sn ) ) {
 691                     n.getNodeData().setTaxonomy( new Taxonomy() );
 692                     n.getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( sn );
 693                     inferred = true;
 694                 }
 695             }
 696         }
 697         if ( inferred ) {
 698             tree.setRerootable( false );
 699         }
 700     }
 701
 702     final static boolean isHasAssignedEvent( final PhylogenyNode node ) {
 703         if ( !node.getNodeData().isHasEvent() ) {
 704             return false;
 705         }
 706         if ( ( node.getNodeData().getEvent() ).isUnassigned() ) {
 707             return false;
 708         }
 709         return true;
 710     }
 711
 712     final static boolean isJava15() {
 713         try {
 714             final String s = ForesterUtil.JAVA_VERSION;
 715             return s.startsWith( "1.5" );
 716         }
 717         catch ( final Exception e ) {
 718             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "minor error: " + e );
 719             return false;
 720         }
 721     }
 722
 723     final static boolean isMac() {
 724         try {
 725             final String s = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 726             return s.startsWith( "mac" );
 727         }
 728         catch ( final Exception e ) {
 729             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "minor error: " + e );
 730             return false;
 731         }
 732     }
 733
 734     final static boolean isUsOrCanada() {
 735         try {
 736             if ( ( Locale.getDefault().equals( Locale.CANADA ) ) || ( Locale.getDefault().equals( Locale.US ) ) ) {
 737                 return true;
 738             }
 739         }
 740         catch ( final Exception e ) {
 741             return false;
 742         }
 743         return false;
 744     }
 745
 746     final static boolean isWindows() {
 747         try {
 748             final String s = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 749             return s.indexOf( "win" ) > -1;
 750         }
 751         catch ( final Exception e ) {
 752             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "minor error: " + e );
 753             return false;
 754         }
 755     }
 756
 757     final public static void launchWebBrowser( final URI uri,
 758                                                final boolean is_applet,
 759                                                final JApplet applet,
 760                                                final String frame_name ) throws IOException {
 761         if ( is_applet ) {
 762             applet.getAppletContext().showDocument( uri.toURL(), frame_name );
 763         }
 764         else {
 765             // This requires Java 1.6:
 766             // =======================
 767             // boolean no_desktop = false;
 768             // try {
 769             // if ( Desktop.isDesktopSupported() ) {
 770             // System.out.println( "desktop supported" );
 771             // final Desktop dt = Desktop.getDesktop();
 772             // dt.browse( uri );
 773             // }
 774             // else {
 775             // no_desktop = true;
 776             // }
 777             // }
 778             // catch ( final Exception ex ) {
 779             // ex.printStackTrace();
 780             // no_desktop = true;
 781             // }
 782             // catch ( final Error er ) {
 783             // er.printStackTrace();
 784             // no_desktop = true;
 785             // }
 786             // if ( no_desktop ) {
 787             // System.out.println( "desktop not supported" );
 788             try {
 789                 openUrlInWebBrowser( uri.toString() );
 790             }
 791             catch ( final Exception e ) {
 792                 throw new IOException( e );
 793             }
 794             // }
 795         }
 796     }
 797
 798     final static void lookAtSomeTreePropertiesForAptxControlSettings( final Phylogeny t,
 799                                                                       final ControlPanel atv_control,
 800                                                                       final Configuration configuration ) {
 801         if ( ( t != null ) && !t.isEmpty() ) {
 802             if ( !AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t ) ) {
 803                 atv_control.setDrawPhylogram( false );
 804                 atv_control.setDrawPhylogramEnabled( false );
 805             }
 806             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.display_as_phylogram ) ) {
 807                 if ( atv_control.getDisplayAsPhylogramCb() != null ) {
 808                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( t ) ) {
 809                         atv_control.setDrawPhylogram( true );
 810                         atv_control.setDrawPhylogramEnabled( true );
 811                     }
 812                     else {
 813                         atv_control.setDrawPhylogram( false );
 814                     }
 815                 }
 816             }
 817             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_confidence_values ) ) {
 818                 if ( atv_control.getWriteConfidenceCb() != null ) {
 819                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( t ) ) {
 820                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, true );
 821                     }
 822                     else {
 823                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_confidence_values, false );
 824                     }
 825                 }
 826             }
 827             if ( configuration.doGuessCheckOption( Configuration.write_events ) ) {
 828                 if ( atv_control.getShowEventsCb() != null ) {
 829                     if ( AptxUtil.isHasAtLeastNodeWithEvent( t ) ) {
 830                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, true );
 831                     }
 832                     else {
 833                         atv_control.setCheckbox( Configuration.write_events, false );
 834                     }
 835                 }
 836             }
 837         }
 838     }
 839
 840     final private static char normalizeCharForRGB( char c ) {
 841         c -= 65;
 842         c *= 10.2;
 843         c = c > 255 ? 255 : c;
 844         c = c < 0 ? 0 : c;
 845         return c;
 846     }
 847
 848     final private static void openUrlInWebBrowser( final String url ) throws IOException, ClassNotFoundException,
 849             SecurityException, NoSuchMethodException, IllegalArgumentException, IllegalAccessException,
 850             InvocationTargetException, InterruptedException {
 851         final String os = System.getProperty( "os.name" );
 852         final Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
 853         if ( os.toLowerCase().startsWith( "win" ) ) {
 854             Runtime.getRuntime().exec( "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler " + url );
 855         }
 856         else if ( isMac() ) {
 857             final Class<?> file_mgr = Class.forName( "com.apple.eio.FileManager" );
 858             final Method open_url = file_mgr.getDeclaredMethod( "openURL", new Class[] { String.class } );
 859             open_url.invoke( null, new Object[] { url } );
 860         }
 861         else {
 862             final String[] browsers = { "firefox", "opera", "konqueror", "mozilla", "netscape", "epiphany" };
 863             String browser = null;
 864             for( int i = 0; ( i < browsers.length ) && ( browser == null ); ++i ) {
 865                 if ( runtime.exec( new String[] { "which", browsers[ i ] } ).waitFor() == 0 ) {
 866                     browser = browsers[ i ];
 867                 }
 868             }
 869             if ( browser == null ) {
 870                 throw new IOException( "could not find a web browser to open [" + url + "] in" );
 871             }
 872             else {
 873                 runtime.exec( new String[] { browser, url } );
 874             }
 875         }
 876     }
 877
 878     final static void openWebsite( final String url, final boolean is_applet, final JApplet applet ) throws IOException {
 879         try {
 880             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( url ), is_applet, applet, Constants.PRG_NAME );
 881         }
 882         catch ( final Exception e ) {
 883             throw new IOException( e );
 884         }
 885     }
 886
 887     final static void printAppletMessage( final String applet_name, final String message ) {
 888         System.out.println( "[" + applet_name + "] > " + message );
 889     }
 890
 891     public final static void printWarningMessage( final String name, final String message ) {
 892         System.out.println( "[" + name + "] > " + message );
 893     }
 894
 895     final static Phylogeny[] readPhylogeniesFromUrl( final URL url, final boolean phyloxml_validate_against_xsd )
 896             throws FileNotFoundException, IOException {
 897         final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 898         PhylogenyParser parser = null;
 899         if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 900             parser = new TolParser();
 901         }
 902         else {
 903             parser = ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents( url, phyloxml_validate_against_xsd );
 904         }
 905         return factory.create( url.openStream(), parser );
 906     }
 907
 908     final static void removeBranchColors( final Phylogeny phy ) {
 909         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 910             it.next().getBranchData().setBranchColor( null );
 911         }
 912     }
 913
 914     final public static void showErrorMessage( final Component parent, final String error_msg ) {
 915         printAppletMessage( Constants.PRG_NAME, error_msg );
 916         JOptionPane.showMessageDialog( parent, error_msg, "[" + Constants.PRG_NAME + " " + Constants.VERSION
 917                 + "] Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 918     }
 919
 920     final static void unexpectedError( final Error err ) {
 921         err.printStackTrace();
 922         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 923         for( final StackTraceElement s : err.getStackTrace() ) {
 924             sb.append( s + "\n" );
 925         }
 926         JOptionPane
 927                 .showMessageDialog( null,
 928                                     "An unexpected (possibly severe) error has occured - terminating. \nPlease contact: "
 929                                             + Constants.AUTHOR_EMAIL + " \nError: " + err + "\n" + sb,
 930                                     "Unexpected Severe Error [" + Constants.PRG_NAME + " " + Constants.VERSION + "]",
 931                                     JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 932         System.exit( -1 );
 933     }
 934
 935     final static void unexpectedException( final Exception ex ) {
 936         ex.printStackTrace();
 937         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 938         for( final StackTraceElement s : ex.getStackTrace() ) {
 939             sb.append( s + "\n" );
 940         }
 941         JOptionPane.showMessageDialog( null, "An unexpected exception has occured. \nPlease contact: "
 942                 + Constants.AUTHOR_EMAIL + " \nException: " + ex + "\n" + sb, "Unexpected Exception ["
 943                 + Constants.PRG_NAME + Constants.VERSION + "]", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 944     }
 945
 946     final static String writePhylogenyToGraphicsFile( final String file_name,
 947                                                       int width,
 948                                                       int height,
 949                                                       final TreePanel tree_panel,
 950                                                       final ControlPanel ac,
 951                                                       final GraphicsExportType type,
 952                                                       final Options options ) throws IOException {
 953         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 954             if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 955                 throw new IllegalArgumentException( "cannot export visible rectangle only without exporting in actual size" );
 956             }
 957             tree_panel.setParametersForPainting( options.getPrintSizeX(), options.getPrintSizeY(), true );
 958             tree_panel.resetPreferredSize();
 959             tree_panel.repaint();
 960         }
 961         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 962                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
 963         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
 964         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
 965             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
 966             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 967         }
 968         else {
 969             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
 970             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
 971         }
 972         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
 973         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
 974             return "";
 975         }
 976         final File file = new File( file_name );
 977         if ( file.isDirectory() ) {
 978             throw new IOException( "\"" + file_name + "\" is a directory" );
 979         }
 980         Rectangle visible = null;
 981         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
 982             width = options.getPrintSizeX();
 983             height = options.getPrintSizeY();
 984         }
 985         else if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 986             visible = tree_panel.getVisibleRect();
 987             width = visible.width;
 988             height = visible.height;
 989         }
 990         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
 991         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
 992         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
 993         int x = 0;
 994         int y = 0;
 995         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
 996             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
 997             g2d.setClip( null );
 998             x = visible.x;
 999             y = visible.y;
1000         }
1001         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1002         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
1003             writeToTiff( file, buffered_img );
1004         }
1005         else {
1006             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), file );
1007         }
1008         g2d.dispose();
1009         System.gc();
1010         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1011             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1012         }
1013         String msg = file.toString();
1014         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1015             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1016         }
1017         return msg;
1018     }
1019
1020     public final static void writePhylogenyToGraphicsFileNonInteractive( final File outfile,
1021                                                                          final int width,
1022                                                                          final int height,
1023                                                                          final TreePanel tree_panel,
1024                                                                          final ControlPanel ac,
1025                                                                          final GraphicsExportType type,
1026                                                                          final Options options ) throws IOException {
1027         tree_panel.setParametersForPainting( width, height, true );
1028         tree_panel.resetPreferredSize();
1029         tree_panel.repaint();
1030         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
1031                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1032         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
1033         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
1034             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1035             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1036         }
1037         else {
1038             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1039             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1040         }
1041         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
1042         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
1043             return;
1044         }
1045         if ( outfile.isDirectory() ) {
1046             throw new IOException( "\"" + outfile + "\" is a directory" );
1047         }
1048         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1049         final Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1050         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1051         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, 0, 0 );
1052         if ( type == GraphicsExportType.TIFF ) {
1053             writeToTiff( outfile, buffered_img );
1054         }
1055         else {
1056             ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), outfile );
1057         }
1058         g2d.dispose();
1059     }
1060
1061     final static String writePhylogenyToGraphicsByteArrayOutputStream( final ByteArrayOutputStream baos,
1062                                                                        int width,
1063                                                                        int height,
1064                                                                        final TreePanel tree_panel,
1065                                                                        final ControlPanel ac,
1066                                                                        final GraphicsExportType type,
1067                                                                        final Options options ) throws IOException {
1068         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1069             if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1070                 throw new IllegalArgumentException( "cannot export visible rectangle only without exporting in actual size" );
1071             }
1072             tree_panel.setParametersForPainting( options.getPrintSizeX(), options.getPrintSizeY(), true );
1073             tree_panel.resetPreferredSize();
1074             tree_panel.repaint();
1075         }
1076         final RenderingHints rendering_hints = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
1077                                                                    RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1078         rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_COLOR_RENDERING, RenderingHints.VALUE_COLOR_RENDER_QUALITY );
1079         if ( options.isAntialiasPrint() ) {
1080             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1081             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1082         }
1083         else {
1084             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1085             rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1086         }
1087         final Phylogeny phylogeny = tree_panel.getPhylogeny();
1088         if ( ( phylogeny == null ) || phylogeny.isEmpty() ) {
1089             return "";
1090         }
1091         Rectangle visible = null;
1092         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1093             width = options.getPrintSizeX();
1094             height = options.getPrintSizeY();
1095         }
1096         else if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1097             visible = tree_panel.getVisibleRect();
1098             width = visible.width;
1099             height = visible.height;
1100         }
1101         final BufferedImage buffered_img = new BufferedImage( width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB );
1102         Graphics2D g2d = buffered_img.createGraphics();
1103         g2d.setRenderingHints( rendering_hints );
1104         int x = 0;
1105         int y = 0;
1106         if ( options.isGraphicsExportVisibleOnly() ) {
1107             g2d = ( Graphics2D ) g2d.create( -visible.x, -visible.y, visible.width, visible.height );
1108             g2d.setClip( null );
1109             x = visible.x;
1110             y = visible.y;
1111         }
1112         tree_panel.paintPhylogeny( g2d, false, true, width, height, x, y );
1113         ImageIO.write( buffered_img, type.toString(), baos );
1114         g2d.dispose();
1115         System.gc();
1116         if ( !options.isGraphicsExportUsingActualSize() ) {
1117             tree_panel.getMainPanel().getControlPanel().showWhole();
1118         }
1119         String msg = baos.toString();
1120         if ( ( width > 0 ) && ( height > 0 ) ) {
1121             msg += " [size: " + width + ", " + height + "]";
1122         }
1123         return msg;
1124     }
1125
1126     final static void writeToTiff( final File file, final BufferedImage image ) throws IOException {
1127         // See: http://log.robmeek.com/2005/08/write-tiff-in-java.html
1128         ImageWriter writer = null;
1129         ImageOutputStream ios = null;
1130         // Find an appropriate writer:
1131         final Iterator<ImageWriter> it = ImageIO.getImageWritersByFormatName( "TIF" );
1132         if ( it.hasNext() ) {
1133             writer = it.next();
1134         }
1135         else {
1136             throw new IOException( "failed to get TIFF image writer" );
1137         }
1138         // Setup writer:
1139         ios = ImageIO.createImageOutputStream( file );
1140         writer.setOutput( ios );
1141         final ImageWriteParam image_write_param = new ImageWriteParam( Locale.getDefault() );
1142         image_write_param.setCompressionMode( ImageWriteParam.MODE_EXPLICIT );
1143         // see writeParam.getCompressionTypes() for available compression type
1144         // strings.
1145         image_write_param.setCompressionType( "PackBits" );
1146         final String t[] = image_write_param.getCompressionTypes();
1147         for( final String string : t ) {
1148             System.out.println( string );
1149         }
1150         // Convert to an IIOImage:
1151         final IIOImage iio_image = new IIOImage( image, null, null );
1152         writer.write( null, iio_image, image_write_param );
1153     }
1154
1155     // See: http://www.xml.nig.ac.jp/tutorial/rest/index.html#2.2
1156     // static void openDDBJRest() throws IOException {
1157     // //set URL
1158     // URL url = new URL( "http://xml.nig.ac.jp/rest/Invoke" );
1159     // //set parameter
1160     // String query = "service=GetEntry&method=getDDBJEntry&accession=AB000100";
1161     // //make connection
1162     // URLConnection urlc = url.openConnection();
1163     // //use post mode
1164     // urlc.setDoOutput( true );
1165     // urlc.setAllowUserInteraction( false );
1166     // //send query
1167     // PrintStream ps = new PrintStream( urlc.getOutputStream() );
1168     // ps.print( query );
1169     // ps.close();
1170     // //get result
1171     // BufferedReader br = new BufferedReader( new InputStreamReader(
1172     // urlc.getInputStream() ) );
1173     // String l = null;
1174     // while ( ( l = br.readLine() ) != null ) {
1175     // System.out.println( l );
1176     // }
1177     // br.close();
1178     // }
1179     public static enum GraphicsExportType {
1180         GIF( "gif" ), JPG( "jpg" ), PDF( "pdf" ), PNG( "png" ), TIFF( "tif" ), BMP( "bmp" );
1181
1182         private final String _suffix;
1183
1184         private GraphicsExportType( final String suffix ) {
1185             _suffix = suffix;
1186         }
1187
1188         @Override
1189         public String toString() {
1190             return _suffix;
1191         }
1192     }
1193 }